MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Burkholderia ambifaria MC40-6 plasmid pBMC401

Total Repeats: 132

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010553	CGTCGG	2	12	2277	2288	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064527
2	NC_010553	CTGGTA	2	12	4800	4811	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064529
3	NC_010553	GACGCG	2	12	4909	4920	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064529
4	NC_010553	CTTCGA	2	12	5440	5451	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064530
5	NC_010553	GCCAGC	2	12	7110	7121	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064530
6	NC_010553	CAGCGA	2	12	7735	7746	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064531
7	NC_010553	CGAGAG	2	12	14985	14996	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	172064539
8	NC_010553	CGAAGC	2	12	21170	21181	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064550
9	NC_010553	CGACTT	2	12	22902	22913	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064553
10	NC_010553	GCTTCG	2	12	24223	24234	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064553
11	NC_010553	TGGCGA	2	12	27612	27623	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	172064557
12	NC_010553	CCTCGC	2	12	34374	34385	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	172064566
13	NC_010553	CGCGAG	2	12	34630	34641	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064567
14	NC_010553	GCATCT	2	12	36393	36404	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064568
15	NC_010553	CCTTGT	2	12	36588	36599	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	172064568
16	NC_010553	AGCTCG	2	12	40331	40342	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064574
17	NC_010553	AAGTCG	2	12	40588	40599	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172064574
18	NC_010553	GGTCCC	2	12	41091	41102	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064574
19	NC_010553	TTGGCA	2	12	43437	43448	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064578
20	NC_010553	TGGCGG	2	12	44120	44131	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	172064579
21	NC_010553	GCGTTG	2	12	44485	44496	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064579
22	NC_010553	TGCGGT	2	12	47004	47015	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064581
23	NC_010553	TTGACC	2	12	48505	48516	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064583
24	NC_010553	GCCGAG	2	12	49058	49069	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064584
25	NC_010553	CGACGC	2	12	51810	51821	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064585
26	NC_010553	GTGCCG	2	12	57825	57836	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064591
27	NC_010553	AATCGA	2	12	58054	58065	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	172064591
28	NC_010553	TTGCTG	2	12	59745	59756	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	172064593
29	NC_010553	TCGGTG	2	12	60995	61006	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064594
30	NC_010553	TCGGTC	2	12	62502	62513	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064596
31	NC_010553	GCCGCG	2	12	65802	65813	0 %	0 %	50 %	50 %	172064599
32	NC_010553	GGACCT	2	12	67505	67516	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064600
33	NC_010553	GTCGCC	2	12	67584	67595	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064600
34	NC_010553	GCCTCG	2	12	68373	68384	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064601
35	NC_010553	GCGGTC	2	12	74411	74422	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064605
36	NC_010553	GTCGAC	2	12	75972	75983	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064606
37	NC_010553	GGTCGA	2	12	76040	76051	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	172064606
38	NC_010553	GGTCGA	2	12	76946	76957	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	172064606
39	NC_010553	CGGTGC	2	12	77224	77235	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064606
40	NC_010553	TTGAGC	2	12	81945	81956	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064609
41	NC_010553	GCGTAC	2	12	90868	90879	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064619
42	NC_010553	CCGGAT	2	12	90888	90899	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064619
43	NC_010553	TCGACG	2	12	91052	91063	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064619
44	NC_010553	AGCGCC	2	12	91256	91267	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064619
45	NC_010553	TCGACA	2	12	91765	91776	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172064620
46	NC_010553	GCAGGC	2	12	92434	92445	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064621
47	NC_010553	GCCGCT	2	12	93873	93884	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064622
48	NC_010553	CGTGTA	2	12	94752	94763	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064624
49	NC_010553	TGCGCA	2	12	97011	97022	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064625
50	NC_010553	CATGTT	2	12	100553	100564	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172064627
51	NC_010553	ATCTTC	2	12	101754	101765	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	172064629
52	NC_010553	TCGACG	2	12	106918	106929	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
53	NC_010553	TCGACG	2	12	107014	107025	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
54	NC_010553	TCGACG	2	12	107110	107121	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
55	NC_010553	TCGACG	2	12	107206	107217	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
56	NC_010553	TCGACG	2	12	107302	107313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
57	NC_010553	TCGACG	2	12	107398	107409	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
58	NC_010553	TCGACG	2	12	107494	107505	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
59	NC_010553	TCGACG	2	12	107782	107793	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
60	NC_010553	TCGACG	2	12	107878	107889	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
61	NC_010553	GTCGAC	2	12	108009	108020	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064631
62	NC_010553	GTCGAC	2	12	108834	108845	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064632
63	NC_010553	AAGAGG	2	12	115637	115648	50 %	0 %	50 %	0 %	172064640
64	NC_010553	AAGTTG	2	12	121360	121371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	172064643
65	NC_010553	GCGCTT	2	12	124073	124084	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064646
66	NC_010553	GGACAT	2	12	126464	126475	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172064649
67	NC_010553	CACGGG	2	12	132574	132585	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064653
68	NC_010553	CGGGAC	2	12	133008	133019	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064654
69	NC_010553	GATGTC	2	12	138326	138337	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064658
70	NC_010553	GATGCA	2	12	138431	138442	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172064658
71	NC_010553	AACTGG	2	12	140694	140705	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	172064659
72	NC_010553	GCGCTG	2	12	150717	150728	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064664
73	NC_010553	GCGCGG	2	12	152924	152935	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	172064665
74	NC_010553	CGATGC	2	12	153182	153193	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064665
75	NC_010553	CGGGCA	2	12	163157	163168	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064670
76	NC_010553	TGTCGG	2	12	163421	163432	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064671
77	NC_010553	CGGCAT	2	12	166069	166080	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064672
78	NC_010553	AACGCG	2	12	166248	166259	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064672
79	NC_010553	GTATTC	2	12	168231	168242	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172064675
80	NC_010553	TCGTTG	2	12	168418	168429	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	172064675
81	NC_010553	GCGAAC	2	12	171960	171971	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064677
82	NC_010553	GGGGCG	2	12	175397	175408	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	172064681
83	NC_010553	GCGCCT	2	12	175866	175877	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064681
84	NC_010553	GATCGC	2	12	176459	176470	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064682
85	NC_010553	TGCTCG	2	12	179449	179460	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064682
86	NC_010553	GATTTC	2	12	180102	180113	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	172064682
87	NC_010553	TCGACA	2	12	182149	182160	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172064685
88	NC_010553	GGGCGA	2	12	182531	182542	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	172064685
89	NC_010553	ATCGGG	2	12	185171	185182	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	172064686
90	NC_010553	ATTACG	2	12	187674	187685	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	172064687
91	NC_010553	TTCGCC	2	12	189424	189435	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	172064688
92	NC_010553	GGCGAA	2	12	189618	189629	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	172064688
93	NC_010553	GCAACT	2	12	191917	191928	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	172064690
94	NC_010553	TCGGCG	2	12	191982	191993	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064690
95	NC_010553	ACGCCC	2	12	193035	193046	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	172064691
96	NC_010553	GCAGCC	2	12	194820	194831	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064692
97	NC_010553	GTCGCT	2	12	196221	196232	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064694
98	NC_010553	GGCGCT	2	12	200109	200120	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	172064696
99	NC_010553	GACGGC	2	12	200368	200379	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064696
100	NC_010553	GACGCG	2	12	200476	200487	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064696
101	NC_010553	CGACCC	2	12	205240	205251	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	172064701
102	NC_010553	TCAAAA	2	12	205934	205945	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	172064702
103	NC_010553	GGTTCG	2	12	212217	212228	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	172064709
104	NC_010553	CACGTT	2	12	213500	213511	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064711
105	NC_010553	CGCTTT	2	12	215585	215596	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	172064713
106	NC_010553	GCTTGC	2	12	217286	217297	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064717
107	NC_010553	CGCAAG	2	12	234479	234490	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064749
108	NC_010553	GCACGA	2	12	243422	243433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064757
109	NC_010553	GCGCTT	2	12	244411	244422	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	172064759
110	NC_010553	CTTCGA	2	12	245639	245650	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	172064760
111	NC_010553	CGGCAG	2	12	247158	247169	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064762
112	NC_010553	GTTGTC	2	12	248366	248377	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	172064762
113	NC_010553	CGACGG	2	12	249996	250007	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064764
114	NC_010553	ACGTTG	2	12	250412	250423	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064764
115	NC_010553	AGCGCG	2	12	253142	253153	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064767
116	NC_010553	TCGCCG	2	12	255951	255962	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064767
117	NC_010553	ATTGAT	2	12	260034	260045	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	172064767
118	NC_010553	GCGCGA	2	12	261719	261730	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064769
119	NC_010553	GCGATC	2	12	263106	263117	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064770
120	NC_010553	GCCGTC	2	12	267394	267405	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064771
121	NC_010553	TGCACG	2	12	268729	268740	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064772
122	NC_010553	AAGATC	2	12	269437	269448	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	172064773
123	NC_010553	ACGTTG	2	12	272544	272555	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064774
124	NC_010553	ACGTTG	2	12	275286	275297	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	172064774
125	NC_010553	ATCCGC	2	12	282090	282101	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	172064778
126	NC_010553	ATGGCC	2	12	285537	285548	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064781
127	NC_010553	ACGGCG	2	12	286455	286466	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064782
128	NC_010553	GTCGCC	2	12	287017	287028	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	172064784
129	NC_010553	GCACGA	2	12	289907	289918	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	172064786
130	NC_010553	CGAGCG	2	12	297299	297310	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	172064794
131	NC_010553	CGGCCA	2	12	298109	298120	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	172064794
132	NC_010553	GCGATC	2	12	300280	300291	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	172064797

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.