MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Brachyspira hyodysenteriae WA1 chromosome

Total Repeats: 53122

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_012225	CAT	2	6	767	772	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
2	NC_012225	CTA	2	6	788	793	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
3	NC_012225	GAA	2	6	805	810	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618952
4	NC_012225	ATT	2	6	821	826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
5	NC_012225	TGA	2	6	960	965	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618952
6	NC_012225	ATA	2	6	1052	1057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
7	NC_012225	TAT	2	6	1110	1115	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
8	NC_012225	TGA	2	6	1116	1121	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618952
9	NC_012225	ATT	2	6	1127	1132	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618952
10	NC_012225	ATC	2	6	1182	1187	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618952
11	NC_012225	CGG	2	6	1251	1256	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	225618952
12	NC_012225	AAT	2	6	1336	1341	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
13	NC_012225	TAA	2	6	1356	1361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618952
14	NC_012225	ATT	2	6	1396	1401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_012225	TTA	2	6	1424	1429	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_012225	TAT	3	9	1435	1443	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_012225	ATA	8	24	1478	1501	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
18	NC_012225	ACT	2	6	1612	1617	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
19	NC_012225	TAA	2	6	1631	1636	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
20	NC_012225	ATA	2	6	1639	1644	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
21	NC_012225	TAA	2	6	1691	1696	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
22	NC_012225	TTA	2	6	1779	1784	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
23	NC_012225	TAG	2	6	1808	1813	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618953
24	NC_012225	TAT	2	6	1815	1820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
25	NC_012225	GCA	2	6	1855	1860	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618953
26	NC_012225	ATT	2	6	1861	1866	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
27	NC_012225	CCT	2	6	1912	1917	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618953
28	NC_012225	ACT	2	6	2011	2016	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
29	NC_012225	AAT	2	6	2034	2039	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
30	NC_012225	CTC	2	6	2066	2071	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618953
31	NC_012225	AGC	2	6	2145	2150	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618953
32	NC_012225	TTC	2	6	2180	2185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618953
33	NC_012225	GAA	2	6	2236	2241	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618953
34	NC_012225	TAA	2	6	2273	2278	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618953
35	NC_012225	TAT	2	6	2279	2284	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618953
36	NC_012225	CTA	2	6	2321	2326	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618953
37	NC_012225	ATT	2	6	2375	2380	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_012225	TTC	2	6	2479	2484	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
39	NC_012225	TCC	2	6	2563	2568	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618954
40	NC_012225	TAA	2	6	2649	2654	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618954
41	NC_012225	ATT	2	6	2789	2794	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
42	NC_012225	GCA	2	6	2837	2842	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618954
43	NC_012225	TTC	2	6	2875	2880	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
44	NC_012225	TAT	2	6	2889	2894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
45	NC_012225	AGA	2	6	2920	2925	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618954
46	NC_012225	CTT	2	6	2949	2954	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618954
47	NC_012225	GAA	2	6	2958	2963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618954
48	NC_012225	ATT	2	6	3046	3051	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618954
49	NC_012225	TAA	2	6	3068	3073	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618954
50	NC_012225	ATA	2	6	3162	3167	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_012225	CAA	2	6	3213	3218	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	225618955
52	NC_012225	TCT	2	6	3284	3289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
53	NC_012225	CTT	2	6	3291	3296	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
54	NC_012225	ATA	2	6	3300	3305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618955
55	NC_012225	CAT	2	6	3312	3317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618955
56	NC_012225	TAT	2	6	3355	3360	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618955
57	NC_012225	TCT	2	6	3449	3454	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
58	NC_012225	TAG	2	6	3597	3602	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618955
59	NC_012225	TCT	2	6	3641	3646	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618955
60	NC_012225	GAA	2	6	3740	3745	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618955
61	NC_012225	ATT	3	9	3827	3835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_012225	ATT	2	6	3839	3844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_012225	AAT	2	6	3886	3891	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_012225	GAA	2	6	4077	4082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
65	NC_012225	GAA	2	6	4227	4232	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
66	NC_012225	AGA	2	6	4260	4265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618956
67	NC_012225	TGA	2	6	4280	4285	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618956
68	NC_012225	TGA	2	6	4349	4354	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618956
69	NC_012225	AAT	2	6	4372	4377	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618956
70	NC_012225	GTT	2	6	4417	4422	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225618957
71	NC_012225	ATA	2	6	4486	4491	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
72	NC_012225	TAA	2	6	4518	4523	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
73	NC_012225	TAT	2	6	4546	4551	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618957
74	NC_012225	ATA	2	6	4558	4563	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
75	NC_012225	TTA	2	6	4608	4613	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618957
76	NC_012225	TTA	3	9	4629	4637	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618957
77	NC_012225	GAA	2	6	4651	4656	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618957
78	NC_012225	AAT	2	6	4684	4689	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618957
79	NC_012225	CCT	2	6	4702	4707	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618957
80	NC_012225	GAA	2	6	4744	4749	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618957
81	NC_012225	AGA	3	9	4779	4787	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618957
82	NC_012225	GAA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618957
83	NC_012225	TAT	2	6	4847	4852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_012225	TAT	2	6	4889	4894	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_012225	ATT	2	6	4936	4941	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_012225	TAT	2	6	4957	4962	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_012225	TAG	2	6	5101	5106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618958
88	NC_012225	ATT	2	6	5125	5130	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
89	NC_012225	ATA	2	6	5167	5172	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
90	NC_012225	TAT	2	6	5193	5198	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
91	NC_012225	AGC	2	6	5234	5239	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	225618958
92	NC_012225	GAA	2	6	5289	5294	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618958
93	NC_012225	GAA	2	6	5370	5375	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618958
94	NC_012225	TAA	2	6	5396	5401	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
95	NC_012225	AAT	2	6	5406	5411	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
96	NC_012225	ATT	2	6	5467	5472	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
97	NC_012225	ATA	3	9	5494	5502	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
98	NC_012225	TAT	2	6	5562	5567	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
99	NC_012225	CTC	2	6	5578	5583	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	225618958
100	NC_012225	ATA	2	6	5659	5664	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
101	NC_012225	ATT	3	9	5710	5718	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
102	NC_012225	TAT	2	6	5720	5725	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
103	NC_012225	TTC	2	6	5751	5756	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618958
104	NC_012225	TCT	3	9	5874	5882	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	225618958
105	NC_012225	AAT	2	6	6012	6017	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
106	NC_012225	TAA	2	6	6053	6058	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
107	NC_012225	ATG	2	6	6076	6081	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618958
108	NC_012225	TAC	2	6	6116	6121	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618958
109	NC_012225	ATT	2	6	6129	6134	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
110	NC_012225	ATT	2	6	6179	6184	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
111	NC_012225	TAT	2	6	6280	6285	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
112	NC_012225	ATA	2	6	6291	6296	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618958
113	NC_012225	ATT	2	6	6301	6306	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
114	NC_012225	TAT	2	6	6382	6387	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
115	NC_012225	TTA	2	6	6463	6468	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618958
116	NC_012225	TGT	2	6	6473	6478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	225618958
117	NC_012225	AGG	2	6	6705	6710	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	225618959
118	NC_012225	TAG	2	6	6767	6772	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618959
119	NC_012225	ATG	2	6	6878	6883	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618959
120	NC_012225	ATT	2	6	7025	7030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618959
121	NC_012225	TCA	2	6	7123	7128	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618959
122	NC_012225	TAT	2	6	7137	7142	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618959
123	NC_012225	ATA	2	6	7205	7210	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618959
124	NC_012225	GAA	2	6	7211	7216	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618959
125	NC_012225	AAT	2	6	7228	7233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618959
126	NC_012225	ATT	2	6	7380	7385	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618959
127	NC_012225	TAA	2	6	7418	7423	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	225618960
128	NC_012225	ATC	2	6	7440	7445	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	225618960
129	NC_012225	ATT	2	6	7474	7479	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618960
130	NC_012225	TTA	2	6	7528	7533	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618960
131	NC_012225	GAT	2	6	7625	7630	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	225618960
132	NC_012225	TAT	2	6	7674	7679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618960
133	NC_012225	TAT	2	6	7769	7774	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618960
134	NC_012225	AAG	2	6	7871	7876	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	225618960
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138	NC_012225	ATT	2	6	8028	8033	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_012225	ATT	2	6	8036	8041	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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262	NC_012225	TAT	4	12	14856	14867	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	225618964
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287	NC_012225	TAT	2	6	16178	16183	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
288	NC_012225	TAA	2	6	16196	16201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_012225	TAA	2	6	16204	16209	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
290	NC_012225	TAA	2	6	16248	16253	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_012225	AAT	2	6	16277	16282	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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384	NC_012225	TAT	2	6	21410	21415	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
385	NC_012225	ACA	2	6	21420	21425	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
386	NC_012225	ATA	2	6	21426	21431	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
387	NC_012225	TTA	2	6	21443	21448	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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