MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039 plasmid pBIND01

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010580	CGCGC	2	10	1131	1140	0 %	0 %	40 %	60 %	182676827
2	NC_010580	CCCGA	2	10	3249	3258	20 %	0 %	20 %	60 %	182676830
3	NC_010580	GTCTG	2	10	3501	3510	0 %	40 %	40 %	20 %	182676831
4	NC_010580	ACCCG	2	10	5461	5470	20 %	0 %	20 %	60 %	182676833
5	NC_010580	CATGC	2	10	8884	8893	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_010580	CCCAG	2	10	10396	10405	20 %	0 %	20 %	60 %	182676839
7	NC_010580	TTCGT	2	10	11668	11677	0 %	60 %	20 %	20 %	182676841
8	NC_010580	GCCTT	2	10	12743	12752	0 %	40 %	20 %	40 %	182676841
9	NC_010580	GCCGC	2	10	14368	14377	0 %	0 %	40 %	60 %	182676841
10	NC_010580	GGTCG	2	10	14749	14758	0 %	20 %	60 %	20 %	182676841
11	NC_010580	ATTAT	2	10	16121	16130	40 %	60 %	0 %	0 %	182676844
12	NC_010580	CTATT	2	10	16327	16336	20 %	60 %	0 %	20 %	182676844
13	NC_010580	CGGCG	2	10	16824	16833	0 %	0 %	60 %	40 %	182676844
14	NC_010580	CGGGG	2	10	20466	20475	0 %	0 %	80 %	20 %	182676844
15	NC_010580	CGACG	2	10	20664	20673	20 %	0 %	40 %	40 %	182676844
16	NC_010580	GGCGG	2	10	22189	22198	0 %	0 %	80 %	20 %	182676844
17	NC_010580	GCGCG	2	10	25121	25130	0 %	0 %	60 %	40 %	182676845
18	NC_010580	CTTGC	2	10	27131	27140	0 %	40 %	20 %	40 %	182676846
19	NC_010580	GCCAG	2	10	28093	28102	20 %	0 %	40 %	40 %	182676846
20	NC_010580	AGCAA	2	10	29606	29615	60 %	0 %	20 %	20 %	182676848
21	NC_010580	CTCAT	2	10	30583	30592	20 %	40 %	0 %	40 %	182676849
22	NC_010580	CCAAC	2	10	34461	34470	40 %	0 %	0 %	60 %	182676854
23	NC_010580	CGCCT	2	10	35346	35355	0 %	20 %	20 %	60 %	182676856
24	NC_010580	AGCCG	2	10	35975	35984	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_010580	AGAAA	2	10	36415	36424	80 %	0 %	20 %	0 %	182676859
26	NC_010580	TTATT	2	10	37587	37596	20 %	80 %	0 %	0 %	182676862
27	NC_010580	TTGGT	2	10	38955	38964	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010580	ACGAT	2	10	40014	40023	40 %	20 %	20 %	20 %	182676866
29	NC_010580	AGCTC	2	10	42206	42215	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_010580	GCGCG	2	10	43168	43177	0 %	0 %	60 %	40 %	182676870
31	NC_010580	TTTCG	2	10	43345	43354	0 %	60 %	20 %	20 %	182676871
32	NC_010580	GTAAT	2	10	43541	43550	40 %	40 %	20 %	0 %	182676871
33	NC_010580	GAAGG	2	10	44913	44922	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010580	GGAAG	2	10	45181	45190	40 %	0 %	60 %	0 %	182676876
35	NC_010580	CGTCC	2	10	45279	45288	0 %	20 %	20 %	60 %	182676876
36	NC_010580	GGTCA	2	10	46542	46551	20 %	20 %	40 %	20 %	182676878
37	NC_010580	TCCTT	2	10	47563	47572	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_010580	GGGGC	2	10	48432	48441	0 %	0 %	80 %	20 %	182676879
39	NC_010580	CGCGG	2	10	51287	51296	0 %	0 %	60 %	40 %	182676880
40	NC_010580	CTGCG	2	10	52479	52488	0 %	20 %	40 %	40 %	182676880
41	NC_010580	GGCCG	2	10	54063	54072	0 %	0 %	60 %	40 %	182676880
42	NC_010580	CAGCG	2	10	55047	55056	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
43	NC_010580	GATGG	2	10	55199	55208	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010580	CAGCG	2	10	56664	56673	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
45	NC_010580	GGATT	2	10	56790	56799	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010580	AGGCG	2	10	59712	59721	20 %	0 %	60 %	20 %	182676893
47	NC_010580	CCGCG	2	10	60200	60209	0 %	0 %	40 %	60 %	182676893
48	NC_010580	CCGCG	2	10	60681	60690	0 %	0 %	40 %	60 %	182676893
49	NC_010580	GCGAT	2	10	61382	61391	20 %	20 %	40 %	20 %	182676893
50	NC_010580	GATCG	2	10	63398	63407	20 %	20 %	40 %	20 %	182676896
51	NC_010580	CAGCG	2	10	63619	63628	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_010580	CCCTG	2	10	64144	64153	0 %	20 %	20 %	60 %	182676897
53	NC_010580	GGCGC	2	10	64231	64240	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_010580	CCCTC	2	10	65326	65335	0 %	20 %	0 %	80 %	182676899
55	NC_010580	CTGGG	2	10	68231	68240	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_010580	CTGCG	2	10	69307	69316	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
57	NC_010580	GTCGA	2	10	71528	71537	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_010580	AGTGA	2	10	73616	73625	40 %	20 %	40 %	0 %	182676906
59	NC_010580	GATGC	2	10	77088	77097	20 %	20 %	40 %	20 %	182676908
60	NC_010580	CTTGA	2	10	77223	77232	20 %	40 %	20 %	20 %	182676908
61	NC_010580	TCGCG	2	10	78742	78751	0 %	20 %	40 %	40 %	182676908
62	NC_010580	CGCGG	2	10	78800	78809	0 %	0 %	60 %	40 %	182676908
63	NC_010580	CTCGG	2	10	79598	79607	0 %	20 %	40 %	40 %	182676909
64	NC_010580	CGAGT	2	10	81192	81201	20 %	20 %	40 %	20 %	182676911
65	NC_010580	CGGAT	2	10	85750	85759	20 %	20 %	40 %	20 %	182676916
66	NC_010580	AGGGC	2	10	86042	86051	20 %	0 %	60 %	20 %	182676916
67	NC_010580	TCGCC	2	10	87404	87413	0 %	20 %	20 %	60 %	182676920
68	NC_010580	GCAGG	2	10	87720	87729	20 %	0 %	60 %	20 %	182676920
69	NC_010580	CGGGG	2	10	88357	88366	0 %	0 %	80 %	20 %	182676920
70	NC_010580	TTGAT	2	10	88643	88652	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_010580	ATTGC	2	10	89258	89267	20 %	40 %	20 %	20 %	182676921
72	NC_010580	GATGC	2	10	90675	90684	20 %	20 %	40 %	20 %	182676923
73	NC_010580	TGTCA	2	10	91560	91569	20 %	40 %	20 %	20 %	182676924
74	NC_010580	CAATG	2	10	93531	93540	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
75	NC_010580	ATCAG	2	10	94024	94033	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
76	NC_010580	TTTGC	2	10	94449	94458	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_010580	AAAAT	2	10	96406	96415	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_010580	CGATC	2	10	98104	98113	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_010580	AGTAG	2	10	99572	99581	40 %	20 %	40 %	0 %	182676929
80	NC_010580	AAGCA	2	10	100051	100060	60 %	0 %	20 %	20 %	182676930
81	NC_010580	CCATT	2	10	101362	101371	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
82	NC_010580	GCTTG	2	10	101880	101889	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_010580	TCACC	2	10	102539	102548	20 %	20 %	0 %	60 %	182676932
84	NC_010580	GGGCA	2	10	104487	104496	20 %	0 %	60 %	20 %	182676934
85	NC_010580	CGGAC	2	10	110951	110960	20 %	0 %	40 %	40 %	182676939
86	NC_010580	TCTCG	2	10	111383	111392	0 %	40 %	20 %	40 %	182676939
87	NC_010580	GGAGC	2	10	113099	113108	20 %	0 %	60 %	20 %	182676940
88	NC_010580	ATCGC	2	10	115375	115384	20 %	20 %	20 %	40 %	182676943
89	NC_010580	GCCAT	2	10	115621	115630	20 %	20 %	20 %	40 %	182676943
90	NC_010580	GCTCG	2	10	116216	116225	0 %	20 %	40 %	40 %	182676943
91	NC_010580	CACAG	2	10	116728	116737	40 %	0 %	20 %	40 %	182676943
92	NC_010580	GAGAA	2	10	117411	117420	60 %	0 %	40 %	0 %	182676944
93	NC_010580	CCGCC	2	10	120961	120970	0 %	0 %	20 %	80 %	182676948
94	NC_010580	CTCGC	2	10	121017	121026	0 %	20 %	20 %	60 %	182676948
95	NC_010580	GCCAT	2	10	122033	122042	20 %	20 %	20 %	40 %	182676949
96	NC_010580	TGTTT	2	10	123638	123647	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
97	NC_010580	TGCCA	2	10	124629	124638	20 %	20 %	20 %	40 %	182676951
98	NC_010580	GAATG	2	10	125880	125889	40 %	20 %	40 %	0 %	182676951
99	NC_010580	AGAAA	2	10	125914	125923	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010580	ACAAA	2	10	125926	125935	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
101	NC_010580	GGAAG	2	10	128335	128344	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_010580	GTCGA	2	10	129757	129766	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_010580	CGTCC	2	10	131882	131891	0 %	20 %	20 %	60 %	182676956
104	NC_010580	AGCGC	2	10	133020	133029	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_010580	CTTCA	2	10	135044	135053	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_010580	GCAGC	2	10	137474	137483	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_010580	TGTTT	2	10	138654	138663	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010580	GAAAC	2	10	138888	138897	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_010580	TTTAG	2	10	139236	139245	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010580	TCCAT	2	10	142178	142187	20 %	40 %	0 %	40 %	182676965
111	NC_010580	TTCGA	2	10	142511	142520	20 %	40 %	20 %	20 %	182676965
112	NC_010580	ATGCG	2	10	142734	142743	20 %	20 %	40 %	20 %	182676965
113	NC_010580	AACAA	2	10	143826	143835	80 %	0 %	0 %	20 %	182676965
114	NC_010580	TGCTG	2	10	145306	145315	0 %	40 %	40 %	20 %	182676965
115	NC_010580	TCCCA	2	10	147304	147313	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
116	NC_010580	TATTT	2	10	148968	148977	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_010580	GAAGA	2	10	149963	149972	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
118	NC_010580	AGGGG	2	10	151796	151805	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
119	NC_010580	CTTTT	2	10	159579	159588	0 %	80 %	0 %	20 %	182676978
120	NC_010580	GACGG	2	10	160917	160926	20 %	0 %	60 %	20 %	182676980
121	NC_010580	CGATG	2	10	164924	164933	20 %	20 %	40 %	20 %	182676982
122	NC_010580	CTGTC	2	10	167758	167767	0 %	40 %	20 %	40 %	182676987
123	NC_010580	CATGC	2	10	168715	168724	20 %	20 %	20 %	40 %	182676988
124	NC_010580	CAATT	2	10	169368	169377	40 %	40 %	0 %	20 %	182676989
125	NC_010580	GTCAG	2	10	171395	171404	20 %	20 %	40 %	20 %	182676990
126	NC_010580	CGAGG	2	10	172711	172720	20 %	0 %	60 %	20 %	182676991
127	NC_010580	GCTCT	2	10	174302	174311	0 %	40 %	20 %	40 %	182676994
128	NC_010580	CTCGC	2	10	175212	175221	0 %	20 %	20 %	60 %	182676996
129	NC_010580	GAAGA	2	10	175632	175641	60 %	0 %	40 %	0 %	182676996
130	NC_010580	GCCCC	2	10	176631	176640	0 %	0 %	20 %	80 %	182676996
131	NC_010580	GCTCG	2	10	176702	176711	0 %	20 %	40 %	40 %	182676996
132	NC_010580	TGCCG	2	10	177200	177209	0 %	20 %	40 %	40 %	182676996
133	NC_010580	CGGCT	2	10	178005	178014	0 %	20 %	40 %	40 %	182676996
134	NC_010580	GCGCG	2	10	178859	178868	0 %	0 %	60 %	40 %	182676997
135	NC_010580	GGTCC	2	10	179132	179141	0 %	20 %	40 %	40 %	182676998
136	NC_010580	TTTAC	2	10	180473	180482	20 %	60 %	0 %	20 %	182677000

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.