MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Amycolicicoccus subflavus DQS3-9A1 plasmid pAS9A-2

Total Repeats: 73

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015561	GGCTC	2	10	1555	1564	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_015561	GCTGG	2	10	1971	1980	0 %	20 %	60 %	20 %	333917561
3	NC_015561	GCTCA	2	10	4678	4687	20 %	20 %	20 %	40 %	333917566
4	NC_015561	CTAGC	2	10	6872	6881	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
5	NC_015561	TGCCG	2	10	10444	10453	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_015561	TCCCG	2	10	11497	11506	0 %	20 %	20 %	60 %	333917572
7	NC_015561	TGGCC	2	10	12691	12700	0 %	20 %	40 %	40 %	333917572
8	NC_015561	AGGCA	2	10	13118	13127	40 %	0 %	40 %	20 %	333917572
9	NC_015561	CACGC	2	10	17605	17614	20 %	0 %	20 %	60 %	333917578
10	NC_015561	CCGGT	2	10	19596	19605	0 %	20 %	40 %	40 %	333917583
11	NC_015561	GAGCA	2	10	23199	23208	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_015561	TGCCC	2	10	23758	23767	0 %	20 %	20 %	60 %	333917587
13	NC_015561	ACGAC	2	10	24000	24009	40 %	0 %	20 %	40 %	333917587
14	NC_015561	GACCG	2	10	26295	26304	20 %	0 %	40 %	40 %	333917590
15	NC_015561	GCGAT	2	10	28220	28229	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_015561	CAGCA	2	10	28634	28643	40 %	0 %	20 %	40 %	333917593
17	NC_015561	TCCTC	2	10	29806	29815	0 %	40 %	0 %	60 %	333917594
18	NC_015561	CGGTA	2	10	29945	29954	20 %	20 %	40 %	20 %	333917594
19	NC_015561	CGGAT	2	10	30162	30171	20 %	20 %	40 %	20 %	333917595
20	NC_015561	CACCG	2	10	31966	31975	20 %	0 %	20 %	60 %	333917598
21	NC_015561	CGCTT	2	10	33312	33321	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
22	NC_015561	TGTGG	2	10	33963	33972	0 %	40 %	60 %	0 %	333917603
23	NC_015561	CACCG	2	10	33987	33996	20 %	0 %	20 %	60 %	333917603
24	NC_015561	TCGGT	2	10	35010	35019	0 %	40 %	40 %	20 %	333917605
25	NC_015561	AGGGC	2	10	41012	41021	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
26	NC_015561	CGGGG	2	10	41146	41155	0 %	0 %	80 %	20 %	333917611
27	NC_015561	CCCCG	2	10	42682	42691	0 %	0 %	20 %	80 %	333917613
28	NC_015561	CGGCG	2	10	43787	43796	0 %	0 %	60 %	40 %	333917616
29	NC_015561	CGCGA	2	10	44006	44015	20 %	0 %	40 %	40 %	333917616
30	NC_015561	ATCAG	2	10	44038	44047	40 %	20 %	20 %	20 %	333917616
31	NC_015561	CGACG	2	10	44748	44757	20 %	0 %	40 %	40 %	333917618
32	NC_015561	TGCGC	2	10	46091	46100	0 %	20 %	40 %	40 %	333917619
33	NC_015561	TCTGA	2	10	49555	49564	20 %	40 %	20 %	20 %	333917621
34	NC_015561	CCGTC	2	10	51409	51418	0 %	20 %	20 %	60 %	333917623
35	NC_015561	TGTCC	2	10	51634	51643	0 %	40 %	20 %	40 %	333917623
36	NC_015561	CCGGC	2	10	53070	53079	0 %	0 %	40 %	60 %	333917625
37	NC_015561	GCACG	2	10	53688	53697	20 %	0 %	40 %	40 %	333917625
38	NC_015561	GCAGC	2	10	54278	54287	20 %	0 %	40 %	40 %	333917625
39	NC_015561	CACTG	2	10	55227	55236	20 %	20 %	20 %	40 %	333917626
40	NC_015561	CTGAG	2	10	56121	56130	20 %	20 %	40 %	20 %	333917628
41	NC_015561	GAAGG	2	10	56236	56245	40 %	0 %	60 %	0 %	333917628
42	NC_015561	TCGTT	2	10	58972	58981	0 %	60 %	20 %	20 %	333917630
43	NC_015561	CGGCG	2	10	59985	59994	0 %	0 %	60 %	40 %	333917631
44	NC_015561	GCCGG	2	10	61234	61243	0 %	0 %	60 %	40 %	333917631
45	NC_015561	GCTGG	2	10	61680	61689	0 %	20 %	60 %	20 %	333917631
46	NC_015561	GGCGC	2	10	62344	62353	0 %	0 %	60 %	40 %	333917631
47	NC_015561	TCACG	2	10	65255	65264	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_015561	TGGTG	2	10	65716	65725	0 %	40 %	60 %	0 %	333917636
49	NC_015561	GTCGT	2	10	65768	65777	0 %	40 %	40 %	20 %	333917636
50	NC_015561	TGTGG	2	10	65839	65848	0 %	40 %	60 %	0 %	333917636
51	NC_015561	TGCGG	2	10	66501	66510	0 %	20 %	60 %	20 %	333917639
52	NC_015561	CCCGC	2	10	67502	67511	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
53	NC_015561	GGGCT	2	10	67606	67615	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
54	NC_015561	ATCTG	2	10	69747	69756	20 %	40 %	20 %	20 %	333917646
55	NC_015561	CGGGA	2	10	70484	70493	20 %	0 %	60 %	20 %	333917646
56	NC_015561	GGCCG	2	10	71539	71548	0 %	0 %	60 %	40 %	333917646
57	NC_015561	TTTCA	2	10	72214	72223	20 %	60 %	0 %	20 %	333917646
58	NC_015561	GGTGC	2	10	75077	75086	0 %	20 %	60 %	20 %	333917646
59	NC_015561	GATCT	2	10	77711	77720	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_015561	AGATC	2	10	79035	79044	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_015561	GTGCG	2	10	79316	79325	0 %	20 %	60 %	20 %	333917649
62	NC_015561	GGCGC	2	10	79362	79371	0 %	0 %	60 %	40 %	333917649
63	NC_015561	CAGTT	2	10	81794	81803	20 %	40 %	20 %	20 %	333917651
64	NC_015561	GCGCG	2	10	83590	83599	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
65	NC_015561	CGCGA	2	10	83621	83630	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
66	NC_015561	CGCTA	2	10	87844	87853	20 %	20 %	20 %	40 %	333917657
67	NC_015561	TGGAA	2	10	87977	87986	40 %	20 %	40 %	0 %	333917657
68	NC_015561	ACGAG	2	10	93767	93776	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_015561	GGTGA	2	10	95087	95096	20 %	20 %	60 %	0 %	333917664
70	NC_015561	CCCGA	2	10	96327	96336	20 %	0 %	20 %	60 %	333917665
71	NC_015561	GAGCG	2	10	99416	99425	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
72	NC_015561	TGCCG	2	10	101008	101017	0 %	20 %	40 %	40 %	333917671
73	NC_015561	TTTAC	2	10	102059	102068	20 %	60 %	0 %	20 %	333917673

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.