MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Alcanivorax borkumensis SK2 chromosome

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_008260	CTCATA	2	12	6773	6784	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_008260	CGGTGG	2	12	11376	11387	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_008260	GTGAAA	2	12	27452	27463	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
4	NC_008260	CAAGAA	2	12	45162	45173	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_008260	CATCGC	3	18	61531	61548	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
6	NC_008260	AGCGTT	2	12	102104	102115	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_008260	GGTTTG	2	12	126609	126620	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_008260	GTTATT	2	12	136684	136695	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_008260	GGTCGC	2	12	142945	142956	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_008260	GGACTT	2	12	162017	162028	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_008260	TCAGAA	2	12	169243	169254	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_008260	TGTCTA	2	12	210078	210089	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_008260	GGGTTT	2	12	246654	246665	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
14	NC_008260	TTTTCC	2	12	270429	270440	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_008260	TTTTGG	2	12	326923	326934	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_008260	TTGAGA	2	12	333108	333119	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_008260	GGATGC	2	12	343557	343568	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_008260	GGTCAG	2	12	375236	375247	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_008260	GAAATC	2	12	407250	407261	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_008260	ATCGGG	2	12	407450	407461	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_008260	TGGAGG	2	12	446622	446633	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_008260	GGCTGC	2	12	464510	464521	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_008260	GAAATC	2	12	534783	534794	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_008260	ATCGGG	2	12	534983	534994	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_008260	AGCGGT	2	12	540099	540110	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_008260	TTTTTG	2	12	554852	554863	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_008260	CCGTGG	2	12	577850	577861	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_008260	TAAGTG	2	12	631210	631221	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_008260	CAAAAA	2	12	640006	640017	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_008260	CAAGAG	2	12	646201	646212	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_008260	TAAGTT	2	12	676164	676175	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_008260	TGAGGG	2	12	679038	679049	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_008260	CATGCA	2	12	694693	694704	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_008260	TGAAAG	2	12	717595	717606	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_008260	ATTTAA	2	12	721520	721531	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_008260	GCATTA	2	12	735593	735604	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_008260	ACCAAA	2	12	749368	749379	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_008260	ATATTG	2	12	810781	810792	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_008260	ATTTGC	2	12	816880	816891	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_008260	AAGGGG	2	12	839637	839648	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
41	NC_008260	ATTTGG	2	12	876199	876210	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
42	NC_008260	TCTACC	2	12	877712	877723	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_008260	TGGCGT	2	12	888132	888143	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_008260	TAGCTG	2	12	910733	910744	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_008260	TGCTGT	3	18	923436	923453	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_008260	AAGTGC	2	12	923511	923522	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_008260	GGTGAA	2	12	934096	934107	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_008260	CGATCA	2	12	947727	947738	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_008260	TAAAAA	2	12	984738	984749	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_008260	TTGCCG	2	12	1063056	1063067	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_008260	AAAAGC	2	12	1067587	1067598	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_008260	CGATGC	2	12	1084569	1084580	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_008260	GATGTT	2	12	1101011	1101022	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_008260	GCATTG	2	12	1107391	1107402	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_008260	TATCCA	2	12	1110845	1110856	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_008260	AACGTG	2	12	1110982	1110993	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_008260	TCCTGC	2	12	1122251	1122262	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
58	NC_008260	AGGCGG	2	12	1172710	1172721	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_008260	AGCGAA	2	12	1210682	1210693	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_008260	TATGGG	2	12	1243497	1243508	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_008260	TACGTC	2	12	1403456	1403467	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_008260	TTGAAA	2	12	1422229	1422240	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_008260	TCGGGT	2	12	1435692	1435703	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_008260	TAGCCG	3	18	1446053	1446070	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_008260	TGTTAT	2	12	1497476	1497487	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_008260	ATAGCG	2	12	1532706	1532717	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_008260	GAAAAA	2	12	1701076	1701087	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_008260	GACCCG	2	12	1701147	1701158	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_008260	TATCCC	2	12	1747815	1747826	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
70	NC_008260	AAGGAA	2	12	1839114	1839125	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_008260	GCTTTT	2	12	1936626	1936637	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_008260	CTAGCC	2	12	2013107	2013118	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_008260	AAGGAA	2	12	2058092	2058103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_008260	GGCAAC	2	12	2059834	2059845	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_008260	TTTCCT	2	12	2067120	2067131	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_008260	GGTTTT	2	12	2104290	2104301	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_008260	CTACGT	2	12	2123172	2123183	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_008260	CTGTTC	2	12	2149429	2149440	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_008260	TAACCG	2	12	2159494	2159505	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_008260	GGTCTG	2	12	2189306	2189317	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_008260	CGCCTG	2	12	2203060	2203071	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_008260	AAATAT	2	12	2253358	2253369	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_008260	TGAGTC	2	12	2254425	2254436	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_008260	CCCGAT	2	12	2258575	2258586	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
85	NC_008260	CGATTT	2	12	2258774	2258785	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_008260	AAAAGC	2	12	2277198	2277209	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_008260	GCTTTT	2	12	2277223	2277234	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_008260	TACTGA	2	12	2281282	2281293	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_008260	GCAAAC	2	12	2282728	2282739	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_008260	CCGGCT	2	12	2304014	2304025	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
91	NC_008260	AACAGC	2	12	2329128	2329139	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_008260	TTCAGT	2	12	2340762	2340773	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_008260	GCAAGC	2	12	2350105	2350116	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_008260	AATTTA	2	12	2355339	2355350	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_008260	CTTTCT	2	12	2361868	2361879	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_008260	ATAGTA	2	12	2383396	2383407	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_008260	CAGCAA	2	12	2419796	2419807	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_008260	CTTTAG	2	12	2424647	2424658	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_008260	CGAATA	2	12	2471658	2471669	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_008260	AGCGCG	2	12	2494278	2494289	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_008260	GCCAAA	2	12	2513424	2513435	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_008260	GAAAAA	2	12	2539773	2539784	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
103	NC_008260	GCGCAA	2	12	2559855	2559866	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_008260	GCGCAA	2	12	2580597	2580608	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_008260	GGCAAA	2	12	2627124	2627135	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_008260	AACCCT	2	12	2629396	2629407	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_008260	CTGAAC	2	12	2633104	2633115	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_008260	TTACCG	2	12	2648759	2648770	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_008260	ACGGCA	2	12	2650692	2650703	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_008260	CGCCAC	2	12	2659413	2659424	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_008260	ATGGTT	2	12	2677099	2677110	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_008260	TACGGA	2	12	2724682	2724693	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_008260	GCCCGA	2	12	2739503	2739514	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
114	NC_008260	AGCTTA	2	12	2749171	2749182	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_008260	CAAAAA	2	12	2761665	2761676	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_008260	TGGCAT	2	12	2783223	2783234	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_008260	TCATCG	2	12	2841963	2841974	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
118	NC_008260	AGACAG	2	12	2850219	2850230	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_008260	TTTTTC	2	12	2866287	2866298	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_008260	AGGGAT	2	12	2927398	2927409	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
121	NC_008260	TGGTGT	2	12	2933546	2933557	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_008260	AGCCAC	2	12	2950200	2950211	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
123	NC_008260	GAAACT	2	12	2998605	2998616	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_008260	ATGCCA	2	12	3036405	3036416	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_008260	ACATAA	2	12	3102378	3102389	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.