MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Acidaminococcus intestini RyC-MR95 chromosome

Total Repeats: 332

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_016077	TGATA	2	10	15399	15408	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_016077	ATTTT	2	10	15580	15589	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_016077	TCGTG	2	10	16666	16675	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_016077	CCTAT	2	10	16710	16719	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
5	NC_016077	GGGCT	2	10	19956	19965	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
6	NC_016077	ATAAA	2	10	20728	20737	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_016077	GAAGG	2	10	24378	24387	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_016077	ATTTT	2	10	38976	38985	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_016077	TCAAA	2	10	51504	51513	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_016077	GAATG	2	10	59280	59289	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_016077	GAAAC	2	10	63815	63824	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_016077	ATAAA	2	10	118311	118320	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_016077	ATTTT	2	10	120418	120427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_016077	TCGTG	2	10	121504	121513	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_016077	CCTAT	2	10	121548	121557	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
16	NC_016077	GGGCT	2	10	124794	124803	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_016077	ATAAA	2	10	130099	130108	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_016077	CTGAC	2	10	139363	139372	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
19	NC_016077	AAGCA	3	15	149938	149952	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_016077	TTCCT	2	10	158431	158440	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
21	NC_016077	TGGAA	2	10	183012	183021	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
22	NC_016077	CAAAA	2	10	217109	217118	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_016077	ATGAA	2	10	241730	241739	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_016077	AGGAA	2	10	241753	241762	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_016077	ATTTA	2	10	242068	242077	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_016077	ATAAA	2	10	245910	245919	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_016077	GACAA	2	10	257364	257373	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_016077	AGGGG	2	10	263168	263177	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_016077	AGTAT	2	10	270767	270776	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_016077	GCCCT	2	10	289421	289430	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
31	NC_016077	AAAAT	2	10	301400	301409	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_016077	GATAT	2	10	301426	301435	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_016077	AGAAA	2	10	301625	301634	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_016077	CAGTT	2	10	316236	316245	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_016077	ATAAA	2	10	365930	365939	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_016077	CCATT	2	10	388891	388900	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_016077	ATTTT	2	10	391395	391404	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_016077	TCGTG	2	10	392481	392490	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
39	NC_016077	CCTAT	2	10	392525	392534	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_016077	GGGCT	2	10	395771	395780	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_016077	GATCT	2	10	396579	396588	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_016077	TCTTT	2	10	398506	398515	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_016077	AAGAA	2	10	410392	410401	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
44	NC_016077	TATAG	2	10	469699	469708	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_016077	ATAAA	2	10	469752	469761	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_016077	GCTAG	2	10	483401	483410	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_016077	ATATA	2	10	489593	489602	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_016077	TCTAT	2	10	499702	499711	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_016077	TTCTT	2	10	506020	506029	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_016077	AAAAT	2	10	516968	516977	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_016077	GCAGC	2	10	542479	542488	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_016077	AAGGG	2	10	553367	553376	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
53	NC_016077	ACTAT	2	10	554726	554735	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_016077	TATAA	2	10	554740	554749	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_016077	GAAAA	2	10	568932	568941	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_016077	TAAGG	2	10	570152	570161	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_016077	GAAAA	2	10	576833	576842	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_016077	ACATA	2	10	582665	582674	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
59	NC_016077	TTCTC	2	10	582736	582745	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
60	NC_016077	GCTGC	2	10	584282	584291	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_016077	GTGTT	2	10	584342	584351	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_016077	AGGGG	2	10	593301	593310	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
63	NC_016077	CCGCC	2	10	594729	594738	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
64	NC_016077	AAATC	2	10	594848	594857	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_016077	TTAAG	2	10	596947	596956	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
66	NC_016077	AAGGC	2	10	597779	597788	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_016077	TTTGG	2	10	602927	602936	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_016077	TATCA	2	10	610187	610196	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_016077	AAATT	2	10	616982	616991	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_016077	AATTT	2	10	616998	617007	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_016077	AAATT	2	10	617012	617021	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_016077	AGCAT	2	10	622444	622453	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_016077	GATAT	2	10	632698	632707	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_016077	GAAAG	2	10	642218	642227	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_016077	GAGCC	2	10	664764	664773	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_016077	CAAAC	2	10	665063	665072	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
77	NC_016077	TGGGC	2	10	667835	667844	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_016077	CTGAC	2	10	672213	672222	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
79	NC_016077	AAATA	2	10	676270	676279	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_016077	TGCCA	2	10	682679	682688	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_016077	CGTCC	2	10	683292	683301	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
82	NC_016077	CACTA	2	10	702505	702514	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_016077	TATGA	2	10	710152	710161	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
84	NC_016077	AGAAA	2	10	724204	724213	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_016077	AAGAA	2	10	726699	726708	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_016077	AGGGG	2	10	731133	731142	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
87	NC_016077	GTATA	2	10	737465	737474	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_016077	ATAAG	2	10	740438	740447	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_016077	AAAAG	2	10	746460	746469	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_016077	AAAGT	2	10	751972	751981	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_016077	TTTTC	2	10	752343	752352	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_016077	CTATG	2	10	769566	769575	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
93	NC_016077	TCGTT	2	10	783630	783639	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_016077	TGCGG	2	10	797728	797737	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
95	NC_016077	CTCAT	2	10	809801	809810	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_016077	CTTTT	2	10	813025	813034	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
97	NC_016077	TCCTT	2	10	837320	837329	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
98	NC_016077	CATTT	2	10	837408	837417	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_016077	CAATG	2	10	852940	852949	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_016077	CTGCG	2	10	886493	886502	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_016077	ATCTA	2	10	891163	891172	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_016077	AAGGA	2	10	893788	893797	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
103	NC_016077	TATTT	2	10	943054	943063	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_016077	AATGC	2	10	969592	969601	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
105	NC_016077	TTTTA	2	10	971896	971905	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_016077	GAATA	2	10	973051	973060	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_016077	AGAAA	2	10	973197	973206	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
108	NC_016077	TAAAA	2	10	974768	974777	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_016077	AAGAA	2	10	977794	977803	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_016077	GGTAC	2	10	977917	977926	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_016077	AGAGT	2	10	984780	984789	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_016077	TTTGA	2	10	993563	993572	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_016077	CCTTC	2	10	993715	993724	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
114	NC_016077	GAGGG	2	10	993801	993810	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
115	NC_016077	GTATA	2	10	998031	998040	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_016077	AGGGA	2	10	998270	998279	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
117	NC_016077	AGGTG	2	10	1002388	1002397	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
118	NC_016077	ATATC	2	10	1012826	1012835	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_016077	AGATT	2	10	1017085	1017094	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_016077	TATGA	2	10	1029583	1029592	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_016077	CTATA	2	10	1046703	1046712	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_016077	ATTTA	2	10	1048289	1048298	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_016077	GAGCG	2	10	1053382	1053391	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_016077	TTTTC	2	10	1053514	1053523	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_016077	GCAAT	2	10	1057816	1057825	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_016077	CCGCC	2	10	1057943	1057952	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
127	NC_016077	GCAAT	2	10	1059148	1059157	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_016077	TCCGC	2	10	1059272	1059281	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_016077	CGTGA	2	10	1059327	1059336	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
130	NC_016077	GCAAT	2	10	1059449	1059458	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_016077	TCCCC	2	10	1060797	1060806	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
132	NC_016077	GCACG	2	10	1070624	1070633	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_016077	TTTTG	2	10	1079722	1079731	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
134	NC_016077	CACAT	2	10	1087960	1087969	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
135	NC_016077	GGAAC	2	10	1088161	1088170	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
136	NC_016077	ATAGT	2	10	1107291	1107300	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_016077	ATCCA	2	10	1153983	1153992	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
138	NC_016077	AGATA	2	10	1154316	1154325	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_016077	CTATA	2	10	1166579	1166588	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_016077	AAGGA	2	10	1166653	1166662	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
141	NC_016077	GGGGA	2	10	1172687	1172696	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
142	NC_016077	GAGGG	2	10	1189652	1189661	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
143	NC_016077	AATAA	2	10	1191211	1191220	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_016077	CTTAC	2	10	1198529	1198538	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
145	NC_016077	GTATA	2	10	1224958	1224967	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
146	NC_016077	TAAAA	2	10	1236469	1236478	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_016077	GTTGA	2	10	1314722	1314731	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_016077	GTTTC	2	10	1445945	1445954	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
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284	NC_016077	AAGGA	2	10	2169527	2169536	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_016077	CGAGT	2	10	2193728	2193737	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
287	NC_016077	TTCAG	2	10	2194170	2194179	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
288	NC_016077	AGGAA	2	10	2194461	2194470	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
289	NC_016077	AGGAA	2	10	2198239	2198248	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
290	NC_016077	AGCTT	2	10	2200585	2200594	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
291	NC_016077	AATTT	2	10	2202301	2202310	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_016077	GTTCC	2	10	2221618	2221627	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
293	NC_016077	ATGAA	2	10	2226948	2226957	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
294	NC_016077	GGACA	2	10	2246389	2246398	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
295	NC_016077	GTCCC	2	10	2255432	2255441	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
296	NC_016077	TTCCT	2	10	2256755	2256764	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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299	NC_016077	GAAAA	2	10	2272007	2272016	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
300	NC_016077	AGGAA	2	10	2275287	2275296	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
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302	NC_016077	TCACG	2	10	2281533	2281542	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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304	NC_016077	AGCGA	2	10	2281640	2281649	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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309	NC_016077	TGTAT	2	10	2316093	2316102	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
310	NC_016077	ACTCG	2	10	2321226	2321235	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
311	NC_016077	CCGCC	2	10	2321246	2321255	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
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320	NC_016077	TTCCT	2	10	2398787	2398796	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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327	NC_016077	TCCTA	2	10	2448731	2448740	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
328	NC_016077	TCTAA	2	10	2460962	2460971	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
329	NC_016077	TGAGA	2	10	2461755	2461764	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
330	NC_016077	AGGGG	2	10	2467385	2467394	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
331	NC_016077	GTCCA	2	10	2468696	2468705	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
332	NC_016077	CTTTT	2	10	2487502	2487511	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.