MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 plasmid pBHWA1

Total Repeats: 1272

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_012226	TTC	2	6	13477	13482	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350710
502	NC_012226	TTTCAC	2	12	13485	13496	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	225350710
503	NC_012226	T	8	8	13535	13542	0 %	100 %	0 %	0 %	225350710
504	NC_012226	TA	3	6	13548	13553	50 %	50 %	0 %	0 %	225350710
505	NC_012226	A	6	6	13553	13558	100 %	0 %	0 %	0 %	225350710
506	NC_012226	ATT	2	6	13564	13569	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350710
507	NC_012226	TAT	2	6	13590	13595	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350710
508	NC_012226	TAT	2	6	13608	13613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350710
509	NC_012226	TAA	2	6	13696	13701	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350710
510	NC_012226	ATT	3	9	13825	13833	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350710
511	NC_012226	ATC	2	6	13846	13851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350710
512	NC_012226	T	6	6	13858	13863	0 %	100 %	0 %	0 %	225350710
513	NC_012226	TAAATC	2	12	13867	13878	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	225350710
514	NC_012226	AGA	2	6	13909	13914	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350710
515	NC_012226	GAA	2	6	13955	13960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350710
516	NC_012226	TAT	2	6	13993	13998	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350710
517	NC_012226	ATTTA	2	10	14026	14035	40 %	60 %	0 %	0 %	225350710
518	NC_012226	TAT	2	6	14067	14072	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350711
519	NC_012226	TTC	2	6	14090	14095	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350711
520	NC_012226	ATC	2	6	14102	14107	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350711
521	NC_012226	TAT	2	6	14110	14115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350711
522	NC_012226	ACAT	2	8	14150	14157	50 %	25 %	0 %	25 %	225350711
523	NC_012226	CTT	2	6	14170	14175	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350711
524	NC_012226	T	7	7	14174	14180	0 %	100 %	0 %	0 %	225350711
525	NC_012226	T	8	8	14224	14231	0 %	100 %	0 %	0 %	225350711
526	NC_012226	CTTT	2	8	14235	14242	0 %	75 %	0 %	25 %	225350711
527	NC_012226	T	7	7	14240	14246	0 %	100 %	0 %	0 %	225350711
528	NC_012226	T	6	6	14352	14357	0 %	100 %	0 %	0 %	225350711
529	NC_012226	ATATT	2	10	14364	14373	40 %	60 %	0 %	0 %	225350711
530	NC_012226	T	7	7	14497	14503	0 %	100 %	0 %	0 %	225350711
531	NC_012226	ATC	2	6	14504	14509	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350711
532	NC_012226	ATT	2	6	14541	14546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350711
533	NC_012226	AATTA	2	10	14588	14597	60 %	40 %	0 %	0 %	225350711
534	NC_012226	T	6	6	14624	14629	0 %	100 %	0 %	0 %	225350711
535	NC_012226	AT	3	6	14659	14664	50 %	50 %	0 %	0 %	225350711
536	NC_012226	TAG	2	6	14728	14733	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350711
537	NC_012226	TAT	2	6	14743	14748	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350711
538	NC_012226	TAA	2	6	14801	14806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350711
539	NC_012226	ATC	2	6	14846	14851	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350711
540	NC_012226	ATC	2	6	14864	14869	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350711
541	NC_012226	T	6	6	14876	14881	0 %	100 %	0 %	0 %	225350711
542	NC_012226	TCAAAA	2	12	14889	14900	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	225350711
543	NC_012226	TCT	2	6	14916	14921	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350711
544	NC_012226	AT	3	6	14984	14989	50 %	50 %	0 %	0 %	225350711
545	NC_012226	A	6	6	14991	14996	100 %	0 %	0 %	0 %	225350711
546	NC_012226	CTT	2	6	15016	15021	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350711
547	NC_012226	ATTTA	2	10	15044	15053	40 %	60 %	0 %	0 %	225350711
548	NC_012226	TTATT	2	10	15106	15115	20 %	80 %	0 %	0 %	225350712
549	NC_012226	TAA	2	6	15116	15121	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350712
550	NC_012226	TCA	2	6	15123	15128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350712
551	NC_012226	ATC	2	6	15134	15139	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350712
552	NC_012226	T	7	7	15206	15212	0 %	100 %	0 %	0 %	225350712
553	NC_012226	AAT	2	6	15216	15221	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350712
554	NC_012226	ATT	2	6	15230	15235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350712
555	NC_012226	TAA	2	6	15289	15294	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350712
556	NC_012226	CTTT	2	8	15296	15303	0 %	75 %	0 %	25 %	225350712
557	NC_012226	AT	3	6	15502	15507	50 %	50 %	0 %	0 %	225350712
558	NC_012226	TTC	2	6	15527	15532	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350712
559	NC_012226	A	6	6	15591	15596	100 %	0 %	0 %	0 %	225350712
560	NC_012226	TTG	2	6	15653	15658	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225350712
561	NC_012226	TCCAG	2	10	15693	15702	20 %	20 %	20 %	40 %	225350712
562	NC_012226	TAG	3	9	15748	15756	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350712
563	NC_012226	T	7	7	15782	15788	0 %	100 %	0 %	0 %	225350712
564	NC_012226	TTA	2	6	15816	15821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350712
565	NC_012226	AGT	2	6	15822	15827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350712
566	NC_012226	TAACCT	2	12	15853	15864	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350712
567	NC_012226	ATC	2	6	15884	15889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350712
568	NC_012226	T	7	7	15895	15901	0 %	100 %	0 %	0 %	225350712
569	NC_012226	ATA	2	6	16020	16025	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350712
570	NC_012226	TTTTA	2	10	16088	16097	20 %	80 %	0 %	0 %	225350712
571	NC_012226	A	6	6	16106	16111	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
572	NC_012226	TA	4	8	16127	16134	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
573	NC_012226	T	11	11	16147	16157	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
574	NC_012226	A	6	6	16158	16163	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
575	NC_012226	AAT	2	6	16184	16189	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
576	NC_012226	AT	3	6	16188	16193	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
577	NC_012226	TAT	2	6	16202	16207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
578	NC_012226	AT	3	6	16221	16226	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
579	NC_012226	TA	3	6	16229	16234	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
580	NC_012226	AATAA	2	10	16249	16258	80 %	20 %	0 %	0 %	225350713
581	NC_012226	TGG	2	6	16284	16289	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	225350713
582	NC_012226	TAT	2	6	16304	16309	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350713
583	NC_012226	A	7	7	16328	16334	100 %	0 %	0 %	0 %	225350713
584	NC_012226	A	8	8	16389	16396	100 %	0 %	0 %	0 %	225350713
585	NC_012226	ATA	2	6	16427	16432	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
586	NC_012226	A	7	7	16467	16473	100 %	0 %	0 %	0 %	225350713
587	NC_012226	ATC	2	6	16502	16507	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225350713
588	NC_012226	CTT	2	6	16510	16515	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350713
589	NC_012226	TCATT	2	10	16518	16527	20 %	60 %	0 %	20 %	225350713
590	NC_012226	AAATA	2	10	16605	16614	80 %	20 %	0 %	0 %	225350713
591	NC_012226	ATTTAA	2	12	16736	16747	50 %	50 %	0 %	0 %	225350713
592	NC_012226	A	7	7	16746	16752	100 %	0 %	0 %	0 %	225350713
593	NC_012226	AAT	2	6	16756	16761	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
594	NC_012226	T	6	6	16765	16770	0 %	100 %	0 %	0 %	225350713
595	NC_012226	TA	4	8	16778	16785	50 %	50 %	0 %	0 %	225350713
596	NC_012226	TAA	2	6	16812	16817	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
597	NC_012226	TAA	2	6	16833	16838	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
598	NC_012226	ATA	2	6	16850	16855	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
599	NC_012226	AGA	2	6	16896	16901	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350713
600	NC_012226	TAA	2	6	16926	16931	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
601	NC_012226	AGA	2	6	16953	16958	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350713
602	NC_012226	AAG	2	6	17042	17047	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225350713
603	NC_012226	CTG	2	6	17054	17059	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	225350713
604	NC_012226	TGT	2	6	17070	17075	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225350713
605	NC_012226	TAA	2	6	17106	17111	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
606	NC_012226	TTA	2	6	17185	17190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225350713
607	NC_012226	A	6	6	17211	17216	100 %	0 %	0 %	0 %	225350713
608	NC_012226	AGAA	2	8	17241	17248	75 %	0 %	25 %	0 %	225350713
609	NC_012226	A	6	6	17294	17299	100 %	0 %	0 %	0 %	225350713
610	NC_012226	A	6	6	17305	17310	100 %	0 %	0 %	0 %	225350713
611	NC_012226	ATA	2	6	17321	17326	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350713
612	NC_012226	AT	3	6	17345	17350	50 %	50 %	0 %	0 %	225350713
613	NC_012226	T	6	6	17350	17355	0 %	100 %	0 %	0 %	225350713
614	NC_012226	A	7	7	17374	17380	100 %	0 %	0 %	0 %	225350713
615	NC_012226	AAAG	2	8	17406	17413	75 %	0 %	25 %	0 %	225350713
616	NC_012226	TGA	2	6	17478	17483	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350713
617	NC_012226	TTTAA	2	10	17507	17516	40 %	60 %	0 %	0 %	225350713
618	NC_012226	GTA	2	6	17542	17547	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225350714
619	NC_012226	AAT	2	6	17595	17600	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350714
620	NC_012226	TTC	2	6	17607	17612	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350714
621	NC_012226	T	7	7	17622	17628	0 %	100 %	0 %	0 %	225350714
622	NC_012226	TAA	2	6	17634	17639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350714
623	NC_012226	T	6	6	17655	17660	0 %	100 %	0 %	0 %	225350714
624	NC_012226	TTC	2	6	17679	17684	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350714
625	NC_012226	ATA	2	6	17716	17721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350714
626	NC_012226	AAT	2	6	17739	17744	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350714
627	NC_012226	AT	3	6	17777	17782	50 %	50 %	0 %	0 %	225350714
628	NC_012226	T	7	7	17787	17793	0 %	100 %	0 %	0 %	225350714
629	NC_012226	AAT	2	6	17801	17806	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225350714
630	NC_012226	T	6	6	17817	17822	0 %	100 %	0 %	0 %	225350714
631	NC_012226	TCT	2	6	17824	17829	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225350714
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633	NC_012226	CAA	2	6	17905	17910	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225350714
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