MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc2

Total Repeats: 76

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015853	GCC	2	6	74	79	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_015853	GCC	2	6	89	94	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_015853	GAT	2	6	170	175	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_015853	GGA	2	6	190	195	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_015853	GAA	2	6	266	271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_015853	TGG	2	6	282	287	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_015853	GGC	2	6	295	300	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_015853	TGG	2	6	312	317	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_015853	TGC	2	6	333	338	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_015853	GAG	2	6	535	540	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_015853	GCC	2	6	559	564	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
12	NC_015853	GTG	2	6	596	601	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_015853	AGA	2	6	610	615	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_015853	CCA	2	6	628	633	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_015853	AGG	2	6	898	903	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_015853	TAC	2	6	1124	1129	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_015853	ACC	2	6	1134	1139	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_015853	CGG	2	6	1176	1181	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_015853	GTG	2	6	1199	1204	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_015853	TCC	2	6	1711	1716	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
21	NC_015853	GCT	2	6	1874	1879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_015853	CGG	2	6	1942	1947	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_015853	GGT	2	6	1991	1996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_015853	GCT	2	6	1997	2002	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_015853	CTT	2	6	2030	2035	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_015853	TGC	2	6	2072	2077	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_015853	TCT	2	6	2140	2145	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_015853	GCG	2	6	2220	2225	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_015853	CAT	2	6	2271	2276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_015853	TCC	2	6	2671	2676	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
31	NC_015853	CGA	2	6	2711	2716	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_015853	GGC	2	6	2748	2753	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_015853	CTG	2	6	2849	2854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_015853	ATC	2	6	3294	3299	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_015853	AGG	2	6	3392	3397	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_015853	TGT	2	6	6175	6180	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_015853	CGC	2	6	6822	6827	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_015853	TCG	2	6	6915	6920	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_015853	ATT	2	6	7085	7090	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_015853	GAA	2	6	7121	7126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_015853	ACC	2	6	7128	7133	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
42	NC_015853	CTG	2	6	7220	7225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_015853	TGC	3	9	7248	7256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_015853	ATG	2	6	7527	7532	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_015853	CAG	2	6	7728	7733	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_015853	TAT	2	6	7952	7957	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_015853	TAA	2	6	7988	7993	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_015853	ACA	2	6	8023	8028	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_015853	ACC	2	6	8082	8087	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_015853	CCG	2	6	8161	8166	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_015853	GCT	2	6	8190	8195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_015853	CTC	3	9	9638	9646	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
53	NC_015853	ATC	2	6	9648	9653	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_015853	TGC	2	6	9668	9673	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_015853	CAC	2	6	9705	9710	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
56	NC_015853	GAA	2	6	9721	9726	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_015853	ACA	2	6	9728	9733	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_015853	AGG	2	6	9812	9817	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_015853	CCG	2	6	9901	9906	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
60	NC_015853	CGG	2	6	9911	9916	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_015853	GGA	2	6	9917	9922	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_015853	GAT	2	6	9968	9973	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
63	NC_015853	TCG	2	6	9979	9984	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_015853	GTG	2	6	9991	9996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_015853	TTC	2	6	10794	10799	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_015853	CGT	2	6	12987	12992	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_015853	GGT	2	6	13225	13230	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_015853	TGC	2	6	13288	13293	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_015853	TAT	2	6	13396	13401	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_015853	GGC	2	6	13702	13707	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_015853	TGG	2	6	13710	13715	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_015853	GTG	2	6	13716	13721	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
73	NC_015853	TGC	2	6	13775	13780	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_015853	TGG	2	6	13838	13843	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_015853	GCC	2	6	14028	14033	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_015853	ACG	2	6	14067	14072	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.