MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Brachyspira murdochii DSM 12563 chromosome

Total Repeats: 2213

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_014150	TTTAAT	2	12	5993	6004	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125064
2	NC_014150	TAAAAT	2	12	6108	6119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296125064
3	NC_014150	GAAAAA	2	12	6299	6310	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	296125064
4	NC_014150	ATAGAG	2	12	7076	7087	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	296125065
5	NC_014150	ATTTAT	2	12	8364	8375	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125067
6	NC_014150	TTAAAA	2	12	8505	8516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296125067
7	NC_014150	TATAGA	2	12	9443	9454	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125068
8	NC_014150	TCTTCA	2	12	14156	14167	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	296125071
9	NC_014150	TTATTC	2	12	14280	14291	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125071
10	NC_014150	GTTTTG	2	12	16141	16152	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296125073
11	NC_014150	AAAAGG	2	12	16421	16432	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	296125073
12	NC_014150	ATTTAT	2	12	16586	16597	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125073
13	NC_014150	TTTGAT	2	12	17652	17663	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_014150	TAAGAA	2	12	22423	22434	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125078
15	NC_014150	TATAAA	2	12	22475	22486	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_014150	AAGGTA	2	12	23534	23545	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	296125080
17	NC_014150	AAGCGG	2	12	25337	25348	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	296125081
18	NC_014150	AAAAAC	2	12	26822	26833	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	296125081
19	NC_014150	GGTATC	2	12	28949	28960	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	296125082
20	NC_014150	TTGCTA	2	12	29581	29592	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	296125082
21	NC_014150	TAATGA	2	12	29654	29665	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125082
22	NC_014150	GAAAAA	2	12	31009	31020	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	296125083
23	NC_014150	TAGTTC	2	12	31077	31088	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	296125083
24	NC_014150	TAAAGA	2	12	32869	32880	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125086
25	NC_014150	TAAAAA	2	12	32954	32965	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	296125087
26	NC_014150	TTTATT	2	12	35366	35377	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_014150	TTCTAA	2	12	35649	35660	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	296125091
28	NC_014150	TAGTTT	2	12	35891	35902	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	296125091
29	NC_014150	TATATT	2	12	36811	36822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125092
30	NC_014150	AAAGAT	2	12	41367	41378	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125094
31	NC_014150	TAAGAC	2	12	52219	52230	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	296125102
32	NC_014150	GATATT	2	12	52590	52601	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	296125102
33	NC_014150	TAATGA	2	12	53144	53155	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125102
34	NC_014150	TGATTT	2	12	55199	55210	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	296125104
35	NC_014150	AAAGAT	2	12	55383	55394	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125104
36	NC_014150	GAATAA	2	12	56221	56232	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125105
37	NC_014150	ATCTTC	2	12	60223	60234	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	296125109
38	NC_014150	CAGGAA	2	12	65247	65258	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	296125111
39	NC_014150	TTTTTA	2	12	65549	65560	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	296125112
40	NC_014150	TCTATA	2	12	67284	67295	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	296125112
41	NC_014150	TCTTTA	2	12	67542	67553	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125113
42	NC_014150	TGAAAA	2	12	68683	68694	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125114
43	NC_014150	TAAAAA	2	12	70004	70015	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_014150	GCTGGG	2	12	70575	70586	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	296125115
45	NC_014150	TAAAAA	2	12	70780	70791	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	296125115
46	NC_014150	TAAATA	2	12	73187	73198	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296125117
47	NC_014150	GAAAAA	2	12	73468	73479	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	296125117
48	NC_014150	GTATTA	2	12	74942	74953	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	296125118
49	NC_014150	GCTATA	2	12	76346	76357	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	296125120
50	NC_014150	AGTTAC	2	12	77872	77883	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	296125121
51	NC_014150	AAGTTA	2	12	78171	78182	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125121
52	NC_014150	TAGTTT	2	12	78544	78555	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	296125122
53	NC_014150	TTGCTG	2	12	79009	79020	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	296125122
54	NC_014150	CTTTTT	2	12	79846	79857	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_014150	TAATAT	2	12	84008	84019	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_014150	TTTTTA	2	12	84489	84500	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	296125127
57	NC_014150	ATATCA	2	12	85754	85765	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125128
58	NC_014150	AATAAA	2	12	85939	85950	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	296125128
59	NC_014150	TTTATC	2	12	86293	86304	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125128
60	NC_014150	GGCACA	2	12	89077	89088	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_014150	GAAGTA	2	12	89754	89765	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	296125131
62	NC_014150	TCTTTT	2	12	90934	90945	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	296125131
63	NC_014150	TTTTGC	2	12	92855	92866	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	296125132
64	NC_014150	ATGATA	2	12	94608	94619	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125133
65	NC_014150	TAAATT	2	12	94933	94944	50 %	50 %	0 %	0 %	296125133
66	NC_014150	TATAGG	2	12	96428	96439	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296125134
67	NC_014150	GATTTT	2	12	98087	98098	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	296125135
68	NC_014150	TTTATT	2	12	99001	99012	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_014150	TTTGCT	2	12	99962	99973	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	296125137
70	NC_014150	CTTTTG	2	12	100968	100979	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	296125138
71	NC_014150	AAATAG	2	12	101402	101413	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125139
72	NC_014150	TATTTA	2	12	102593	102604	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125140
73	NC_014150	ACCTAT	2	12	103102	103113	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296125140
74	NC_014150	TTCTGT	2	12	105314	105325	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	296125142
75	NC_014150	CATTTC	2	12	105366	105377	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	296125142
76	NC_014150	ACTTGC	2	12	105504	105515	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	296125142
77	NC_014150	TTTGGT	2	12	105758	105769	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	296125142
78	NC_014150	TTTTCA	2	12	107222	107233	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125143
79	NC_014150	TTATAA	2	12	115809	115820	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_014150	TAAAAT	2	12	115826	115837	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_014150	ATTCCC	2	12	115989	116000	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	296125152
82	NC_014150	CTAAAG	2	12	119491	119502	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	296125154
83	NC_014150	TAAAGA	2	12	120989	121000	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125156
84	NC_014150	TAAAGA	2	12	121907	121918	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_014150	TATTTT	2	12	122046	122057	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	296125157
86	NC_014150	GTATAA	2	12	122350	122361	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125157
87	NC_014150	ATTTTC	2	12	124219	124230	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125158
88	NC_014150	TAATTT	2	12	126476	126487	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_014150	TTTTAA	2	12	127793	127804	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125160
90	NC_014150	AATATA	2	12	128768	128779	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296125161
91	NC_014150	TATAAC	2	12	129527	129538	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125162
92	NC_014150	ATGATA	2	12	130324	130335	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125163
93	NC_014150	ATTAGT	2	12	133166	133177	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	296125165
94	NC_014150	ATAAAT	2	12	134448	134459	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296125167
95	NC_014150	TTAATT	2	12	136603	136614	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_014150	CAGCCC	2	12	136959	136970	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	296125169
97	NC_014150	GCATTT	2	12	143458	143469	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_014150	TGATAA	2	12	144219	144230	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125173
99	NC_014150	TTTCTA	2	12	145722	145733	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125174
100	NC_014150	TATATT	2	12	146329	146340	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125174
101	NC_014150	TTAGTA	2	12	146966	146977	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	296125174
102	NC_014150	AACAAA	2	12	147265	147276	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	296125174
103	NC_014150	TATCTC	2	12	148091	148102	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	296125175
104	NC_014150	TCTTTA	2	12	149395	149406	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125176
105	NC_014150	AGCATA	2	12	150460	150471	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	296125177
106	NC_014150	TAACAA	2	12	152281	152292	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	296125178
107	NC_014150	ATTTTC	2	12	152294	152305	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125178
108	NC_014150	CTTTTA	2	12	152709	152720	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125179
109	NC_014150	TAGTTA	2	12	152768	152779	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	296125179
110	NC_014150	ATTTAA	2	12	153040	153051	50 %	50 %	0 %	0 %	296125179
111	NC_014150	TTTTCT	2	12	153317	153328	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	296125179
112	NC_014150	TTTAGC	2	12	154877	154888	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	296125180
113	NC_014150	TATCTA	2	12	155816	155827	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	296125181
114	NC_014150	ATTATA	2	12	156842	156853	50 %	50 %	0 %	0 %	296125182
115	NC_014150	TCTACA	2	12	158483	158494	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	296125183
116	NC_014150	ATTTTT	2	12	159914	159925	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	296125184
117	NC_014150	GAAAAA	2	12	164166	164177	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	296125188
118	NC_014150	CTAGAA	2	12	164632	164643	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	296125188
119	NC_014150	CTATAA	2	12	164803	164814	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125188
120	NC_014150	CTCATG	2	12	165545	165556	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	296125189
121	NC_014150	AAATGA	2	12	165858	165869	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125189
122	NC_014150	AAATCT	2	12	168793	168804	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125191
123	NC_014150	AAATAA	2	12	169963	169974	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	296125192
124	NC_014150	TAAAGA	2	12	170299	170310	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125193
125	NC_014150	TATTGA	2	12	170848	170859	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	296125193
126	NC_014150	ATTTAA	2	12	173274	173285	50 %	50 %	0 %	0 %	296125194
127	NC_014150	TAGAAA	2	12	173745	173756	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125194
128	NC_014150	TGAAAA	2	12	174752	174763	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125195
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132	NC_014150	TGCCTT	2	12	178245	178256	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	296125197
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140	NC_014150	CAGAAG	2	12	187035	187046	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	296125201
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143	NC_014150	AAGCAT	2	12	192129	192140	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	296125204
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148	NC_014150	TGCTCT	2	12	207238	207249	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	296125204
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150	NC_014150	ATTGCA	2	12	212303	212314	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_014150	ATTTTG	2	12	213370	213381	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	296125205
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159	NC_014150	TATAAT	2	12	227567	227578	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_014150	AATATT	2	12	227732	227743	50 %	50 %	0 %	0 %	296125218
161	NC_014150	TAAAAA	2	12	232241	232252	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_014150	AATACA	2	12	232685	232696	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	296125222
163	NC_014150	TTAATA	2	12	236423	236434	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_014150	TTTTCT	2	12	237788	237799	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	296125228
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174	NC_014150	TAATGC	2	12	247330	247341	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	296125236
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194	NC_014150	TTTTAT	2	12	282164	282175	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_014150	CAGTAG	2	12	283570	283581	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	296125258
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218	NC_014150	TGATTA	2	12	309886	309897	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	296125282
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221	NC_014150	TTTAAT	2	12	313373	313384	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125285
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226	NC_014150	TATCAA	2	12	321026	321037	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125291
227	NC_014150	GGAGTT	2	12	321472	321483	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	296125291
228	NC_014150	AAAGAA	2	12	324282	324293	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	296125295
229	NC_014150	TAGTCA	2	12	330797	330808	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	296125302
230	NC_014150	TTTATT	2	12	330855	330866	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	296125302
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232	NC_014150	TAAAAT	2	12	331745	331756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
233	NC_014150	TATAAA	2	12	332126	332137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296125304
234	NC_014150	ATTTTA	2	12	333838	333849	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125304
235	NC_014150	CTAATA	2	12	335281	335292	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
236	NC_014150	AATTAA	2	12	336397	336408	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296125306
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238	NC_014150	ATGTTG	2	12	339835	339846	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	296125309
239	NC_014150	TTTAGG	2	12	339995	340006	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	296125309
240	NC_014150	ATAGGT	2	12	344463	344474	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	296125313
241	NC_014150	ATTTTT	2	12	347718	347729	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	296125317
242	NC_014150	TCATAA	2	12	350318	350329	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125319
243	NC_014150	TATCTT	2	12	351968	351979	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125320
244	NC_014150	ATTTTA	2	12	352482	352493	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125321
245	NC_014150	ATAGCT	2	12	353308	353319	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	296125323
246	NC_014150	CATTAG	2	12	353864	353875	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	296125323
247	NC_014150	ATATTA	2	12	354566	354577	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
248	NC_014150	CATTAA	2	12	355522	355533	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125324
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250	NC_014150	ACGCTG	2	12	359004	359015	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	296125328
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256	NC_014150	TATCTG	2	12	370010	370021	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	296125336
257	NC_014150	TCTGAT	2	12	370192	370203	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	296125336
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260	NC_014150	ATACCA	2	12	373088	373099	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	296125338
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270	NC_014150	TTTGTT	2	12	384035	384046	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
271	NC_014150	CAATAT	2	12	391607	391618	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125351
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276	NC_014150	AATATT	2	12	401266	401277	50 %	50 %	0 %	0 %	296125360
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278	NC_014150	TTTTAT	2	12	403280	403291	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
279	NC_014150	TATTTT	2	12	403296	403307	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
280	NC_014150	ATGAAA	2	12	403668	403679	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125363
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299	NC_014150	ATTTTC	2	12	428269	428280	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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345	NC_014150	CTGTAT	2	12	507445	507456	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	296125455
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347	NC_014150	TTTAAT	2	12	513172	513183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	296125460
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349	NC_014150	TAAATA	2	12	514234	514245	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	296125461
350	NC_014150	TATAAG	2	12	514367	514378	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125461
351	NC_014150	TATACA	2	12	515523	515534	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125462
352	NC_014150	GTATTT	2	12	515630	515641	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	296125462
353	NC_014150	ATATTA	2	12	516983	516994	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
354	NC_014150	TCTAAT	2	12	517972	517983	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	296125464
355	NC_014150	CTTTAG	2	12	520285	520296	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	296125466
356	NC_014150	CAATAT	2	12	522011	522022	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	296125468
357	NC_014150	TTTCTA	2	12	522416	522427	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	296125468
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364	NC_014150	AGAATA	2	12	532281	532292	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	296125474
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461	NC_014150	ATAGAT	2	12	693743	693754	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	296125621
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467	NC_014150	TAAAAA	2	12	706778	706789	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
468	NC_014150	CAAATA	2	12	710417	710428	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	296125635
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474	NC_014150	AAATAT	2	12	720910	720921	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
475	NC_014150	CTTCAT	2	12	723622	723633	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	296125646
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499	NC_014150	TTATAA	2	12	755426	755437	50 %	50 %	0 %	0 %	296125673
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