MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Acidiphilium cryptum JF-5 plasmid pACRY01

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009467	ATCGCC	2	12	3308	3319	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148243638
2	NC_009467	ACCGGC	2	12	3977	3988	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148243638
3	NC_009467	CTTGCG	2	12	4412	4423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148243639
4	NC_009467	CGCTGC	2	12	5358	5369	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243639
5	NC_009467	CGCCCG	2	12	5997	6008	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	148243640
6	NC_009467	CGCAAC	2	12	9678	9689	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148243641
7	NC_009467	TGCCAG	2	12	13625	13636	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148243646
8	NC_009467	CGATCG	2	12	16480	16491	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148243648
9	NC_009467	TGATCG	2	12	19030	19041	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148243652
10	NC_009467	CCTTGC	2	12	23143	23154	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148243654
11	NC_009467	GCCTCG	2	12	23349	23360	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243654
12	NC_009467	GCCATC	2	12	26850	26861	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148243658
13	NC_009467	ATGCCG	2	12	28135	28146	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148243661
14	NC_009467	CGTGAA	2	12	33401	33412	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148243664
15	NC_009467	TCTCGC	2	12	33508	33519	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	148243664
16	NC_009467	ATGTCG	2	12	35690	35701	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	148243667
17	NC_009467	GGGACC	2	12	36602	36613	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148243668
18	NC_009467	TTGGCC	2	12	39313	39324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148243668
19	NC_009467	GCCATG	2	12	39649	39660	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148243668
20	NC_009467	GGCCTC	2	12	40090	40101	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243668
21	NC_009467	GCAAGC	2	12	49447	49458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	148243672
22	NC_009467	CCGATG	2	12	50603	50614	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148243673
23	NC_009467	CCGCGA	2	12	50804	50815	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148243673
24	NC_009467	CGTGGT	2	12	53141	53152	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	148243676
25	NC_009467	AGCCGC	2	12	53912	53923	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148243677
26	NC_009467	CAAAGG	2	12	58924	58935	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	148243683
27	NC_009467	CGGCCT	2	12	59475	59486	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243683
28	NC_009467	ACCATC	2	12	62183	62194	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	148243685
29	NC_009467	GGCAAG	2	12	66835	66846	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148243687
30	NC_009467	TCGAGG	2	12	67127	67138	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148243687
31	NC_009467	CGATCA	2	12	67673	67684	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148243688
32	NC_009467	CAGCGC	2	12	74428	74439	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148243693
33	NC_009467	GATCGG	2	12	76874	76885	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148243694
34	NC_009467	GTCGGC	2	12	78385	78396	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148243694
35	NC_009467	CCCGAA	2	12	78441	78452	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148243694
36	NC_009467	CTCGGG	2	12	78516	78527	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148243694
37	NC_009467	CGAGGA	2	12	80789	80800	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148243695
38	NC_009467	TGGAGG	2	12	86800	86811	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	148243701
39	NC_009467	CCTGCG	2	12	87180	87191	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243702
40	NC_009467	CAGCGC	2	12	91012	91023	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148243704
41	NC_009467	GACCAC	2	12	99660	99671	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148243716
42	NC_009467	GTCGCG	2	12	101997	102008	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148243719
43	NC_009467	GCATCG	2	12	102198	102209	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	148243719
44	NC_009467	CGCTTG	2	12	103354	103365	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148243720
45	NC_009467	GCGGAA	2	12	107477	107488	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148243724
46	NC_009467	GGGCAA	2	12	110102	110113	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148243726
47	NC_009467	TCGAGG	2	12	110395	110406	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148243726
48	NC_009467	ATGCTC	2	12	111689	111700	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148243727
49	NC_009467	ACCGCC	2	12	114700	114711	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148243729
50	NC_009467	GGTGGA	2	12	115434	115445	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	148243730
51	NC_009467	CCCGAA	2	12	117385	117396	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148243730
52	NC_009467	GCCACC	2	12	117469	117480	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148243730
53	NC_009467	AACGCC	2	12	118158	118169	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	148243731
54	NC_009467	ATGGCG	2	12	120279	120290	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148243733
55	NC_009467	GGCAAG	2	12	123308	123319	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	148243736
56	NC_009467	GCCGGC	2	12	123713	123724	0 %	0 %	50 %	50 %	148243736
57	NC_009467	CGATCA	2	12	128232	128243	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	148243738
58	NC_009467	CACCGG	2	12	129662	129673	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	148243739
59	NC_009467	CCTCGA	2	12	136252	136263	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148243745
60	NC_009467	CATCCT	2	12	142827	142838	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	148243748
61	NC_009467	GCCTCG	2	12	142994	143005	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243748
62	NC_009467	TCGGGC	2	12	144514	144525	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148243749
63	NC_009467	TGCCCG	2	12	149544	149555	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243756
64	NC_009467	ATCCGC	2	12	152295	152306	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148243758
65	NC_009467	GAGAAA	2	12	154109	154120	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	148243760
66	NC_009467	GCGGAG	2	12	159962	159973	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	148243766
67	NC_009467	GAGGCG	2	12	165182	165193	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	148243771
68	NC_009467	GCTCGG	2	12	165208	165219	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148243771
69	NC_009467	CCGAGG	2	12	166951	166962	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	148243772
70	NC_009467	CTTTCT	2	12	171524	171535	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	148243776
71	NC_009467	ACGCTC	2	12	172017	172028	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148243776
72	NC_009467	TCGGCC	2	12	175062	175073	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243779
73	NC_009467	GCGCTC	2	12	177417	177428	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243782
74	NC_009467	TCCCCC	2	12	180700	180711	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	148243786
75	NC_009467	AGATCG	2	12	182418	182429	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	148243789
76	NC_009467	CTGCCC	2	12	182908	182919	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	148243790
77	NC_009467	GGTCGC	2	12	185209	185220	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	148243791
78	NC_009467	CCATTT	2	12	185884	185895	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	148243791
79	NC_009467	GCGGAT	2	12	186840	186851	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	148243792
80	NC_009467	TCTGCG	2	12	187936	187947	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148243793
81	NC_009467	CCGTCG	2	12	191454	191465	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	148243794
82	NC_009467	GCGGGG	2	12	191889	191900	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	148243794
83	NC_009467	GCGGGG	2	12	193313	193324	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	148243797
84	NC_009467	GGCCGC	2	12	194458	194469	0 %	0 %	50 %	50 %	148243798
85	NC_009467	ACGCCC	2	12	194634	194645	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	148243798
86	NC_009467	GCCCAT	2	12	197481	197492	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	148243801
87	NC_009467	GTCTGC	2	12	198663	198674	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	148243801
88	NC_009467	CTGATC	2	12	199516	199527	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	148243802

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.