MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Agrobacterium fabrum str. C58 chromosome linear

Total Repeats: 184

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_003063	ACTCC	2	10	39	48	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
2	NC_003063	CCCTC	2	10	312	321	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
3	NC_003063	TCGCC	2	10	2987	2996	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
4	NC_003063	AAAAC	2	10	3127	3136	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_003063	CTCGT	2	10	9633	9642	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_003063	GCACT	2	10	12483	12492	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
7	NC_003063	GCTGG	2	10	74524	74533	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
8	NC_003063	TGTGC	2	10	79752	79761	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_003063	ACCAA	2	10	99911	99920	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
10	NC_003063	TGCCC	2	10	114206	114215	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
11	NC_003063	TTGCC	2	10	132789	132798	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
12	NC_003063	CTCCC	2	10	148121	148130	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
13	NC_003063	CGGCG	2	10	159270	159279	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
14	NC_003063	GTTTA	2	10	170997	171006	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_003063	TGTAA	2	10	194282	194291	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_003063	CCATT	2	10	194431	194440	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
17	NC_003063	AGCGC	2	10	201257	201266	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_003063	CGGAA	2	10	204139	204148	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_003063	TACCT	2	10	205716	205725	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
20	NC_003063	CACGG	2	10	211325	211334	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
21	NC_003063	CGCCC	2	10	216102	216111	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
22	NC_003063	CCATT	2	10	218634	218643	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_003063	TTGTT	2	10	247844	247853	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_003063	TTGAT	2	10	264957	264966	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_003063	CGATG	2	10	275755	275764	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_003063	TGCGA	2	10	283423	283432	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
27	NC_003063	GTGAT	2	10	312594	312603	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
28	NC_003063	GCGAA	2	10	312662	312671	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
29	NC_003063	GGAAC	2	10	312856	312865	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
30	NC_003063	CGCGG	2	10	329354	329363	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
31	NC_003063	GACCA	2	10	341592	341601	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_003063	TCGAT	2	10	348663	348672	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_003063	CGGAC	2	10	385539	385548	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
34	NC_003063	CGCCT	2	10	387096	387105	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
35	NC_003063	TATTT	2	10	409679	409688	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_003063	GCCTC	2	10	413306	413315	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
37	NC_003063	CAGCC	2	10	442330	442339	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_003063	ATAAG	2	10	504459	504468	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_003063	TCATA	2	10	523948	523957	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_003063	CTGCC	2	10	538455	538464	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_003063	GGCAG	2	10	538583	538592	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
42	NC_003063	TCACT	2	10	538609	538618	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
43	NC_003063	CGGCG	2	10	545881	545890	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_003063	GAATT	2	10	555718	555727	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_003063	CCCGC	2	10	575785	575794	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
46	NC_003063	CCGCG	2	10	575930	575939	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
47	NC_003063	GGCAT	2	10	597694	597703	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_003063	CGCGG	2	10	603389	603398	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_003063	TTTAT	2	10	603522	603531	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_003063	GCGGG	2	10	605675	605684	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
51	NC_003063	GGCTG	2	10	627501	627510	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
52	NC_003063	GCGCC	2	10	629778	629787	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
53	NC_003063	AAAAC	2	10	633975	633984	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_003063	CATTT	2	10	646900	646909	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_003063	AATTT	2	10	647000	647009	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_003063	GCGGA	2	10	647046	647055	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_003063	CCCGC	2	10	649639	649648	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
58	NC_003063	CGGCA	2	10	659959	659968	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_003063	ACGAA	2	10	661437	661446	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_003063	TTTGA	2	10	671826	671835	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_003063	ACGAA	2	10	671949	671958	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
62	NC_003063	GATCA	2	10	683031	683040	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
63	NC_003063	CTGCC	2	10	684609	684618	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
64	NC_003063	GGCAG	2	10	684739	684748	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
65	NC_003063	GCCAA	2	10	689874	689883	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
66	NC_003063	CCCTC	2	10	700535	700544	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
67	NC_003063	ATTTT	2	10	780608	780617	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_003063	ACGCT	2	10	780769	780778	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_003063	AACTT	2	10	795536	795545	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_003063	TGCAG	2	10	804686	804695	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
71	NC_003063	CCCTG	2	10	821717	821726	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_003063	ATCGA	2	10	824524	824533	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
73	NC_003063	CCTGA	2	10	824620	824629	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_003063	TTGAA	2	10	832938	832947	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_003063	ACCGG	2	10	834870	834879	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
76	NC_003063	ATGGC	2	10	840602	840611	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
77	NC_003063	ATAAA	2	10	858868	858877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_003063	CAAAA	2	10	860772	860781	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
79	NC_003063	TTGAC	2	10	864565	864574	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
80	NC_003063	TAATA	2	10	912409	912418	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_003063	GAGTC	2	10	933781	933790	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_003063	TGAAT	2	10	937198	937207	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_003063	GTTAC	2	10	939897	939906	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_003063	GGTGG	2	10	943946	943955	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
85	NC_003063	TTGCG	2	10	948283	948292	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_003063	GCCAA	2	10	951785	951794	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_003063	TTTCG	2	10	963740	963749	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
88	NC_003063	ATTTT	2	10	977760	977769	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_003063	ATTTT	2	10	979716	979725	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_003063	GATCG	2	10	992258	992267	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
91	NC_003063	CTGCC	2	10	998937	998946	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
92	NC_003063	CGCAG	2	10	1007333	1007342	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_003063	AATTA	2	10	1030294	1030303	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_003063	CCTTT	2	10	1039034	1039043	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_003063	TCGTG	2	10	1042826	1042835	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
96	NC_003063	GGGCT	2	10	1042971	1042980	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
97	NC_003063	TGATC	2	10	1043945	1043954	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_003063	GAAGA	2	10	1044099	1044108	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
99	NC_003063	CTGAA	2	10	1046406	1046415	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_003063	TTAAA	2	10	1047598	1047607	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_003063	TGAGG	2	10	1048799	1048808	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
102	NC_003063	GCCGC	2	10	1072803	1072812	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
103	NC_003063	ACCAT	2	10	1094271	1094280	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_003063	TTCCG	2	10	1100679	1100688	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
105	NC_003063	GCTGC	2	10	1179906	1179915	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
106	NC_003063	CCTCC	2	10	1182043	1182052	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
107	NC_003063	GGCCG	2	10	1203953	1203962	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_003063	CCTTT	2	10	1215370	1215379	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
109	NC_003063	CATGC	2	10	1221147	1221156	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_003063	CTTTT	2	10	1237342	1237351	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
111	NC_003063	GTGAT	2	10	1267880	1267889	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
112	NC_003063	TTGCG	2	10	1268081	1268090	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_003063	TCGGA	2	10	1293122	1293131	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
114	NC_003063	AAAAG	2	10	1297446	1297455	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_003063	AGCAA	2	10	1303742	1303751	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
116	NC_003063	TCGTG	2	10	1305323	1305332	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
117	NC_003063	GGGCT	2	10	1305468	1305477	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
118	NC_003063	GAAGA	2	10	1306514	1306523	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
119	NC_003063	CTGAA	2	10	1308799	1308808	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
120	NC_003063	AAATG	2	10	1310296	1310305	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_003063	CATTT	2	10	1313453	1313462	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_003063	GGAAT	2	10	1351981	1351990	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
123	NC_003063	GCTTT	2	10	1380272	1380281	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
124	NC_003063	CCGGC	2	10	1396242	1396251	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
125	NC_003063	GATGT	2	10	1403982	1403991	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_003063	AATTC	2	10	1414778	1414787	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_003063	GGAGG	2	10	1418045	1418054	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
128	NC_003063	TCAAA	2	10	1425602	1425611	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_003063	CGCGG	2	10	1442584	1442593	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
130	NC_003063	CATTT	2	10	1454949	1454958	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_003063	CTAAT	2	10	1477153	1477162	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
132	NC_003063	CACGT	2	10	1477218	1477227	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
133	NC_003063	TACGA	2	10	1486832	1486841	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
134	NC_003063	GGTTA	2	10	1489020	1489029	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
135	NC_003063	TCGTC	2	10	1514589	1514598	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
136	NC_003063	CAAAA	2	10	1521924	1521933	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_003063	CTGAC	2	10	1532351	1532360	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_003063	CGACA	2	10	1546925	1546934	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_003063	GGTCG	2	10	1559353	1559362	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
140	NC_003063	AATGA	2	10	1571698	1571707	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_003063	GACGA	2	10	1585209	1585218	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
142	NC_003063	TTTTA	2	10	1601452	1601461	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_003063	ACCGG	2	10	1601553	1601562	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
144	NC_003063	GGCAG	2	10	1616502	1616511	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
145	NC_003063	CCGGT	2	10	1621171	1621180	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
146	NC_003063	GGCAG	2	10	1628529	1628538	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
147	NC_003063	AGGGC	2	10	1632238	1632247	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
148	NC_003063	AGCCG	2	10	1638456	1638465	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
149	NC_003063	CACGT	2	10	1639599	1639608	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
150	NC_003063	CTGCC	2	10	1642731	1642740	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
151	NC_003063	GGCAG	2	10	1642859	1642868	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
152	NC_003063	CCCGC	2	10	1642917	1642926	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
153	NC_003063	GGAAT	2	10	1647259	1647268	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
154	NC_003063	ATGGA	2	10	1678453	1678462	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
155	NC_003063	AACTG	2	10	1747614	1747623	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
156	NC_003063	TGTCA	2	10	1771812	1771821	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_003063	GAGAG	2	10	1772635	1772644	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
158	NC_003063	ATCAG	2	10	1775741	1775750	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
159	NC_003063	CGCCA	2	10	1796846	1796855	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
160	NC_003063	GTCAT	2	10	1831003	1831012	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
161	NC_003063	TTCGG	2	10	1832234	1832243	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
162	NC_003063	AAATA	2	10	1834436	1834445	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_003063	ATAAA	2	10	1835503	1835512	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_003063	GACCG	2	10	1855539	1855548	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
165	NC_003063	GGGCC	2	10	1872248	1872257	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
166	NC_003063	ACCAG	2	10	1881093	1881102	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
167	NC_003063	TTTTC	2	10	1891249	1891258	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
168	NC_003063	CGAGG	2	10	1918667	1918676	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
169	NC_003063	GGTTG	2	10	1924527	1924536	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
170	NC_003063	AAAAG	2	10	1936710	1936719	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_003063	GTTTC	2	10	1938576	1938585	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
172	NC_003063	GGGGA	2	10	1947371	1947380	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
173	NC_003063	GGGGC	2	10	1947417	1947426	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
174	NC_003063	CAGGC	2	10	1947445	1947454	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
175	NC_003063	CTTAT	2	10	1950861	1950870	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
176	NC_003063	TTTCA	2	10	1966624	1966633	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
177	NC_003063	GCGCA	2	10	1999872	1999881	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
178	NC_003063	TAAAG	2	10	2011305	2011314	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
179	NC_003063	AAACC	2	10	2017985	2017994	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
180	NC_003063	GCAGG	2	10	2039898	2039907	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
181	NC_003063	TCGCA	2	10	2043359	2043368	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
182	NC_003063	GCTTT	2	10	2051449	2051458	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
183	NC_003063	CTCAA	2	10	2072982	2072991	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
184	NC_003063	TGGTT	3	15	2075275	2075289	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.