MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 chromosome

Total Repeats: 134

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008340	CGGGGG	2	12	20711	20722	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_008340	GGTGGG	2	12	102935	102946	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
3	NC_008340	TGGCCG	2	12	113031	113042	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_008340	GCCACC	2	12	190769	190780	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_008340	GAACGG	2	12	195168	195179	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_008340	TCACCG	2	12	209920	209931	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
7	NC_008340	CCCCCA	2	12	210106	210117	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
8	NC_008340	CGCCCC	2	12	214968	214979	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
9	NC_008340	GCGTTC	2	12	244326	244337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008340	AGCGGG	2	12	279492	279503	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008340	GGTGGG	2	12	279693	279704	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_008340	ACCGCA	2	12	325052	325063	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
13	NC_008340	GTGACG	2	12	340211	340222	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_008340	TGAAAT	2	12	372362	372373	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_008340	GGTGGG	2	12	387790	387801	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008340	CGGGGC	2	12	396163	396174	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_008340	GTGTGA	2	12	407663	407674	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_008340	TCAGCC	2	12	418120	418131	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
19	NC_008340	CAACCA	2	12	435718	435729	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_008340	CCCATG	2	12	448688	448699	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
21	NC_008340	CCCACG	2	12	462227	462238	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
22	NC_008340	CCCGCA	2	12	470386	470397	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_008340	TGAAAT	2	12	492498	492509	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_008340	GTCCTG	2	12	576699	576710	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_008340	GGTGGG	2	12	584476	584487	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_008340	CACTGC	2	12	642206	642217	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
27	NC_008340	TGCGCG	2	12	691811	691822	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008340	CCGACT	2	12	723665	723676	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
29	NC_008340	CCCCAC	2	12	723717	723728	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
30	NC_008340	CCGGTG	2	12	737863	737874	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_008340	GGTGGG	2	12	805665	805676	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008340	CCCCGC	2	12	820306	820317	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
33	NC_008340	GGCGGG	2	12	847262	847273	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_008340	CGCCCG	2	12	875519	875530	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
35	NC_008340	GGGCTG	2	12	887894	887905	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_008340	CCCGGG	2	12	926392	926403	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
37	NC_008340	GGAGCC	2	12	929782	929793	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008340	TCCTGT	2	12	960515	960526	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_008340	GGTGGG	2	12	971544	971555	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_008340	GGTGGG	2	12	982242	982253	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008340	GGTGGG	2	12	982271	982282	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008340	GGTGGG	2	12	982300	982311	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_008340	CGGATG	2	12	990905	990916	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008340	GGTGGG	2	12	1015425	1015436	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
45	NC_008340	GTGGCG	2	12	1025099	1025110	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008340	CCCGGT	2	12	1046170	1046181	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
47	NC_008340	CTTCCG	2	12	1064722	1064733	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
48	NC_008340	GGTGGG	2	12	1064850	1064861	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_008340	GGTGGG	2	12	1064878	1064889	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008340	GAGCCG	2	12	1078378	1078389	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008340	GTTCGA	2	12	1078937	1078948	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_008340	GCAGCG	2	12	1079135	1079146	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008340	CCGAAG	2	12	1080836	1080847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_008340	GTTCGA	2	12	1088367	1088378	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008340	GGTGGG	2	12	1100633	1100644	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_008340	CTTCCG	2	12	1100809	1100820	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
57	NC_008340	ATAGCC	2	12	1122749	1122760	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_008340	CCCCAC	2	12	1183138	1183149	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
59	NC_008340	TTGGCC	2	12	1227868	1227879	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_008340	CCGGGA	2	12	1234638	1234649	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
61	NC_008340	CAAAAA	2	12	1239031	1239042	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_008340	GAGGCG	2	12	1247600	1247611	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_008340	AGAGGT	2	12	1259810	1259821	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_008340	GGTACA	2	12	1279140	1279151	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_008340	GGGCCG	3	18	1300503	1300520	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_008340	GGCAGC	2	12	1332344	1332355	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
67	NC_008340	GGTGGG	2	12	1370607	1370618	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008340	GGAGGG	2	12	1388274	1388285	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_008340	CATAAG	2	12	1466820	1466831	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_008340	CTGATC	2	12	1493774	1493785	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_008340	GGCGCG	2	12	1522213	1522224	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_008340	GCGCCG	2	12	1524833	1524844	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008340	CCGTGC	2	12	1563289	1563300	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
74	NC_008340	CGAGCG	2	12	1634150	1634161	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008340	CCCCTT	2	12	1696807	1696818	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_008340	GGTGGG	2	12	1700570	1700581	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008340	CCGCTG	2	12	1723957	1723968	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
78	NC_008340	AATCAA	2	12	1725671	1725682	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_008340	CTCGGC	2	12	1766139	1766150	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_008340	TCAGGA	2	12	1788254	1788265	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008340	GCAAAG	2	12	1817267	1817278	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
82	NC_008340	CTTCCG	2	12	1863659	1863670	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
83	NC_008340	GGTGGG	2	12	1863818	1863829	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_008340	GGTGGG	2	12	1863875	1863886	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
85	NC_008340	GGGCCA	2	12	1973800	1973811	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_008340	GGTGGG	2	12	2062751	2062762	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_008340	CGGGCG	2	12	2064345	2064356	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_008340	GGCAGT	2	12	2171354	2171365	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008340	CTCGGC	2	12	2176143	2176154	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
90	NC_008340	CTTCCG	2	12	2181740	2181751	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008340	CCAACC	6	36	2346914	2346949	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
92	NC_008340	AGCCCT	4	24	2346952	2346975	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_008340	CCATAC	2	12	2354451	2354462	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_008340	GCCGGT	2	12	2391211	2391222	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_008340	GCCCTC	2	12	2399440	2399451	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
96	NC_008340	GCCATC	2	12	2402864	2402875	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
97	NC_008340	GCACCG	2	12	2429514	2429525	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_008340	ACTATT	2	12	2439636	2439647	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008340	CGGAAG	2	12	2445073	2445084	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_008340	GCTTGC	2	12	2522621	2522632	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008340	CGCTCC	2	12	2538959	2538970	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_008340	TGGGGC	2	12	2559730	2559741	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_008340	GCCTTC	2	12	2567470	2567481	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
104	NC_008340	CTTCCG	2	12	2572387	2572398	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_008340	GGGGGC	2	12	2572699	2572710	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008340	CCCCAC	2	12	2589586	2589597	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
107	NC_008340	GGTGGG	2	12	2600136	2600147	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_008340	CGGCAT	2	12	2612210	2612221	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008340	CGGGGG	2	12	2614317	2614328	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_008340	CGGGGG	2	12	2655320	2655331	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_008340	GGGGGT	2	12	2662717	2662728	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008340	CCCCAC	2	12	2700306	2700317	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
113	NC_008340	CCGGAG	2	12	2733037	2733048	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_008340	CCCCAC	2	12	2741787	2741798	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
115	NC_008340	GGTGGG	2	12	2757337	2757348	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_008340	CTTCCG	2	12	2757378	2757389	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_008340	GGTGGG	2	12	2780478	2780489	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_008340	CCACGG	2	12	2855942	2855953	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_008340	CCCGCA	2	12	2891863	2891874	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
120	NC_008340	CGGTGC	2	12	2895861	2895872	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_008340	GGCACA	2	12	2922406	2922417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_008340	AGCGAA	2	12	2923462	2923473	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_008340	CCTGCC	2	12	2938850	2938861	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_008340	GGTGGG	2	12	2948141	2948152	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_008340	GGTGGG	2	12	3033449	3033460	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_008340	GGTGGG	2	12	3033478	3033489	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_008340	CTTCCG	2	12	3033548	3033559	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
128	NC_008340	CCGGCG	2	12	3054746	3054757	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
129	NC_008340	ATCACC	2	12	3082831	3082842	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
130	NC_008340	TCGGCC	2	12	3086700	3086711	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
131	NC_008340	CCCACA	2	12	3092719	3092730	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
132	NC_008340	CCCACC	2	12	3143099	3143110	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
133	NC_008340	ACCGCA	2	12	3219543	3219554	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
134	NC_008340	CCCCGA	2	12	3222633	3222644	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.