MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4e

Total Repeats: 217

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011981	GTGA	2	8	2431	2438	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011981	TGAA	2	8	3690	3697	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011981	GTCG	2	8	5494	5501	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
4	NC_011981	TCTG	2	8	5778	5785	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
5	NC_011981	GCTG	2	8	9254	9261	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_011981	TCGT	2	8	10261	10268	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_011981	TTGA	2	8	11128	11135	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011981	AATT	2	8	13216	13223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_011981	GCGA	2	8	14913	14920	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
10	NC_011981	ATGG	2	8	23967	23974	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011981	TTTC	2	8	24285	24292	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
12	NC_011981	AGAA	2	8	30437	30444	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_011981	GTGA	2	8	30522	30529	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_011981	AGCG	2	8	31337	31344	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
15	NC_011981	GTCC	2	8	33747	33754	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
16	NC_011981	CGAA	2	8	36359	36366	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
17	NC_011981	TCGA	2	8	36477	36484	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
18	NC_011981	CGGC	2	8	36627	36634	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
19	NC_011981	CGAA	2	8	40036	40043	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_011981	CGTA	2	8	40501	40508	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_011981	GGAT	2	8	43360	43367	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
22	NC_011981	ATCA	2	8	52167	52174	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
23	NC_011981	CAGG	2	8	52888	52895	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
24	NC_011981	ACTC	2	8	53020	53027	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_011981	GGGC	2	8	53037	53044	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
26	NC_011981	CAAA	2	8	53049	53056	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
27	NC_011981	AGCG	2	8	61768	61775	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_011981	GATA	2	8	61787	61794	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011981	ATCA	2	8	62115	62122	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_011981	TTTC	2	8	62247	62254	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_011981	ATAA	2	8	62311	62318	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011981	TGAT	2	8	64874	64881	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011981	GAGG	2	8	71079	71086	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011981	TCGC	2	8	77608	77615	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
35	NC_011981	TTTG	2	8	77704	77711	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011981	CCGA	2	8	84297	84304	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
37	NC_011981	TGCC	2	8	85346	85353	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_011981	GCTC	2	8	85412	85419	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_011981	GTGA	2	8	86865	86872	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_011981	GACT	2	8	86901	86908	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
41	NC_011981	GTCT	2	8	87114	87121	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_011981	AAAT	2	8	87763	87770	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011981	CAAG	2	8	87872	87879	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_011981	GCCT	2	8	88671	88678	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
45	NC_011981	CGGG	2	8	88777	88784	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
46	NC_011981	ATTT	2	8	88910	88917	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011981	ATTG	2	8	94161	94168	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011981	CCCA	2	8	94362	94369	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
49	NC_011981	CCTG	2	8	95153	95160	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_011981	ATCG	2	8	95194	95201	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
51	NC_011981	TCAA	2	8	96232	96239	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_011981	ATTG	2	8	97327	97334	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_011981	GAAA	2	8	99683	99690	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011981	CAGA	2	8	101824	101831	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
55	NC_011981	GGTG	2	8	103372	103379	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011981	CCAA	2	8	105472	105479	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_011981	AGCG	2	8	110089	110096	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
58	NC_011981	GTAA	2	8	111974	111981	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011981	AAAC	2	8	112089	112096	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_011981	GCAA	2	8	113228	113235	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_011981	GTGA	2	8	113791	113798	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011981	GCGA	2	8	114195	114202	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_011981	AAGG	2	8	114254	114261	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011981	GCAG	2	8	114712	114719	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
65	NC_011981	CTGA	2	8	120840	120847	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_011981	TGAT	2	8	120935	120942	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011981	CCAA	2	8	122029	122036	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_011981	TTTG	2	8	123737	123744	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_011981	AAAG	2	8	123756	123763	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_011981	CAGA	2	8	129395	129402	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_011981	AGTG	2	8	144104	144111	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011981	CAAT	2	8	144150	144157	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_011981	GATT	2	8	144291	144298	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011981	TGGC	2	8	144311	144318	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
75	NC_011981	GTCT	2	8	144423	144430	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
76	NC_011981	CAGC	2	8	144617	144624	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
77	NC_011981	CTGC	2	8	153976	153983	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
78	NC_011981	AGTG	2	8	156120	156127	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_011981	CTAC	2	8	165769	165776	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_011981	GGAG	2	8	166672	166679	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011981	TGCC	2	8	171921	171928	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
82	NC_011981	GCCT	2	8	172273	172280	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
83	NC_011981	GCCA	2	8	173105	173112	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
84	NC_011981	ATTG	2	8	173644	173651	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011981	GCCA	2	8	174776	174783	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
86	NC_011981	GCAT	2	8	176157	176164	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_011981	CGAC	2	8	176221	176228	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_011981	TCCA	2	8	180517	180524	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
89	NC_011981	TGTT	2	8	180736	180743	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011981	TGAT	2	8	180926	180933	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011981	GCAT	2	8	180983	180990	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
92	NC_011981	GTTT	2	8	184821	184828	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011981	TTTC	2	8	187294	187301	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_011981	CAGG	2	8	187309	187316	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
95	NC_011981	ACGA	2	8	187724	187731	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
96	NC_011981	TTTG	2	8	198888	198895	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011981	CTGG	2	8	199355	199362	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
98	NC_011981	TGCC	2	8	199698	199705	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
99	NC_011981	CGGC	2	8	205083	205090	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
100	NC_011981	GTAT	2	8	206374	206381	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011981	ACTG	2	8	206489	206496	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
102	NC_011981	ATGG	2	8	206637	206644	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011981	TGGT	2	8	206709	206716	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011981	GGCA	2	8	208225	208232	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
105	NC_011981	CAAA	2	8	217696	217703	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
106	NC_011981	TGAT	2	8	217912	217919	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011981	TTGT	2	8	223287	223294	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011981	GTCT	2	8	223326	223333	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_011981	GTCG	2	8	235777	235784	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
110	NC_011981	TCAA	2	8	238797	238804	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_011981	AGTC	2	8	245047	245054	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
112	NC_011981	CTGA	2	8	245070	245077	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
113	NC_011981	AAGC	2	8	245838	245845	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
114	NC_011981	GACG	2	8	269037	269044	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
115	NC_011981	AGGC	2	8	269113	269120	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
116	NC_011981	GCCA	2	8	269150	269157	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
117	NC_011981	TGAC	2	8	278669	278676	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
118	NC_011981	GCTG	2	8	293102	293109	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
119	NC_011981	GCAC	2	8	293255	293262	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
120	NC_011981	CGTG	2	8	293345	293352	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_011981	GTCA	2	8	294546	294553	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
122	NC_011981	CAAG	2	8	298253	298260	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
123	NC_011981	CGCC	2	8	299927	299934	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
124	NC_011981	CAAA	2	8	300817	300824	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
125	NC_011981	GGAC	2	8	307505	307512	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
126	NC_011981	TTTG	2	8	314863	314870	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011981	GAAT	2	8	321128	321135	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011981	GAGG	2	8	332107	332114	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011981	GTCT	2	8	345290	345297	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
130	NC_011981	CCAA	2	8	354496	354503	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_011981	GATT	2	8	355786	355793	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011981	CAGC	2	8	355900	355907	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_011981	GAAT	2	8	359184	359191	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011981	GGAT	2	8	359689	359696	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
135	NC_011981	CGGG	2	8	359743	359750	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
136	NC_011981	ATTC	2	8	364342	364349	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
137	NC_011981	ACGT	2	8	365833	365840	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
138	NC_011981	GGAC	2	8	365948	365955	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
139	NC_011981	CTGT	2	8	366084	366091	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
140	NC_011981	AGGC	2	8	371001	371008	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_011981	GCCC	2	8	376309	376316	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
142	NC_011981	AGGA	2	8	376356	376363	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011981	GCAA	2	8	377374	377381	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
144	NC_011981	ATGA	2	8	377608	377615	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011981	GGGA	2	8	379628	379635	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011981	TCAA	2	8	382349	382356	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
147	NC_011981	TTCA	2	8	387899	387906	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
148	NC_011981	CGGG	2	8	388157	388164	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
149	NC_011981	ACAA	2	8	392439	392446	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_011981	GATT	2	8	398119	398126	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_011981	GAGG	2	8	400452	400459	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
152	NC_011981	GTTT	3	12	412413	412424	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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182	NC_011981	GCCT	2	8	512347	512354	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
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186	NC_011981	TTCC	2	8	543747	543754	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
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191	NC_011981	TCGT	2	8	571594	571601	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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199	NC_011981	TTTG	2	8	582717	582724	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
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202	NC_011981	GGCG	2	8	589975	589982	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
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209	NC_011981	TCGT	2	8	613599	613606	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
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211	NC_011981	CTGA	2	8	615282	615289	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
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214	NC_011981	TCAA	2	8	615753	615760	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
215	NC_011981	CCTC	2	8	618913	618920	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.