MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Borrelia burgdorferi JD1 plasmid JD1 cp32-1+5

Total Repeats: 188

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017394	ATTT	3	12	573	584	25 %	75 %	0 %	0 %	387825485
2	NC_017394	ATTA	2	8	944	951	50 %	50 %	0 %	0 %	387825485
3	NC_017394	GTTC	2	8	1677	1684	0 %	50 %	25 %	25 %	387825486
4	NC_017394	AATT	2	8	1893	1900	50 %	50 %	0 %	0 %	387825486
5	NC_017394	ATAC	2	8	1928	1935	50 %	25 %	0 %	25 %	387825486
6	NC_017394	AAGA	2	8	2379	2386	75 %	0 %	25 %	0 %	387825487
7	NC_017394	ATTT	2	8	2515	2522	25 %	75 %	0 %	0 %	387825487
8	NC_017394	TGCT	2	8	2527	2534	0 %	50 %	25 %	25 %	387825487
9	NC_017394	ATGT	2	8	2989	2996	25 %	50 %	25 %	0 %	387825487
10	NC_017394	GTAT	2	8	3014	3021	25 %	50 %	25 %	0 %	387825487
11	NC_017394	ATAA	2	8	3096	3103	75 %	25 %	0 %	0 %	387825487
12	NC_017394	TAAT	2	8	3145	3152	50 %	50 %	0 %	0 %	387825487
13	NC_017394	CAAT	2	8	3178	3185	50 %	25 %	0 %	25 %	387825487
14	NC_017394	TTTA	2	8	3869	3876	25 %	75 %	0 %	0 %	387825488
15	NC_017394	GTAA	2	8	3907	3914	50 %	25 %	25 %	0 %	387825488
16	NC_017394	TCAT	2	8	4821	4828	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
17	NC_017394	TTAC	2	8	5129	5136	25 %	50 %	0 %	25 %	387825489
18	NC_017394	AATG	2	8	5376	5383	50 %	25 %	25 %	0 %	387825489
19	NC_017394	AAGT	2	8	6041	6048	50 %	25 %	25 %	0 %	387825491
20	NC_017394	GAAA	2	8	6896	6903	75 %	0 %	25 %	0 %	387825493
21	NC_017394	AGAA	2	8	7196	7203	75 %	0 %	25 %	0 %	387825493
22	NC_017394	GCTG	2	8	7310	7317	0 %	25 %	50 %	25 %	387825493
23	NC_017394	AGGG	2	8	8237	8244	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
24	NC_017394	ATTT	2	8	8473	8480	25 %	75 %	0 %	0 %	387825495
25	NC_017394	CTTG	2	8	8775	8782	0 %	50 %	25 %	25 %	387825496
26	NC_017394	AATT	2	8	8921	8928	50 %	50 %	0 %	0 %	387825496
27	NC_017394	GTAA	2	8	9401	9408	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017394	GAAA	2	8	9576	9583	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_017394	GGTA	2	8	9802	9809	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
30	NC_017394	TTGA	2	8	10237	10244	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017394	CTTT	2	8	10629	10636	0 %	75 %	0 %	25 %	387825497
32	NC_017394	GGCA	2	8	11294	11301	25 %	0 %	50 %	25 %	387825498
33	NC_017394	TCAA	2	8	12099	12106	50 %	25 %	0 %	25 %	387825499
34	NC_017394	AATT	2	8	12372	12379	50 %	50 %	0 %	0 %	387825499
35	NC_017394	GTTT	2	8	12392	12399	0 %	75 %	25 %	0 %	387825499
36	NC_017394	TATT	2	8	12585	12592	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017394	TAAA	2	8	12675	12682	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017394	TAAT	2	8	12933	12940	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017394	AAAC	2	8	13511	13518	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
40	NC_017394	TCTA	2	8	14130	14137	25 %	50 %	0 %	25 %	387825500
41	NC_017394	TCAA	2	8	15084	15091	50 %	25 %	0 %	25 %	387825502
42	NC_017394	AGGA	2	8	15156	15163	50 %	0 %	50 %	0 %	387825502
43	NC_017394	CTAT	2	8	15168	15175	25 %	50 %	0 %	25 %	387825502
44	NC_017394	AATA	2	8	15184	15191	75 %	25 %	0 %	0 %	387825502
45	NC_017394	TAAC	2	8	15238	15245	50 %	25 %	0 %	25 %	387825503
46	NC_017394	TATT	2	8	16002	16009	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_017394	AGAT	2	8	16781	16788	50 %	25 %	25 %	0 %	387825506
48	NC_017394	TTGT	2	8	18287	18294	0 %	75 %	25 %	0 %	387825508
49	NC_017394	ATCA	2	8	19189	19196	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
50	NC_017394	ATTA	2	8	19304	19311	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017394	AAGA	3	12	19794	19805	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
52	NC_017394	AATA	2	8	19921	19928	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_017394	GAAA	2	8	19987	19994	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017394	AAAT	2	8	20074	20081	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017394	GAAA	2	8	20187	20194	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_017394	TTGA	2	8	20529	20536	25 %	50 %	25 %	0 %	387825509
57	NC_017394	AAAT	2	8	20761	20768	75 %	25 %	0 %	0 %	387825509
58	NC_017394	AACA	2	8	20882	20889	75 %	0 %	0 %	25 %	387825509
59	NC_017394	TTTA	2	8	20906	20913	25 %	75 %	0 %	0 %	387825509
60	NC_017394	TCAA	2	8	21026	21033	50 %	25 %	0 %	25 %	387825510
61	NC_017394	ATTA	2	8	21778	21785	50 %	50 %	0 %	0 %	387825511
62	NC_017394	AAAG	2	8	22217	22224	75 %	0 %	25 %	0 %	387825511
63	NC_017394	AGAT	2	8	22545	22552	50 %	25 %	25 %	0 %	387825512
64	NC_017394	ATAG	2	8	22829	22836	50 %	25 %	25 %	0 %	387825512
65	NC_017394	TATT	2	8	23268	23275	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017394	TATT	2	8	23421	23428	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017394	TATT	2	8	23636	23643	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017394	AAAT	2	8	24107	24114	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017394	AGAT	2	8	24902	24909	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017394	ATTA	2	8	25037	25044	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017394	AAAT	2	8	25624	25631	75 %	25 %	0 %	0 %	387825513
72	NC_017394	TTTA	2	8	25655	25662	25 %	75 %	0 %	0 %	387825513
73	NC_017394	ACCA	2	8	26008	26015	50 %	0 %	0 %	50 %	387825513
74	NC_017394	AATT	2	8	26057	26064	50 %	50 %	0 %	0 %	387825513
75	NC_017394	AAAT	2	8	26301	26308	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017394	TATT	2	8	26638	26645	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017394	GAAA	2	8	27086	27093	75 %	0 %	25 %	0 %	387825514
78	NC_017394	TAAA	2	8	27693	27700	75 %	25 %	0 %	0 %	387825515
79	NC_017394	ATTT	2	8	28170	28177	25 %	75 %	0 %	0 %	387825516
80	NC_017394	TAAG	2	8	28562	28569	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017394	TAAA	2	8	29093	29100	75 %	25 %	0 %	0 %	387825517
82	NC_017394	CAAG	2	8	29118	29125	50 %	0 %	25 %	25 %	387825517
83	NC_017394	CAAA	2	8	29298	29305	75 %	0 %	0 %	25 %	387825518
84	NC_017394	AAAT	2	8	29336	29343	75 %	25 %	0 %	0 %	387825518
85	NC_017394	AATT	2	8	29387	29394	50 %	50 %	0 %	0 %	387825518
86	NC_017394	TAGC	2	8	29494	29501	25 %	25 %	25 %	25 %	387825518
87	NC_017394	TGAT	2	8	29701	29708	25 %	50 %	25 %	0 %	387825518
88	NC_017394	AGCA	2	8	30062	30069	50 %	0 %	25 %	25 %	387825518
89	NC_017394	AAAT	2	8	30088	30095	75 %	25 %	0 %	0 %	387825518
90	NC_017394	ATTT	3	12	31211	31222	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017394	TTAA	2	8	31583	31590	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017394	TTGC	2	8	32250	32257	0 %	50 %	25 %	25 %	387825519
93	NC_017394	GTTC	2	8	32315	32322	0 %	50 %	25 %	25 %	387825519
94	NC_017394	TGCT	2	8	33168	33175	0 %	50 %	25 %	25 %	387825520
95	NC_017394	ATGT	2	8	33654	33661	25 %	50 %	25 %	0 %	387825521
96	NC_017394	GTAT	2	8	33679	33686	25 %	50 %	25 %	0 %	387825521
97	NC_017394	ATAA	2	8	33761	33768	75 %	25 %	0 %	0 %	387825521
98	NC_017394	CAAT	2	8	33843	33850	50 %	25 %	0 %	25 %	387825521
99	NC_017394	TTTA	2	8	34535	34542	25 %	75 %	0 %	0 %	387825522
100	NC_017394	GTAA	2	8	34573	34580	50 %	25 %	25 %	0 %	387825522
101	NC_017394	TCAT	2	8	35487	35494	25 %	50 %	0 %	25 %	387825523
102	NC_017394	TTAC	2	8	35795	35802	25 %	50 %	0 %	25 %	387825524
103	NC_017394	AATG	2	8	36042	36049	50 %	25 %	25 %	0 %	387825524
104	NC_017394	AAGT	2	8	36707	36714	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017394	GAAA	2	8	37562	37569	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017394	AGAA	2	8	37862	37869	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017394	GCTG	2	8	37976	37983	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017394	ATTT	2	8	39140	39147	25 %	75 %	0 %	0 %	387825528
109	NC_017394	CTTG	2	8	39442	39449	0 %	50 %	25 %	25 %	387825529
110	NC_017394	AATT	2	8	39588	39595	50 %	50 %	0 %	0 %	387825529
111	NC_017394	AACG	2	8	40173	40180	50 %	0 %	25 %	25 %	387825530
112	NC_017394	CAAG	2	8	40278	40285	50 %	0 %	25 %	25 %	387825530
113	NC_017394	TAAC	2	8	40705	40712	50 %	25 %	0 %	25 %	387825530
114	NC_017394	TGGT	2	8	40795	40802	0 %	50 %	50 %	0 %	387825530
115	NC_017394	AGAA	2	8	41041	41048	75 %	0 %	25 %	0 %	387825531
116	NC_017394	CTTT	2	8	41352	41359	0 %	75 %	0 %	25 %	387825531
117	NC_017394	AGTT	2	8	41546	41553	25 %	50 %	25 %	0 %	387825531
118	NC_017394	GGCA	2	8	42017	42024	25 %	0 %	50 %	25 %	387825532
119	NC_017394	TCAA	2	8	42823	42830	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
120	NC_017394	AATT	2	8	43095	43102	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017394	GTTT	2	8	43115	43122	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017394	TAAT	2	8	43656	43663	50 %	50 %	0 %	0 %	387825534
123	NC_017394	AAAC	2	8	44738	44745	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017394	AGAA	2	8	44808	44815	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017394	TAAT	2	8	45274	45281	50 %	50 %	0 %	0 %	387825535
126	NC_017394	AATA	2	8	46275	46282	75 %	25 %	0 %	0 %	387825537
127	NC_017394	TCAA	2	8	46310	46317	50 %	25 %	0 %	25 %	387825537
128	NC_017394	AGGA	2	8	46382	46389	50 %	0 %	50 %	0 %	387825537
129	NC_017394	CTAT	2	8	46394	46401	25 %	50 %	0 %	25 %	387825537
130	NC_017394	AATA	2	8	46410	46417	75 %	25 %	0 %	0 %	387825537
131	NC_017394	TAAC	2	8	46464	46471	50 %	25 %	0 %	25 %	387825538
132	NC_017394	AGAT	2	8	47427	47434	50 %	25 %	25 %	0 %	387825539
133	NC_017394	TTGT	2	8	47953	47960	0 %	75 %	25 %	0 %	387825540
134	NC_017394	CAAA	2	8	48008	48015	75 %	0 %	0 %	25 %	387825540
135	NC_017394	TTGT	2	8	48905	48912	0 %	75 %	25 %	0 %	387825541
136	NC_017394	GAAA	2	8	49799	49806	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
137	NC_017394	AAGA	3	12	50261	50272	75 %	0 %	25 %	0 %	387825542
138	NC_017394	AATA	2	8	50388	50395	75 %	25 %	0 %	0 %	387825542
139	NC_017394	GAAA	2	8	50454	50461	75 %	0 %	25 %	0 %	387825542
140	NC_017394	AAAT	2	8	50540	50547	75 %	25 %	0 %	0 %	387825542
141	NC_017394	GAAA	2	8	50653	50660	75 %	0 %	25 %	0 %	387825542
142	NC_017394	TTGA	2	8	50995	51002	25 %	50 %	25 %	0 %	387825543
143	NC_017394	AAAT	2	8	51227	51234	75 %	25 %	0 %	0 %	387825543
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.