MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Buchnera aphidicola str. Ua (Uroleucon ambrosiae) plasmid pTrp

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017260	ATTTA	2	10	122	131	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017260	GAAA	2	8	135	142	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017260	AT	3	6	148	153	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017260	AAT	2	6	167	172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_017260	TAAA	2	8	192	199	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_017260	A	7	7	197	203	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017260	TTA	2	6	236	241	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017260	A	8	8	257	264	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017260	CAAAA	2	10	265	274	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_017260	A	9	9	271	279	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_017260	ATA	6	18	284	301	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017260	AAAAT	2	10	302	311	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017260	TAT	2	6	312	317	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017260	T	6	6	320	325	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017260	T	7	7	327	333	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017260	ATTAT	2	10	352	361	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_017260	TAATAT	2	12	362	373	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017260	TAT	2	6	405	410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017260	TAAAAA	2	12	416	427	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017260	AATTTT	2	12	428	439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017260	A	9	9	499	507	100 %	0 %	0 %	0 %	384228025
22	NC_017260	TAT	2	6	530	535	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384228025
23	NC_017260	TAT	2	6	571	576	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384228025
24	NC_017260	CAG	2	6	583	588	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384228025
25	NC_017260	TAA	2	6	593	598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384228025
26	NC_017260	GAAAC	2	10	599	608	60 %	0 %	20 %	20 %	384228025
27	NC_017260	A	6	6	656	661	100 %	0 %	0 %	0 %	384228025
28	NC_017260	TC	4	8	682	689	0 %	50 %	0 %	50 %	384228025
29	NC_017260	AAT	2	6	753	758	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384228025
30	NC_017260	AATTT	2	10	768	777	40 %	60 %	0 %	0 %	384228025
31	NC_017260	TGA	2	6	800	805	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384228025
32	NC_017260	A	6	6	811	816	100 %	0 %	0 %	0 %	384228025
33	NC_017260	TATCAA	2	12	820	831	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	384228025
34	NC_017260	A	6	6	877	882	100 %	0 %	0 %	0 %	384228025
35	NC_017260	T	6	6	897	902	0 %	100 %	0 %	0 %	384228025
36	NC_017260	ATT	2	6	941	946	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384228025
37	NC_017260	AT	3	6	979	984	50 %	50 %	0 %	0 %	384228025
38	NC_017260	TTTA	2	8	988	995	25 %	75 %	0 %	0 %	384228025
39	NC_017260	TTA	2	6	1005	1010	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384228025
40	NC_017260	AAAC	2	8	1026	1033	75 %	0 %	0 %	25 %	384228025
41	NC_017260	CAAA	2	8	1121	1128	75 %	0 %	0 %	25 %	384228025
42	NC_017260	AAG	2	6	1174	1179	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384228025
43	NC_017260	ATCA	2	8	1217	1224	50 %	25 %	0 %	25 %	384228025
44	NC_017260	CAA	2	6	1227	1232	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384228025
45	NC_017260	ATTC	2	8	1241	1248	25 %	50 %	0 %	25 %	384228025
46	NC_017260	AGT	2	6	1268	1273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384228025
47	NC_017260	T	8	8	1287	1294	0 %	100 %	0 %	0 %	384228025
48	NC_017260	AAT	2	6	1338	1343	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384228025
49	NC_017260	T	6	6	1359	1364	0 %	100 %	0 %	0 %	384228025
50	NC_017260	ATT	2	6	1385	1390	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384228025
51	NC_017260	AAC	2	6	1422	1427	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	384228025
52	NC_017260	A	6	6	1484	1489	100 %	0 %	0 %	0 %	384228025
53	NC_017260	TAG	2	6	1514	1519	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	384228025
54	NC_017260	AATT	2	8	1786	1793	50 %	50 %	0 %	0 %	384228025
55	NC_017260	GGT	2	6	1827	1832	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384228025
56	NC_017260	TA	3	6	1893	1898	50 %	50 %	0 %	0 %	384228025
57	NC_017260	AGCAGG	2	12	1922	1933	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	384228025
58	NC_017260	AGA	2	6	1958	1963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384228025
59	NC_017260	ATA	2	6	2067	2072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	384228026
60	NC_017260	TGT	2	6	2125	2130	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	384228026
61	NC_017260	ATT	2	6	2159	2164	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	384228026
62	NC_017260	TTAA	2	8	2252	2259	50 %	50 %	0 %	0 %	384228026
63	NC_017260	AGA	2	6	2274	2279	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	384228026
64	NC_017260	TGG	2	6	2329	2334	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	384228026
65	NC_017260	ACG	2	6	2388	2393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	384228026
66	NC_017260	CTG	2	6	2577	2582	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	384228026
67	NC_017260	A	6	6	2643	2648	100 %	0 %	0 %	0 %	384228026
68	NC_017260	AT	3	6	2685	2690	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017260	TAA	2	6	2692	2697	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017260	AAT	2	6	2731	2736	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017260	T	6	6	2738	2743	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017260	AAT	2	6	2788	2793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_017260	TAA	2	6	2825	2830	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017260	TATGAA	2	12	2883	2894	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_017260	A	7	7	2893	2899	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017260	CTGA	2	8	2955	2962	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
77	NC_017260	AAAT	2	8	2966	2973	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_017260	ATG	2	6	2999	3004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017260	AT	3	6	3077	3082	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017260	TAT	3	9	3080	3088	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_017260	TTA	2	6	3132	3137	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017260	AAT	2	6	3175	3180	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_017260	ATC	2	6	3192	3197	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_017260	CA	4	8	3227	3234	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
85	NC_017260	TTAT	2	8	3242	3249	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017260	T	6	6	3249	3254	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017260	CA	3	6	3318	3323	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_017260	GCAT	2	8	3332	3339	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_017260	T	7	7	3418	3424	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017260	A	7	7	3434	3440	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_017260	AAACAA	2	12	3453	3464	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_017260	AGA	2	6	3472	3477	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
93	NC_017260	AAAC	2	8	3596	3603	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_017260	ATT	2	6	3608	3613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017260	ACA	2	6	3617	3622	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_017260	A	8	8	3681	3688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017260	AAC	2	6	3697	3702	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_017260	ATCA	2	8	3790	3797	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_017260	AAT	2	6	3801	3806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017260	ATTC	2	8	3814	3821	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
101	NC_017260	A	6	6	3822	3827	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_017260	T	6	6	3834	3839	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017260	T	6	6	3865	3870	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017260	T	6	6	3885	3890	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017260	T	8	8	3934	3941	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017260	ATT	2	6	3965	3970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_017260	TCC	2	6	3981	3986	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
108	NC_017260	T	7	7	3991	3997	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017260	A	6	6	4069	4074	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_017260	GTA	2	6	4083	4088	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_017260	TAG	2	6	4106	4111	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017260	A	6	6	4139	4144	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017260	AATT	2	8	4380	4387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_017260	G	10	10	4410	4419	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017260	GGT	2	6	4426	4431	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017260	TA	3	6	4492	4497	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_017260	AGCAGG	2	12	4521	4532	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_017260	AGA	2	6	4557	4562	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017260	ACA	2	6	4624	4629	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017260	T	6	6	4634	4639	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_017260	ATTTTA	2	12	4653	4664	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017260	TGT	2	6	4724	4729	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017260	ATT	2	6	4758	4763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_017260	CATG	2	8	4767	4774	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
125	NC_017260	TTAAA	2	10	4778	4787	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_017260	TTAA	2	8	4853	4860	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017260	AGA	2	6	4875	4880	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.