MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 plasmid pLAtc3

Total Repeats: 512

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015854	GC	3	6	471	476	0 %	0 %	50 %	50 %	340783893
2	NC_015854	AGC	2	6	515	520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
3	NC_015854	GCG	2	6	638	643	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
4	NC_015854	TCG	2	6	653	658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
5	NC_015854	CGG	2	6	714	719	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
6	NC_015854	GCG	2	6	725	730	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
7	NC_015854	TTC	2	6	740	745	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783893
8	NC_015854	CGG	3	9	750	758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
9	NC_015854	CTT	2	6	760	765	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783893
10	NC_015854	GGC	2	6	784	789	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
11	NC_015854	AGGC	2	8	843	850	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
12	NC_015854	TGC	2	6	860	865	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
13	NC_015854	GCA	2	6	870	875	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
14	NC_015854	GCGT	2	8	876	883	0 %	25 %	50 %	25 %	340783893
15	NC_015854	GCC	2	6	896	901	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
16	NC_015854	TCG	2	6	905	910	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
17	NC_015854	GCGCG	2	10	949	958	0 %	0 %	60 %	40 %	340783893
18	NC_015854	GCA	2	6	962	967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
19	NC_015854	TCG	2	6	974	979	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
20	NC_015854	GCT	2	6	981	986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
21	NC_015854	CAG	2	6	1141	1146	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
22	NC_015854	GCG	2	6	1168	1173	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
23	NC_015854	GCGA	2	8	1181	1188	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
24	NC_015854	TTG	2	6	1193	1198	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783893
25	NC_015854	GCA	2	6	1212	1217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
26	NC_015854	CCG	2	6	1232	1237	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
27	NC_015854	GAG	2	6	1243	1248	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783893
28	NC_015854	CTTGCC	2	12	1294	1305	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	340783893
29	NC_015854	GGC	2	6	1336	1341	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
30	NC_015854	GCG	3	9	1343	1351	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
31	NC_015854	TTC	2	6	1369	1374	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783893
32	NC_015854	GCC	2	6	1390	1395	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
33	NC_015854	GCC	2	6	1450	1455	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
34	NC_015854	CGG	2	6	1489	1494	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
35	NC_015854	CAC	2	6	1504	1509	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783893
36	NC_015854	CGT	2	6	1551	1556	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
37	NC_015854	CATG	2	8	1584	1591	25 %	25 %	25 %	25 %	340783893
38	NC_015854	GCGG	2	8	1612	1619	0 %	0 %	75 %	25 %	340783893
39	NC_015854	TTG	2	6	1691	1696	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783893
40	NC_015854	TCG	2	6	1697	1702	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
41	NC_015854	AGC	2	6	1709	1714	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
42	NC_015854	TTC	2	6	1753	1758	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783893
43	NC_015854	CTC	3	9	1759	1767	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783893
44	NC_015854	GC	3	6	1838	1843	0 %	0 %	50 %	50 %	340783893
45	NC_015854	CCG	2	6	1871	1876	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
46	NC_015854	CCA	2	6	1941	1946	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783893
47	NC_015854	GGT	2	6	1987	1992	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783893
48	NC_015854	GTC	2	6	2026	2031	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
49	NC_015854	GCG	2	6	2074	2079	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
50	NC_015854	TCC	2	6	2087	2092	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783893
51	NC_015854	GTA	2	6	2137	2142	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783893
52	NC_015854	CGT	2	6	2166	2171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
53	NC_015854	CCG	2	6	2175	2180	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783893
54	NC_015854	ACGG	2	8	2194	2201	25 %	0 %	50 %	25 %	340783893
55	NC_015854	CGGCG	2	10	2202	2211	0 %	0 %	60 %	40 %	340783893
56	NC_015854	GGT	2	6	2224	2229	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783893
57	NC_015854	TGA	2	6	2268	2273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783893
58	NC_015854	GACA	2	8	2343	2350	50 %	0 %	25 %	25 %	340783893
59	NC_015854	GC	3	6	2384	2389	0 %	0 %	50 %	50 %	340783893
60	NC_015854	CGG	2	6	2414	2419	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783893
61	NC_015854	CGA	2	6	2460	2465	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
62	NC_015854	TG	3	6	2503	2508	0 %	50 %	50 %	0 %	340783893
63	NC_015854	TGG	2	6	2517	2522	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783893
64	NC_015854	GAA	2	6	2527	2532	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783893
65	NC_015854	GTA	2	6	2569	2574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783893
66	NC_015854	CGA	2	6	2613	2618	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
67	NC_015854	GCGT	2	8	2628	2635	0 %	25 %	50 %	25 %	340783893
68	NC_015854	TGC	2	6	2699	2704	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783893
69	NC_015854	CCA	2	6	2751	2756	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783893
70	NC_015854	TTG	2	6	2795	2800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783893
71	NC_015854	ACG	2	6	2880	2885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783893
72	NC_015854	GGC	2	6	4163	4168	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783894
73	NC_015854	TCT	2	6	4180	4185	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
74	NC_015854	TCAG	2	8	4212	4219	25 %	25 %	25 %	25 %	340783894
75	NC_015854	GCC	2	6	4276	4281	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
76	NC_015854	CTG	2	6	4343	4348	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783894
77	NC_015854	CTG	2	6	4355	4360	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783894
78	NC_015854	CG	3	6	4367	4372	0 %	0 %	50 %	50 %	340783894
79	NC_015854	CCT	2	6	4378	4383	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783894
80	NC_015854	GTC	2	6	4425	4430	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783894
81	NC_015854	ACC	3	9	4454	4462	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
82	NC_015854	GGCT	2	8	4466	4473	0 %	25 %	50 %	25 %	340783894
83	NC_015854	ACC	2	6	4526	4531	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
84	NC_015854	GCC	2	6	4622	4627	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
85	NC_015854	GCAGGG	2	12	4659	4670	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	340783894
86	NC_015854	C	6	6	4789	4794	0 %	0 %	0 %	100 %	340783894
87	NC_015854	CGCCAC	2	12	4906	4917	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	340783894
88	NC_015854	CCG	2	6	4947	4952	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
89	NC_015854	GCA	2	6	4998	5003	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783894
90	NC_015854	GGC	2	6	5015	5020	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783894
91	NC_015854	GC	3	6	5035	5040	0 %	0 %	50 %	50 %	340783894
92	NC_015854	CAC	2	6	5044	5049	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
93	NC_015854	GCC	2	6	5100	5105	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
94	NC_015854	GCAA	2	8	5109	5116	50 %	0 %	25 %	25 %	340783894
95	NC_015854	CCG	2	6	5133	5138	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
96	NC_015854	ATG	2	6	5160	5165	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783894
97	NC_015854	CTT	2	6	5186	5191	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
98	NC_015854	AGC	2	6	5208	5213	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783894
99	NC_015854	CTGA	2	8	5285	5292	25 %	25 %	25 %	25 %	340783894
100	NC_015854	AATCC	2	10	5331	5340	40 %	20 %	0 %	40 %	340783894
101	NC_015854	CCGA	2	8	5367	5374	25 %	0 %	25 %	50 %	340783894
102	NC_015854	ATC	2	6	5508	5513	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783894
103	NC_015854	ACC	2	6	5535	5540	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
104	NC_015854	CCA	2	6	5545	5550	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
105	NC_015854	AGGC	2	8	5655	5662	25 %	0 %	50 %	25 %	340783894
106	NC_015854	ACA	2	6	5698	5703	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783894
107	NC_015854	AGA	2	6	5797	5802	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783894
108	NC_015854	TCA	2	6	5812	5817	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783894
109	NC_015854	TCT	2	6	5818	5823	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
110	NC_015854	TGA	2	6	5824	5829	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783894
111	NC_015854	CCA	2	6	5859	5864	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783894
112	NC_015854	TTC	2	6	5921	5926	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
113	NC_015854	ATGG	2	8	6009	6016	25 %	25 %	50 %	0 %	340783894
114	NC_015854	GCC	2	6	6024	6029	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783894
115	NC_015854	TTC	2	6	6087	6092	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783894
116	NC_015854	TG	3	6	6156	6161	0 %	50 %	50 %	0 %	340783895
117	NC_015854	GT	3	6	6230	6235	0 %	50 %	50 %	0 %	340783895
118	NC_015854	CTG	2	6	6326	6331	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
119	NC_015854	CTG	2	6	6401	6406	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
120	NC_015854	CGCCTG	2	12	6407	6418	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	340783895
121	NC_015854	CCG	2	6	6445	6450	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783895
122	NC_015854	GTT	2	6	6473	6478	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783895
123	NC_015854	GCT	2	6	6506	6511	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
124	NC_015854	CCG	2	6	6517	6522	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783895
125	NC_015854	CTG	2	6	6560	6565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
126	NC_015854	GTC	2	6	6585	6590	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
127	NC_015854	GCGCCT	2	12	6592	6603	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	340783895
128	NC_015854	TCA	2	6	6649	6654	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783895
129	NC_015854	CTG	2	6	6698	6703	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783895
130	NC_015854	CCA	2	6	6712	6717	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783895
131	NC_015854	CCT	2	6	6757	6762	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783895
132	NC_015854	CAC	2	6	6787	6792	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783895
133	NC_015854	CCG	2	6	6804	6809	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783895
134	NC_015854	C	6	6	6840	6845	0 %	0 %	0 %	100 %	340783895
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142	NC_015854	GTA	2	6	7390	7395	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783896
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144	NC_015854	CCGT	2	8	7473	7480	0 %	25 %	25 %	50 %	340783896
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262	NC_015854	GGC	2	6	13409	13414	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783903
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388	NC_015854	GAA	2	6	20170	20175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783909
389	NC_015854	GCAA	2	8	20186	20193	50 %	0 %	25 %	25 %	340783909
390	NC_015854	ATG	2	6	20195	20200	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783909
391	NC_015854	TAT	2	6	20229	20234	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783909
392	NC_015854	TGG	2	6	20251	20256	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783909
393	NC_015854	TGCG	2	8	20417	20424	0 %	25 %	50 %	25 %	340783910
394	NC_015854	GCCTTG	2	12	20435	20446	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783910
395	NC_015854	ATG	2	6	20534	20539	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783910
396	NC_015854	GGC	2	6	20561	20566	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783910
397	NC_015854	TGG	2	6	20618	20623	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783910
398	NC_015854	TTTC	2	8	20718	20725	0 %	75 %	0 %	25 %	340783910
399	NC_015854	CGT	2	6	20814	20819	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783910
400	NC_015854	ACC	2	6	20953	20958	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783910
401	NC_015854	CTG	2	6	21080	21085	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783910
402	NC_015854	GCA	2	6	21128	21133	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783910
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404	NC_015854	GCC	2	6	21378	21383	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783910
405	NC_015854	CTC	2	6	21415	21420	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783910
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407	NC_015854	TCC	2	6	21485	21490	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783910
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409	NC_015854	CGG	2	6	21520	21525	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783910
410	NC_015854	GA	3	6	21541	21546	50 %	0 %	50 %	0 %	340783910
411	NC_015854	TGTT	2	8	21641	21648	0 %	75 %	25 %	0 %	340783911
412	NC_015854	GAA	2	6	21716	21721	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783911
413	NC_015854	GGT	2	6	21734	21739	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783911
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415	NC_015854	TCTA	2	8	21795	21802	25 %	50 %	0 %	25 %	340783911
416	NC_015854	TGAT	2	8	21849	21856	25 %	50 %	25 %	0 %	340783911
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427	NC_015854	ACGTC	2	10	22408	22417	20 %	20 %	20 %	40 %	340783912
428	NC_015854	AACT	2	8	22499	22506	50 %	25 %	0 %	25 %	340783912
429	NC_015854	ATT	2	6	22533	22538	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783912
430	NC_015854	TTG	2	6	22696	22701	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783912
431	NC_015854	TCA	2	6	22752	22757	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783912
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500	NC_015854	GC	3	6	27844	27849	0 %	0 %	50 %	50 %	340783919

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