MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Borrelia recurrentis A1 plasmid pl33

Total Repeats: 298

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011253	ACTT	2	8	530	537	25 %	50 %	0 %	25 %	203288383
2	NC_011253	AATT	2	8	557	564	50 %	50 %	0 %	0 %	203288383
3	NC_011253	ATCT	2	8	642	649	25 %	50 %	0 %	25 %	203288383
4	NC_011253	AATC	2	8	659	666	50 %	25 %	0 %	25 %	203288383
5	NC_011253	ATC	2	6	684	689	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288383
6	NC_011253	CAT	2	6	708	713	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288383
7	NC_011253	GAA	2	6	722	727	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288383
8	NC_011253	ATA	2	6	750	755	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288383
9	NC_011253	TAT	2	6	782	787	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288383
10	NC_011253	T	6	6	795	800	0 %	100 %	0 %	0 %	203288383
11	NC_011253	CT	3	6	803	808	0 %	50 %	0 %	50 %	203288383
12	NC_011253	TTAT	2	8	826	833	25 %	75 %	0 %	0 %	203288383
13	NC_011253	ATC	2	6	840	845	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288383
14	NC_011253	AATT	2	8	846	853	50 %	50 %	0 %	0 %	203288383
15	NC_011253	CTCCTT	2	12	1153	1164	0 %	50 %	0 %	50 %	203288384
16	NC_011253	ATT	2	6	1212	1217	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288384
17	NC_011253	CTTC	2	8	1240	1247	0 %	50 %	0 %	50 %	203288384
18	NC_011253	T	6	6	1250	1255	0 %	100 %	0 %	0 %	203288384
19	NC_011253	TCT	2	6	1270	1275	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288384
20	NC_011253	AAT	2	6	1278	1283	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288384
21	NC_011253	ATC	2	6	1690	1695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288385
22	NC_011253	AAT	2	6	1703	1708	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288385
23	NC_011253	T	6	6	1765	1770	0 %	100 %	0 %	0 %	203288385
24	NC_011253	CAATC	2	10	1804	1813	40 %	20 %	0 %	40 %	203288385
25	NC_011253	TCT	2	6	1838	1843	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288385
26	NC_011253	TTC	2	6	1919	1924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	203288385
27	NC_011253	CTTT	2	8	1936	1943	0 %	75 %	0 %	25 %	203288385
28	NC_011253	T	8	8	1941	1948	0 %	100 %	0 %	0 %	203288385
29	NC_011253	ATA	2	6	1968	1973	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288385
30	NC_011253	GGA	2	6	8523	8528	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288386
31	NC_011253	A	6	6	8567	8572	100 %	0 %	0 %	0 %	203288386
32	NC_011253	AC	3	6	8582	8587	50 %	0 %	0 %	50 %	203288386
33	NC_011253	A	6	6	8595	8600	100 %	0 %	0 %	0 %	203288386
34	NC_011253	AAT	2	6	8631	8636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288386
35	NC_011253	ATT	2	6	8677	8682	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288386
36	NC_011253	CTAA	2	8	8704	8711	50 %	25 %	0 %	25 %	203288386
37	NC_011253	AAT	2	6	8724	8729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288386
38	NC_011253	TAA	2	6	8769	8774	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288386
39	NC_011253	TAT	2	6	8778	8783	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288386
40	NC_011253	A	6	6	8786	8791	100 %	0 %	0 %	0 %	203288386
41	NC_011253	CATA	2	8	8822	8829	50 %	25 %	0 %	25 %	203288386
42	NC_011253	TAAA	2	8	8840	8847	75 %	25 %	0 %	0 %	203288386
43	NC_011253	ATT	2	6	8893	8898	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288386
44	NC_011253	ATG	2	6	8903	8908	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288386
45	NC_011253	AT	3	6	8917	8922	50 %	50 %	0 %	0 %	203288386
46	NC_011253	A	8	8	8942	8949	100 %	0 %	0 %	0 %	203288386
47	NC_011253	GTCA	2	8	9004	9011	25 %	25 %	25 %	25 %	203288386
48	NC_011253	TAAT	2	8	9017	9024	50 %	50 %	0 %	0 %	203288386
49	NC_011253	TAA	2	6	9068	9073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288386
50	NC_011253	AGA	2	6	9117	9122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288386
51	NC_011253	A	6	6	9133	9138	100 %	0 %	0 %	0 %	203288386
52	NC_011253	GAA	2	6	9145	9150	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288386
53	NC_011253	A	7	7	9165	9171	100 %	0 %	0 %	0 %	203288386
54	NC_011253	GAAA	2	8	9184	9191	75 %	0 %	25 %	0 %	203288386
55	NC_011253	AAAT	2	8	9193	9200	75 %	25 %	0 %	0 %	203288386
56	NC_011253	GAAA	2	8	9215	9222	75 %	0 %	25 %	0 %	203288387
57	NC_011253	A	6	6	9220	9225	100 %	0 %	0 %	0 %	203288387
58	NC_011253	A	9	9	9262	9270	100 %	0 %	0 %	0 %	203288387
59	NC_011253	AT	3	6	9317	9322	50 %	50 %	0 %	0 %	203288387
60	NC_011253	GA	3	6	9367	9372	50 %	0 %	50 %	0 %	203288387
61	NC_011253	AGA	3	9	9370	9378	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288387
62	NC_011253	T	6	6	9383	9388	0 %	100 %	0 %	0 %	203288387
63	NC_011253	A	7	7	9419	9425	100 %	0 %	0 %	0 %	203288387
64	NC_011253	TTTA	2	8	9436	9443	25 %	75 %	0 %	0 %	203288387
65	NC_011253	AGA	3	9	9454	9462	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288387
66	NC_011253	GAT	2	6	9527	9532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288387
67	NC_011253	A	7	7	9535	9541	100 %	0 %	0 %	0 %	203288387
68	NC_011253	AT	3	6	9560	9565	50 %	50 %	0 %	0 %	203288387
69	NC_011253	TAC	2	6	9572	9577	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288387
70	NC_011253	T	6	6	9606	9611	0 %	100 %	0 %	0 %	203288387
71	NC_011253	TA	3	6	9614	9619	50 %	50 %	0 %	0 %	203288387
72	NC_011253	ATTC	2	8	9626	9633	25 %	50 %	0 %	25 %	203288387
73	NC_011253	TAA	2	6	9636	9641	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288387
74	NC_011253	A	7	7	9640	9646	100 %	0 %	0 %	0 %	203288387
75	NC_011253	A	7	7	9658	9664	100 %	0 %	0 %	0 %	203288387
76	NC_011253	TAA	2	6	9724	9729	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288387
77	NC_011253	GGA	2	6	9743	9748	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288387
78	NC_011253	A	7	7	9768	9774	100 %	0 %	0 %	0 %	203288387
79	NC_011253	ATCA	2	8	9795	9802	50 %	25 %	0 %	25 %	203288388
80	NC_011253	GTG	2	6	9806	9811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288388
81	NC_011253	TTG	2	6	9847	9852	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288388
82	NC_011253	A	6	6	9855	9860	100 %	0 %	0 %	0 %	203288388
83	NC_011253	TAG	2	6	9875	9880	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288388
84	NC_011253	ACT	2	6	9901	9906	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288388
85	NC_011253	TTA	2	6	9909	9914	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288388
86	NC_011253	TGT	2	6	9945	9950	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288388
87	NC_011253	CAATAT	2	12	9951	9962	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	203288388
88	NC_011253	ATA	2	6	10016	10021	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288388
89	NC_011253	TTA	2	6	10061	10066	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288388
90	NC_011253	TA	3	6	10201	10206	50 %	50 %	0 %	0 %	203288388
91	NC_011253	CAG	2	6	10220	10225	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288388
92	NC_011253	ATA	2	6	10322	10327	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288388
93	NC_011253	AC	3	6	10328	10333	50 %	0 %	0 %	50 %	203288388
94	NC_011253	AT	3	6	10350	10355	50 %	50 %	0 %	0 %	203288388
95	NC_011253	AG	3	6	10364	10369	50 %	0 %	50 %	0 %	203288388
96	NC_011253	GA	4	8	10390	10397	50 %	0 %	50 %	0 %	203288388
97	NC_011253	ATG	2	6	10424	10429	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288388
98	NC_011253	TA	3	6	10450	10455	50 %	50 %	0 %	0 %	203288388
99	NC_011253	T	6	6	10482	10487	0 %	100 %	0 %	0 %	203288388
100	NC_011253	GAA	2	6	10537	10542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288389
101	NC_011253	TGT	2	6	10543	10548	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288389
102	NC_011253	ATA	2	6	10572	10577	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288389
103	NC_011253	TAA	2	6	10590	10595	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288389
104	NC_011253	GAAA	2	8	10660	10667	75 %	0 %	25 %	0 %	203288389
105	NC_011253	TAT	2	6	10670	10675	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288389
106	NC_011253	CTTA	2	8	10797	10804	25 %	50 %	0 %	25 %	203288389
107	NC_011253	AT	3	6	10846	10851	50 %	50 %	0 %	0 %	203288389
108	NC_011253	TAT	2	6	10882	10887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288389
109	NC_011253	A	6	6	10888	10893	100 %	0 %	0 %	0 %	203288389
110	NC_011253	A	8	8	10912	10919	100 %	0 %	0 %	0 %	203288389
111	NC_011253	T	7	7	11025	11031	0 %	100 %	0 %	0 %	203288389
112	NC_011253	ATT	2	6	11043	11048	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288389
113	NC_011253	ATT	2	6	11056	11061	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288389
114	NC_011253	A	6	6	11090	11095	100 %	0 %	0 %	0 %	203288389
115	NC_011253	GTT	2	6	11096	11101	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288389
116	NC_011253	AAT	2	6	11130	11135	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288389
117	NC_011253	A	6	6	13342	13347	100 %	0 %	0 %	0 %	203288390
118	NC_011253	TTTA	2	8	13353	13360	25 %	75 %	0 %	0 %	203288390
119	NC_011253	GATT	2	8	13379	13386	25 %	50 %	25 %	0 %	203288390
120	NC_011253	CAT	2	6	13412	13417	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288390
121	NC_011253	TTAT	2	8	13476	13483	25 %	75 %	0 %	0 %	203288390
122	NC_011253	AGTAG	2	10	13495	13504	40 %	20 %	40 %	0 %	203288390
123	NC_011253	AGGA	2	8	13542	13549	50 %	0 %	50 %	0 %	203288390
124	NC_011253	A	7	7	13593	13599	100 %	0 %	0 %	0 %	203288390
125	NC_011253	TGA	2	6	13608	13613	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288390
126	NC_011253	TAG	2	6	13649	13654	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288390
127	NC_011253	GAG	2	6	13696	13701	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288390
128	NC_011253	AGTA	2	8	13716	13723	50 %	25 %	25 %	0 %	203288390
129	NC_011253	ATT	2	6	13734	13739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288390
130	NC_011253	T	6	6	13793	13798	0 %	100 %	0 %	0 %	203288390
131	NC_011253	TTG	2	6	13801	13806	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288390
132	NC_011253	TG	3	6	13845	13850	0 %	50 %	50 %	0 %	203288390
133	NC_011253	TGA	2	6	13854	13859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288390
134	NC_011253	ATA	2	6	13931	13936	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288390
135	NC_011253	CTA	2	6	13955	13960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	203288390
136	NC_011253	AT	3	6	13976	13981	50 %	50 %	0 %	0 %	203288390
137	NC_011253	AAG	2	6	13987	13992	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288390
138	NC_011253	TAA	2	6	13995	14000	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288390
139	NC_011253	TTA	2	6	14012	14017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288390
140	NC_011253	CAAG	2	8	14040	14047	50 %	0 %	25 %	25 %	203288390
141	NC_011253	TGA	2	6	14055	14060	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288390
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143	NC_011253	ATA	2	6	14099	14104	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288390
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148	NC_011253	GATTTA	2	12	14509	14520	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	203288391
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150	NC_011253	A	8	8	14674	14681	100 %	0 %	0 %	0 %	203288391
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153	NC_011253	A	7	7	14787	14793	100 %	0 %	0 %	0 %	203288391
154	NC_011253	T	9	9	14801	14809	0 %	100 %	0 %	0 %	203288391
155	NC_011253	ATA	3	9	14933	14941	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288391
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161	NC_011253	GA	3	6	16205	16210	50 %	0 %	50 %	0 %	203288392
162	NC_011253	ATT	2	6	16233	16238	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	203288392
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165	NC_011253	TGG	2	6	16303	16308	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	203288392
166	NC_011253	TAA	2	6	16373	16378	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288392
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172	NC_011253	AGT	2	6	17451	17456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288393
173	NC_011253	AGA	2	6	17481	17486	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288393
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261	NC_011253	GAAG	2	8	30031	30038	50 %	0 %	50 %	0 %	203288398
262	NC_011253	A	7	7	30046	30052	100 %	0 %	0 %	0 %	203288398
263	NC_011253	AAT	2	6	30065	30070	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	203288398
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266	NC_011253	GGA	2	6	30128	30133	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	203288398
267	NC_011253	TGAG	2	8	30159	30166	25 %	25 %	50 %	0 %	203288398
268	NC_011253	AG	3	6	30311	30316	50 %	0 %	50 %	0 %	203288398
269	NC_011253	TTG	2	6	30381	30386	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288398
270	NC_011253	AAG	2	6	30417	30422	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	203288398
271	NC_011253	TGC	2	6	30457	30462	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288398
272	NC_011253	CTG	2	6	30465	30470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288398
273	NC_011253	GTT	2	6	30503	30508	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288398
274	NC_011253	TTG	2	6	30534	30539	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	203288398
275	NC_011253	GAT	2	6	30587	30592	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	203288398
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281	NC_011253	AAAG	2	8	30838	30845	75 %	0 %	25 %	0 %	203288398
282	NC_011253	AGC	2	6	30856	30861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	203288398
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293	NC_011253	A	6	6	31764	31769	100 %	0 %	0 %	0 %	203288399
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295	NC_011253	AAAG	2	8	31790	31797	75 %	0 %	25 %	0 %	203288399
296	NC_011253	TAGA	2	8	31801	31808	50 %	25 %	25 %	0 %	203288399
297	NC_011253	CGAT	2	8	31864	31871	25 %	25 %	25 %	25 %	203288399
298	NC_011253	CTG	2	6	31933	31938	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	203288399

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.