MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Ammonifex degensii KC4 chromosome

Total Repeats: 127

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013385	GATAAA	2	12	25371	25382	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013385	AGTGGA	2	12	80974	80985	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_013385	CAGGTA	2	12	112717	112728	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_013385	CTGGTG	2	12	112933	112944	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_013385	CTTCAA	2	12	122934	122945	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_013385	GGCCAT	2	12	132953	132964	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_013385	CCCCTG	2	12	145385	145396	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_013385	CTTCAA	2	12	189652	189663	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_013385	CCTGTT	2	12	196300	196311	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_013385	AGAAGG	2	12	217448	217459	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_013385	CTTCAA	2	12	217973	217984	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_013385	GGCGAA	2	12	235346	235357	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_013385	GGCCCA	2	12	265127	265138	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
14	NC_013385	GAAAGG	2	12	269497	269508	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_013385	AGAAGG	2	12	283340	283351	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013385	CTTCAA	2	12	283865	283876	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_013385	GCTCCT	2	12	295663	295674	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
18	NC_013385	CCCTGG	2	12	326849	326860	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_013385	GAATAA	2	12	348137	348148	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
20	NC_013385	GCGCAA	2	12	348318	348329	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_013385	GCAGGT	2	12	357534	357545	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_013385	CTTCAA	2	12	409180	409191	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_013385	TAGAGA	2	12	416374	416385	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
24	NC_013385	GCAGGA	2	12	417804	417815	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_013385	GATTTT	2	12	437747	437758	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013385	TTGAAG	2	12	437848	437859	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_013385	CTTCAA	2	12	474461	474472	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_013385	AGGGGA	2	12	484666	484677	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013385	CTTCAA	2	12	499779	499790	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_013385	TGGTCT	2	12	765821	765832	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_013385	AGCTGC	2	12	780655	780666	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_013385	CCAGAA	2	12	819142	819153	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_013385	GGGAGG	2	12	823427	823438	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_013385	CAGGCG	2	12	825788	825799	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_013385	GGTTTT	2	12	826376	826387	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
36	NC_013385	GGCTCG	2	12	836155	836166	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_013385	GGCTAC	2	12	850012	850023	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_013385	GGGGAC	2	12	893438	893449	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_013385	CGCGCC	2	12	893887	893898	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
40	NC_013385	ATACGC	2	12	909947	909958	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_013385	AGTAGA	2	12	921581	921592	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_013385	CCTGGC	2	12	928785	928796	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
43	NC_013385	CGCCGT	2	12	929461	929472	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
44	NC_013385	CGAAGA	2	12	992380	992391	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_013385	GGCCTG	2	12	1009534	1009545	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013385	GCTGGT	2	12	1041072	1041083	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_013385	CTTCAA	2	12	1042708	1042719	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_013385	TGAAAG	2	12	1052996	1053007	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_013385	CCTGGC	2	12	1064346	1064357	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
50	NC_013385	TAACTT	2	12	1068394	1068405	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_013385	AGAAGG	2	12	1069416	1069427	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013385	CTTCAA	2	12	1069941	1069952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_013385	CACCGA	2	12	1070874	1070885	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_013385	GGTCCC	2	12	1073083	1073094	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
55	NC_013385	AAGTTA	2	12	1077227	1077238	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013385	TTTGTG	2	12	1096137	1096148	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_013385	CCTTTC	2	12	1098882	1098893	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_013385	CAAGCA	2	12	1120447	1120458	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_013385	TTGGTT	2	12	1124287	1124298	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_013385	TGCTTT	2	12	1125363	1125374	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_013385	ATGAAG	2	12	1128344	1128355	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013385	CTTTGC	2	12	1132221	1132232	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_013385	CCCGGC	2	12	1138003	1138014	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_013385	CAGGGG	2	12	1138200	1138211	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_013385	GGCGAA	2	12	1147005	1147016	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_013385	CCTGCG	2	12	1191403	1191414	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_013385	AAGGTG	2	12	1193551	1193562	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
68	NC_013385	TGGAGG	2	12	1193900	1193911	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_013385	CCTACA	2	12	1195194	1195205	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_013385	CCCAGG	2	12	1199602	1199613	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
71	NC_013385	TTGAAG	2	12	1201979	1201990	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
72	NC_013385	TTGAAG	2	12	1249282	1249293	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_013385	CAAAGG	2	12	1250650	1250661	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_013385	AGGGGG	2	12	1285804	1285815	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_013385	CTGGAG	2	12	1285971	1285982	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_013385	TCGGCC	2	12	1294820	1294831	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_013385	GGAAAA	2	12	1295158	1295169	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
78	NC_013385	TTAACC	2	12	1317941	1317952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_013385	TGGAGG	2	12	1328105	1328116	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_013385	CGCGTC	2	12	1351732	1351743	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
81	NC_013385	CTCCCC	2	12	1352212	1352223	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
82	NC_013385	GGGGGC	2	12	1352616	1352627	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_013385	CTCCCC	2	12	1352970	1352981	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
84	NC_013385	CGCAGC	2	12	1353199	1353210	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_013385	GTCTAT	2	12	1353441	1353452	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_013385	TCGGGA	2	12	1355599	1355610	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_013385	CTCAGA	2	12	1359673	1359684	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_013385	CAGCCA	2	12	1359981	1359992	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
89	NC_013385	CCGGTA	2	12	1368162	1368173	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_013385	AAAAAG	2	12	1378694	1378705	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_013385	GCCCGC	2	12	1405880	1405891	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_013385	GCCAAA	2	12	1410470	1410481	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_013385	TTGAAG	2	12	1437322	1437333	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013385	CAAGGA	2	12	1446906	1446917	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_013385	TTGAAG	2	12	1462040	1462051	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_013385	AAAGAT	2	12	1468762	1468773	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_013385	TAGAAA	2	12	1476204	1476215	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_013385	CTCACC	2	12	1494765	1494776	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_013385	CTGGTC	2	12	1495037	1495048	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_013385	TTTCCC	2	12	1504632	1504643	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
101	NC_013385	TCTCCT	2	12	1555231	1555242	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_013385	GAAAAA	2	12	1614548	1614559	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013385	TTACCC	2	12	1625475	1625486	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
104	NC_013385	AGGGCA	2	12	1625909	1625920	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_013385	ACCTCC	2	12	1645840	1645851	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
106	NC_013385	TTGAAG	2	12	1733740	1733751	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013385	CCTTCT	2	12	1734265	1734276	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
108	NC_013385	TTCGGG	2	12	1740125	1740136	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_013385	ACAAAA	2	12	1782529	1782540	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_013385	AAATAA	2	12	1799990	1800001	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_013385	TTGAAG	2	12	1800210	1800221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_013385	CCCCTG	2	12	1802824	1802835	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
113	NC_013385	GGGGCT	2	12	1839593	1839604	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_013385	AAAAAC	2	12	1877537	1877548	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_013385	ACCAGT	2	12	1888633	1888644	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_013385	TATTGA	2	12	1889536	1889547	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_013385	CTCAAT	2	12	1921794	1921805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_013385	GCATAC	2	12	1938067	1938078	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_013385	TTGAAG	2	12	1938143	1938154	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_013385	TTACCT	2	12	1957226	1957237	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_013385	CTTCAA	2	12	1959922	1959933	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_013385	CTTCAA	2	12	1964350	1964361	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_013385	TCCCTC	2	12	1995351	1995362	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_013385	CTCCGT	2	12	2044887	2044898	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
125	NC_013385	CCCCCT	2	12	2062364	2062375	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
126	NC_013385	TTGAAG	2	12	2079487	2079498	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_013385	CCTTCT	2	12	2080012	2080023	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.