MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Bradyrhizobium japonicum USDA 110 chromosome

Total Repeats: 143810

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004463	GCC	2	6	241	246	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375112
2	NC_004463	TCT	2	6	250	255	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	27375112
3	NC_004463	GTC	2	6	303	308	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375112
4	NC_004463	GCT	2	6	322	327	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375112
5	NC_004463	GCG	2	6	373	378	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375112
6	NC_004463	GAT	2	6	580	585	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375113
7	NC_004463	AGC	2	6	611	616	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375113
8	NC_004463	CGC	2	6	666	671	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375113
9	NC_004463	AGT	2	6	922	927	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375113
10	NC_004463	GCC	2	6	934	939	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375113
11	NC_004463	GCT	2	6	1015	1020	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375113
12	NC_004463	CGG	2	6	3100	3105	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375114
13	NC_004463	GTC	2	6	3110	3115	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375114
14	NC_004463	CAT	2	6	3140	3145	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375114
15	NC_004463	TGC	2	6	3345	3350	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375114
16	NC_004463	GTC	2	6	3374	3379	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375114
17	NC_004463	GGC	2	6	3449	3454	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375114
18	NC_004463	ACC	2	6	3516	3521	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	27375114
19	NC_004463	GTC	2	6	3531	3536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375114
20	NC_004463	CGA	2	6	4253	4258	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375115
21	NC_004463	TCG	2	6	4276	4281	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375115
22	NC_004463	GTA	2	6	4457	4462	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375116
23	NC_004463	CGA	2	6	4510	4515	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375116
24	NC_004463	GAA	2	6	4536	4541	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375116
25	NC_004463	ATC	2	6	4671	4676	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375116
26	NC_004463	GGT	2	6	4732	4737	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375116
27	NC_004463	CGC	2	6	5029	5034	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375117
28	NC_004463	GAA	2	6	5062	5067	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375117
29	NC_004463	CGA	2	6	5097	5102	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
30	NC_004463	CCT	2	6	5142	5147	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375117
31	NC_004463	GAA	2	6	5155	5160	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375117
32	NC_004463	GCA	2	6	5238	5243	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
33	NC_004463	CGA	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
34	NC_004463	TCC	2	6	5288	5293	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375117
35	NC_004463	GTC	2	6	5326	5331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375117
36	NC_004463	TGA	2	6	5385	5390	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375117
37	NC_004463	TCG	2	6	5411	5416	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375117
38	NC_004463	TGT	2	6	5457	5462	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	27375117
39	NC_004463	AGC	2	6	5477	5482	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
40	NC_004463	CAT	3	9	5713	5721	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375117
41	NC_004463	GAA	2	6	5797	5802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375117
42	NC_004463	AGC	2	6	5819	5824	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375117
43	NC_004463	CCT	2	6	5886	5891	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375117
44	NC_004463	CTG	3	9	5908	5916	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375117
45	NC_004463	CGT	2	6	5955	5960	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375117
46	NC_004463	AGG	2	6	5978	5983	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	27375117
47	NC_004463	CTC	2	6	6054	6059	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375117
48	NC_004463	GCT	2	6	6083	6088	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375118
49	NC_004463	CGC	2	6	6126	6131	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
50	NC_004463	AGT	2	6	6155	6160	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
51	NC_004463	GCA	2	6	6197	6202	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
52	NC_004463	CGG	2	6	6281	6286	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375118
53	NC_004463	CGA	2	6	6293	6298	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
54	NC_004463	CGT	2	6	6380	6385	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375118
55	NC_004463	GAT	2	6	6390	6395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
56	NC_004463	GAT	2	6	6543	6548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
57	NC_004463	CGC	2	6	6602	6607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
58	NC_004463	GCG	2	6	6658	6663	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375118
59	NC_004463	GCG	2	6	6799	6804	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375118
60	NC_004463	TGA	2	6	6839	6844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
61	NC_004463	CTC	2	6	6897	6902	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375118
62	NC_004463	CGA	2	6	6933	6938	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
63	NC_004463	GCA	2	6	6942	6947	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
64	NC_004463	CTC	2	6	6960	6965	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375118
65	NC_004463	GAT	2	6	6971	6976	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
66	NC_004463	GAC	2	6	7158	7163	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
67	NC_004463	TCG	2	6	7225	7230	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375118
68	NC_004463	CTC	2	6	7305	7310	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375118
69	NC_004463	TGG	2	6	7321	7326	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375118
70	NC_004463	CCG	3	9	7340	7348	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
71	NC_004463	GAT	2	6	7413	7418	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375118
72	NC_004463	CGC	2	6	7430	7435	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
73	NC_004463	GCC	3	9	7485	7493	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
74	NC_004463	CGA	2	6	7529	7534	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
75	NC_004463	GCC	2	6	7596	7601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375118
76	NC_004463	CAT	2	6	7649	7654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375118
77	NC_004463	CAG	2	6	7776	7781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
78	NC_004463	GTC	2	6	7782	7787	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375118
79	NC_004463	GAC	2	6	8017	8022	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375118
80	NC_004463	CGA	2	6	8421	8426	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375119
81	NC_004463	GCG	2	6	8447	8452	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375119
82	NC_004463	CGA	2	6	8511	8516	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375119
83	NC_004463	CGG	2	6	8992	8997	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375120
84	NC_004463	GCG	3	9	9045	9053	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375120
85	NC_004463	CAA	2	6	9141	9146	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	27375120
86	NC_004463	TCA	2	6	9180	9185	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375120
87	NC_004463	CCG	2	6	9280	9285	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375120
88	NC_004463	CCT	2	6	9348	9353	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375120
89	NC_004463	TGC	2	6	9359	9364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375120
90	NC_004463	TTC	2	6	9592	9597	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	27375120
91	NC_004463	AGG	2	6	9643	9648	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	27375120
92	NC_004463	AAC	2	6	10351	10356	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	27375121
93	NC_004463	TCG	2	6	10466	10471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375121
94	NC_004463	CCG	2	6	10497	10502	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375121
95	NC_004463	CAG	2	6	10527	10532	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375121
96	NC_004463	GTG	2	6	10687	10692	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375121
97	NC_004463	TGT	2	6	10698	10703	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	27375121
98	NC_004463	GTC	2	6	10728	10733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375121
99	NC_004463	GCA	2	6	10737	10742	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375121
100	NC_004463	GAA	2	6	10876	10881	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375122
101	NC_004463	CCA	2	6	10888	10893	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	27375122
102	NC_004463	CCG	2	6	10915	10920	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375122
103	NC_004463	CGG	2	6	10964	10969	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375122
104	NC_004463	CGG	2	6	10971	10976	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375122
105	NC_004463	TGA	2	6	10979	10984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375122
106	NC_004463	CGC	2	6	11015	11020	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375122
107	NC_004463	GGT	2	6	11039	11044	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375122
108	NC_004463	AAG	2	6	11070	11075	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	27375122
109	NC_004463	GCG	2	6	11105	11110	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375122
110	NC_004463	CGT	2	6	11126	11131	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375122
111	NC_004463	TCA	2	6	11161	11166	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375122
112	NC_004463	CGA	3	9	11246	11254	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375122
113	NC_004463	TGG	2	6	11267	11272	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375122
114	NC_004463	GCT	2	6	11300	11305	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375122
115	NC_004463	CGC	2	6	11306	11311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375122
116	NC_004463	TCG	2	6	11424	11429	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375122
117	NC_004463	CGA	2	6	11443	11448	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375122
118	NC_004463	CTG	2	6	11474	11479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375122
119	NC_004463	AGG	2	6	11645	11650	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	27375123
120	NC_004463	GCC	2	6	11763	11768	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375123
121	NC_004463	ACC	2	6	11946	11951	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	27375123
122	NC_004463	CTC	2	6	12367	12372	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375124
123	NC_004463	TTG	2	6	12406	12411	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	27375124
124	NC_004463	GCG	2	6	12425	12430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375124
125	NC_004463	GTT	2	6	12482	12487	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	27375124
126	NC_004463	ATC	2	6	12603	12608	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375124
127	NC_004463	TCA	2	6	12616	12621	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375124
128	NC_004463	CGA	2	6	12644	12649	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375124
129	NC_004463	GGC	2	6	12678	12683	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375124
130	NC_004463	GAG	2	6	12704	12709	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	27375124
131	NC_004463	CGG	2	6	12731	12736	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	27375124
132	NC_004463	CAT	2	6	12783	12788	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375124
133	NC_004463	CGC	2	6	12789	12794	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375124
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135	NC_004463	GTG	2	6	13480	13485	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375125
136	NC_004463	CGA	2	6	13570	13575	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375125
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138	NC_004463	TGG	2	6	13628	13633	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	27375125
139	NC_004463	GCC	2	6	13683	13688	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375125
140	NC_004463	GTT	2	6	13700	13705	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	27375125
141	NC_004463	CGA	2	6	13735	13740	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375125
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144	NC_004463	TGA	2	6	14033	14038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375126
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147	NC_004463	TCC	2	6	14115	14120	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	27375127
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150	NC_004463	GTC	2	6	14283	14288	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375127
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155	NC_004463	GCC	2	6	14895	14900	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375128
156	NC_004463	CTG	2	6	15024	15029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375128
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162	NC_004463	CGC	2	6	15248	15253	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	27375129
163	NC_004463	TGA	2	6	15267	15272	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375129
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250	NC_004463	CGT	2	6	22852	22857	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375134
251	NC_004463	CAA	3	9	22973	22981	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	27375134
252	NC_004463	CAG	2	6	23055	23060	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375134
253	NC_004463	TCG	2	6	23669	23674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375135
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255	NC_004463	CGA	2	6	23936	23941	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	27375135
256	NC_004463	AGT	2	6	24748	24753	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	27375136
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260	NC_004463	CGT	2	6	24963	24968	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	27375136
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262	NC_004463	CAT	2	6	25095	25100	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	27375136
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275	NC_004463	TTC	2	6	25914	25919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	27375136
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