MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Actinobacillus pleuropneumoniae serovar 3 str. JL03 chromosome

Total Repeats: 131

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_010278	TTTAAT	2	12	59668	59679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_010278	AGATAA	2	12	62725	62736	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_010278	CGAAGG	2	12	68647	68658	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_010278	TGAAAT	2	12	72032	72043	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_010278	GCGAAA	2	12	73207	73218	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_010278	CCTTAT	2	12	73314	73325	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_010278	TGTTTT	2	12	93392	93403	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_010278	AGTAAA	2	12	109095	109106	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_010278	CTATTG	2	12	109729	109740	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_010278	ATACTA	2	12	109909	109920	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_010278	CTGCTA	2	12	110239	110250	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_010278	CGATTG	2	12	110785	110796	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_010278	GTTAGC	2	12	111462	111473	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_010278	AAAGTG	2	12	113146	113157	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_010278	TGTAAA	2	12	113954	113965	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_010278	CAAATG	3	18	114275	114292	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_010278	TGCGAT	2	12	114468	114479	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_010278	GTGAAT	2	12	115828	115839	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_010278	ATACGG	2	12	116327	116338	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_010278	GACGGT	2	12	119086	119097	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_010278	AAAACC	2	12	119251	119262	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_010278	TTGCCG	2	12	126459	126470	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_010278	GCGATT	2	12	169228	169239	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_010278	TAATTT	2	12	175241	175252	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_010278	TTATTT	2	12	184597	184608	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_010278	ATCGTG	2	12	201237	201248	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_010278	TTATTT	2	12	210062	210073	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_010278	AGCTGA	2	12	210144	210155	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_010278	TTTTTA	2	12	243426	243437	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_010278	TTAAGT	2	12	268109	268120	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_010278	CTTTTA	2	12	276038	276049	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_010278	CGAAGG	2	12	282344	282355	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_010278	TGAAAT	2	12	285678	285689	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_010278	CATTTT	2	12	313031	313042	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_010278	ATTTTC	2	12	337339	337350	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_010278	AAAGTT	2	12	350896	350907	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_010278	TAAAAA	2	12	387969	387980	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_010278	TATTTA	2	12	395408	395419	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_010278	ATTAAA	2	12	432867	432878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_010278	TTTTCG	2	12	434742	434753	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_010278	GAATGC	2	12	449213	449224	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_010278	ATCCGA	2	12	467996	468007	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_010278	AATAAA	2	12	482558	482569	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_010278	TATTTA	2	12	492099	492110	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_010278	ATAAAT	2	12	503599	503610	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_010278	ATTAAA	2	12	506852	506863	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_010278	TGATGG	2	12	507285	507296	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_010278	TAATCC	2	12	507735	507746	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_010278	ATACTA	2	12	508364	508375	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_010278	TGTAAA	2	12	510624	510635	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_010278	ATACGG	2	12	512093	512104	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_010278	GATAAA	2	12	562188	562199	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_010278	GGTGCG	2	12	562822	562833	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_010278	CGTTTT	2	12	566253	566264	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_010278	ATTAGC	2	12	567751	567762	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_010278	GATTGA	2	12	573736	573747	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_010278	AATATC	2	12	598227	598238	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_010278	ACATTT	2	12	598907	598918	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_010278	TTTTGT	2	12	641862	641873	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_010278	AATAGA	2	12	670975	670986	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_010278	TAATCG	2	12	694952	694963	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_010278	CGCCAT	2	12	695105	695116	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
63	NC_010278	TTTATA	2	12	695360	695371	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_010278	TTATTT	2	12	737583	737594	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_010278	TAATGA	2	12	743876	743887	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_010278	AATATA	2	12	751310	751321	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_010278	TTCTTT	2	12	771235	771246	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_010278	TTTTTA	2	12	886346	886357	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_010278	TCCCCT	2	12	900986	900997	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
70	NC_010278	CAAAGG	2	12	950359	950370	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_010278	TTATAT	2	12	957120	957131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_010278	TCTGAT	2	12	998658	998669	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_010278	AAAACT	2	12	1030729	1030740	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_010278	TAAATA	2	12	1053456	1053467	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_010278	ATCTAA	2	12	1124404	1124415	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_010278	TATCTT	2	12	1125534	1125545	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_010278	CAAAAT	2	12	1125795	1125806	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_010278	TCTTAA	2	12	1153355	1153366	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_010278	TAAAAA	2	12	1221648	1221659	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_010278	TTTCTA	2	12	1239310	1239321	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_010278	AAAGAA	2	12	1243208	1243219	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_010278	AAATAT	2	12	1244661	1244672	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_010278	CCAGCT	2	12	1246411	1246422	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
84	NC_010278	CTAAAG	2	12	1248201	1248212	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_010278	TAAATT	2	12	1266122	1266133	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_010278	ATTAAA	2	12	1280293	1280304	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_010278	TGAGAA	2	12	1355263	1355274	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
88	NC_010278	GATAAA	2	12	1368190	1368201	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_010278	TGAATA	2	12	1385297	1385308	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_010278	AAATTT	2	12	1444342	1444353	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_010278	AGATTA	2	12	1481846	1481857	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_010278	AGAAAA	2	12	1527383	1527394	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
93	NC_010278	TTTCGC	2	12	1527528	1527539	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_010278	ATTTCA	2	12	1528703	1528714	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_010278	GCCTTC	2	12	1532087	1532098	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_010278	AACATA	2	12	1547254	1547265	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_010278	ATATCT	2	12	1549068	1549079	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_010278	GCTCTT	2	12	1565854	1565865	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_010278	AAAAGA	2	12	1569866	1569877	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_010278	ATACTC	2	12	1571971	1571982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_010278	CACCCA	2	12	1581630	1581641	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_010278	GGACAA	2	12	1592706	1592717	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_010278	TAAAGA	2	12	1603642	1603653	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_010278	CAAAAA	2	12	1688948	1688959	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_010278	ATTTCA	2	12	1720105	1720116	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_010278	GCCTTC	2	12	1723383	1723394	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
107	NC_010278	TATTTA	2	12	1750324	1750335	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_010278	TTCTTT	2	12	1758111	1758122	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_010278	AAATAA	2	12	1762040	1762051	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_010278	TATAAA	2	12	1776191	1776202	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_010278	CTTTCT	2	12	1783392	1783403	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_010278	TTTCGC	2	12	1830547	1830558	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_010278	ATTTCA	2	12	1831722	1831733	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_010278	GCCTTC	2	12	1835106	1835117	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
115	NC_010278	TAGATC	2	12	1852219	1852230	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_010278	ATCATT	2	12	1861549	1861560	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_010278	GCTTTA	2	12	1915607	1915618	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_010278	TTGCAA	2	12	1972051	1972062	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_010278	CTTTAA	2	12	1973032	1973043	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_010278	TAAAGA	2	12	1999251	1999262	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_010278	CGAAGG	2	12	2027817	2027828	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_010278	TGAAAT	2	12	2031202	2031213	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_010278	GCGAAA	2	12	2032377	2032388	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_010278	GTTTTT	2	12	2032427	2032438	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_010278	GTAAAG	2	12	2033006	2033017	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_010278	ATGAAA	2	12	2106655	2106666	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_010278	GTTTTT	2	12	2158718	2158729	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_010278	GACTGT	2	12	2176620	2176631	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_010278	AAAAAG	2	12	2185317	2185328	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_010278	TAATAT	2	12	2197143	2197154	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_010278	ATCATA	2	12	2211548	2211559	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.