MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome 2

Total Repeats: 292

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011313	AACAC	2	10	157	166	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_011313	TTAAA	2	10	298	307	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011313	TGAGT	2	10	4629	4638	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
4	NC_011313	TGAAT	2	10	6438	6447	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_011313	ATAAA	2	10	9122	9131	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_011313	GACTC	2	10	9256	9265	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_011313	ATAGA	2	10	37828	37837	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_011313	CAAAC	2	10	37873	37882	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
9	NC_011313	TTGCA	2	10	39679	39688	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_011313	TTTAT	2	10	45804	45813	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_011313	TAAGT	2	10	47567	47576	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_011313	GGAAC	2	10	55698	55707	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_011313	AGCAA	2	10	56147	56156	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_011313	ATTGG	2	10	56435	56444	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011313	ATAAA	2	10	59434	59443	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_011313	GACTC	2	10	59568	59577	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
17	NC_011313	TACAA	2	10	66253	66262	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
18	NC_011313	AGGAA	2	10	78574	78583	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_011313	CTCTC	2	10	97375	97384	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
20	NC_011313	AGAAT	2	10	101448	101457	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_011313	CCTTA	2	10	110677	110686	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
22	NC_011313	TTGAT	2	10	113220	113229	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_011313	AAAAT	2	10	117154	117163	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_011313	TTTTA	2	10	123910	123919	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011313	TAGAT	2	10	124032	124041	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_011313	TTTTA	2	10	129261	129270	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011313	ACTTT	2	10	129352	129361	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_011313	AGTGA	2	10	133839	133848	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_011313	TGAAC	2	10	134645	134654	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_011313	AATTT	2	10	134909	134918	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_011313	TAAGG	2	10	142201	142210	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011313	ATTAC	2	10	143748	143757	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_011313	GATTA	2	10	150471	150480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011313	TTTTA	2	10	150613	150622	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_011313	TTAAA	2	10	151801	151810	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_011313	GAGTC	2	10	155093	155102	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_011313	TTTTA	2	10	155226	155235	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_011313	AGAAT	2	10	161165	161174	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_011313	GCAAG	2	10	162265	162274	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011313	TAAAG	2	10	166836	166845	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_011313	AATGG	2	10	171582	171591	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
42	NC_011313	TTTTA	2	10	179003	179012	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_011313	AAATT	2	10	189198	189207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_011313	CTTTT	2	10	195922	195931	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
45	NC_011313	GTTTG	2	10	202946	202955	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
46	NC_011313	ATTTG	2	10	204349	204358	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_011313	ATTTT	2	10	207517	207526	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_011313	TCAAT	2	10	211282	211291	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_011313	GGCGT	2	10	213163	213172	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_011313	TCCAT	2	10	213603	213612	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
51	NC_011313	ATTAA	2	10	213663	213672	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_011313	GAGTC	2	10	216504	216513	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_011313	TTTTA	2	10	216637	216646	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_011313	CGACA	2	10	220599	220608	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_011313	TATTG	2	10	221746	221755	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_011313	CTCTT	2	10	224437	224446	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_011313	TAAAT	2	10	228175	228184	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011313	TATAA	2	10	242509	242518	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_011313	ACGTT	2	10	248620	248629	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_011313	TTAGT	2	10	249527	249536	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_011313	ATTAT	2	10	253905	253914	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_011313	GTTAA	2	10	260957	260966	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_011313	CCTTT	2	10	263731	263740	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_011313	CATTG	2	10	267744	267753	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
65	NC_011313	GAGTC	2	10	287658	287667	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_011313	TTTTA	2	10	287791	287800	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011313	AATTC	2	10	303336	303345	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_011313	AATTC	2	10	304152	304161	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_011313	GCATT	2	10	305148	305157	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_011313	TTTTA	2	10	313373	313382	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011313	AAGTG	2	10	315002	315011	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_011313	TTTTA	2	10	317542	317551	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_011313	TTTGG	2	10	321674	321683	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_011313	CTTAT	2	10	323222	323231	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_011313	TGTTT	2	10	331163	331172	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
76	NC_011313	TATTT	3	15	340116	340130	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_011313	AAGGA	2	10	362640	362649	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_011313	TCCTC	2	10	370146	370155	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
79	NC_011313	AATTC	2	10	373016	373025	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_011313	TTTAT	2	10	374392	374401	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_011313	CTATT	2	10	375534	375543	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_011313	ATTGT	2	10	378587	378596	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_011313	TAGCG	2	10	378846	378855	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_011313	TTTGC	2	10	424687	424696	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_011313	TTGTT	2	10	425806	425815	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_011313	AGTTA	2	10	429628	429637	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_011313	AAATG	2	10	431277	431286	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_011313	AAATT	2	10	431408	431417	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011313	GCGTA	2	10	431441	431450	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_011313	TTTAT	2	10	431706	431715	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_011313	ATCCC	2	10	431884	431893	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
92	NC_011313	TAAAA	2	10	449471	449480	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_011313	TTTTA	2	10	451620	451629	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_011313	TAAAA	2	10	452855	452864	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_011313	TTAAA	2	10	454827	454836	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011313	AGCTT	2	10	455518	455527	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_011313	AAAGC	2	10	461074	461083	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_011313	TAATT	2	10	464446	464455	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_011313	GCGGA	2	10	479616	479625	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
100	NC_011313	TTAAA	2	10	479865	479874	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011313	TTTAC	2	10	486208	486217	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_011313	TAACT	2	10	486807	486816	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_011313	TGTAT	2	10	494564	494573	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_011313	TAAGG	2	10	500931	500940	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
105	NC_011313	AAACA	2	10	503428	503437	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
106	NC_011313	GCATG	2	10	503636	503645	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_011313	ATTAA	2	10	507675	507684	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_011313	ACGTT	2	10	507707	507716	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
109	NC_011313	GGTTG	2	10	512536	512545	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
110	NC_011313	GCTGA	2	10	516613	516622	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_011313	TTATC	2	10	517270	517279	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_011313	CGATT	2	10	527680	527689	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
113	NC_011313	TAAGT	2	10	530371	530380	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_011313	AATGA	2	10	532993	533002	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_011313	AATGA	2	10	551643	551652	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
116	NC_011313	GTTTT	2	10	552783	552792	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_011313	CTAAC	2	10	553038	553047	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
118	NC_011313	CGTGA	2	10	555383	555392	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
119	NC_011313	TTGTT	2	10	559636	559645	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_011313	GCCAA	2	10	561574	561583	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
121	NC_011313	GTTTT	2	10	570004	570013	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
122	NC_011313	TAAAA	2	10	571189	571198	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_011313	TTGTT	2	10	577656	577665	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
124	NC_011313	CGCTT	2	10	580821	580830	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
125	NC_011313	AAATG	2	10	581956	581965	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_011313	GAAGA	2	10	590127	590136	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
127	NC_011313	GTAGT	2	10	594511	594520	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
128	NC_011313	GGTTG	2	10	595364	595373	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
129	NC_011313	GTTCA	2	10	596341	596350	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
130	NC_011313	GGCAG	2	10	597286	597295	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
131	NC_011313	GTTCA	2	10	597480	597489	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
132	NC_011313	GTTTC	2	10	597779	597788	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
133	NC_011313	TTTAA	2	10	602976	602985	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_011313	GTTCA	2	10	604837	604846	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_011313	GTTTC	2	10	605134	605143	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
136	NC_011313	GTTCA	2	10	610032	610041	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
137	NC_011313	TTTCA	2	10	610331	610340	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
138	NC_011313	AAGCG	2	10	610441	610450	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
139	NC_011313	TTGGT	2	10	610523	610532	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
140	NC_011313	AAGCG	2	10	611741	611750	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
141	NC_011313	TTGGT	2	10	611823	611832	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
142	NC_011313	GTTTC	2	10	614703	614712	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_011313	AAGCG	2	10	614814	614823	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_011313	TTGGT	2	10	614895	614904	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
145	NC_011313	TAAAT	2	10	629971	629980	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_011313	AAAAT	2	10	631039	631048	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_011313	ACCAG	2	10	643368	643377	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
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149	NC_011313	TATTG	2	10	653474	653483	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_011313	ATAAA	2	10	767303	767312	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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199	NC_011313	ATAAA	2	10	841947	841956	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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289	NC_011313	AAAAG	2	10	1175531	1175540	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
290	NC_011313	ATAGA	2	10	1191285	1191294	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
291	NC_011313	CAAAC	2	10	1191330	1191339	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
292	NC_011313	TTGCA	2	10	1193136	1193145	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.