MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Burkholderia vietnamiensis G4 plasmid pBVIE01

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009230	ACGTAC	2	12	334	345	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134288153
2	NC_009230	TTCTGC	2	12	882	893	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	134288154
3	NC_009230	GCATCT	2	12	5452	5463	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134288159
4	NC_009230	CGCGGC	2	12	6817	6828	0 %	0 %	50 %	50 %	134288161
5	NC_009230	CCTTGC	2	12	8987	8998	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	134288162
6	NC_009230	TAGCAT	2	12	9843	9854	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	134288162
7	NC_009230	AGTGAT	2	12	11313	11324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	134288165
8	NC_009230	GTCGAA	2	12	15023	15034	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288169
9	NC_009230	GCGTCG	2	12	15087	15098	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134288169
10	NC_009230	TGGCGT	2	12	16062	16073	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134288170
11	NC_009230	CGATGC	2	12	21851	21862	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288175
12	NC_009230	TCGCCG	2	12	22031	22042	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134288175
13	NC_009230	TCACCA	2	12	23726	23737	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	134288177
14	NC_009230	CCGCTC	2	12	27453	27464	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	134288179
15	NC_009230	CGCCGA	2	12	28849	28860	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134288180
16	NC_009230	AGCGTC	2	12	29199	29210	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288180
17	NC_009230	GGTACA	2	12	34945	34956	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288187
18	NC_009230	TGACCG	2	12	42327	42338	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288194
19	NC_009230	ATCGAC	2	12	43283	43294	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134288195
20	NC_009230	GCGCTT	2	12	44026	44037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134288196
21	NC_009230	CACGCA	2	12	46393	46404	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134288198
22	NC_009230	GCAATT	2	12	56024	56035	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	134288206
23	NC_009230	AAACAA	2	12	59844	59855	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	134288209
24	NC_009230	AAGCTG	2	12	70304	70315	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288217
25	NC_009230	TGCGTA	2	12	73993	74004	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134288219
26	NC_009230	GATGGC	2	12	75927	75938	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134288220
27	NC_009230	CTTCAT	2	12	79168	79179	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	134288223
28	NC_009230	GCCGTC	2	12	83251	83262	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134288227
29	NC_009230	CTTGCG	2	12	86524	86535	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134288230
30	NC_009230	CATCCT	2	12	91051	91062	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	134288234
31	NC_009230	TCGGTG	2	12	92505	92516	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134288235
32	NC_009230	GATCTT	2	12	99876	99887	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	134288239
33	NC_009230	TTGAAC	2	12	99949	99960	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	134288239
34	NC_009230	GTCGAA	2	12	105273	105284	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288246
35	NC_009230	CGTGTG	2	12	105945	105956	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134288247
36	NC_009230	TAGCAC	2	12	108862	108873	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134288250
37	NC_009230	ATGACC	2	12	117510	117521	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134288256
38	NC_009230	CTTCGC	2	12	120146	120157	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	134288258
39	NC_009230	TGACCG	2	12	121392	121403	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288259
40	NC_009230	GTACAG	2	12	122387	122398	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288259
41	NC_009230	CGTTGT	2	12	128752	128763	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	134288265
42	NC_009230	ACTTCG	2	12	132243	132254	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134288270
43	NC_009230	CGAGAT	2	12	137382	137393	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288275
44	NC_009230	CCGGCA	2	12	139938	139949	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134288277
45	NC_009230	GCGGTG	2	12	146300	146311	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	134288281
46	NC_009230	TGTCCA	2	12	147224	147235	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134288282
47	NC_009230	TGAACG	2	12	147503	147514	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288282
48	NC_009230	GCGACG	2	12	149672	149683	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134288284
49	NC_009230	GGCAGC	2	12	150947	150958	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134288285
50	NC_009230	GCGCGA	2	12	152625	152636	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134288287
51	NC_009230	CGGAAG	2	12	157382	157393	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	134288292
52	NC_009230	GACGGC	2	12	158556	158567	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134288293
53	NC_009230	GCCTTT	2	12	160356	160367	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	134288295
54	NC_009230	TAGCCA	2	12	160543	160554	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134288295
55	NC_009230	TCGACC	2	12	164147	164158	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134288296
56	NC_009230	ACGCCA	2	12	164186	164197	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134288296
57	NC_009230	TGTTCG	2	12	166997	167008	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	134288299
58	NC_009230	TCGCCA	2	12	167170	167181	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134288299
59	NC_009230	ATCGAC	2	12	167903	167914	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134288300
60	NC_009230	GCGGAA	2	12	171685	171696	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	134288305
61	NC_009230	ATTGAC	2	12	182772	182783	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	134288313
62	NC_009230	GCCGTG	2	12	187278	187289	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134288316
63	NC_009230	GGCAAA	2	12	196483	196494	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	134288322
64	NC_009230	GCGCCC	2	12	199382	199393	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	134288325
65	NC_009230	TAGAAA	2	12	205880	205891	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	134288328
66	NC_009230	GCTCGA	2	12	206910	206921	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288328
67	NC_009230	TGGGGA	2	12	211103	211114	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	134288330
68	NC_009230	TTCCGC	2	12	223823	223834	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	134288343
69	NC_009230	CCTTCT	2	12	228457	228468	0 %	50 %	0 %	50 %	134288348
70	NC_009230	GCTTCG	2	12	231504	231515	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134288353
71	NC_009230	GTCGTT	2	12	232369	232380	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	134288354
72	NC_009230	CGATAC	2	12	235800	235811	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134288358
73	NC_009230	ATCGCT	2	12	240380	240391	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134288364
74	NC_009230	TTGCGT	2	12	241478	241489	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	134288366
75	NC_009230	TGGGCA	2	12	244944	244955	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134288370
76	NC_009230	CGGCCT	2	12	245001	245012	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	134288370
77	NC_009230	CCATGG	2	12	247255	247266	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288373
78	NC_009230	CACGAG	2	12	250138	250149	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134288377
79	NC_009230	ATGGAC	2	12	252176	252187	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288379
80	NC_009230	TCGGCG	2	12	256990	257001	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134288385
81	NC_009230	AACCCC	2	12	257383	257394	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	134288385
82	NC_009230	ACTCGG	2	12	260526	260537	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288391
83	NC_009230	CGAGAC	2	12	261177	261188	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134288392
84	NC_009230	CGTTGG	2	12	266346	266357	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134288401
85	NC_009230	TCGCAC	2	12	266867	266878	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	134288402
86	NC_009230	GCGCAT	2	12	266888	266899	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288402
87	NC_009230	GCTGGC	2	12	268531	268542	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134288405
88	NC_009230	ATGGCC	2	12	270214	270225	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288408
89	NC_009230	CGACGG	2	12	274212	274223	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	134288412
90	NC_009230	TCGAGG	2	12	277399	277410	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	134288415
91	NC_009230	GTTGAC	2	12	281392	281403	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134288418
92	NC_009230	CGCACG	2	12	282153	282164	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134288418
93	NC_009230	AGAGCC	2	12	286063	286074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134288423
94	NC_009230	GCCGCG	2	12	287450	287461	0 %	0 %	50 %	50 %	134288423
95	NC_009230	CAACAC	2	12	290333	290344	50 %	0 %	0 %	50 %	134288426
96	NC_009230	TGCTTG	2	12	290860	290871	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	134288427
97	NC_009230	AGGCCA	2	12	292420	292431	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134288430
98	NC_009230	CGACCG	2	12	293530	293541	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134288431
99	NC_009230	GGGAAA	2	12	294217	294228	50 %	0 %	50 %	0 %	134288432
100	NC_009230	CCAGCA	2	12	294622	294633	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134288432
101	NC_009230	GCGCGT	2	12	294651	294662	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134288432
102	NC_009230	ACCACG	2	12	298063	298074	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	134288436
103	NC_009230	CTGGCA	2	12	299409	299420	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288438
104	NC_009230	GGTTCG	2	12	308167	308178	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134288443
105	NC_009230	GCACGA	2	12	309350	309361	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134288443
106	NC_009230	CTAATG	2	12	309842	309853	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	134288443
107	NC_009230	GCTGAC	2	12	321967	321978	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	134288458
108	NC_009230	AGGAGA	2	12	322497	322508	50 %	0 %	50 %	0 %	134288459
109	NC_009230	CGCCAG	2	12	323893	323904	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	134288461
110	NC_009230	CAAGGC	2	12	324979	324990	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134288463
111	NC_009230	TTGGGC	2	12	330448	330459	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134288472
112	NC_009230	GGAAGA	2	12	333814	333825	50 %	0 %	50 %	0 %	134288475
113	NC_009230	GCGATT	2	12	340163	340174	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	134288485
114	NC_009230	AGCCGA	2	12	342444	342455	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134288488
115	NC_009230	TCGCTG	2	12	342971	342982	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	134288489
116	NC_009230	TCGGCG	2	12	343614	343625	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	134288489
117	NC_009230	ACGCGA	2	12	344054	344065	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	134288490
118	NC_009230	GGACGA	2	12	350652	350663	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	134288499
119	NC_009230	CTGCAA	2	12	356398	356409	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	134288505
120	NC_009230	GGTACA	2	12	377399	377410	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288531
121	NC_009230	GGCGGA	2	12	379029	379040	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	134288535
122	NC_009230	AAGCTG	2	12	383111	383122	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	134288539
123	NC_009230	TGCTGG	2	12	386248	386259	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	134288541
124	NC_009230	GCTCAT	2	12	389730	389741	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	134288546
125	NC_009230	AAAGGC	2	12	397359	397370	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	134288555

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.