MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Alkaliphilus metalliredigens QYMF chromosome

Total Repeats: 253

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009633	GAAAAA	2	12	11072	11083	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_009633	AAAGTT	2	12	16563	16574	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009633	CAAGAA	2	12	98342	98353	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_009633	AGATCA	2	12	131666	131677	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_009633	TCTTTT	2	12	172281	172292	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_009633	AGAAAA	2	12	226005	226016	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009633	GTTTTT	2	12	340110	340121	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_009633	TGAAGG	2	12	347260	347271	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009633	GTCAGT	2	12	352521	352532	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_009633	ATAAGT	2	12	359081	359092	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_009633	TGATCT	2	12	363917	363928	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_009633	AGGGTA	2	12	383681	383692	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009633	ATTAAA	2	12	429331	429342	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009633	AGAAGG	2	12	474915	474926	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_009633	ATAAAA	2	12	483177	483188	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_009633	TACTTA	2	12	487833	487844	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_009633	GTTTTT	2	12	495361	495372	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009633	TAACAA	2	12	559199	559210	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_009633	ACGTTA	2	12	583509	583520	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_009633	AGAATA	2	12	584767	584778	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_009633	GTCCCT	2	12	629145	629156	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
22	NC_009633	ATATTT	2	12	658211	658222	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_009633	TATGTA	2	12	658300	658311	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_009633	TGATAA	2	12	663229	663240	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009633	AAAGAA	2	12	668622	668633	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_009633	AACTAA	2	12	671110	671121	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_009633	ATTGCC	2	12	690213	690224	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_009633	ATAAAT	2	12	690343	690354	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_009633	AATAAA	2	12	739515	739526	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009633	TGAAAT	2	12	741467	741478	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009633	TAGGAC	2	12	763036	763047	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_009633	TAACGC	4	24	776910	776933	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_009633	AAAAAG	2	12	777772	777783	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009633	ATTTAA	2	12	802810	802821	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_009633	ACAAAA	2	12	812859	812870	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_009633	GAAAAC	2	12	864450	864461	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_009633	ATATCA	2	12	880285	880296	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_009633	AAGTAG	2	12	906362	906373	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_009633	TTAGTT	2	12	906608	906619	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_009633	AGTGTA	3	18	926184	926201	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009633	TTAGAT	2	12	926209	926220	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_009633	AACATG	2	12	926329	926340	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_009633	TTCATT	2	12	926570	926581	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_009633	TAAGCT	2	12	948303	948314	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_009633	AAATTT	2	12	970835	970846	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009633	TATCTT	2	12	1007133	1007144	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_009633	TTTTTA	2	12	1027790	1027801	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009633	CAATAA	2	12	1050310	1050321	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_009633	TAAGAA	2	12	1072087	1072098	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009633	GGTATT	2	12	1081170	1081181	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009633	AACCAA	2	12	1082187	1082198	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009633	ATGAAA	2	12	1082573	1082584	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_009633	ATGTAT	2	12	1086153	1086164	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_009633	ATAATT	2	12	1095648	1095659	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009633	AGAGAA	2	12	1097831	1097842	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009633	CGAAAG	2	12	1100317	1100328	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_009633	TATCAT	2	12	1110349	1110360	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_009633	GTGCTA	2	12	1119983	1119994	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_009633	AGATGA	2	12	1185146	1185157	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009633	GGGTAT	2	12	1196384	1196395	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009633	AAATCA	2	12	1209844	1209855	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_009633	TGTAGG	2	12	1211979	1211990	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_009633	GACCAC	2	12	1227145	1227156	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_009633	GTAAAA	2	12	1240901	1240912	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009633	AGTGGG	2	12	1243175	1243186	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_009633	AAAAGG	2	12	1259420	1259431	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_009633	AACATA	2	12	1271144	1271155	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_009633	AAAATT	2	12	1318168	1318179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009633	TGCATG	2	12	1332330	1332341	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_009633	CTTTAT	2	12	1340861	1340872	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_009633	AATTAA	2	12	1342833	1342844	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_009633	ATTACT	2	12	1366855	1366866	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_009633	AGAGGA	2	12	1388793	1388804	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
74	NC_009633	AGAACA	2	12	1404371	1404382	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_009633	AGTATA	2	12	1453941	1453952	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009633	CTTTTT	2	12	1457133	1457144	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_009633	AAATTA	2	12	1482395	1482406	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_009633	CTTTTT	2	12	1488246	1488257	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_009633	ATTAAA	2	12	1494537	1494548	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_009633	TAAAAT	2	12	1505673	1505684	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_009633	ATAAAA	2	12	1526983	1526994	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_009633	AGCATC	2	12	1537715	1537726	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_009633	AAAAAT	2	12	1569939	1569950	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009633	TATTTA	2	12	1577578	1577589	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_009633	GTTTTT	2	12	1577805	1577816	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009633	TAGAAA	2	12	1579306	1579317	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009633	CTCACT	2	12	1581904	1581915	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
88	NC_009633	TTTTTG	2	12	1581936	1581947	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009633	TAATTA	2	12	1609856	1609867	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009633	ATAAAT	2	12	1614687	1614698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_009633	GATAAG	2	12	1615222	1615233	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009633	CCCCGT	2	12	1616495	1616506	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
93	NC_009633	TAAAGC	2	12	1616629	1616640	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_009633	TGAAGA	2	12	1618807	1618818	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_009633	TCAGCC	2	12	1622314	1622325	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
96	NC_009633	GTGTTT	2	12	1641436	1641447	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_009633	TCAAAA	2	12	1643026	1643037	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_009633	ATTTTT	2	12	1747448	1747459	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_009633	AAAAAT	2	12	1754364	1754375	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009633	TATTTT	2	12	1754411	1754422	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009633	GCGATT	2	12	1771476	1771487	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_009633	TTATAT	2	12	1786013	1786024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_009633	GTCCCT	2	12	1789181	1789192	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_009633	GTCCCT	2	12	1789215	1789226	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_009633	GTCCCT	2	12	1789249	1789260	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
106	NC_009633	AAAAAG	2	12	1801909	1801920	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009633	ATGAAA	2	12	1818307	1818318	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009633	ACATTG	2	12	1836845	1836856	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_009633	TTAAAA	2	12	1843098	1843109	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_009633	TTCATC	2	12	1860615	1860626	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_009633	TTACGC	2	12	1898316	1898327	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_009633	CTTTAT	2	12	1912988	1912999	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_009633	ATTTGA	2	12	1914306	1914317	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
114	NC_009633	TTATTC	2	12	1929150	1929161	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_009633	TTTGTG	2	12	1939781	1939792	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009633	GCACAT	2	12	1943078	1943089	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009633	AATATT	2	12	1965733	1965744	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_009633	TATCAA	2	12	1991050	1991061	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_009633	AAATGA	2	12	1992387	1992398	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_009633	GTTGAG	2	12	2016936	2016947	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_009633	ATAAAA	2	12	2016977	2016988	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009633	ATTAAA	2	12	2029196	2029207	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009633	TAAAAT	2	12	2058492	2058503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009633	AAAGAG	2	12	2099309	2099320	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009633	GTTTTT	2	12	2114022	2114033	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
126	NC_009633	ATTAAT	2	12	2155624	2155635	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009633	ATCAAA	2	12	2159728	2159739	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_009633	TAAATG	2	12	2166549	2166560	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009633	ATGGTC	2	12	2187173	2187184	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_009633	ATTTAT	2	12	2188554	2188565	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009633	GGATTG	2	12	2208977	2208988	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009633	TTTCAT	2	12	2209229	2209240	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_009633	AATTTT	2	12	2242189	2242200	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_009633	ATAATG	2	12	2276430	2276441	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009633	CCAGTG	2	12	2277222	2277233	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_009633	AATGTA	2	12	2278456	2278467	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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140	NC_009633	ATAGAT	6	36	2398103	2398138	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009633	AGGAGA	2	12	2398341	2398352	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
142	NC_009633	ATGGAA	2	12	2406939	2406950	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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144	NC_009633	TTATTT	2	12	2470227	2470238	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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148	NC_009633	TATTTT	2	12	2632637	2632648	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
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156	NC_009633	TAGATA	2	12	3003107	3003118	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
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243	NC_009633	CTTCTC	2	12	4766820	4766831	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
244	NC_009633	TGCATG	2	12	4786502	4786513	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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249	NC_009633	CTTATT	2	12	4816013	4816024	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
250	NC_009633	ATAAAA	2	12	4820031	4820042	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
251	NC_009633	GAAGGA	2	12	4823966	4823977	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
252	NC_009633	CATTTT	2	12	4864369	4864380	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
253	NC_009633	TCATTA	2	12	4883968	4883979	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.