MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Bifidobacterium longum DJO10A plasmid pDOJH10L

Total Repeats: 138

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_004252	CTG	2	6	1847	1852	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307855
2	NC_004252	ACC	2	6	1922	1927	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	23307855
3	NC_004252	CGGG	2	8	1935	1942	0 %	0 %	75 %	25 %	23307855
4	NC_004252	TGG	2	6	2001	2006	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	23307855
5	NC_004252	TGC	2	6	2010	2015	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307855
6	NC_004252	CGAG	2	8	2019	2026	25 %	0 %	50 %	25 %	23307855
7	NC_004252	ATT	2	6	2034	2039	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	23307855
8	NC_004252	GCTGG	2	10	2082	2091	0 %	20 %	60 %	20 %	23307855
9	NC_004252	CAAT	2	8	2202	2209	50 %	25 %	0 %	25 %	23307855
10	NC_004252	TACA	2	8	2215	2222	50 %	25 %	0 %	25 %	23307855
11	NC_004252	CGG	2	6	2425	2430	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307856
12	NC_004252	TCC	2	6	2451	2456	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	23307856
13	NC_004252	CGTT	2	8	2490	2497	0 %	50 %	25 %	25 %	23307856
14	NC_004252	GGC	2	6	2589	2594	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307856
15	NC_004252	GC	3	6	2659	2664	0 %	0 %	50 %	50 %	23307856
16	NC_004252	GGC	2	6	2677	2682	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307856
17	NC_004252	GCC	2	6	2722	2727	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307856
18	NC_004252	GAG	2	6	2750	2755	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	23307856
19	NC_004252	GCC	2	6	2804	2809	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307856
20	NC_004252	TGG	2	6	2848	2853	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	23307856
21	NC_004252	GTT	2	6	2981	2986	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	23307856
22	NC_004252	TCT	2	6	3031	3036	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	23307856
23	NC_004252	GCCG	2	8	3070	3077	0 %	0 %	50 %	50 %	23307856
24	NC_004252	CGC	2	6	3110	3115	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307856
25	NC_004252	CGA	2	6	3151	3156	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307856
26	NC_004252	CGTC	2	8	3177	3184	0 %	25 %	25 %	50 %	23307856
27	NC_004252	TCC	2	6	3249	3254	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	23307856
28	NC_004252	TCT	2	6	3307	3312	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	23307856
29	NC_004252	GC	3	6	3391	3396	0 %	0 %	50 %	50 %	23307856
30	NC_004252	GCA	2	6	3403	3408	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307856
31	NC_004252	TCG	2	6	3471	3476	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307856
32	NC_004252	GCC	2	6	3585	3590	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307857
33	NC_004252	GAGG	2	8	3597	3604	25 %	0 %	75 %	0 %	23307857
34	NC_004252	CGA	2	6	3605	3610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307857
35	NC_004252	CGCC	2	8	3629	3636	0 %	0 %	25 %	75 %	23307857
36	NC_004252	TGG	2	6	3655	3660	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	23307857
37	NC_004252	GAC	3	9	3831	3839	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307857
38	NC_004252	ACG	2	6	3850	3855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307857
39	NC_004252	CGGA	2	8	3859	3866	25 %	0 %	50 %	25 %	23307857
40	NC_004252	GCC	2	6	3872	3877	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307857
41	NC_004252	ACG	2	6	4481	4486	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307858
42	NC_004252	TCA	2	6	4491	4496	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	23307858
43	NC_004252	CAT	2	6	4501	4506	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	23307858
44	NC_004252	CCG	2	6	4528	4533	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307858
45	NC_004252	TCG	2	6	4572	4577	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307858
46	NC_004252	GAT	2	6	4651	4656	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	23307858
47	NC_004252	TCG	2	6	4709	4714	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307858
48	NC_004252	GTGG	2	8	4748	4755	0 %	25 %	75 %	0 %	23307858
49	NC_004252	ACT	2	6	4791	4796	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	23307858
50	NC_004252	AAC	2	6	4820	4825	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	23307858
51	NC_004252	CCA	2	6	4863	4868	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	23307858
52	NC_004252	TGG	2	6	5036	5041	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	23307858
53	NC_004252	CTA	2	6	5053	5058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	23307858
54	NC_004252	AGC	2	6	5091	5096	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307858
55	NC_004252	GAA	2	6	5128	5133	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	23307858
56	NC_004252	AAG	2	6	5150	5155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	23307858
57	NC_004252	GGAA	2	8	5204	5211	50 %	0 %	50 %	0 %	23307858
58	NC_004252	GAG	2	6	5303	5308	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	23307858
59	NC_004252	CGG	2	6	5373	5378	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307858
60	NC_004252	CG	3	6	5437	5442	0 %	0 %	50 %	50 %	23307858
61	NC_004252	GTT	2	6	5739	5744	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	23307859
62	NC_004252	TTCTCG	2	12	5789	5800	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	23307859
63	NC_004252	GTCGTG	2	12	5863	5874	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	23307859
64	NC_004252	TGG	2	6	5883	5888	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	23307859
65	NC_004252	GCA	2	6	6006	6011	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307859
66	NC_004252	CG	3	6	6048	6053	0 %	0 %	50 %	50 %	23307859
67	NC_004252	GGC	2	6	6055	6060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307859
68	NC_004252	GAT	2	6	6073	6078	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	23307859
69	NC_004252	GGC	2	6	6085	6090	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307859
70	NC_004252	CTC	2	6	6097	6102	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	23307859
71	NC_004252	CTC	2	6	6113	6118	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	23307859
72	NC_004252	CAC	2	6	6119	6124	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	23307859
73	NC_004252	GGC	2	6	6210	6215	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307859
74	NC_004252	GC	3	6	6214	6219	0 %	0 %	50 %	50 %	23307859
75	NC_004252	GCT	2	6	6713	6718	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307860
76	NC_004252	GCC	2	6	6732	6737	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307860
77	NC_004252	CGA	2	6	6763	6768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307860
78	NC_004252	TTG	2	6	6786	6791	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	23307860
79	NC_004252	CCCT	2	8	6792	6799	0 %	25 %	0 %	75 %	23307860
80	NC_004252	CTC	2	6	6860	6865	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	23307860
81	NC_004252	CG	3	6	6898	6903	0 %	0 %	50 %	50 %	23307860
82	NC_004252	CCA	2	6	6910	6915	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	23307860
83	NC_004252	TCT	2	6	6919	6924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	23307860
84	NC_004252	GGCC	2	8	6926	6933	0 %	0 %	50 %	50 %	23307860
85	NC_004252	CCGT	2	8	6937	6944	0 %	25 %	25 %	50 %	23307860
86	NC_004252	CGG	2	6	6979	6984	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307860
87	NC_004252	CGGC	2	8	6997	7004	0 %	0 %	50 %	50 %	23307860
88	NC_004252	GC	3	6	7003	7008	0 %	0 %	50 %	50 %	23307860
89	NC_004252	GCA	2	6	7015	7020	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307860
90	NC_004252	GCA	2	6	7033	7038	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307860
91	NC_004252	CGC	2	6	7069	7074	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307860
92	NC_004252	CGTGGC	2	12	7115	7126	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	23307860
93	NC_004252	CG	3	6	7139	7144	0 %	0 %	50 %	50 %	23307860
94	NC_004252	AGGC	2	8	7510	7517	25 %	0 %	50 %	25 %	23307861
95	NC_004252	GGCGC	2	10	7548	7557	0 %	0 %	60 %	40 %	23307861
96	NC_004252	GAACGC	2	12	7561	7572	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307861
97	NC_004252	GCC	2	6	7621	7626	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307861
98	NC_004252	GAGG	2	8	7633	7640	25 %	0 %	75 %	0 %	23307861
99	NC_004252	CGA	2	6	7641	7646	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307861
100	NC_004252	CGCC	2	8	7665	7672	0 %	0 %	25 %	75 %	23307861
101	NC_004252	TGG	2	6	7691	7696	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	23307861
102	NC_004252	ACC	2	6	7753	7758	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	23307861
103	NC_004252	GAC	2	6	7888	7893	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307861
104	NC_004252	CAA	2	6	8313	8318	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	23307862
105	NC_004252	GAA	2	6	8328	8333	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	23307862
106	NC_004252	GAG	2	6	8419	8424	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	23307862
107	NC_004252	GAA	2	6	8448	8453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	23307862
108	NC_004252	CAA	2	6	8460	8465	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	23307862
109	NC_004252	CG	3	6	8496	8501	0 %	0 %	50 %	50 %	23307862
110	NC_004252	CTG	2	6	8503	8508	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307862
111	NC_004252	ATC	2	6	8542	8547	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	23307862
112	NC_004252	AGG	2	6	8585	8590	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	23307862
113	NC_004252	GAG	2	6	8614	8619	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	23307862
114	NC_004252	CCAG	2	8	8645	8652	25 %	0 %	25 %	50 %	23307862
115	NC_004252	CGA	2	6	8763	8768	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307862
116	NC_004252	GA	3	6	8814	8819	50 %	0 %	50 %	0 %	23307862
117	NC_004252	CAA	2	6	8823	8828	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	23307862
118	NC_004252	GAG	2	6	8851	8856	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	23307862
119	NC_004252	GGA	2	6	8985	8990	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	23307862
120	NC_004252	CG	3	6	9063	9068	0 %	0 %	50 %	50 %	23307862
121	NC_004252	CG	3	6	9123	9128	0 %	0 %	50 %	50 %	23307862
122	NC_004252	CAT	2	6	9139	9144	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	23307862
123	NC_004252	GAG	2	6	9388	9393	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	23307863
124	NC_004252	AGC	2	6	9422	9427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307863
125	NC_004252	GC	3	6	9433	9438	0 %	0 %	50 %	50 %	23307863
126	NC_004252	GC	3	6	9472	9477	0 %	0 %	50 %	50 %	23307863
127	NC_004252	GCG	2	6	9480	9485	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307863
128	NC_004252	ATC	2	6	9496	9501	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	23307863
129	NC_004252	GGC	2	6	9508	9513	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307863
130	NC_004252	ACG	2	6	9542	9547	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307863
131	NC_004252	ACG	2	6	9560	9565	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307863
132	NC_004252	GCT	2	6	9582	9587	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307863
133	NC_004252	GCC	2	6	9607	9612	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	23307863
134	NC_004252	GC	3	6	9618	9623	0 %	0 %	50 %	50 %	23307863
135	NC_004252	CGG	2	6	9665	9670	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	23307863
136	NC_004252	TGC	2	6	9674	9679	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	23307863
137	NC_004252	AGC	2	6	9722	9727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307863
138	NC_004252	GCA	3	9	9771	9779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	23307863

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.