MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pTiS4

Total Repeats: 189

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011982	GAGG	2	8	7338	7345	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011982	ACAG	2	8	8553	8560	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
3	NC_011982	GCCG	2	8	9347	9354	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
4	NC_011982	CGAG	2	8	19950	19957	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
5	NC_011982	CCGT	2	8	22737	22744	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_011982	GCCG	2	8	22908	22915	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
7	NC_011982	GCTG	2	8	24161	24168	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
8	NC_011982	CGGC	2	8	24221	24228	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_011982	TCGC	2	8	24518	24525	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
10	NC_011982	TCCA	2	8	24630	24637	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
11	NC_011982	TCCA	2	8	24680	24687	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_011982	TGGA	2	8	28583	28590	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011982	TGGA	2	8	28633	28640	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011982	GCGA	2	8	28745	28752	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_011982	GCCG	2	8	29042	29049	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_011982	CAGC	2	8	29102	29109	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
17	NC_011982	GACC	2	8	30162	30169	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_011982	CGTC	2	8	30423	30430	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_011982	GCAA	2	8	30522	30529	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_011982	TTGC	2	8	31311	31318	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_011982	CGTC	2	8	31342	31349	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
22	NC_011982	TCGC	2	8	31613	31620	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
23	NC_011982	GAAC	2	8	31957	31964	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_011982	TCAG	2	8	32286	32293	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_011982	GCGG	2	8	34307	34314	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
26	NC_011982	AGCG	2	8	34323	34330	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
27	NC_011982	GCAG	2	8	34573	34580	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_011982	GCAA	2	8	36282	36289	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_011982	CATC	2	8	36577	36584	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_011982	CCAT	2	8	36840	36847	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_011982	GCGT	2	8	36894	36901	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
32	NC_011982	CGAT	2	8	37129	37136	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
33	NC_011982	CCCG	2	8	37335	37342	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
34	NC_011982	GAAG	2	8	37475	37482	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011982	CTCG	2	8	38090	38097	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
36	NC_011982	CGTG	2	8	38441	38448	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
37	NC_011982	CGCA	2	8	38510	38517	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_011982	CAGC	2	8	38576	38583	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_011982	CGGT	2	8	38701	38708	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
40	NC_011982	ATCG	2	8	38882	38889	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_011982	TCGA	2	8	39063	39070	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_011982	GCCG	2	8	39086	39093	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
43	NC_011982	AAGC	2	8	39320	39327	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_011982	CGAG	2	8	39542	39549	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_011982	GGCA	2	8	40823	40830	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
46	NC_011982	TTGC	2	8	41724	41731	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
47	NC_011982	TTGA	2	8	41760	41767	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011982	GCGG	2	8	41807	41814	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
49	NC_011982	GCAC	2	8	42434	42441	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_011982	AGCG	2	8	42550	42557	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_011982	TGCC	2	8	42631	42638	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
52	NC_011982	ATCA	2	8	42643	42650	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
53	NC_011982	TTAT	2	8	42748	42755	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011982	CGCC	2	8	43244	43251	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
55	NC_011982	CGTC	2	8	43460	43467	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
56	NC_011982	TCAG	2	8	43491	43498	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_011982	TCAG	2	8	43573	43580	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_011982	GCTA	2	8	43825	43832	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
59	NC_011982	AATG	2	8	47116	47123	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011982	ATCA	2	8	47584	47591	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_011982	TGGA	2	8	49334	49341	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011982	TGGA	2	8	49384	49391	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011982	GCGA	2	8	49496	49503	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
64	NC_011982	CAAA	2	8	52430	52437	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
65	NC_011982	GTCG	2	8	52622	52629	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
66	NC_011982	CCCG	2	8	54222	54229	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
67	NC_011982	AGGG	2	8	54248	54255	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011982	GCCG	2	8	55120	55127	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
69	NC_011982	GCAA	2	8	61614	61621	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_011982	GTTT	2	8	65230	65237	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011982	GTCC	2	8	66635	66642	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
72	NC_011982	GAAG	2	8	67254	67261	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011982	GCGA	2	8	67901	67908	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
74	NC_011982	TTCC	2	8	68509	68516	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
75	NC_011982	GGCC	2	8	70417	70424	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
76	NC_011982	GGAA	2	8	71396	71403	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011982	AATG	2	8	71415	71422	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011982	GTTC	2	8	72821	72828	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
79	NC_011982	AGCA	2	8	72852	72859	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
80	NC_011982	GGCT	2	8	73220	73227	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_011982	TTCA	2	8	76023	76030	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
82	NC_011982	AACG	2	8	76865	76872	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
83	NC_011982	GCTG	2	8	77335	77342	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
84	NC_011982	TCAG	2	8	77537	77544	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_011982	GTCG	2	8	78392	78399	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
86	NC_011982	CCAC	2	8	78425	78432	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
87	NC_011982	CGAC	2	8	81766	81773	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_011982	CGGC	2	8	91354	91361	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
89	NC_011982	GGCC	2	8	91387	91394	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_011982	GCTG	2	8	92781	92788	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
91	NC_011982	CAGG	2	8	93339	93346	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
92	NC_011982	ACCA	2	8	94101	94108	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_011982	TTCA	2	8	94544	94551	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_011982	CCAA	2	8	95528	95535	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
95	NC_011982	GTCT	2	8	95809	95816	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_011982	GATT	2	8	96848	96855	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011982	CCAG	2	8	98724	98731	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
98	NC_011982	ACTT	2	8	104775	104782	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
99	NC_011982	CAGA	2	8	125454	125461	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_011982	TCGC	2	8	126500	126507	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
101	NC_011982	GATA	2	8	134604	134611	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011982	TGAT	2	8	134636	134643	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011982	TTGC	2	8	135512	135519	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_011982	TTGA	2	8	135548	135555	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011982	GCGG	2	8	135595	135602	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
106	NC_011982	CCGA	2	8	136273	136280	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011982	GTCG	2	8	136421	136428	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
108	NC_011982	TGTT	2	8	137945	137952	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_011982	AAAT	2	8	139779	139786	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011982	AAAT	2	8	139866	139873	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_011982	TTAG	2	8	139961	139968	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011982	TGAT	2	8	140216	140223	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_011982	GGCA	2	8	140228	140235	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
114	NC_011982	CGCT	2	8	140309	140316	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
115	NC_011982	GTGC	2	8	140425	140432	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_011982	ATCA	2	8	141098	141105	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
117	NC_011982	GCAA	2	8	141135	141142	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_011982	TCAT	2	8	141331	141338	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_011982	TCGA	2	8	141681	141688	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
120	NC_011982	GACG	2	8	144096	144103	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_011982	ATTG	3	12	144176	144187	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011982	AGCA	2	8	147395	147402	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_011982	CAAA	2	8	147453	147460	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
124	NC_011982	TTTG	2	8	147704	147711	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011982	CTTG	2	8	147716	147723	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
126	NC_011982	TTGA	2	8	147939	147946	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011982	AGCA	2	8	148038	148045	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_011982	AATC	2	8	155503	155510	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
129	NC_011982	TTGC	2	8	169691	169698	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_011982	TTGA	2	8	169727	169734	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011982	GCGG	2	8	169774	169781	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
132	NC_011982	CTTC	2	8	174909	174916	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_011982	TCAA	2	8	175222	175229	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
134	NC_011982	ACAA	2	8	179414	179421	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
135	NC_011982	GTCT	2	8	180788	180795	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
136	NC_011982	CTGA	2	8	180821	180828	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
137	NC_011982	TTGC	2	8	181100	181107	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_011982	TTGA	2	8	181136	181143	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_011982	GCGG	2	8	181183	181190	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
140	NC_011982	CATC	2	8	188340	188347	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
141	NC_011982	GCTT	2	8	188494	188501	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
142	NC_011982	CCAT	2	8	191086	191093	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
143	NC_011982	CGTC	2	8	196791	196798	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
144	NC_011982	TGAT	2	8	199956	199963	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011982	GCGG	2	8	200009	200016	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
146	NC_011982	GCCT	2	8	201041	201048	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
147	NC_011982	TAAA	2	8	201119	201126	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_011982	GGTT	2	8	201157	201164	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_011982	TTTA	2	8	201327	201334	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_011982	GATA	2	8	202738	202745	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011982	CGTA	2	8	202754	202761	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
152	NC_011982	CCCG	2	8	204919	204926	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
153	NC_011982	GTCA	2	8	206771	206778	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
154	NC_011982	ATCA	2	8	206788	206795	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
155	NC_011982	GCAA	2	8	206825	206832	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
156	NC_011982	TTGA	2	8	207017	207024	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
157	NC_011982	TTAT	2	8	207284	207291	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_011982	CGAC	2	8	211446	211453	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
159	NC_011982	CGGG	2	8	211985	211992	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
160	NC_011982	CATG	2	8	212226	212233	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
161	NC_011982	CGAC	2	8	212252	212259	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
162	NC_011982	CTTC	2	8	212271	212278	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
163	NC_011982	GTCC	2	8	212359	212366	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
164	NC_011982	TTGT	2	8	213352	213359	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
165	NC_011982	ATTA	2	8	213406	213413	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_011982	GATG	2	8	213462	213469	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
167	NC_011982	TTAG	2	8	213486	213493	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
168	NC_011982	ATAA	2	8	213560	213567	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_011982	ATGG	2	8	217664	217671	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
170	NC_011982	TTGC	2	8	218068	218075	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
171	NC_011982	CGAG	2	8	218204	218211	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
172	NC_011982	GCCT	2	8	218246	218253	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
173	NC_011982	GTCG	2	8	218411	218418	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
174	NC_011982	GGCT	2	8	218575	218582	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
175	NC_011982	ATGT	2	8	222521	222528	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
176	NC_011982	ATTT	2	8	222661	222668	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_011982	GCCG	2	8	224597	224604	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
178	NC_011982	CCAT	2	8	225197	225204	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
179	NC_011982	TCCC	2	8	226005	226012	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
180	NC_011982	AAAT	2	8	226033	226040	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
181	NC_011982	CTTT	2	8	226142	226149	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
182	NC_011982	ATCG	2	8	227667	227674	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
183	NC_011982	GGCC	2	8	237801	237808	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
184	NC_011982	AGGG	2	8	239733	239740	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
185	NC_011982	CTAT	2	8	239836	239843	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
186	NC_011982	TTTC	2	8	242127	242134	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
187	NC_011982	TGGA	2	8	245941	245948	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
188	NC_011982	AATT	2	8	258682	258689	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_011982	CAGC	2	8	258794	258801	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.