MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270 chromosome

Total Repeats: 243

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011761	CGCAG	2	10	4766	4775	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_011761	GCAAT	2	10	13237	13246	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_011761	GTCAG	2	10	49977	49986	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
4	NC_011761	GGGCG	2	10	83594	83603	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
5	NC_011761	CATGC	2	10	88281	88290	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_011761	CTCGC	2	10	104299	104308	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
7	NC_011761	CCTCG	2	10	124970	124979	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
8	NC_011761	CGGCG	2	10	162264	162273	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011761	ACATG	2	10	162281	162290	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_011761	CGGCG	2	10	198088	198097	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
11	NC_011761	GTAGG	2	10	216086	216095	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011761	CGGGG	2	10	255289	255298	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
13	NC_011761	CCTGC	2	10	276679	276688	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
14	NC_011761	GGTGT	2	10	276701	276710	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011761	GATCC	2	10	324796	324805	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_011761	TCGTG	2	10	334274	334283	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_011761	AAGCC	2	10	334460	334469	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_011761	GGAAG	2	10	335122	335131	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011761	AGTCG	2	10	336291	336300	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011761	GTCAA	2	10	336503	336512	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_011761	CCTTC	2	10	338105	338114	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_011761	GACCA	2	10	338149	338158	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
23	NC_011761	AGCCT	2	10	360032	360041	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
24	NC_011761	TTCAA	2	10	418445	418454	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
25	NC_011761	GCGCC	2	10	432892	432901	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_011761	ACCCA	2	10	433459	433468	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_011761	GAGAA	2	10	434601	434610	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_011761	CAGGG	2	10	456545	456554	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_011761	GACGA	2	10	468515	468524	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_011761	GGGGA	2	10	474170	474179	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011761	GGCCG	2	10	497593	497602	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_011761	CGGTC	2	10	518582	518591	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
33	NC_011761	CAAAG	2	10	518690	518699	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011761	TTACC	2	10	519028	519037	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
35	NC_011761	AGCAT	2	10	544862	544871	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
36	NC_011761	AGCCA	2	10	598873	598882	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_011761	CCCAG	2	10	615977	615986	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_011761	CTGCG	2	10	628343	628352	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
39	NC_011761	ACATT	2	10	634239	634248	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011761	GCGCC	2	10	663266	663275	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
41	NC_011761	CCGGG	2	10	688317	688326	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
42	NC_011761	AAGGA	2	10	691187	691196	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011761	GGGCG	2	10	696706	696715	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
44	NC_011761	ATCCT	2	10	714786	714795	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_011761	CCAAT	2	10	739773	739782	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_011761	TGCCA	2	10	749186	749195	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
47	NC_011761	GAAAG	2	10	749243	749252	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011761	CTTTT	2	10	781503	781512	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_011761	GTTAC	2	10	792001	792010	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_011761	ATTCA	2	10	792205	792214	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_011761	TCCAT	2	10	805521	805530	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
52	NC_011761	CCGCC	2	10	831077	831086	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
53	NC_011761	TGACC	2	10	834282	834291	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_011761	CGGGA	2	10	857004	857013	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
55	NC_011761	GTGGG	2	10	860631	860640	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011761	ACAAA	2	10	885167	885176	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011761	AAGGC	2	10	921583	921592	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_011761	CGGCT	2	10	924155	924164	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_011761	TTGGA	2	10	928572	928581	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
60	NC_011761	GGAAT	2	10	940747	940756	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011761	GACCT	2	10	940969	940978	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
62	NC_011761	AAAAG	2	10	942932	942941	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011761	TTTGG	2	10	953358	953367	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_011761	ATATA	2	10	968849	968858	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011761	TGCGG	2	10	978373	978382	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011761	GCATG	2	10	987371	987380	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_011761	GGAAA	2	10	993636	993645	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
68	NC_011761	ATCCG	2	10	1004365	1004374	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_011761	AACCC	2	10	1021928	1021937	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
70	NC_011761	TGCCT	2	10	1028772	1028781	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_011761	CCCGA	2	10	1030011	1030020	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_011761	ATCGA	2	10	1031432	1031441	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_011761	CGTGG	2	10	1031626	1031635	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_011761	ACAAA	2	10	1036125	1036134	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_011761	TAATT	2	10	1068979	1068988	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011761	GACAA	2	10	1069095	1069104	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
77	NC_011761	TTTGG	2	10	1070476	1070485	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011761	TGGCC	2	10	1074094	1074103	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
79	NC_011761	CGGGC	2	10	1113481	1113490	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
80	NC_011761	GTATA	2	10	1114180	1114189	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011761	TGGCA	2	10	1120643	1120652	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_011761	ATTAG	2	10	1142975	1142984	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011761	CTTAT	2	10	1161258	1161267	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011761	GTGAG	2	10	1178885	1178894	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
85	NC_011761	GGTTG	2	10	1178946	1178955	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011761	AGCCC	2	10	1191127	1191136	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
87	NC_011761	GCCCA	2	10	1199889	1199898	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_011761	GCGGT	2	10	1222788	1222797	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
89	NC_011761	CAGGT	2	10	1227824	1227833	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_011761	ATGGC	2	10	1231040	1231049	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_011761	TCTGT	2	10	1235586	1235595	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
92	NC_011761	GGCAG	2	10	1246064	1246073	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
93	NC_011761	GGTGT	2	10	1255639	1255648	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011761	TCGGT	2	10	1282325	1282334	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
95	NC_011761	GGGTT	2	10	1296372	1296381	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011761	AGGGG	2	10	1305629	1305638	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011761	ACCGA	2	10	1356294	1356303	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_011761	CCTTT	2	10	1373636	1373645	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
99	NC_011761	TCTGA	2	10	1374787	1374796	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_011761	CGGCG	2	10	1377869	1377878	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
101	NC_011761	ATGGC	2	10	1387464	1387473	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_011761	TGGGT	2	10	1387477	1387486	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
103	NC_011761	CCGCG	2	10	1388468	1388477	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
104	NC_011761	TGGTA	2	10	1402597	1402606	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011761	CAACT	2	10	1408599	1408608	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_011761	GTAGG	2	10	1415828	1415837	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
107	NC_011761	CGGTT	2	10	1456989	1456998	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
108	NC_011761	CTGCC	2	10	1466598	1466607	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
109	NC_011761	ACGCA	2	10	1470123	1470132	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_011761	GGAGC	2	10	1470174	1470183	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
111	NC_011761	CCACC	2	10	1476495	1476504	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
112	NC_011761	CAAAA	2	10	1476583	1476592	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011761	TCCTG	2	10	1476680	1476689	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
114	NC_011761	GGTCA	2	10	1482161	1482170	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
115	NC_011761	CAGGG	3	15	1500889	1500903	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
116	NC_011761	GCGGG	2	10	1500906	1500915	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
117	NC_011761	TTTGC	2	10	1501550	1501559	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_011761	AGGGC	2	10	1510679	1510688	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
119	NC_011761	ATGCG	2	10	1519812	1519821	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_011761	AGGGG	2	10	1521600	1521609	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
121	NC_011761	CGGCG	2	10	1536431	1536440	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
122	NC_011761	GGCCC	2	10	1540795	1540804	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
123	NC_011761	CGCCA	2	10	1545528	1545537	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
124	NC_011761	AGGTG	2	10	1593671	1593680	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
125	NC_011761	ACTTT	2	10	1598626	1598635	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_011761	ACAGC	2	10	1599619	1599628	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
127	NC_011761	CGCCC	2	10	1600123	1600132	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
128	NC_011761	CGCCA	2	10	1600181	1600190	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
129	NC_011761	TCTCC	2	10	1607116	1607125	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
130	NC_011761	GCCCA	2	10	1607246	1607255	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
131	NC_011761	GCCGG	2	10	1608611	1608620	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
132	NC_011761	CGGCA	2	10	1696447	1696456	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
133	NC_011761	CGCCC	2	10	1752288	1752297	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
134	NC_011761	TCCCG	2	10	1789095	1789104	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
135	NC_011761	TTGAT	2	10	1850275	1850284	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
136	NC_011761	TTTAA	2	10	1851169	1851178	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_011761	ACTGC	2	10	1852157	1852166	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_011761	AGCGC	2	10	1853657	1853666	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
139	NC_011761	ACGCC	2	10	1860915	1860924	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
140	NC_011761	TGCGG	2	10	1882651	1882660	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
141	NC_011761	GCCAA	2	10	1889347	1889356	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
142	NC_011761	TTTGT	2	10	1906857	1906866	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011761	CAAAC	2	10	1916351	1916360	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
144	NC_011761	ATTAT	2	10	1930144	1930153	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011761	ATTCT	2	10	1968296	1968305	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_011761	CTACG	2	10	1994110	1994119	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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148	NC_011761	CATGA	2	10	2044089	2044098	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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181	NC_011761	TGAAA	2	10	2354339	2354348	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
182	NC_011761	CGGCG	2	10	2358190	2358199	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
183	NC_011761	CCCGT	2	10	2358206	2358215	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
184	NC_011761	ACGGC	2	10	2359832	2359841	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
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235	NC_011761	AGCAG	2	10	2852904	2852913	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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239	NC_011761	CTGCC	2	10	2946867	2946876	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
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243	NC_011761	TATTC	2	10	2980429	2980438	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.