MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 chromosome 2

Total Repeats: 133

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011988	TTGCG	2	10	10524	10533	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_011988	GAAGA	2	10	23154	23163	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011988	TCCCC	2	10	30268	30277	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
4	NC_011988	GATGC	2	10	35358	35367	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_011988	GCTTT	2	10	35437	35446	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_011988	CTGCC	2	10	35881	35890	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_011988	TTTTG	2	10	36171	36180	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011988	TGCGT	2	10	36241	36250	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_011988	AGGGT	2	10	37271	37280	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
10	NC_011988	GGCGC	2	10	53056	53065	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011988	CTATC	2	10	57997	58006	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_011988	TGTAA	2	10	62281	62290	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011988	ACTGT	2	10	66743	66752	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_011988	CGCTG	2	10	72695	72704	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
15	NC_011988	TTTTG	2	10	78333	78342	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011988	TTGGC	2	10	96200	96209	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_011988	CTTTA	2	10	96329	96338	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_011988	GTCAT	2	10	110301	110310	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
19	NC_011988	TTCAG	2	10	114215	114224	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011988	TTTGC	2	10	126166	126175	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_011988	CGAAG	2	10	142124	142133	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011988	AAACC	2	10	190590	190599	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_011988	TTATT	2	10	190730	190739	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011988	ACCGC	2	10	198387	198396	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
25	NC_011988	TGGCC	2	10	200950	200959	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
26	NC_011988	TCCAT	2	10	211721	211730	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
27	NC_011988	GTACA	2	10	220147	220156	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011988	ACAAA	2	10	292158	292167	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011988	TTGGC	2	10	299012	299021	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_011988	GCTTT	2	10	310203	310212	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_011988	CAGGC	2	10	335030	335039	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_011988	ACCGC	2	10	335299	335308	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
33	NC_011988	GCGGT	2	10	335317	335326	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011988	TGAAT	2	10	340681	340690	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011988	GGCAG	2	10	349821	349830	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
36	NC_011988	CAAAC	2	10	349873	349882	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
37	NC_011988	TAAAA	2	10	355136	355145	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011988	GGATG	2	10	396903	396912	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011988	CTGCG	2	10	429567	429576	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
40	NC_011988	CGCTG	2	10	429788	429797	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
41	NC_011988	GCGGG	2	10	443270	443279	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
42	NC_011988	TTGAT	2	10	459475	459484	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011988	CATAT	2	10	477382	477391	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_011988	AAGGA	2	10	486032	486041	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_011988	TTTGG	2	10	496665	496674	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011988	GCGCC	2	10	498462	498471	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_011988	TTGTT	2	10	511087	511096	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011988	AGGAA	2	10	511156	511165	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_011988	TCCAT	2	10	538400	538409	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
50	NC_011988	GCTGG	2	10	538471	538480	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
51	NC_011988	TCGTT	2	10	540422	540431	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_011988	GAAAC	2	10	552463	552472	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_011988	GACTG	2	10	579482	579491	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
54	NC_011988	TATTT	2	10	585143	585152	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_011988	TGCTA	2	10	590855	590864	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_011988	TGCTA	2	10	597511	597520	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011988	TGAAG	2	10	598420	598429	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011988	TGCAG	2	10	598636	598645	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
59	NC_011988	GGTTC	2	10	598967	598976	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
60	NC_011988	TTCCT	2	10	607056	607065	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_011988	AAAAC	2	10	618785	618794	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_011988	TCGAG	2	10	633457	633466	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
63	NC_011988	TTTTC	2	10	695841	695850	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_011988	CAAGC	2	10	698977	698986	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_011988	CTTTC	2	10	714598	714607	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_011988	TCGCT	2	10	726649	726658	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
67	NC_011988	CAGAT	2	10	739033	739042	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011988	CGGTT	2	10	739200	739209	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_011988	AATTT	2	10	752792	752801	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011988	CCTTT	2	10	780458	780467	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_011988	GGGCG	2	10	797722	797731	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
72	NC_011988	GGGGT	2	10	805318	805327	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011988	GCTTG	2	10	809147	809156	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_011988	TTAAA	2	10	822355	822364	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_011988	TTGAT	2	10	822875	822884	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011988	CTGAA	2	10	823908	823917	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_011988	TTGAA	2	10	835541	835550	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011988	TGAAA	2	10	836390	836399	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011988	AAAAG	2	10	837938	837947	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_011988	CATGC	2	10	885007	885016	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_011988	ATTGC	2	10	913430	913439	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_011988	ACATT	2	10	915676	915685	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_011988	GCTTC	2	10	922782	922791	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_011988	TGTGT	2	10	922926	922935	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011988	TCGTG	2	10	932013	932022	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_011988	GGGCT	2	10	932158	932167	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
87	NC_011988	GAAGA	2	10	933296	933305	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011988	AAGGA	2	10	933707	933716	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011988	ACAAA	2	10	934030	934039	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_011988	AAGGA	2	10	934162	934171	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011988	AGTGG	2	10	935403	935412	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
92	NC_011988	TTGAA	2	10	935696	935705	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011988	GGCGG	2	10	936948	936957	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
94	NC_011988	CGCGG	2	10	962596	962605	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
95	NC_011988	CAAGT	2	10	964067	964076	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
96	NC_011988	GTTCG	2	10	987768	987777	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011988	AACCG	2	10	1003785	1003794	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_011988	GGCAA	2	10	1004891	1004900	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
99	NC_011988	CATAT	2	10	1005319	1005328	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_011988	GGCTT	2	10	1014888	1014897	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
101	NC_011988	TCGTG	2	10	1045602	1045611	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_011988	GGGCT	2	10	1045747	1045756	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
103	NC_011988	GAAGA	2	10	1046885	1046894	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011988	AAGGA	2	10	1047296	1047305	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011988	ACAAA	2	10	1047619	1047628	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_011988	AAGGA	2	10	1047751	1047760	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011988	AGTGG	2	10	1048988	1048997	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011988	TTGAA	2	10	1049281	1049290	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011988	GGCGG	2	10	1050533	1050542	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
110	NC_011988	AAGGT	2	10	1072955	1072964	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011988	GTCAT	2	10	1077056	1077065	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
112	NC_011988	GCCAA	2	10	1098484	1098493	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_011988	CTTCT	2	10	1124805	1124814	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
114	NC_011988	CTGTT	2	10	1137375	1137384	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
115	NC_011988	GGACC	2	10	1141997	1142006	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
116	NC_011988	GCTAT	2	10	1160670	1160679	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
117	NC_011988	TCTTT	2	10	1162135	1162144	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_011988	ACCGT	2	10	1167691	1167700	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
119	NC_011988	TGGGT	2	10	1167782	1167791	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011988	CCTTG	2	10	1169404	1169413	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_011988	ATCGG	2	10	1169763	1169772	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
122	NC_011988	TCTCT	2	10	1169905	1169914	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
123	NC_011988	GGCTG	2	10	1174726	1174735	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
124	NC_011988	TGATC	2	10	1178530	1178539	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
125	NC_011988	GCATT	2	10	1180708	1180717	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
126	NC_011988	TGGCG	2	10	1201277	1201286	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_011988	GGAGC	2	10	1206356	1206365	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
128	NC_011988	AGGGG	2	10	1209074	1209083	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011988	AGGAT	2	10	1214177	1214186	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011988	GCTTG	2	10	1217476	1217485	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_011988	GAAAA	2	10	1226494	1226503	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011988	AGAGA	2	10	1246373	1246382	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
133	NC_011988	GGCGC	2	10	1253650	1253659	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.