MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4b

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011991	AAAAG	2	10	2539	2548	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011991	TCAGG	2	10	2774	2783	20 %	20 %	40 %	20 %	222109120
3	NC_011991	ATCCG	2	10	4247	4256	20 %	20 %	20 %	40 %	222109121
4	NC_011991	CAACG	2	10	4262	4271	40 %	0 %	20 %	40 %	222109121
5	NC_011991	GAAAT	2	10	4631	4640	60 %	20 %	20 %	0 %	222109121
6	NC_011991	TGAGT	2	10	4872	4881	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
7	NC_011991	GGCAG	2	10	7597	7606	20 %	0 %	60 %	20 %	222109126
8	NC_011991	AGGGG	2	10	8110	8119	20 %	0 %	80 %	0 %	222109126
9	NC_011991	TCGCT	2	10	9386	9395	0 %	40 %	20 %	40 %	222109128
10	NC_011991	AGGGG	2	10	9577	9586	20 %	0 %	80 %	0 %	222109128
11	NC_011991	GTCGC	2	10	9934	9943	0 %	20 %	40 %	40 %	222109128
12	NC_011991	GCCAG	2	10	10198	10207	20 %	0 %	40 %	40 %	222109128
13	NC_011991	TCAGG	2	10	11420	11429	20 %	20 %	40 %	20 %	222109130
14	NC_011991	CGGTC	2	10	14172	14181	0 %	20 %	40 %	40 %	222109131
15	NC_011991	CAATT	2	10	15299	15308	40 %	40 %	0 %	20 %	222109131
16	NC_011991	CAGCT	2	10	16495	16504	20 %	20 %	20 %	40 %	222109132
17	NC_011991	CGCGG	2	10	17180	17189	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
18	NC_011991	AACAG	2	10	19110	19119	60 %	0 %	20 %	20 %	222109135
19	NC_011991	TCGGA	2	10	19507	19516	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
20	NC_011991	GTTGC	2	10	19872	19881	0 %	40 %	40 %	20 %	222109136
21	NC_011991	GCTGT	2	10	22905	22914	0 %	40 %	40 %	20 %	222109138
22	NC_011991	TCATC	2	10	23538	23547	20 %	40 %	0 %	40 %	222109138
23	NC_011991	TCGCG	2	10	30799	30808	0 %	20 %	40 %	40 %	222109143
24	NC_011991	CAGAT	2	10	32606	32615	40 %	20 %	20 %	20 %	222109143
25	NC_011991	TGCGG	2	10	37002	37011	0 %	20 %	60 %	20 %	222109148
26	NC_011991	CCCGT	2	10	39015	39024	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_011991	GGACT	2	10	39532	39541	20 %	20 %	40 %	20 %	222109151
28	NC_011991	CGGCT	2	10	39622	39631	0 %	20 %	40 %	40 %	222109151
29	NC_011991	GGGCC	2	10	40539	40548	0 %	0 %	60 %	40 %	222109151
30	NC_011991	TCGCA	2	10	40674	40683	20 %	20 %	20 %	40 %	222109151
31	NC_011991	TGCCG	2	10	42012	42021	0 %	20 %	40 %	40 %	222109151
32	NC_011991	TGCGG	2	10	43581	43590	0 %	20 %	60 %	20 %	222109151
33	NC_011991	GCGGA	2	10	44943	44952	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
34	NC_011991	GCCCG	2	10	45046	45055	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
35	NC_011991	GAACC	2	10	46668	46677	40 %	0 %	20 %	40 %	222109156
36	NC_011991	GAGAA	2	10	46957	46966	60 %	0 %	40 %	0 %	222109157
37	NC_011991	GGACA	2	10	47257	47266	40 %	0 %	40 %	20 %	222109158
38	NC_011991	GCGGG	2	10	48869	48878	0 %	0 %	80 %	20 %	222109158
39	NC_011991	TTTTC	2	10	49062	49071	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_011991	GAGGG	2	10	49553	49562	20 %	0 %	80 %	0 %	222109159
41	NC_011991	TTGTG	2	10	49650	49659	0 %	60 %	40 %	0 %	222109160
42	NC_011991	CGCTT	2	10	50936	50945	0 %	40 %	20 %	40 %	222109162
43	NC_011991	CGGTC	2	10	51432	51441	0 %	20 %	40 %	40 %	222109163
44	NC_011991	CCAAG	2	10	55418	55427	40 %	0 %	20 %	40 %	222109167
45	NC_011991	TGGCT	2	10	55493	55502	0 %	40 %	40 %	20 %	222109167
46	NC_011991	CGGAG	2	10	59089	59098	20 %	0 %	60 %	20 %	222109171
47	NC_011991	GAGAT	2	10	61233	61242	40 %	20 %	40 %	0 %	222109174
48	NC_011991	TCGCT	2	10	62344	62353	0 %	40 %	20 %	40 %	222109176
49	NC_011991	CGCAG	2	10	62829	62838	20 %	0 %	40 %	40 %	222109177
50	NC_011991	GTCGC	2	10	63089	63098	0 %	20 %	40 %	40 %	222109177
51	NC_011991	GAGGG	2	10	65473	65482	20 %	0 %	80 %	0 %	222109180
52	NC_011991	GTCGC	2	10	66805	66814	0 %	20 %	40 %	40 %	222109180
53	NC_011991	CCCGG	2	10	67128	67137	0 %	0 %	40 %	60 %	222109180
54	NC_011991	TTCCG	2	10	67827	67836	0 %	40 %	20 %	40 %	222109180
55	NC_011991	GCAGG	2	10	69267	69276	20 %	0 %	60 %	20 %	222109180
56	NC_011991	CGGCG	2	10	70026	70035	0 %	0 %	60 %	40 %	222109182
57	NC_011991	GGGCT	2	10	70347	70356	0 %	20 %	60 %	20 %	222109182
58	NC_011991	CCACA	2	10	70686	70695	40 %	0 %	0 %	60 %	222109182
59	NC_011991	GTGAT	2	10	71561	71570	20 %	40 %	40 %	0 %	222109183
60	NC_011991	GCACT	2	10	71870	71879	20 %	20 %	20 %	40 %	222109183
61	NC_011991	ATGGT	2	10	71910	71919	20 %	40 %	40 %	0 %	222109183
62	NC_011991	CCGAA	2	10	72176	72185	40 %	0 %	20 %	40 %	222109183
63	NC_011991	CGAAA	2	10	73385	73394	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
64	NC_011991	ATTTA	2	10	73397	73406	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_011991	TTCGT	2	10	74552	74561	0 %	60 %	20 %	20 %	222109187
66	NC_011991	TTCGC	2	10	75362	75371	0 %	40 %	20 %	40 %	222109188
67	NC_011991	AGCCG	2	10	76584	76593	20 %	0 %	40 %	40 %	222109189
68	NC_011991	CTGTT	2	10	76901	76910	0 %	60 %	20 %	20 %	222109189
69	NC_011991	ACCTC	2	10	78245	78254	20 %	20 %	0 %	60 %	222109190
70	NC_011991	CCAAT	2	10	78609	78618	40 %	20 %	0 %	40 %	222109190
71	NC_011991	GGGCC	2	10	80160	80169	0 %	0 %	60 %	40 %	222109191
72	NC_011991	GCCTC	2	10	83659	83668	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_011991	ATTGG	2	10	84732	84741	20 %	40 %	40 %	0 %	222109197
74	NC_011991	GCCGC	2	10	84842	84851	0 %	0 %	40 %	60 %	222109198
75	NC_011991	ATCCG	2	10	86021	86030	20 %	20 %	20 %	40 %	222109200
76	NC_011991	CTTGG	2	10	88406	88415	0 %	40 %	40 %	20 %	222109201
77	NC_011991	AAGCC	2	10	92892	92901	40 %	0 %	20 %	40 %	222109204
78	NC_011991	ATGCC	2	10	93427	93436	20 %	20 %	20 %	40 %	222109205
79	NC_011991	CGTAT	2	10	97493	97502	20 %	40 %	20 %	20 %	222109208
80	NC_011991	GCTCT	2	10	98141	98150	0 %	40 %	20 %	40 %	222109208
81	NC_011991	CTGAA	2	10	98645	98654	40 %	20 %	20 %	20 %	222109208
82	NC_011991	TCTCG	2	10	98970	98979	0 %	40 %	20 %	40 %	222109208
83	NC_011991	GAATG	2	10	101755	101764	40 %	20 %	40 %	0 %	222109208
84	NC_011991	AAGCA	2	10	102566	102575	60 %	0 %	20 %	20 %	222109208
85	NC_011991	GGTTC	2	10	102745	102754	0 %	40 %	40 %	20 %	222109208
86	NC_011991	CGGCC	2	10	102880	102889	0 %	0 %	40 %	60 %	222109208
87	NC_011991	GCTCT	2	10	103060	103069	0 %	40 %	20 %	40 %	222109208
88	NC_011991	GAATG	2	10	104953	104962	40 %	20 %	40 %	0 %	222109208
89	NC_011991	CGGCC	2	10	106081	106090	0 %	0 %	40 %	60 %	222109208
90	NC_011991	GTTCA	2	10	107188	107197	20 %	40 %	20 %	20 %	222109208
91	NC_011991	CACGA	2	10	107870	107879	40 %	0 %	20 %	40 %	222109208
92	NC_011991	GGAGA	2	10	109125	109134	40 %	0 %	60 %	0 %	222109209
93	NC_011991	GAATG	2	10	109382	109391	40 %	20 %	40 %	0 %	222109209
94	NC_011991	GGTTC	2	10	110351	110360	0 %	40 %	40 %	20 %	222109209
95	NC_011991	CGGCC	2	10	110486	110495	0 %	0 %	40 %	60 %	222109209
96	NC_011991	GCTCT	2	10	110666	110675	0 %	40 %	20 %	40 %	222109209
97	NC_011991	GAATG	2	10	112559	112568	40 %	20 %	40 %	0 %	222109209
98	NC_011991	CGATA	2	10	113407	113416	40 %	20 %	20 %	20 %	222109209
99	NC_011991	CTTGC	2	10	118741	118750	0 %	40 %	20 %	40 %	222109213
100	NC_011991	TGATA	2	10	120286	120295	40 %	40 %	20 %	0 %	222109215
101	NC_011991	CAGTC	2	10	120874	120883	20 %	20 %	20 %	40 %	222109216
102	NC_011991	CATTC	2	10	121324	121333	20 %	40 %	0 %	40 %	222109216
103	NC_011991	AGCCG	2	10	121527	121536	20 %	0 %	40 %	40 %	222109217
104	NC_011991	CGAAA	2	10	121998	122007	60 %	0 %	20 %	20 %	222109217
105	NC_011991	ATTGC	2	10	124336	124345	20 %	40 %	20 %	20 %	222109219
106	NC_011991	AAGAG	2	10	128682	128691	60 %	0 %	40 %	0 %	222109223
107	NC_011991	TCGGC	2	10	129096	129105	0 %	20 %	40 %	40 %	222109223
108	NC_011991	AACTG	2	10	129247	129256	40 %	20 %	20 %	20 %	222109224
109	NC_011991	ATGGA	2	10	129324	129333	40 %	20 %	40 %	0 %	222109224
110	NC_011991	CTCTC	2	10	129894	129903	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.