MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1 chromosome

Total Repeats: 74307

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
74001	NC_008340	CTC	2	6	3263039	3263044	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114322017
74002	NC_008340	TCT	2	6	3263104	3263109	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114322017
74003	NC_008340	CGC	2	6	3263162	3263167	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114322017
74004	NC_008340	TCT	2	6	3263191	3263196	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114322017
74005	NC_008340	CTT	2	6	3263230	3263235	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114322017
74006	NC_008340	CTT	2	6	3263315	3263320	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114322018
74007	NC_008340	ACC	2	6	3263331	3263336	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322018
74008	NC_008340	TCG	2	6	3263337	3263342	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322018
74009	NC_008340	CAG	2	6	3263372	3263377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322018
74010	NC_008340	GCC	2	6	3263412	3263417	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114322018
74011	NC_008340	CCA	2	6	3263425	3263430	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322018
74012	NC_008340	TTG	2	6	3263433	3263438	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	114322018
74013	NC_008340	TCA	2	6	3263527	3263532	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114322018
74014	NC_008340	GCT	2	6	3263560	3263565	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322018
74015	NC_008340	GGC	2	6	3263606	3263611	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322018
74016	NC_008340	GGGCCA	2	12	3263626	3263637	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	114322018
74017	NC_008340	CCA	2	6	3263649	3263654	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322018
74018	NC_008340	CTT	2	6	3263657	3263662	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114322018
74019	NC_008340	GCC	2	6	3263684	3263689	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114322018
74020	NC_008340	TGG	2	6	3263791	3263796	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	114322018
74021	NC_008340	CGCC	2	8	3263815	3263822	0 %	0 %	25 %	75 %	114322018
74022	NC_008340	GAT	2	6	3263831	3263836	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114322018
74023	NC_008340	TCACC	2	10	3263869	3263878	20 %	20 %	0 %	60 %	114322018
74024	NC_008340	CAG	2	6	3263927	3263932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322018
74025	NC_008340	AGA	2	6	3263947	3263952	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114322018
74026	NC_008340	CGG	2	6	3263978	3263983	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322018
74027	NC_008340	GCA	3	9	3263989	3263997	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322018
74028	NC_008340	GTC	2	6	3264035	3264040	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322018
74029	NC_008340	GGC	2	6	3264104	3264109	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322018
74030	NC_008340	GGC	2	6	3264122	3264127	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322018
74031	NC_008340	CCA	2	6	3264148	3264153	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322018
74032	NC_008340	CGT	2	6	3264172	3264177	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322018
74033	NC_008340	CCA	2	6	3264193	3264198	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322018
74034	NC_008340	GGA	2	6	3264209	3264214	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	114322018
74035	NC_008340	TTC	2	6	3264258	3264263	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114322018
74036	NC_008340	TGA	2	6	3264268	3264273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114322018
74037	NC_008340	GAT	2	6	3264317	3264322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114322018
74038	NC_008340	CCA	2	6	3264496	3264501	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322018
74039	NC_008340	GCG	2	6	3264776	3264781	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322018
74040	NC_008340	GCGA	2	8	3264857	3264864	25 %	0 %	50 %	25 %	114322019
74041	NC_008340	GC	3	6	3264913	3264918	0 %	0 %	50 %	50 %	114322019
74042	NC_008340	CTT	2	6	3264974	3264979	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114322019
74043	NC_008340	GC	3	6	3264982	3264987	0 %	0 %	50 %	50 %	114322019
74044	NC_008340	CTG	2	6	3265001	3265006	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322019
74045	NC_008340	CCA	2	6	3265045	3265050	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322019
74046	NC_008340	GC	3	6	3265065	3265070	0 %	0 %	50 %	50 %	114322019
74047	NC_008340	GCG	2	6	3265086	3265091	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322019
74048	NC_008340	CCA	2	6	3265228	3265233	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322019
74049	NC_008340	TCG	2	6	3265248	3265253	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322019
74050	NC_008340	GCG	2	6	3265254	3265259	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322019
74051	NC_008340	GCT	2	6	3265390	3265395	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322020
74052	NC_008340	TCG	2	6	3265404	3265409	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322020
74053	NC_008340	GCCA	2	8	3265463	3265470	25 %	0 %	25 %	50 %	114322020
74054	NC_008340	CAC	2	6	3265481	3265486	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322020
74055	NC_008340	GC	3	6	3265538	3265543	0 %	0 %	50 %	50 %	114322020
74056	NC_008340	CCT	2	6	3265564	3265569	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114322020
74057	NC_008340	CCT	2	6	3265576	3265581	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114322020
74058	NC_008340	CTGG	2	8	3265634	3265641	0 %	25 %	50 %	25 %	114322020
74059	NC_008340	GCCG	2	8	3265715	3265722	0 %	0 %	50 %	50 %	114322020
74060	NC_008340	CGG	2	6	3265772	3265777	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322020
74061	NC_008340	ATC	2	6	3265821	3265826	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114322020
74062	NC_008340	CTG	2	6	3265922	3265927	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322021
74063	NC_008340	GAA	2	6	3265958	3265963	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114322021
74064	NC_008340	CGA	2	6	3266011	3266016	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322021
74065	NC_008340	GCA	2	6	3266032	3266037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322021
74066	NC_008340	GGC	2	6	3266060	3266065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322021
74067	NC_008340	GCC	2	6	3266081	3266086	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114322021
74068	NC_008340	GGCGCC	2	12	3266117	3266128	0 %	0 %	50 %	50 %	114322021
74069	NC_008340	CTC	2	6	3266308	3266313	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114322022
74070	NC_008340	CAT	2	6	3266350	3266355	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	114322022
74071	NC_008340	CCA	2	6	3266428	3266433	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322022
74072	NC_008340	GCA	2	6	3266436	3266441	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322022
74073	NC_008340	GCA	2	6	3266553	3266558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322022
74074	NC_008340	CAG	2	6	3266581	3266586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322022
74075	NC_008340	CCG	2	6	3266600	3266605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114322022
74076	NC_008340	GCCCTT	2	12	3266608	3266619	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	114322022
74077	NC_008340	GAT	2	6	3266632	3266637	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114322022
74078	NC_008340	GAA	2	6	3266641	3266646	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	114322022
74079	NC_008340	AGT	2	6	3266703	3266708	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114322022
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74081	NC_008340	CAG	2	6	3266783	3266788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322022
74082	NC_008340	TGGTC	2	10	3266847	3266856	0 %	40 %	40 %	20 %	114322022
74083	NC_008340	CGG	2	6	3266907	3266912	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322022
74084	NC_008340	GGCGC	2	10	3266914	3266923	0 %	0 %	60 %	40 %	114322022
74085	NC_008340	GC	4	8	3266920	3266927	0 %	0 %	50 %	50 %	114322022
74086	NC_008340	CCAG	2	8	3266928	3266935	25 %	0 %	25 %	50 %	114322022
74087	NC_008340	GC	3	6	3266952	3266957	0 %	0 %	50 %	50 %	114322022
74088	NC_008340	ATG	2	6	3266972	3266977	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	114322022
74089	NC_008340	GGT	2	6	3267030	3267035	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	114322022
74090	NC_008340	CAG	2	6	3267102	3267107	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322023
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74094	NC_008340	TTA	2	6	3267146	3267151	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	114322023
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74098	NC_008340	GC	3	6	3267326	3267331	0 %	0 %	50 %	50 %	114322023
74099	NC_008340	GGC	2	6	3267339	3267344	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322023
74100	NC_008340	CGC	2	6	3267345	3267350	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114322023
74101	NC_008340	CAG	2	6	3267373	3267378	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	114322023
74102	NC_008340	TTC	2	6	3267450	3267455	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	114322023
74103	NC_008340	GCC	2	6	3267481	3267486	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114322023
74104	NC_008340	GCT	2	6	3267698	3267703	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322024
74105	NC_008340	CAC	2	6	3267713	3267718	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	114322024
74106	NC_008340	GCCGCG	2	12	3267722	3267733	0 %	0 %	50 %	50 %	114322024
74107	NC_008340	CTG	2	6	3267740	3267745	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322024
74108	NC_008340	GGC	2	6	3267766	3267771	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322024
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74110	NC_008340	TCC	2	6	3267807	3267812	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	114322024
74111	NC_008340	GGT	2	6	3267816	3267821	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	114322024
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74113	NC_008340	CGC	2	6	3267908	3267913	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	114322024
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74115	NC_008340	GCG	2	6	3267939	3267944	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	114322024
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74231	NC_008340	GGT	2	6	3272806	3272811	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	114322028
74232	NC_008340	GTC	2	6	3272839	3272844	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	114322028
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74307	NC_008340	GCTGG	2	10	3275804	3275813	0 %	20 %	60 %	20 %	114322031

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.