MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ammonifex degensii KC4 chromosome

Total Repeats: 252

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013385	ATTTT	2	10	10087	10096	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_013385	TGAGC	2	10	22396	22405	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_013385	CGCGT	2	10	22464	22473	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
4	NC_013385	ATACT	2	10	26791	26800	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_013385	AGGGA	2	10	27530	27539	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
6	NC_013385	ATAAA	2	10	95232	95241	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_013385	TCCCC	2	10	95464	95473	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
8	NC_013385	CAACT	2	10	95684	95693	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_013385	CGGCA	2	10	112950	112959	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
10	NC_013385	GCAGG	2	10	119910	119919	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
11	NC_013385	GGGCG	2	10	120647	120656	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
12	NC_013385	GAGCT	2	10	121315	121324	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_013385	TGCTA	2	10	123670	123679	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_013385	CGGTG	2	10	133396	133405	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_013385	AAAAG	2	10	133905	133914	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_013385	GGGGA	2	10	135246	135255	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
17	NC_013385	CTTTT	2	10	156029	156038	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_013385	TTTAT	2	10	163305	163314	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_013385	CGGGA	2	10	165583	165592	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
20	NC_013385	GAAAG	2	10	167228	167237	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
21	NC_013385	GGTCG	2	10	190092	190101	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_013385	GGAGC	2	10	195933	195942	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
23	NC_013385	AGGCA	2	10	196364	196373	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_013385	ATAAC	2	10	205429	205438	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_013385	GAGAG	2	10	215700	215709	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
26	NC_013385	GAGGC	2	10	217600	217609	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
27	NC_013385	TCCCT	2	10	233457	233466	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
28	NC_013385	GAAGT	2	10	260776	260785	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_013385	GACCA	2	10	262315	262324	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_013385	GGCAT	2	10	264328	264337	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013385	AGGGG	2	10	264521	264530	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
32	NC_013385	AGGGC	2	10	266583	266592	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013385	GCCCG	2	10	266715	266724	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
34	NC_013385	GCCGG	2	10	266892	266901	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
35	NC_013385	GAGGC	2	10	283492	283501	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_013385	GGGAG	3	15	326937	326951	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_013385	TGCTC	2	10	348072	348081	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_013385	GGCCC	2	10	360597	360606	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
39	NC_013385	GGAGT	2	10	360607	360616	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_013385	ACCTC	2	10	367187	367196	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
41	NC_013385	AGCCA	2	10	367342	367351	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
42	NC_013385	TTTCC	2	10	420768	420777	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_013385	GCCAC	2	10	426161	426170	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
44	NC_013385	GTTTT	2	10	427143	427152	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_013385	ACCTC	2	10	430562	430571	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
46	NC_013385	ATTTG	2	10	435626	435635	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013385	TCCTC	2	10	435703	435712	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
48	NC_013385	GCTTG	2	10	447243	447252	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
49	NC_013385	TGTTT	2	10	470393	470402	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
50	NC_013385	TTCCC	2	10	470507	470516	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
51	NC_013385	GAAGG	2	10	474603	474612	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
52	NC_013385	CCTTT	2	10	476967	476976	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_013385	TATTT	2	10	489326	489335	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_013385	CAGGG	2	10	503577	503586	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_013385	GGAGA	2	10	523310	523319	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
56	NC_013385	CAGGT	2	10	523605	523614	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_013385	TCACC	2	10	534653	534662	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
58	NC_013385	CCTTC	2	10	539403	539412	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_013385	ACATA	2	10	547330	547339	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_013385	AGCCC	2	10	549837	549846	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
61	NC_013385	AAGGA	2	10	554310	554319	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_013385	TTTGG	2	10	569811	569820	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_013385	TTAAT	2	10	580996	581005	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_013385	AAAGG	2	10	584817	584826	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
65	NC_013385	CGGGG	2	10	638155	638164	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
66	NC_013385	GCCGG	2	10	640331	640340	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
67	NC_013385	TTCCC	2	10	652788	652797	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_013385	CTAAG	2	10	656785	656794	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
69	NC_013385	TAACA	2	10	657741	657750	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_013385	GAAGC	2	10	675359	675368	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_013385	CCGTA	2	10	677277	677286	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
72	NC_013385	CGGTG	2	10	690753	690762	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
73	NC_013385	TCCTT	2	10	692965	692974	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
74	NC_013385	GCGGG	2	10	695692	695701	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
75	NC_013385	CCGGG	2	10	702053	702062	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
76	NC_013385	CCGGG	2	10	707114	707123	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
77	NC_013385	TGGCG	2	10	707128	707137	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
78	NC_013385	CGGGT	2	10	707148	707157	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
79	NC_013385	CTTTT	2	10	709640	709649	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_013385	CCTGC	2	10	714247	714256	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
81	NC_013385	GGAGG	2	10	716744	716753	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
82	NC_013385	TCCTA	2	10	718672	718681	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_013385	CCGTT	2	10	719569	719578	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_013385	AAGGG	2	10	729481	729490	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
85	NC_013385	CGGGC	2	10	757385	757394	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
86	NC_013385	CTTTT	2	10	765390	765399	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_013385	AGCTC	2	10	765650	765659	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
88	NC_013385	CCGGC	2	10	768281	768290	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
89	NC_013385	CTTTT	2	10	768305	768314	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_013385	CGGGG	2	10	779105	779114	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
91	NC_013385	CGCGG	2	10	779540	779549	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
92	NC_013385	GAAGG	2	10	780711	780720	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
93	NC_013385	GGAGG	2	10	791991	792000	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
94	NC_013385	GCCCC	2	10	795581	795590	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
95	NC_013385	CTTTT	2	10	797389	797398	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
96	NC_013385	CGGGC	2	10	799538	799547	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
97	NC_013385	GCCGA	2	10	800964	800973	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_013385	CCTTT	2	10	820599	820608	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_013385	GCGTC	2	10	821726	821735	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
100	NC_013385	GGAGG	2	10	826063	826072	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
101	NC_013385	GGGAG	2	10	832885	832894	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
102	NC_013385	GGGAG	2	10	836092	836101	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
103	NC_013385	AAGGG	2	10	836547	836556	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
104	NC_013385	CTTTT	2	10	844995	845004	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
105	NC_013385	CTTTT	2	10	845633	845642	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_013385	AAGGG	2	10	851113	851122	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
107	NC_013385	CGGCG	2	10	903022	903031	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_013385	AGCAC	2	10	903039	903048	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_013385	GAGGC	2	10	909774	909783	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
110	NC_013385	TGTGC	2	10	925577	925586	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_013385	TGTGC	2	10	991769	991778	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
112	NC_013385	TGACC	2	10	1009758	1009767	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_013385	CTTTT	2	10	1011653	1011662	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_013385	TAGGT	2	10	1018972	1018981	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
115	NC_013385	GGCCT	2	10	1020232	1020241	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_013385	TAGAC	2	10	1041013	1041022	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_013385	AGTTC	2	10	1043484	1043493	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_013385	AGGGA	2	10	1064921	1064930	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
119	NC_013385	GAGGC	2	10	1069568	1069577	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
120	NC_013385	GACAC	2	10	1075520	1075529	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_013385	TTTTG	2	10	1080257	1080266	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_013385	GGAAA	2	10	1104227	1104236	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_013385	AGCCA	2	10	1109338	1109347	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
124	NC_013385	CCTGC	2	10	1117130	1117139	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
125	NC_013385	TCCCC	2	10	1120314	1120323	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
126	NC_013385	AGGGC	2	10	1129304	1129313	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_013385	GCCGG	2	10	1129613	1129622	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
128	NC_013385	CTGGG	2	10	1138708	1138717	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
129	NC_013385	GGGGA	2	10	1150009	1150018	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
130	NC_013385	GGAGG	2	10	1151675	1151684	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
131	NC_013385	GCCGG	2	10	1160804	1160813	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
132	NC_013385	TACTC	2	10	1161273	1161282	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
133	NC_013385	AGGGG	2	10	1161459	1161468	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
134	NC_013385	TAAGA	2	10	1173076	1173085	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_013385	ACCTC	2	10	1181271	1181280	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
136	NC_013385	GGCGG	2	10	1187830	1187839	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
137	NC_013385	GCTCC	2	10	1187888	1187897	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_013385	CTCTT	2	10	1188011	1188020	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
139	NC_013385	GGCTC	2	10	1188543	1188552	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_013385	GACCA	2	10	1188882	1188891	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_013385	GCCTC	2	10	1192616	1192625	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
142	NC_013385	GCCCG	2	10	1194012	1194021	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
143	NC_013385	GGCCT	2	10	1194133	1194142	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_013385	GGCTG	2	10	1198250	1198259	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
145	NC_013385	TGTGG	2	10	1199693	1199702	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
146	NC_013385	TGAGG	2	10	1205442	1205451	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
147	NC_013385	CCTGA	2	10	1206806	1206815	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
148	NC_013385	GAAAA	2	10	1207073	1207082	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_013385	CCCCA	2	10	1207984	1207993	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
150	NC_013385	AAAGA	2	10	1208300	1208309	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
151	NC_013385	ACCAG	2	10	1208501	1208510	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
152	NC_013385	TCCCA	2	10	1208556	1208565	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
153	NC_013385	CCAGG	2	10	1208570	1208579	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
154	NC_013385	TCCCC	2	10	1208916	1208925	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
155	NC_013385	TAAAA	2	10	1213850	1213859	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_013385	AGCAG	2	10	1221546	1221555	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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158	NC_013385	TTTCT	2	10	1232221	1232230	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
159	NC_013385	AGTGG	2	10	1235187	1235196	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
160	NC_013385	TACCT	2	10	1243295	1243304	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
161	NC_013385	CCGTC	2	10	1246455	1246464	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
162	NC_013385	GCAGG	2	10	1262290	1262299	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
163	NC_013385	CTCTT	2	10	1293937	1293946	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
164	NC_013385	AAAGG	2	10	1294748	1294757	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
165	NC_013385	CGAAG	2	10	1295734	1295743	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
166	NC_013385	TTCCC	2	10	1299005	1299014	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
167	NC_013385	AAGGA	2	10	1299119	1299128	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
168	NC_013385	CTCCC	2	10	1301024	1301033	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
169	NC_013385	AGGCC	2	10	1308238	1308247	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
170	NC_013385	CGGCG	2	10	1344941	1344950	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
171	NC_013385	TCAGC	2	10	1345863	1345872	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
172	NC_013385	GCCCC	2	10	1347970	1347979	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
173	NC_013385	CTTCC	2	10	1348420	1348429	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
174	NC_013385	CCCTT	2	10	1348611	1348620	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
175	NC_013385	CCGGC	2	10	1353667	1353676	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
176	NC_013385	CGCTG	2	10	1353677	1353686	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
177	NC_013385	TGCGA	2	10	1357994	1358003	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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179	NC_013385	CCCTC	2	10	1363931	1363940	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
180	NC_013385	GCTCC	2	10	1364252	1364261	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
181	NC_013385	CCCCG	2	10	1369238	1369247	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
182	NC_013385	GACCG	2	10	1378863	1378872	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
183	NC_013385	TTTAA	2	10	1383041	1383050	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_013385	TCCCC	2	10	1383078	1383087	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
185	NC_013385	CTTAC	2	10	1406792	1406801	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
186	NC_013385	CCTCC	2	10	1430204	1430213	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
187	NC_013385	TCGTC	2	10	1448729	1448738	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
188	NC_013385	TCCGG	2	10	1448893	1448902	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
189	NC_013385	AGAAA	2	10	1461039	1461048	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
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191	NC_013385	CCGGG	2	10	1494643	1494652	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
192	NC_013385	AAACA	2	10	1505176	1505185	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_013385	CTGCC	2	10	1594555	1594564	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
194	NC_013385	CCGGC	2	10	1606721	1606730	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
195	NC_013385	AGCGT	2	10	1625669	1625678	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
196	NC_013385	ACCCC	2	10	1629546	1629555	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
197	NC_013385	CTCTC	2	10	1638129	1638138	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
198	NC_013385	GCCCC	2	10	1639354	1639363	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
199	NC_013385	GGCAA	2	10	1654042	1654051	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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234	NC_013385	CCTCG	2	10	1992380	1992389	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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242	NC_013385	CTTGC	2	10	2052701	2052710	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
243	NC_013385	CGCCT	2	10	2059161	2059170	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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245	NC_013385	CGCCT	2	10	2079861	2079870	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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247	NC_013385	GCCGG	2	10	2082227	2082236	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
248	NC_013385	CCCTT	2	10	2088143	2088152	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
249	NC_013385	ATTAT	2	10	2088198	2088207	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
250	NC_013385	CCCCT	2	10	2091378	2091387	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
251	NC_013385	GAAGG	2	10	2096057	2096066	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
252	NC_013385	TCGAG	2	10	2114823	2114832	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.