MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Allochromatium vinosum DSM 180 plasmid pALVIN01

Total Repeats: 56

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013852	GAAGCA	2	12	4960	4971	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	288947678
2	NC_013852	CGCCCG	2	12	5625	5636	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	288947679
3	NC_013852	CACGCC	2	12	6982	6993	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	288947681
4	NC_013852	GACGGC	2	12	7024	7035	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	288947681
5	NC_013852	AGCCTC	2	12	11781	11792	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	288947682
6	NC_013852	CCTGAC	2	12	12311	12322	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	288947684
7	NC_013852	CGGTGA	2	12	13187	13198	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	288947685
8	NC_013852	GGCCCA	2	12	13689	13700	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	288947685
9	NC_013852	GGTCAA	2	12	16851	16862	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288947690
10	NC_013852	CCGGGG	2	12	16880	16891	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	288947690
11	NC_013852	CGTGTT	2	12	21677	21688	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	288947697
12	NC_013852	AAATCG	2	12	23830	23841	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	288947699
13	NC_013852	CGACGC	2	12	25868	25879	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	288947702
14	NC_013852	AGGACG	2	12	28646	28657	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	288947705
15	NC_013852	GATCGA	2	12	31336	31347	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	288947710
16	NC_013852	AGCGCG	2	12	34382	34393	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	288947714
17	NC_013852	TCGGGA	2	12	34574	34585	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	288947714
18	NC_013852	CGGCCC	2	12	34764	34775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	288947715
19	NC_013852	CTTGGC	2	12	35086	35097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288947715
20	NC_013852	GTTCGA	2	12	37896	37907	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	288947719
21	NC_013852	CGCAAG	2	12	40010	40021	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	288947721
22	NC_013852	ACCGGC	2	12	40421	40432	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	288947721
23	NC_013852	TCGAGG	2	12	41097	41108	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	288947721
24	NC_013852	ATTCGT	2	12	44070	44081	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	288947723
25	NC_013852	ATAAAA	2	12	44847	44858	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	288947723
26	NC_013852	AAAAAT	2	12	45237	45248	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	288947723
27	NC_013852	ATTTGA	2	12	46176	46187	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	288947724
28	NC_013852	GGCGAT	2	12	49244	49255	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	288947725
29	NC_013852	TGGCGG	2	12	49957	49968	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	288947725
30	NC_013852	CAGCCG	2	12	50180	50191	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	288947725
31	NC_013852	GGACCA	2	12	54599	54610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	288947730
32	NC_013852	GGTGCC	2	12	60033	60044	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	288947738
33	NC_013852	CGGCAC	2	12	60457	60468	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
34	NC_013852	TCCGCG	2	12	60947	60958	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
35	NC_013852	CTTCCT	2	12	61429	61440	0 %	50 %	0 %	50 %	288947740
36	NC_013852	CTGCCT	2	12	61568	61579	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	288947740
37	NC_013852	CAAACC	2	12	64289	64300	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_013852	TTGGCA	2	12	64466	64477	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_013852	CCTGAG	2	12	65428	65439	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	288947745
40	NC_013852	GGTGAA	2	12	65739	65750	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	288947746
41	NC_013852	TCCGCG	2	12	66606	66617	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_013852	CGCTGT	2	12	68245	68256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288947750
43	NC_013852	GCCACG	2	12	69075	69086	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	288947751
44	NC_013852	GGAAGC	2	12	69703	69714	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	288947752
45	NC_013852	GGATCC	2	12	70588	70599	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_013852	TTGTGC	2	12	81116	81127	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_013852	AGGCGC	2	12	84443	84454	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	288947771
48	NC_013852	GCGCTT	2	12	85641	85652	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288947772
49	NC_013852	GCTGCC	2	12	85924	85935	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	288947772
50	NC_013852	TGGCCT	2	12	92538	92549	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	288947781
51	NC_013852	GCGATC	2	12	97284	97295	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	288947787
52	NC_013852	ACCTTC	2	12	98497	98508	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	288947788
53	NC_013852	CCAAGC	2	12	98576	98587	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	288947788
54	NC_013852	GCGACT	2	12	99452	99463	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	288947790
55	NC_013852	CCTGAA	2	12	99641	99652	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	288947791
56	NC_013852	TCGCCG	2	12	102152	102163	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	288947793

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.