MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Azospirillum lipoferum 4B plasmid AZO_p1

Total Repeats: 159

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016585	ACGCG	2	10	321	330	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_016585	TGATT	2	10	368	377	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016585	CACGA	2	10	2228	2237	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
4	NC_016585	CCGAA	2	10	3122	3131	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_016585	CCGAT	2	10	12270	12279	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_016585	CGATC	2	10	18022	18031	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_016585	GTGCC	2	10	27796	27805	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
8	NC_016585	ATCAA	2	10	38639	38648	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_016585	CTGCC	2	10	55959	55968	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
10	NC_016585	CCTGC	2	10	60196	60205	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
11	NC_016585	CACAG	2	10	62584	62593	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_016585	AAAAT	2	10	74155	74164	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016585	AGCCA	2	10	74237	74246	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
14	NC_016585	TCTGA	2	10	83987	83996	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
15	NC_016585	TCCCC	2	10	84055	84064	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
16	NC_016585	TTTGC	2	10	99899	99908	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016585	ACCCT	2	10	104716	104725	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
18	NC_016585	TGCCG	2	10	110823	110832	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_016585	TTCCG	2	10	122258	122267	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
20	NC_016585	TATAT	2	10	129247	129256	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_016585	TCCTA	2	10	130487	130496	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_016585	ACGAA	2	10	130552	130561	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
23	NC_016585	CTGAT	2	10	133882	133891	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_016585	AAAGC	2	10	137694	137703	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
25	NC_016585	CTTCC	2	10	166671	166680	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
26	NC_016585	GGAAC	2	10	166712	166721	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_016585	CGCGC	2	10	171047	171056	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_016585	AACGG	2	10	188255	188264	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_016585	CCAGC	2	10	188932	188941	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
30	NC_016585	GCGCC	2	10	189258	189267	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
31	NC_016585	GTCCG	2	10	194037	194046	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_016585	ACAGA	2	10	204853	204862	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_016585	GCGTG	2	10	217438	217447	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_016585	GGCCC	2	10	219813	219822	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
35	NC_016585	GCCGG	2	10	228243	228252	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
36	NC_016585	TCCGC	2	10	232195	232204	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_016585	CGTGG	2	10	262706	262715	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
38	NC_016585	GGAAA	2	10	270512	270521	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_016585	GGTGC	2	10	272611	272620	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
40	NC_016585	CATTT	2	10	272660	272669	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_016585	GTCGG	2	10	274767	274776	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016585	GTAGA	2	10	284935	284944	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_016585	CCCGT	2	10	287615	287624	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_016585	ATCCC	2	10	291663	291672	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
45	NC_016585	GGACG	2	10	291981	291990	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
46	NC_016585	CACCG	2	10	292012	292021	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
47	NC_016585	GTCCA	2	10	294635	294644	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_016585	GTTAT	2	10	295448	295457	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_016585	GCCGC	2	10	298767	298776	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
50	NC_016585	CCGGT	2	10	302179	302188	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_016585	GCGAT	2	10	302317	302326	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_016585	AATGG	2	10	311635	311644	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016585	CGGGC	2	10	321860	321869	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
54	NC_016585	CGATC	2	10	321972	321981	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_016585	TCGCC	2	10	323301	323310	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
56	NC_016585	CAGGG	2	10	332619	332628	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_016585	GCGGG	2	10	333751	333760	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
58	NC_016585	GATCG	2	10	339322	339331	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016585	CGATC	2	10	341017	341026	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_016585	GCGTG	2	10	365680	365689	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_016585	CCCCA	2	10	388120	388129	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
62	NC_016585	TTCGG	2	10	392378	392387	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_016585	TCCGG	2	10	392574	392583	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_016585	GGAAG	2	10	394088	394097	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
65	NC_016585	TGGGG	2	10	399003	399012	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016585	CGGCC	2	10	416864	416873	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
67	NC_016585	CCTGC	2	10	416921	416930	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
68	NC_016585	CCCGG	2	10	418826	418835	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
69	NC_016585	GTCCG	2	10	418855	418864	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_016585	GCCGC	2	10	419442	419451	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
71	NC_016585	GACGG	2	10	419533	419542	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_016585	CGCCC	2	10	424559	424568	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
73	NC_016585	TGCGC	2	10	442388	442397	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
74	NC_016585	TATGT	2	10	461058	461067	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016585	GAACG	2	10	463211	463220	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
76	NC_016585	TTTCC	2	10	463349	463358	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016585	CTGTC	2	10	472728	472737	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
78	NC_016585	CGCAG	2	10	479853	479862	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_016585	TCCCC	2	10	480331	480340	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
80	NC_016585	GCGGG	2	10	487809	487818	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
81	NC_016585	CCGAT	2	10	490747	490756	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_016585	GCGGG	2	10	501643	501652	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
83	NC_016585	GCGGG	2	10	506771	506780	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
84	NC_016585	GAAGA	2	10	513920	513929	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016585	CAGGG	2	10	518683	518692	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
86	NC_016585	GCTCC	2	10	524634	524643	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_016585	TTCGG	2	10	525337	525346	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_016585	TCGTG	2	10	526231	526240	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_016585	AATCA	2	10	527756	527765	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_016585	AGAGG	2	10	528704	528713	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016585	TTGAA	2	10	528722	528731	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_016585	CCGGC	2	10	537486	537495	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
93	NC_016585	TTGTT	2	10	538793	538802	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_016585	CGCGG	2	10	544913	544922	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
95	NC_016585	CCGGT	3	15	556518	556532	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_016585	CCGGC	2	10	560324	560333	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
97	NC_016585	CGGGT	2	10	561662	561671	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
98	NC_016585	CATCG	2	10	561672	561681	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
99	NC_016585	GGCCC	2	10	567446	567455	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
100	NC_016585	GGGGT	2	10	582919	582928	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_016585	CGGCG	2	10	612983	612992	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
102	NC_016585	CAGGA	2	10	633620	633629	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_016585	GGAAT	2	10	633666	633675	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016585	CAGCG	2	10	634200	634209	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
105	NC_016585	GTGAA	2	10	639210	639219	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016585	AGCGC	2	10	641663	641672	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
107	NC_016585	GGGGC	2	10	660415	660424	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
108	NC_016585	CCGAT	2	10	667535	667544	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_016585	AGCCA	2	10	670263	670272	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_016585	TTGTT	2	10	670280	670289	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_016585	CAGGG	2	10	676235	676244	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
112	NC_016585	GCCAA	2	10	676283	676292	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_016585	CGAAC	2	10	676416	676425	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_016585	GTCCG	2	10	678198	678207	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_016585	CGGCC	2	10	705889	705898	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
116	NC_016585	GTTCG	2	10	735639	735648	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_016585	CCGAA	2	10	739615	739624	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
118	NC_016585	GCGGG	2	10	744222	744231	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016585	GGGAT	2	10	749851	749860	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016585	ACGCG	2	10	751951	751960	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_016585	TGATT	2	10	751998	752007	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_016585	TCCCG	2	10	752971	752980	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
123	NC_016585	CACGA	2	10	753858	753867	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_016585	CCGAA	2	10	754752	754761	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_016585	TCGTT	2	10	755375	755384	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016585	ATCGG	2	10	791707	791716	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
127	NC_016585	GGCCG	2	10	792690	792699	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_016585	GGGGC	2	10	794780	794789	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
129	NC_016585	GGGGC	2	10	795137	795146	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
130	NC_016585	GGCCG	2	10	803798	803807	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
131	NC_016585	CTTCC	2	10	804208	804217	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
132	NC_016585	GTTCA	2	10	812382	812391	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_016585	GTCCG	2	10	812778	812787	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
134	NC_016585	CCCGC	2	10	830533	830542	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
135	NC_016585	CCGAA	2	10	830580	830589	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_016585	CGGCA	2	10	849816	849825	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
137	NC_016585	GGCTT	2	10	861422	861431	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
138	NC_016585	CGCGG	2	10	907150	907159	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
139	NC_016585	CACGG	2	10	907879	907888	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_016585	GCGCT	2	10	916067	916076	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
141	NC_016585	GGGCC	2	10	916276	916285	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
142	NC_016585	ATGGA	2	10	928618	928627	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016585	GGAAG	2	10	940169	940178	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016585	GGAGA	2	10	949324	949333	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
145	NC_016585	CCGGT	2	10	955801	955810	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_016585	GCACC	2	10	956700	956709	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
147	NC_016585	CCGAT	2	10	967470	967479	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_016585	GCCCG	2	10	970965	970974	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
149	NC_016585	GGCCG	2	10	971081	971090	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
150	NC_016585	CCGGC	2	10	977223	977232	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
151	NC_016585	TACGG	2	10	1006616	1006625	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
152	NC_016585	AAAAT	2	10	1010530	1010539	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_016585	CGCCC	2	10	1012355	1012364	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
154	NC_016585	CCTGA	2	10	1023942	1023951	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
155	NC_016585	CCCCT	2	10	1038121	1038130	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
156	NC_016585	GGGAT	2	10	1038645	1038654	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
157	NC_016585	GTGAG	2	10	1038741	1038750	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
158	NC_016585	TTCAA	2	10	1039827	1039836	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_016585	CCTCT	2	10	1039845	1039854	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.