MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Azospirillum brasilense Sp245 plasmid AZOBR_p2

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016618	GCCGG	2	10	2741	2750	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
2	NC_016618	CCCTT	2	10	2912	2921	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
3	NC_016618	TCCCC	2	10	9513	9522	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
4	NC_016618	TCCCT	2	10	10755	10764	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_016618	CCGTG	2	10	14659	14668	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_016618	CGGGC	2	10	14687	14696	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
7	NC_016618	GACGG	2	10	16006	16015	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_016618	TCCCC	2	10	29637	29646	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
9	NC_016618	CCCCA	2	10	37109	37118	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
10	NC_016618	ACCGG	2	10	37989	37998	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
11	NC_016618	CCAGT	2	10	54183	54192	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_016618	CGGGA	2	10	55908	55917	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
13	NC_016618	GTCCA	2	10	66565	66574	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_016618	CCGGC	2	10	71642	71651	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_016618	TGGCG	2	10	74725	74734	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
16	NC_016618	GCGCC	2	10	77933	77942	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
17	NC_016618	GGACG	2	10	77988	77997	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_016618	GCCGC	2	10	80890	80899	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
19	NC_016618	ACGCC	2	10	91810	91819	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
20	NC_016618	GCCCG	2	10	109388	109397	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
21	NC_016618	CGCGC	2	10	124411	124420	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
22	NC_016618	ACCCC	2	10	127237	127246	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
23	NC_016618	TCCGG	2	10	147681	147690	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
24	NC_016618	GCAGC	2	10	148094	148103	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
25	NC_016618	GGGGA	2	10	178946	178955	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016618	CGGGA	2	10	187696	187705	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016618	CCGCG	2	10	193384	193393	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_016618	CGCCC	2	10	193816	193825	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
29	NC_016618	TCCGC	2	10	199706	199715	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_016618	ACTCA	2	10	201145	201154	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
31	NC_016618	CGGTC	2	10	227596	227605	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_016618	GCACT	2	10	258469	258478	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
33	NC_016618	CGCGT	2	10	258728	258737	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_016618	GGCGG	2	10	259444	259453	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016618	TCGGA	2	10	272539	272548	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_016618	GGACT	2	10	278303	278312	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_016618	CGCTG	2	10	278475	278484	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_016618	TTTGT	2	10	295340	295349	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016618	GCCGC	2	10	298008	298017	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
40	NC_016618	CCCGT	2	10	300248	300257	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_016618	AGGGG	2	10	324934	324943	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
42	NC_016618	GGGGA	2	10	330408	330417	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016618	AGGGG	2	10	330454	330463	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016618	GCCCG	2	10	340948	340957	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
45	NC_016618	CCGTC	2	10	345004	345013	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
46	NC_016618	ACGGG	2	10	353703	353712	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016618	TGCCG	2	10	355916	355925	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
48	NC_016618	GCGGT	2	10	357387	357396	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_016618	TTTCG	2	10	358782	358791	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016618	TATCT	2	10	359376	359385	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_016618	AATGA	2	10	364538	364547	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
52	NC_016618	CCTCG	2	10	373415	373424	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
53	NC_016618	TCCTC	2	10	392008	392017	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
54	NC_016618	CGGCG	2	10	398640	398649	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
55	NC_016618	CGGTC	2	10	399629	399638	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_016618	AGGGG	2	10	404372	404381	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016618	GGGGA	2	10	409343	409352	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016618	GGCGT	2	10	415511	415520	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016618	CGCGG	2	10	417847	417856	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
60	NC_016618	CGCGG	2	10	422061	422070	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
61	NC_016618	GTGCC	2	10	422202	422211	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_016618	TCCCG	2	10	425750	425759	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
63	NC_016618	CAGCG	2	10	434268	434277	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016618	CGTCG	2	10	437235	437244	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_016618	GCTTG	2	10	449389	449398	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_016618	TTCGG	2	10	450923	450932	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_016618	TCGTG	2	10	451816	451825	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_016618	GGTCA	2	10	452217	452226	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016618	CACGC	2	10	453895	453904	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
70	NC_016618	TGGCG	2	10	458195	458204	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
71	NC_016618	GTTCC	2	10	458347	458356	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_016618	AGGCG	2	10	463851	463860	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016618	ATTTT	2	10	473090	473099	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016618	TTTAT	2	10	473274	473283	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016618	GCTTC	2	10	480816	480825	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_016618	TTTCC	2	10	483119	483128	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016618	TGGCG	2	10	489030	489039	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_016618	TCGCC	2	10	489144	489153	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
79	NC_016618	CGTCG	2	10	506239	506248	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
80	NC_016618	GCGAC	2	10	511978	511987	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
81	NC_016618	AAAGT	2	10	522788	522797	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
82	NC_016618	CGCGA	2	10	533006	533015	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_016618	TCCGA	2	10	533040	533049	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_016618	GCCGC	2	10	533631	533640	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
85	NC_016618	CCCGC	2	10	535020	535029	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
86	NC_016618	TCAAT	2	10	535774	535783	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_016618	CGTGA	2	10	535994	536003	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016618	GACCC	2	10	549144	549153	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
89	NC_016618	GCCCG	2	10	560077	560086	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
90	NC_016618	TCCCG	2	10	587073	587082	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
91	NC_016618	CGGAA	2	10	608171	608180	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016618	TTCAT	2	10	617317	617326	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_016618	CGCAG	2	10	617342	617351	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_016618	CGCTC	2	10	617374	617383	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
95	NC_016618	CTTTT	2	10	629016	629025	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_016618	TTGAC	2	10	653555	653564	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_016618	AGGGG	2	10	653672	653681	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
98	NC_016618	GTCAG	2	10	683800	683809	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016618	ACTGC	2	10	684128	684137	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_016618	TTCCA	2	10	685595	685604	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
101	NC_016618	TTGGG	2	10	696350	696359	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_016618	CGCCC	2	10	703689	703698	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
103	NC_016618	GACGC	2	10	712853	712862	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
104	NC_016618	AGCGG	2	10	714496	714505	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
105	NC_016618	AGCCA	2	10	714724	714733	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
106	NC_016618	GCGCA	2	10	717273	717282	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_016618	TTGCA	2	10	734678	734687	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016618	GCCGG	3	15	740031	740045	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
109	NC_016618	CGGCG	2	10	740685	740694	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
110	NC_016618	CCGGC	3	15	763700	763714	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
111	NC_016618	GCCCG	2	10	764431	764440	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
112	NC_016618	CGGGG	2	10	764493	764502	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
113	NC_016618	GGGCG	2	10	764508	764517	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
114	NC_016618	CTCCG	2	10	764542	764551	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
115	NC_016618	CGTCA	2	10	764836	764845	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_016618	GCGGT	2	10	765410	765419	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016618	GGCCG	2	10	766125	766134	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
118	NC_016618	GCACC	2	10	782555	782564	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
119	NC_016618	GCGTC	2	10	783167	783176	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
120	NC_016618	GCCCC	2	10	794176	794185	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
121	NC_016618	GCGCC	2	10	814705	814714	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_016618	TGGGC	2	10	815423	815432	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
123	NC_016618	CCGGC	2	10	818709	818718	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
124	NC_016618	TCACG	2	10	857707	857716	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_016618	CGGCG	2	10	881990	881999	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
126	NC_016618	GCGCG	2	10	882672	882681	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
127	NC_016618	GCCGC	2	10	887310	887319	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.