MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Alkaliphilus oremlandii OhILAs chromosome

Total Repeats: 170

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009922	TTAATA	2	12	26947	26958	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009922	GGAGTA	2	12	40770	40781	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009922	AAACTA	2	12	68454	68465	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009922	AACAAA	2	12	79244	79255	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_009922	AAATCA	2	12	87960	87971	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_009922	AAAGGA	2	12	98670	98681	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009922	ATTTAA	2	12	98715	98726	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009922	TAAATT	2	12	102592	102603	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009922	ATACAG	2	12	146341	146352	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009922	AATGAT	2	12	163654	163665	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009922	TAAAAA	2	12	177447	177458	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009922	TGAAAA	2	12	177828	177839	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009922	TTATAT	2	12	177848	177859	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009922	TCAAAA	2	12	180513	180524	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_009922	AAATGG	2	12	215925	215936	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009922	CAGTAT	2	12	216089	216100	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_009922	AAACCA	2	12	246787	246798	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_009922	CGTAAC	2	12	247949	247960	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_009922	CAAAAG	2	12	252732	252743	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_009922	TTTAAA	2	12	265419	265430	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009922	CTTTAA	2	12	269776	269787	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_009922	TTATCA	2	12	273315	273326	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_009922	GGGGAT	2	12	283334	283345	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009922	AAAAAT	2	12	301319	301330	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009922	AAGTAG	2	12	302587	302598	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009922	CAAAAA	2	12	309696	309707	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_009922	ATTTGT	2	12	323038	323049	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_009922	TATAGA	2	12	331058	331069	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009922	AATATA	2	12	333620	333631	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009922	TTTTTA	2	12	336073	336084	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009922	CATAGG	2	12	401685	401696	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009922	ACTCTA	2	12	413950	413961	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_009922	AATAGC	2	12	448993	449004	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_009922	ATAAAT	2	12	460541	460552	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009922	GAAAAA	2	12	477830	477841	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009922	ATTTAG	2	12	479658	479669	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_009922	AACAAA	2	12	489080	489091	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009922	AAAAGA	2	12	507401	507412	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009922	TTAAAT	3	18	512728	512745	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009922	AGCATT	2	12	526943	526954	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_009922	ATAAAG	2	12	580033	580044	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009922	ATATAA	3	18	580084	580101	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009922	AAATTG	2	12	590310	590321	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_009922	TATGAA	2	12	637791	637802	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009922	AAAATC	2	12	650173	650184	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_009922	AATAGA	2	12	658097	658108	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009922	AAGACG	2	12	659948	659959	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_009922	CAAAAG	2	12	661881	661892	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_009922	GAGGAT	2	12	687971	687982	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009922	TAACAG	2	12	691488	691499	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_009922	ATTTTG	2	12	702282	702293	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_009922	CATTAT	2	12	703402	703413	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_009922	ATAATT	2	12	736503	736514	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009922	AATATA	2	12	745483	745494	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009922	GATATA	2	12	769016	769027	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009922	AAAGAA	2	12	787630	787641	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009922	TTGACA	2	12	798225	798236	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009922	AATTAA	2	12	804972	804983	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009922	TCATTT	2	12	805028	805039	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_009922	AGTTCT	2	12	814416	814427	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_009922	GCTAAA	2	12	815145	815156	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_009922	AAGATA	2	12	815192	815203	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009922	TTTGGA	2	12	816286	816297	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_009922	TATATT	2	12	857428	857439	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009922	AAAAGA	2	12	930790	930801	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009922	AGAAGG	2	12	932441	932452	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009922	TTGAAA	2	12	950854	950865	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_009922	ATGAAA	2	12	981158	981169	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009922	TTTTAT	2	12	995143	995154	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009922	ATGAAA	2	12	999718	999729	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009922	AAAATA	2	12	1012216	1012227	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009922	AATTTT	2	12	1051049	1051060	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_009922	ATATAG	2	12	1051314	1051325	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009922	AGTATA	2	12	1075866	1075877	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009922	ATAAAT	2	12	1101013	1101024	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009922	ATAATT	2	12	1122493	1122504	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_009922	TAATTA	2	12	1122507	1122518	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009922	TTTTAT	2	12	1124678	1124689	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_009922	ACAAAA	2	12	1132801	1132812	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_009922	ATTTTT	2	12	1135091	1135102	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009922	GACAAA	2	12	1135259	1135270	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_009922	ATAAGA	2	12	1142327	1142338	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009922	GTGTAA	2	12	1147717	1147728	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009922	TATAAA	2	12	1154505	1154516	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009922	TTATAT	2	12	1160864	1160875	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009922	CACAAA	2	12	1177823	1177834	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_009922	GAAATT	2	12	1229514	1229525	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009922	AAATTA	2	12	1234477	1234488	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009922	TGAGCC	2	12	1254448	1254459	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_009922	TAAAAA	2	12	1287900	1287911	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009922	ATATAC	2	12	1291300	1291311	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_009922	ATATTT	2	12	1305078	1305089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009922	TGTTTG	2	12	1430110	1430121	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009922	ATTCAT	2	12	1448919	1448930	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_009922	ATAGAT	2	12	1449183	1449194	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009922	AAATGC	2	12	1456306	1456317	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_009922	GAAAAA	2	12	1462184	1462195	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_009922	ATAGTG	2	12	1465555	1465566	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009922	TATATT	2	12	1476670	1476681	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009922	AATTGA	2	12	1598817	1598828	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009922	ATGATT	2	12	1652605	1652616	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
102	NC_009922	ATGAAA	2	12	1653862	1653873	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009922	TATTCA	2	12	1691898	1691909	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_009922	ATTTCA	2	12	1751028	1751039	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_009922	TCCAAC	2	12	1751106	1751117	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_009922	TCTCTA	2	12	1770282	1770293	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_009922	TTTTTA	2	12	1773683	1773694	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009922	ACAGCT	2	12	1818924	1818935	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_009922	TATTTT	2	12	1889421	1889432	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009922	TTTTAA	2	12	1903668	1903679	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009922	CCTAAT	2	12	1913962	1913973	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_009922	TAAAAA	2	12	1913993	1914004	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009922	AATAAA	2	12	1931013	1931024	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009922	TATAAA	2	12	1972294	1972305	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009922	TAATAT	2	12	1975880	1975891	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009922	AGAAAA	2	12	1985557	1985568	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_009922	TATTCT	2	12	2005166	2005177	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_009922	TTTGAT	2	12	2010681	2010692	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_009922	ATATCA	2	12	2012286	2012297	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_009922	TTTTTA	2	12	2016090	2016101	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009922	CAAAAA	2	12	2027761	2027772	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_009922	ATTCAT	2	12	2027805	2027816	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_009922	TATAGA	2	12	2052695	2052706	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009922	AAAATT	2	12	2110419	2110430	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009922	ATTTTT	2	12	2123682	2123693	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009922	TTTTAT	2	12	2128747	2128758	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009922	ATATTT	2	12	2171867	2171878	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_009922	CTATAA	2	12	2174769	2174780	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_009922	GGCTAC	2	12	2187761	2187772	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_009922	TTTTAT	2	12	2214541	2214552	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009922	TAAAAA	2	12	2274423	2274434	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009922	TGGCAT	2	12	2283328	2283339	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_009922	AATCAA	2	12	2324384	2324395	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_009922	ATTTAT	2	12	2326129	2326140	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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151	NC_009922	ATATTA	2	12	2720145	2720156	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_009922	ATTAAT	2	12	3091947	3091958	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_009922	AATAAA	2	12	3099619	3099630	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.