MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Aliivibrio salmonicida LFI1238 chromosome chromosome 1

Total Repeats: 708

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
501	NC_011312	ATTCA	2	10	2153563	2153572	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
502	NC_011312	AATAA	2	10	2153791	2153800	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
503	NC_011312	TAATT	2	10	2153961	2153970	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
504	NC_011312	TGAAA	2	10	2154604	2154613	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
505	NC_011312	AATTT	2	10	2173486	2173495	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
506	NC_011312	AACAT	2	10	2173616	2173625	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
507	NC_011312	CATTA	2	10	2177445	2177454	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
508	NC_011312	GTTTC	2	10	2183316	2183325	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
509	NC_011312	ACAGC	2	10	2185703	2185712	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
510	NC_011312	TAATT	2	10	2191533	2191542	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
511	NC_011312	GTACA	2	10	2194403	2194412	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
512	NC_011312	GAAAA	2	10	2199054	2199063	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
513	NC_011312	ATTTT	2	10	2219200	2219209	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
514	NC_011312	GGGAG	2	10	2222338	2222347	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
515	NC_011312	ACTTT	2	10	2224170	2224179	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
516	NC_011312	TCACA	2	10	2225394	2225403	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
517	NC_011312	AATTA	2	10	2228604	2228613	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
518	NC_011312	CGAAA	2	10	2235876	2235885	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
519	NC_011312	GAGTC	2	10	2238472	2238481	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
520	NC_011312	TTTTA	2	10	2238605	2238614	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
521	NC_011312	GTATT	2	10	2268414	2268423	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
522	NC_011312	AATAA	2	10	2272842	2272851	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
523	NC_011312	TGAAT	2	10	2273094	2273103	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
524	NC_011312	AATAA	2	10	2273166	2273175	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
525	NC_011312	TTCAC	2	10	2275069	2275078	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
526	NC_011312	TATCA	2	10	2281331	2281340	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
527	NC_011312	TAAGA	2	10	2294103	2294112	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
528	NC_011312	AGAGT	2	10	2305471	2305480	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
529	NC_011312	ACCAA	2	10	2321556	2321565	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
530	NC_011312	GTTTT	2	10	2327396	2327405	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
531	NC_011312	TTGGT	2	10	2327418	2327427	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
532	NC_011312	GTTAG	2	10	2333392	2333401	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
533	NC_011312	TCTTT	2	10	2335618	2335627	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
534	NC_011312	TTAAT	2	10	2348259	2348268	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
535	NC_011312	ATCAG	2	10	2348609	2348618	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
536	NC_011312	TGAAT	2	10	2358082	2358091	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
537	NC_011312	AATAA	2	10	2391091	2391100	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
538	NC_011312	AAAAT	2	10	2412108	2412117	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
539	NC_011312	CATTT	2	10	2425825	2425834	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
540	NC_011312	ATTTT	2	10	2426988	2426997	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
541	NC_011312	CAAAT	2	10	2427555	2427564	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
542	NC_011312	AACAA	2	10	2428845	2428854	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
543	NC_011312	GGAGT	2	10	2429548	2429557	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
544	NC_011312	ATTTA	2	10	2429637	2429646	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
545	NC_011312	TAAGG	2	10	2430340	2430349	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
546	NC_011312	TCAAT	2	10	2430653	2430662	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
547	NC_011312	CAATA	2	10	2438591	2438600	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
548	NC_011312	ACGCA	2	10	2439521	2439530	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
549	NC_011312	AGCCA	2	10	2441321	2441330	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
550	NC_011312	AAAGT	2	10	2442988	2442997	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
551	NC_011312	GATTT	2	10	2443122	2443131	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
552	NC_011312	TCCCC	2	10	2445037	2445046	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
553	NC_011312	AAGCG	2	10	2445156	2445165	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
554	NC_011312	TTCCT	2	10	2472955	2472964	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
555	NC_011312	TCTAC	2	10	2487368	2487377	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
556	NC_011312	TGGCT	2	10	2489606	2489615	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
557	NC_011312	ACTTA	2	10	2492475	2492484	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
558	NC_011312	CCAAT	2	10	2492717	2492726	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
559	NC_011312	GAGTC	2	10	2495660	2495669	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
560	NC_011312	TTTTA	2	10	2495793	2495802	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
561	NC_011312	CAATA	2	10	2496054	2496063	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
562	NC_011312	GCCTA	2	10	2497590	2497599	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
563	NC_011312	AAAGC	2	10	2501856	2501865	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
564	NC_011312	AATTA	2	10	2517723	2517732	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
565	NC_011312	AGATA	2	10	2524301	2524310	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
566	NC_011312	AAGGT	2	10	2525275	2525284	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
567	NC_011312	ATTTC	2	10	2532055	2532064	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
568	NC_011312	AGAAA	2	10	2545811	2545820	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
569	NC_011312	ATTTT	2	10	2546284	2546293	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
570	NC_011312	ATCAA	2	10	2550503	2550512	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
571	NC_011312	AGAAA	2	10	2553108	2553117	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
572	NC_011312	GGCTT	2	10	2572600	2572609	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
573	NC_011312	CAAAG	2	10	2572839	2572848	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
574	NC_011312	TTATT	2	10	2595429	2595438	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
575	NC_011312	TATTG	2	10	2614656	2614665	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
576	NC_011312	TAAAA	2	10	2616347	2616356	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
577	NC_011312	CAATA	2	10	2617654	2617663	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
578	NC_011312	GAAAA	2	10	2630498	2630507	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
579	NC_011312	ATAAA	2	10	2632753	2632762	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
580	NC_011312	GACTC	2	10	2632887	2632896	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
581	NC_011312	ATTGA	2	10	2635129	2635138	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
582	NC_011312	TTCCA	2	10	2635275	2635284	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
583	NC_011312	CTTCC	2	10	2639443	2639452	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
584	NC_011312	TGACC	2	10	2639493	2639502	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
585	NC_011312	GCAAT	2	10	2643325	2643334	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
586	NC_011312	TAGGC	2	10	2647086	2647095	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
587	NC_011312	TTTAT	2	10	2659520	2659529	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
588	NC_011312	CTTTT	2	10	2660026	2660035	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
589	NC_011312	TTATC	2	10	2663548	2663557	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
590	NC_011312	GAGTC	2	10	2665487	2665496	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
591	NC_011312	TTTTA	2	10	2665621	2665630	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
592	NC_011312	AATAA	2	10	2671284	2671293	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
593	NC_011312	TAAAA	2	10	2673243	2673252	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
594	NC_011312	TTTAA	2	10	2693660	2693669	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
595	NC_011312	ATAAA	2	10	2721321	2721330	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
596	NC_011312	AATTT	2	10	2730274	2730283	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
597	NC_011312	AACTA	2	10	2730676	2730685	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
598	NC_011312	CTTTC	2	10	2733246	2733255	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
599	NC_011312	AAAGT	2	10	2743946	2743955	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
600	NC_011312	TCGGT	2	10	2754595	2754604	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
601	NC_011312	ACTTA	2	10	2768009	2768018	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
602	NC_011312	CTTTT	2	10	2769207	2769216	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
603	NC_011312	ATCCC	2	10	2794911	2794920	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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605	NC_011312	TCGGT	2	10	2809891	2809900	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
606	NC_011312	ATGGG	2	10	2813121	2813130	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
607	NC_011312	TAATT	2	10	2813631	2813640	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
608	NC_011312	CGTAG	2	10	2813842	2813851	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
609	NC_011312	ATAGT	2	10	2814584	2814593	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
610	NC_011312	AAAAT	2	10	2822341	2822350	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
611	NC_011312	GTTTT	2	10	2822848	2822857	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
612	NC_011312	CAATA	2	10	2828462	2828471	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
613	NC_011312	GAGTC	2	10	2835126	2835135	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
614	NC_011312	TTTTA	2	10	2835259	2835268	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
615	NC_011312	CAATA	2	10	2835519	2835528	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
616	NC_011312	ATTTA	2	10	2837777	2837786	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
617	NC_011312	AATGA	2	10	2842176	2842185	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
618	NC_011312	ATTTG	2	10	2843177	2843186	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
619	NC_011312	GAAAT	2	10	2847603	2847612	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
620	NC_011312	TCTAT	2	10	2851159	2851168	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
621	NC_011312	CAGTA	2	10	2882030	2882039	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
622	NC_011312	TCTTT	2	10	2883310	2883319	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
623	NC_011312	GAGCC	2	10	2885370	2885379	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
624	NC_011312	GAAAG	2	10	2890848	2890857	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
625	NC_011312	AATTG	2	10	2929392	2929401	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
626	NC_011312	CTTTA	2	10	2940087	2940096	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
627	NC_011312	TTGAT	2	10	2947853	2947862	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
628	NC_011312	CATCG	2	10	2959717	2959726	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
629	NC_011312	ATGTG	2	10	2966492	2966501	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
630	NC_011312	GTAAA	2	10	2968316	2968325	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
631	NC_011312	AATTA	2	10	2972705	2972714	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
632	NC_011312	GATTA	2	10	2973440	2973449	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
633	NC_011312	CCATG	2	10	2977107	2977116	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
634	NC_011312	AAATG	2	10	2978462	2978471	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
635	NC_011312	AGTTT	2	10	2987213	2987222	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
636	NC_011312	AGAGA	3	15	2993983	2993997	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
637	NC_011312	AATGA	2	10	2995709	2995718	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
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639	NC_011312	AAAAT	2	10	3007104	3007113	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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689	NC_011312	TTCGC	2	10	3259204	3259213	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
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698	NC_011312	GAAGC	2	10	3296618	3296627	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
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703	NC_011312	TCGCT	2	10	3306736	3306745	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
704	NC_011312	GGTAA	2	10	3307018	3307027	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
705	NC_011312	GAGTC	2	10	3308505	3308514	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
706	NC_011312	TTTTA	2	10	3308638	3308647	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
707	NC_011312	GACTC	2	10	3309699	3309708	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
708	NC_011312	ACCAA	2	10	3309923	3309932	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.