MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4c

Total Repeats: 362

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011984	GT	3	6	70	75	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_011984	GT	3	6	90	95	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_011984	GC	3	6	220	225	0 %	0 %	50 %	50 %	222083146
4	NC_011984	CG	4	8	1214	1221	0 %	0 %	50 %	50 %	222083146
5	NC_011984	GC	3	6	1735	1740	0 %	0 %	50 %	50 %	222083147
6	NC_011984	CT	3	6	2407	2412	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
7	NC_011984	AG	3	6	3167	3172	50 %	0 %	50 %	0 %	222083148
8	NC_011984	CG	3	6	4115	4120	0 %	0 %	50 %	50 %	222083149
9	NC_011984	CG	3	6	4385	4390	0 %	0 %	50 %	50 %	222083149
10	NC_011984	TC	3	6	4487	4492	0 %	50 %	0 %	50 %	222083149
11	NC_011984	CA	3	6	6009	6014	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_011984	CG	3	6	7716	7721	0 %	0 %	50 %	50 %	222083151
13	NC_011984	GA	3	6	8571	8576	50 %	0 %	50 %	0 %	222083151
14	NC_011984	AT	3	6	8715	8720	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_011984	CG	3	6	9874	9879	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
16	NC_011984	CG	3	6	10030	10035	0 %	0 %	50 %	50 %	222083153
17	NC_011984	CG	3	6	10124	10129	0 %	0 %	50 %	50 %	222083153
18	NC_011984	GC	3	6	10232	10237	0 %	0 %	50 %	50 %	222083153
19	NC_011984	GA	3	6	11373	11378	50 %	0 %	50 %	0 %	222083156
20	NC_011984	GA	3	6	11426	11431	50 %	0 %	50 %	0 %	222083156
21	NC_011984	AC	3	6	11654	11659	50 %	0 %	0 %	50 %	222083156
22	NC_011984	GT	4	8	11763	11770	0 %	50 %	50 %	0 %	222083156
23	NC_011984	CG	3	6	13645	13650	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
24	NC_011984	CT	3	6	14314	14319	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_011984	CG	3	6	14838	14843	0 %	0 %	50 %	50 %	222083158
26	NC_011984	AG	3	6	16296	16301	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_011984	GC	3	6	17447	17452	0 %	0 %	50 %	50 %	222083159
28	NC_011984	CG	3	6	19233	19238	0 %	0 %	50 %	50 %	222083161
29	NC_011984	AC	3	6	19467	19472	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
30	NC_011984	CG	3	6	19875	19880	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
31	NC_011984	CG	3	6	20421	20426	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
32	NC_011984	GA	3	6	20570	20575	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_011984	GC	3	6	20654	20659	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
34	NC_011984	GC	3	6	23184	23189	0 %	0 %	50 %	50 %	222083164
35	NC_011984	TC	3	6	23895	23900	0 %	50 %	0 %	50 %	222083164
36	NC_011984	CA	3	6	23944	23949	50 %	0 %	0 %	50 %	222083164
37	NC_011984	CG	3	6	24026	24031	0 %	0 %	50 %	50 %	222083164
38	NC_011984	GC	3	6	24513	24518	0 %	0 %	50 %	50 %	222083164
39	NC_011984	AG	3	6	25164	25169	50 %	0 %	50 %	0 %	222083165
40	NC_011984	GA	3	6	25476	25481	50 %	0 %	50 %	0 %	222083166
41	NC_011984	GC	3	6	25828	25833	0 %	0 %	50 %	50 %	222083166
42	NC_011984	CG	3	6	25991	25996	0 %	0 %	50 %	50 %	222083166
43	NC_011984	GC	3	6	26452	26457	0 %	0 %	50 %	50 %	222083167
44	NC_011984	TC	3	6	27188	27193	0 %	50 %	0 %	50 %	222083167
45	NC_011984	CG	3	6	27612	27617	0 %	0 %	50 %	50 %	222083167
46	NC_011984	AG	4	8	27933	27940	50 %	0 %	50 %	0 %	222083167
47	NC_011984	GC	3	6	28165	28170	0 %	0 %	50 %	50 %	222083167
48	NC_011984	GC	3	6	29060	29065	0 %	0 %	50 %	50 %	222083168
49	NC_011984	GA	3	6	29208	29213	50 %	0 %	50 %	0 %	222083168
50	NC_011984	GC	3	6	29632	29637	0 %	0 %	50 %	50 %	222083169
51	NC_011984	CG	3	6	30944	30949	0 %	0 %	50 %	50 %	222083170
52	NC_011984	CG	3	6	31055	31060	0 %	0 %	50 %	50 %	222083171
53	NC_011984	CG	3	6	31332	31337	0 %	0 %	50 %	50 %	222083171
54	NC_011984	GC	3	6	31365	31370	0 %	0 %	50 %	50 %	222083171
55	NC_011984	CG	3	6	32365	32370	0 %	0 %	50 %	50 %	222083172
56	NC_011984	GC	3	6	33314	33319	0 %	0 %	50 %	50 %	222083174
57	NC_011984	GT	3	6	34202	34207	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
58	NC_011984	CG	3	6	35693	35698	0 %	0 %	50 %	50 %	222083176
59	NC_011984	GC	3	6	36513	36518	0 %	0 %	50 %	50 %	222083176
60	NC_011984	GC	3	6	36611	36616	0 %	0 %	50 %	50 %	222083176
61	NC_011984	TC	3	6	36831	36836	0 %	50 %	0 %	50 %	222083176
62	NC_011984	GC	3	6	37700	37705	0 %	0 %	50 %	50 %	222083178
63	NC_011984	GC	4	8	37767	37774	0 %	0 %	50 %	50 %	222083178
64	NC_011984	GC	3	6	38624	38629	0 %	0 %	50 %	50 %	222083178
65	NC_011984	GT	3	6	39419	39424	0 %	50 %	50 %	0 %	222083178
66	NC_011984	AG	3	6	39789	39794	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
67	NC_011984	CG	3	6	39836	39841	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
68	NC_011984	TC	3	6	40287	40292	0 %	50 %	0 %	50 %	222083179
69	NC_011984	TC	3	6	40340	40345	0 %	50 %	0 %	50 %	222083179
70	NC_011984	GA	3	6	41716	41721	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_011984	CA	3	6	41926	41931	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
72	NC_011984	CG	4	8	42298	42305	0 %	0 %	50 %	50 %	222083182
73	NC_011984	GC	3	6	42497	42502	0 %	0 %	50 %	50 %	222083182
74	NC_011984	GC	3	6	42873	42878	0 %	0 %	50 %	50 %	222083182
75	NC_011984	CG	3	6	42991	42996	0 %	0 %	50 %	50 %	222083182
76	NC_011984	GC	4	8	43711	43718	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
77	NC_011984	GC	3	6	44742	44747	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
78	NC_011984	GC	3	6	46368	46373	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
79	NC_011984	GA	3	6	48646	48651	50 %	0 %	50 %	0 %	222083189
80	NC_011984	CG	3	6	48667	48672	0 %	0 %	50 %	50 %	222083189
81	NC_011984	GA	3	6	48843	48848	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_011984	CT	4	8	50692	50699	0 %	50 %	0 %	50 %	222083191
83	NC_011984	CG	3	6	50766	50771	0 %	0 %	50 %	50 %	222083191
84	NC_011984	GC	3	6	50985	50990	0 %	0 %	50 %	50 %	222083191
85	NC_011984	CG	3	6	51294	51299	0 %	0 %	50 %	50 %	222083191
86	NC_011984	CG	3	6	52096	52101	0 %	0 %	50 %	50 %	222083191
87	NC_011984	CG	3	6	52811	52816	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
88	NC_011984	CT	3	6	53576	53581	0 %	50 %	0 %	50 %	222083192
89	NC_011984	AG	3	6	54009	54014	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_011984	CG	3	6	57375	57380	0 %	0 %	50 %	50 %	222083194
91	NC_011984	GA	3	6	58115	58120	50 %	0 %	50 %	0 %	222083194
92	NC_011984	GA	3	6	58654	58659	50 %	0 %	50 %	0 %	222083195
93	NC_011984	CG	3	6	58889	58894	0 %	0 %	50 %	50 %	222083195
94	NC_011984	CG	3	6	58906	58911	0 %	0 %	50 %	50 %	222083195
95	NC_011984	GC	3	6	59290	59295	0 %	0 %	50 %	50 %	222083195
96	NC_011984	TG	3	6	59638	59643	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_011984	GT	3	6	59920	59925	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011984	CG	3	6	60225	60230	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_011984	CA	3	6	60371	60376	50 %	0 %	0 %	50 %	222083196
100	NC_011984	CG	3	6	61400	61405	0 %	0 %	50 %	50 %	222083196
101	NC_011984	GC	3	6	61436	61441	0 %	0 %	50 %	50 %	222083196
102	NC_011984	GC	3	6	61636	61641	0 %	0 %	50 %	50 %	222083196
103	NC_011984	CG	3	6	62268	62273	0 %	0 %	50 %	50 %	222083196
104	NC_011984	GC	3	6	63917	63922	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
105	NC_011984	CG	3	6	64159	64164	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
106	NC_011984	CT	3	6	64243	64248	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
107	NC_011984	GC	3	6	65310	65315	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
108	NC_011984	GC	3	6	65433	65438	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
109	NC_011984	CG	3	6	65617	65622	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
110	NC_011984	TC	3	6	67590	67595	0 %	50 %	0 %	50 %	222083199
111	NC_011984	GA	3	6	67801	67806	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011984	GC	3	6	68832	68837	0 %	0 %	50 %	50 %	222083200
113	NC_011984	AG	4	8	69038	69045	50 %	0 %	50 %	0 %	222083200
114	NC_011984	AG	4	8	69133	69140	50 %	0 %	50 %	0 %	222083201
115	NC_011984	CG	3	6	69183	69188	0 %	0 %	50 %	50 %	222083201
116	NC_011984	GC	3	6	69614	69619	0 %	0 %	50 %	50 %	222083201
117	NC_011984	CG	3	6	69803	69808	0 %	0 %	50 %	50 %	222083202
118	NC_011984	CG	3	6	70363	70368	0 %	0 %	50 %	50 %	222083202
119	NC_011984	GA	3	6	71153	71158	50 %	0 %	50 %	0 %	222083203
120	NC_011984	GC	3	6	71802	71807	0 %	0 %	50 %	50 %	222083203
121	NC_011984	CA	3	6	73937	73942	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
122	NC_011984	AG	3	6	74250	74255	50 %	0 %	50 %	0 %	222083204
123	NC_011984	CG	3	6	74354	74359	0 %	0 %	50 %	50 %	222083204
124	NC_011984	CG	3	6	74684	74689	0 %	0 %	50 %	50 %	222083205
125	NC_011984	GA	3	6	75457	75462	50 %	0 %	50 %	0 %	222083206
126	NC_011984	CG	3	6	75530	75535	0 %	0 %	50 %	50 %	222083206
127	NC_011984	GC	3	6	76530	76535	0 %	0 %	50 %	50 %	222083208
128	NC_011984	CG	3	6	76567	76572	0 %	0 %	50 %	50 %	222083208
129	NC_011984	AT	3	6	77670	77675	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_011984	TA	3	6	77830	77835	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_011984	AT	3	6	78418	78423	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_011984	CA	3	6	79889	79894	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
133	NC_011984	GC	3	6	79950	79955	0 %	0 %	50 %	50 %	222083211
134	NC_011984	GC	3	6	80249	80254	0 %	0 %	50 %	50 %	222083211
135	NC_011984	GA	3	6	81169	81174	50 %	0 %	50 %	0 %	222083212
136	NC_011984	CG	3	6	81317	81322	0 %	0 %	50 %	50 %	222083212
137	NC_011984	GC	3	6	81397	81402	0 %	0 %	50 %	50 %	222083212
138	NC_011984	CG	3	6	81628	81633	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
139	NC_011984	AC	3	6	81671	81676	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_011984	GA	3	6	83457	83462	50 %	0 %	50 %	0 %	222083214
141	NC_011984	CG	3	6	83595	83600	0 %	0 %	50 %	50 %	222083214
142	NC_011984	CG	3	6	83736	83741	0 %	0 %	50 %	50 %	222083214
143	NC_011984	CG	4	8	83749	83756	0 %	0 %	50 %	50 %	222083214
144	NC_011984	CG	3	6	86772	86777	0 %	0 %	50 %	50 %	222083216
145	NC_011984	TC	3	6	87010	87015	0 %	50 %	0 %	50 %	222083217
146	NC_011984	TC	3	6	87266	87271	0 %	50 %	0 %	50 %	222083217
147	NC_011984	CG	3	6	88190	88195	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.