MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Allochromatium vinosum DSM 180 plasmid pALVIN01

Total Repeats: 78

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_013852	TCGCC	2	10	1426	1435	0 %	20 %	20 %	60 %	288947676
2	NC_013852	CGCGG	2	10	1747	1756	0 %	0 %	60 %	40 %	288947676
3	NC_013852	TTTCA	2	10	2073	2082	20 %	60 %	0 %	20 %	288947676
4	NC_013852	GCCAT	2	10	3529	3538	20 %	20 %	20 %	40 %	288947677
5	NC_013852	CAACG	2	10	6013	6022	40 %	0 %	20 %	40 %	288947679
6	NC_013852	CCGGT	2	10	7611	7620	0 %	20 %	40 %	40 %	288947681
7	NC_013852	CGGTT	2	10	12339	12348	0 %	40 %	40 %	20 %	288947684
8	NC_013852	GGGCG	2	10	17172	17181	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
9	NC_013852	GAACA	2	10	20009	20018	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
10	NC_013852	GGGGA	2	10	20253	20262	20 %	0 %	80 %	0 %	288947694
11	NC_013852	TGCCC	2	10	21197	21206	0 %	20 %	20 %	60 %	288947697
12	NC_013852	GCGTT	2	10	23099	23108	0 %	40 %	40 %	20 %	288947699
13	NC_013852	GCAAC	2	10	26071	26080	40 %	0 %	20 %	40 %	288947702
14	NC_013852	CGATC	2	10	28284	28293	20 %	20 %	20 %	40 %	288947705
15	NC_013852	GATCA	2	10	31962	31971	40 %	20 %	20 %	20 %	288947711
16	NC_013852	TCACC	2	10	33291	33300	20 %	20 %	0 %	60 %	288947712
17	NC_013852	GTCGA	2	10	34174	34183	20 %	20 %	40 %	20 %	288947713
18	NC_013852	CCTGG	2	10	35485	35494	0 %	20 %	40 %	40 %	288947716
19	NC_013852	TGAAT	2	10	36823	36832	40 %	40 %	20 %	0 %	288947718
20	NC_013852	GCGTG	2	10	38272	38281	0 %	20 %	60 %	20 %	288947720
21	NC_013852	GAACT	2	10	40784	40793	40 %	20 %	20 %	20 %	288947721
22	NC_013852	CGATC	2	10	40906	40915	20 %	20 %	20 %	40 %	288947721
23	NC_013852	TGATT	2	10	45494	45503	20 %	60 %	20 %	0 %	288947724
24	NC_013852	TGGGT	2	10	45983	45992	0 %	40 %	60 %	0 %	288947724
25	NC_013852	CGGCC	2	10	46482	46491	0 %	0 %	40 %	60 %	288947725
26	NC_013852	GCGCG	2	10	46909	46918	0 %	0 %	60 %	40 %	288947725
27	NC_013852	GCTTG	2	10	49825	49834	0 %	40 %	40 %	20 %	288947725
28	NC_013852	GGCGC	2	10	50201	50210	0 %	0 %	60 %	40 %	288947725
29	NC_013852	CGACG	2	10	54753	54762	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
30	NC_013852	AAGTC	2	10	56300	56309	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
31	NC_013852	GACTT	2	10	56412	56421	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
32	NC_013852	ACTTA	2	10	56835	56844	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_013852	TCAAG	2	10	57836	57845	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_013852	CCGAA	2	10	59398	59407	40 %	0 %	20 %	40 %	288947737
35	NC_013852	GCCCC	2	10	60578	60587	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
36	NC_013852	TGCCG	2	10	60618	60627	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
37	NC_013852	CGGCA	2	10	60663	60672	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_013852	TGGTC	2	10	61412	61421	0 %	40 %	40 %	20 %	288947740
39	NC_013852	GCTCC	2	10	61656	61665	0 %	20 %	20 %	60 %	288947740
40	NC_013852	GCGCC	2	10	62319	62328	0 %	0 %	40 %	60 %	288947740
41	NC_013852	CGCGA	2	10	65033	65042	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
42	NC_013852	TTTTA	2	10	67233	67242	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_013852	CAAGC	2	10	68511	68520	40 %	0 %	20 %	40 %	288947751
44	NC_013852	CGCCA	2	10	70056	70065	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
45	NC_013852	CGAAT	2	10	71615	71624	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_013852	TTTGA	2	10	71736	71745	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_013852	TTTGA	2	10	71820	71829	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
48	NC_013852	CGGCC	2	10	71921	71930	0 %	0 %	40 %	60 %	288947756
49	NC_013852	GCGCC	2	10	72216	72225	0 %	0 %	40 %	60 %	288947756
50	NC_013852	CCCGC	2	10	72572	72581	0 %	0 %	20 %	80 %	288947756
51	NC_013852	CCCGC	2	10	74049	74058	0 %	0 %	20 %	80 %	288947758
52	NC_013852	GCCGG	2	10	74069	74078	0 %	0 %	60 %	40 %	288947758
53	NC_013852	ACCTC	2	10	74338	74347	20 %	20 %	0 %	60 %	288947758
54	NC_013852	GCCGC	2	10	74485	74494	0 %	0 %	40 %	60 %	288947758
55	NC_013852	GCAGG	2	10	75649	75658	20 %	0 %	60 %	20 %	288947759
56	NC_013852	ATCCT	2	10	78394	78403	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_013852	GTGAC	2	10	80867	80876	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
58	NC_013852	CCGGA	2	10	81142	81151	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_013852	GCACG	2	10	81447	81456	20 %	0 %	40 %	40 %	288947766
60	NC_013852	GCCGC	2	10	84478	84487	0 %	0 %	40 %	60 %	288947771
61	NC_013852	GCAAC	2	10	84789	84798	40 %	0 %	20 %	40 %	288947771
62	NC_013852	TCAAC	2	10	87150	87159	40 %	20 %	0 %	40 %	288947775
63	NC_013852	ACTTC	2	10	87566	87575	20 %	40 %	0 %	40 %	288947776
64	NC_013852	TCGGC	2	10	90825	90834	0 %	20 %	40 %	40 %	288947781
65	NC_013852	TCGGG	2	10	90969	90978	0 %	20 %	60 %	20 %	288947781
66	NC_013852	GGTGC	2	10	92084	92093	0 %	20 %	60 %	20 %	288947781
67	NC_013852	TCATC	2	10	93362	93371	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
68	NC_013852	CGCCA	2	10	94627	94636	20 %	0 %	20 %	60 %	288947783
69	NC_013852	AGGCG	2	10	95231	95240	20 %	0 %	60 %	20 %	288947783
70	NC_013852	GTCGA	2	10	98324	98333	20 %	20 %	40 %	20 %	288947788
71	NC_013852	GGCGC	2	10	99372	99381	0 %	0 %	60 %	40 %	288947790
72	NC_013852	CGCCC	2	10	99769	99778	0 %	0 %	20 %	80 %	288947791
73	NC_013852	GACTT	2	10	100641	100650	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_013852	GGCGC	2	10	100807	100816	0 %	0 %	60 %	40 %	288947792
75	NC_013852	TTCAT	2	10	101267	101276	20 %	60 %	0 %	20 %	288947793
76	NC_013852	CCGGC	2	10	102056	102065	0 %	0 %	40 %	60 %	288947793
77	NC_013852	GGGCA	2	10	102115	102124	20 %	0 %	60 %	20 %	288947793
78	NC_013852	TTGGG	2	10	102131	102140	0 %	40 %	60 %	0 %	288947793

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.