MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Burkholderia glumae BGR1 plasmid bglu_4p

Total Repeats: 118

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012725	AGCTG	2	10	648	657	20 %	20 %	40 %	20 %	238028978
2	NC_012725	GGGAA	2	10	949	958	40 %	0 %	60 %	0 %	238028979
3	NC_012725	ACGGC	2	10	1611	1620	20 %	0 %	40 %	40 %	238028979
4	NC_012725	CATCG	2	10	2230	2239	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_012725	AAAGC	2	10	2661	2670	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_012725	TCGGG	2	10	3745	3754	0 %	20 %	60 %	20 %	238028980
7	NC_012725	AGGGG	2	10	4918	4927	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
8	NC_012725	CAGCA	2	10	5696	5705	40 %	0 %	20 %	40 %	238028982
9	NC_012725	GCAAC	2	10	6234	6243	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
10	NC_012725	CGGCG	2	10	6833	6842	0 %	0 %	60 %	40 %	238028983
11	NC_012725	GTGCG	2	10	9395	9404	0 %	20 %	60 %	20 %	238028985
12	NC_012725	CCCGT	2	10	9554	9563	0 %	20 %	20 %	60 %	238028985
13	NC_012725	CGAGG	2	10	11348	11357	20 %	0 %	60 %	20 %	238028987
14	NC_012725	ATGCG	2	10	12224	12233	20 %	20 %	40 %	20 %	238028987
15	NC_012725	CGTTC	2	10	15083	15092	0 %	40 %	20 %	40 %	238028987
16	NC_012725	GCCGC	2	10	15692	15701	0 %	0 %	40 %	60 %	238028988
17	NC_012725	GGGGT	2	10	15975	15984	0 %	20 %	80 %	0 %	238028989
18	NC_012725	GGCGA	2	10	16723	16732	20 %	0 %	60 %	20 %	238028990
19	NC_012725	AGCGC	2	10	19054	19063	20 %	0 %	40 %	40 %	238028993
20	NC_012725	AACGA	2	10	22289	22298	60 %	0 %	20 %	20 %	238028997
21	NC_012725	CTCAC	2	10	22514	22523	20 %	20 %	0 %	60 %	238028997
22	NC_012725	CCGGG	2	10	24793	24802	0 %	0 %	60 %	40 %	238028997
23	NC_012725	CATCG	2	10	26754	26763	20 %	20 %	20 %	40 %	238028998
24	NC_012725	CGAGG	2	10	26918	26927	20 %	0 %	60 %	20 %	238028999
25	NC_012725	GAGCG	2	10	27315	27324	20 %	0 %	60 %	20 %	238028999
26	NC_012725	TCGCG	2	10	27661	27670	0 %	20 %	40 %	40 %	238028999
27	NC_012725	CGTGG	2	10	27952	27961	0 %	20 %	60 %	20 %	238029000
28	NC_012725	CAATG	2	10	28621	28630	40 %	20 %	20 %	20 %	238029000
29	NC_012725	CTTTT	2	10	29932	29941	0 %	80 %	0 %	20 %	238029002
30	NC_012725	CGCCC	2	10	32075	32084	0 %	0 %	20 %	80 %	238029003
31	NC_012725	GGCCG	2	10	32732	32741	0 %	0 %	60 %	40 %	238029004
32	NC_012725	GGTCG	2	10	33561	33570	0 %	20 %	60 %	20 %	238029005
33	NC_012725	TGCGG	2	10	40924	40933	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_012725	CGGCG	2	10	41845	41854	0 %	0 %	60 %	40 %	238029013
35	NC_012725	CGACG	2	10	42148	42157	20 %	0 %	40 %	40 %	238029014
36	NC_012725	GCTTG	2	10	42474	42483	0 %	40 %	40 %	20 %	238029014
37	NC_012725	CACGC	2	10	44326	44335	20 %	0 %	20 %	60 %	238029015
38	NC_012725	CCTTG	2	10	44398	44407	0 %	40 %	20 %	40 %	238029015
39	NC_012725	TGACG	2	10	44804	44813	20 %	20 %	40 %	20 %	238029016
40	NC_012725	CGGCG	2	10	45535	45544	0 %	0 %	60 %	40 %	238029017
41	NC_012725	CGTGC	2	10	45683	45692	0 %	20 %	40 %	40 %	238029017
42	NC_012725	TGCGC	2	10	47724	47733	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_012725	CGCCA	2	10	48776	48785	20 %	0 %	20 %	60 %	238029022
44	NC_012725	CCGTA	2	10	52172	52181	20 %	20 %	20 %	40 %	238029024
45	NC_012725	GGGAC	2	10	54386	54395	20 %	0 %	60 %	20 %	238029025
46	NC_012725	GGATG	2	10	56341	56350	20 %	20 %	60 %	0 %	238029025
47	NC_012725	CGCTG	2	10	57841	57850	0 %	20 %	40 %	40 %	238029027
48	NC_012725	GGTCG	2	10	59990	59999	0 %	20 %	60 %	20 %	238029029
49	NC_012725	CTTGC	2	10	61051	61060	0 %	40 %	20 %	40 %	238029029
50	NC_012725	TCGCG	2	10	61733	61742	0 %	20 %	40 %	40 %	238029029
51	NC_012725	CGTCG	2	10	62796	62805	0 %	20 %	40 %	40 %	238029030
52	NC_012725	CCTTC	2	10	63633	63642	0 %	40 %	0 %	60 %	238029030
53	NC_012725	GCGAT	2	10	63812	63821	20 %	20 %	40 %	20 %	238029030
54	NC_012725	GACCG	2	10	65310	65319	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
55	NC_012725	CAGCG	2	10	65847	65856	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_012725	CGGCA	2	10	68083	68092	20 %	0 %	40 %	40 %	238029033
57	NC_012725	TGCGG	2	10	68210	68219	0 %	20 %	60 %	20 %	339717963
58	NC_012725	AAGCG	2	10	68800	68809	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_012725	CGGCG	2	10	69123	69132	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_012725	CGGCG	2	10	69337	69346	0 %	0 %	60 %	40 %	238029035
61	NC_012725	GGGAT	2	10	71611	71620	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012725	CGGTG	2	10	74657	74666	0 %	20 %	60 %	20 %	238029039
63	NC_012725	GGTTG	2	10	75871	75880	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012725	GCCGA	2	10	76129	76138	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_012725	GCCCG	2	10	76407	76416	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_012725	CGATG	2	10	77123	77132	20 %	20 %	40 %	20 %	238029042
67	NC_012725	GTCGC	2	10	80051	80060	0 %	20 %	40 %	40 %	238029044
68	NC_012725	CTCGG	2	10	80336	80345	0 %	20 %	40 %	40 %	238029044
69	NC_012725	CAGGC	2	10	81369	81378	20 %	0 %	40 %	40 %	238029044
70	NC_012725	AGGAA	2	10	81636	81645	60 %	0 %	40 %	0 %	238029044
71	NC_012725	TTGCT	2	10	85110	85119	0 %	60 %	20 %	20 %	238029046
72	NC_012725	CCGCT	2	10	86053	86062	0 %	20 %	20 %	60 %	238029046
73	NC_012725	ACGCA	3	15	86126	86140	40 %	0 %	20 %	40 %	238029046
74	NC_012725	ACGAC	2	10	86715	86724	40 %	0 %	20 %	40 %	238029046
75	NC_012725	CGAAC	2	10	87752	87761	40 %	0 %	20 %	40 %	238029047
76	NC_012725	CTTGG	2	10	92288	92297	0 %	40 %	40 %	20 %	238029050
77	NC_012725	GTGCT	2	10	94375	94384	0 %	40 %	40 %	20 %	238029052
78	NC_012725	TCGAC	2	10	95209	95218	20 %	20 %	20 %	40 %	238029053
79	NC_012725	GCATC	2	10	95691	95700	20 %	20 %	20 %	40 %	238029053
80	NC_012725	CGCGC	2	10	99042	99051	0 %	0 %	40 %	60 %	238029058
81	NC_012725	CGGCT	2	10	100509	100518	0 %	20 %	40 %	40 %	238029059
82	NC_012725	TCGCG	2	10	101747	101756	0 %	20 %	40 %	40 %	238029059
83	NC_012725	TTCGA	2	10	101772	101781	20 %	40 %	20 %	20 %	238029059
84	NC_012725	TGCGC	2	10	102998	103007	0 %	20 %	40 %	40 %	238029059
85	NC_012725	GACCG	2	10	103491	103500	20 %	0 %	40 %	40 %	238029059
86	NC_012725	CGGGC	2	10	104877	104886	0 %	0 %	60 %	40 %	238029061
87	NC_012725	GATTG	2	10	105546	105555	20 %	40 %	40 %	0 %	238029062
88	NC_012725	CCGCC	2	10	105757	105766	0 %	0 %	20 %	80 %	238029062
89	NC_012725	GCGTT	2	10	106324	106333	0 %	40 %	40 %	20 %	238029062
90	NC_012725	TGCGC	2	10	107431	107440	0 %	20 %	40 %	40 %	238029063
91	NC_012725	GGACA	2	10	110172	110181	40 %	0 %	40 %	20 %	238029067
92	NC_012725	TCCGA	2	10	110916	110925	20 %	20 %	20 %	40 %	238029068
93	NC_012725	GCCAA	2	10	110998	111007	40 %	0 %	20 %	40 %	238029069
94	NC_012725	GGTTC	2	10	111576	111585	0 %	40 %	40 %	20 %	238029069
95	NC_012725	GCCAG	2	10	111994	112003	20 %	0 %	40 %	40 %	238029069
96	NC_012725	GGCGC	2	10	113844	113853	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
97	NC_012725	CGTCC	2	10	114437	114446	0 %	20 %	20 %	60 %	238029070
98	NC_012725	GGGCA	2	10	115421	115430	20 %	0 %	60 %	20 %	238029070
99	NC_012725	TTGAA	2	10	116178	116187	40 %	40 %	20 %	0 %	238029070
100	NC_012725	GAATC	2	10	119394	119403	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_012725	GAAAT	2	10	120614	120623	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
102	NC_012725	TGCGC	2	10	120744	120753	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
103	NC_012725	GCGAT	2	10	120776	120785	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_012725	ATCGG	2	10	121722	121731	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_012725	TCAGA	2	10	121911	121920	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_012725	CAACC	2	10	123605	123614	40 %	0 %	0 %	60 %	238029075
107	NC_012725	ACCGA	2	10	123653	123662	40 %	0 %	20 %	40 %	238029075
108	NC_012725	GCGTC	2	10	124708	124717	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_012725	GCCAG	2	10	126073	126082	20 %	0 %	40 %	40 %	238029078
110	NC_012725	GCCAC	2	10	126844	126853	20 %	0 %	20 %	60 %	238029078
111	NC_012725	GCGCG	2	10	127651	127660	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
112	NC_012725	TGCGC	2	10	127798	127807	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
113	NC_012725	CGGTG	2	10	128399	128408	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_012725	TGACG	2	10	129064	129073	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_012725	ACCAA	2	10	131342	131351	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
116	NC_012725	TTCTC	2	10	131689	131698	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_012725	CTCAA	2	10	131741	131750	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_012725	CTCTT	2	10	132682	132691	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.