MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pTiS4

Total Repeats: 206

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_011982	GTCGA	2	10	271	280	20 %	20 %	40 %	20 %	222080118
2	NC_011982	CGAAG	2	10	2238	2247	40 %	0 %	40 %	20 %	222080119
3	NC_011982	CGAGA	2	10	2621	2630	40 %	0 %	40 %	20 %	222080120
4	NC_011982	CTTGC	2	10	2937	2946	0 %	40 %	20 %	40 %	222080120
5	NC_011982	CGTCG	2	10	3717	3726	0 %	20 %	40 %	40 %	222080120
6	NC_011982	AAGCG	2	10	3973	3982	40 %	0 %	40 %	20 %	222080121
7	NC_011982	CGTCT	2	10	4027	4036	0 %	40 %	20 %	40 %	222080121
8	NC_011982	GTTCG	2	10	4671	4680	0 %	40 %	40 %	20 %	222080121
9	NC_011982	TCTCC	2	10	5418	5427	0 %	40 %	0 %	60 %	222080122
10	NC_011982	GGAGC	2	10	8208	8217	20 %	0 %	60 %	20 %	222080124
11	NC_011982	TGGCT	2	10	8768	8777	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
12	NC_011982	CCCGG	2	10	8894	8903	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
13	NC_011982	CGTGA	2	10	10015	10024	20 %	20 %	40 %	20 %	222080125
14	NC_011982	AAGGC	2	10	14506	14515	40 %	0 %	40 %	20 %	222080131
15	NC_011982	ACGCT	2	10	15207	15216	20 %	20 %	20 %	40 %	222080132
16	NC_011982	GCCTT	2	10	15943	15952	0 %	40 %	20 %	40 %	222080133
17	NC_011982	CAGCT	2	10	15958	15967	20 %	20 %	20 %	40 %	222080133
18	NC_011982	AGACG	2	10	16130	16139	40 %	0 %	40 %	20 %	222080133
19	NC_011982	GCCCG	2	10	16952	16961	0 %	0 %	40 %	60 %	222080133
20	NC_011982	CAGTC	2	10	17366	17375	20 %	20 %	20 %	40 %	222080133
21	NC_011982	TGCAA	2	10	18295	18304	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
22	NC_011982	GGGCA	2	10	20600	20609	20 %	0 %	60 %	20 %	222080135
23	NC_011982	TTGCA	2	10	20616	20625	20 %	40 %	20 %	20 %	222080135
24	NC_011982	GGAAA	2	10	20998	21007	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_011982	GGAAA	2	10	25234	25243	60 %	0 %	40 %	0 %	222080138
26	NC_011982	AGCAG	2	10	28145	28154	40 %	0 %	40 %	20 %	222080140
27	NC_011982	AGCGC	2	10	28173	28182	20 %	0 %	40 %	40 %	222080140
28	NC_011982	ACGCC	2	10	30686	30695	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
29	NC_011982	TCCAG	2	10	31091	31100	20 %	20 %	20 %	40 %	222080142
30	NC_011982	CCACT	2	10	35138	35147	20 %	20 %	0 %	60 %	222080145
31	NC_011982	GTGAA	2	10	41788	41797	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_011982	CAAAC	2	10	42234	42243	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
33	NC_011982	AAAAT	2	10	42675	42684	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_011982	TGCGA	2	10	44516	44525	20 %	20 %	40 %	20 %	222080149
35	NC_011982	GGCAT	2	10	44877	44886	20 %	20 %	40 %	20 %	222080149
36	NC_011982	CGATG	2	10	45855	45864	20 %	20 %	40 %	20 %	222080151
37	NC_011982	GAAAA	2	10	53236	53245	80 %	0 %	20 %	0 %	222080158
38	NC_011982	CGGCG	2	10	53345	53354	0 %	0 %	60 %	40 %	222080158
39	NC_011982	TCTGG	2	10	55699	55708	0 %	40 %	40 %	20 %	222080160
40	NC_011982	CGGCT	2	10	55716	55725	0 %	20 %	40 %	40 %	222080160
41	NC_011982	ACCAC	2	10	57986	57995	40 %	0 %	0 %	60 %	222080162
42	NC_011982	ATGAA	2	10	59177	59186	60 %	20 %	20 %	0 %	222080162
43	NC_011982	GGCAA	2	10	60558	60567	40 %	0 %	40 %	20 %	222080162
44	NC_011982	GATCG	2	10	62119	62128	20 %	20 %	40 %	20 %	222080163
45	NC_011982	CGGGC	2	10	62268	62277	0 %	0 %	60 %	40 %	222080163
46	NC_011982	GCCGC	2	10	64968	64977	0 %	0 %	40 %	60 %	222080164
47	NC_011982	CAAAA	2	10	65966	65975	80 %	0 %	0 %	20 %	222080165
48	NC_011982	CGTCG	2	10	66919	66928	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
49	NC_011982	GGAGG	2	10	69047	69056	20 %	0 %	80 %	0 %	222080166
50	NC_011982	TTTCG	2	10	72600	72609	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_011982	GCCGG	2	10	72796	72805	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
52	NC_011982	GGCAG	2	10	72921	72930	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_011982	CACGA	2	10	75550	75559	40 %	0 %	20 %	40 %	222080173
54	NC_011982	TTTCC	2	10	75635	75644	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
55	NC_011982	GTCAC	2	10	75974	75983	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_011982	CTGTG	2	10	78162	78171	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
57	NC_011982	CGGCT	2	10	79329	79338	0 %	20 %	40 %	40 %	222080175
58	NC_011982	AGCCC	2	10	80121	80130	20 %	0 %	20 %	60 %	222080176
59	NC_011982	GTCGC	2	10	80455	80464	0 %	20 %	40 %	40 %	222080176
60	NC_011982	CGCTC	2	10	80688	80697	0 %	20 %	20 %	60 %	222080177
61	NC_011982	CCGTG	2	10	81063	81072	0 %	20 %	40 %	40 %	222080177
62	NC_011982	ATGTC	2	10	84304	84313	20 %	40 %	20 %	20 %	222080183
63	NC_011982	CCACT	2	10	86016	86025	20 %	20 %	0 %	60 %	222080184
64	NC_011982	CAGGG	2	10	88508	88517	20 %	0 %	60 %	20 %	222080187
65	NC_011982	GCGCT	2	10	89346	89355	0 %	20 %	40 %	40 %	222080187
66	NC_011982	AGCCG	2	10	89750	89759	20 %	0 %	40 %	40 %	222080187
67	NC_011982	CGTCT	2	10	92654	92663	0 %	40 %	20 %	40 %	222080189
68	NC_011982	CGTGA	2	10	94815	94824	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
69	NC_011982	GCCGG	2	10	96078	96087	0 %	0 %	60 %	40 %	222080194
70	NC_011982	AGGGC	2	10	96508	96517	20 %	0 %	60 %	20 %	222080194
71	NC_011982	GACAA	2	10	100900	100909	60 %	0 %	20 %	20 %	222080198
72	NC_011982	TGTGG	2	10	102187	102196	0 %	40 %	60 %	0 %	222080200
73	NC_011982	CCGCG	2	10	102955	102964	0 %	0 %	40 %	60 %	222080201
74	NC_011982	GCTGC	2	10	104477	104486	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
75	NC_011982	GAACG	2	10	107992	108001	40 %	0 %	40 %	20 %	222080205
76	NC_011982	CGCAT	2	10	108088	108097	20 %	20 %	20 %	40 %	222080205
77	NC_011982	ATCGC	2	10	108272	108281	20 %	20 %	20 %	40 %	222080205
78	NC_011982	CGGGC	2	10	109484	109493	0 %	0 %	60 %	40 %	222080206
79	NC_011982	TCGCG	2	10	110176	110185	0 %	20 %	40 %	40 %	222080206
80	NC_011982	GTGCG	2	10	113198	113207	0 %	20 %	60 %	20 %	222080208
81	NC_011982	GCGCG	2	10	113398	113407	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
82	NC_011982	GTCGA	2	10	113870	113879	20 %	20 %	40 %	20 %	222080209
83	NC_011982	ACAGG	2	10	115801	115810	40 %	0 %	40 %	20 %	222080210
84	NC_011982	AACGG	2	10	116619	116628	40 %	0 %	40 %	20 %	222080211
85	NC_011982	CAGCG	2	10	117577	117586	20 %	0 %	40 %	40 %	222080212
86	NC_011982	ATGAG	2	10	117687	117696	40 %	20 %	40 %	0 %	222080212
87	NC_011982	ACCGT	2	10	120629	120638	20 %	20 %	20 %	40 %	222080215
88	NC_011982	TAAAA	2	10	125524	125533	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_011982	GCGAA	2	10	126596	126605	40 %	0 %	40 %	20 %	222080219
90	NC_011982	GCTTG	2	10	126991	127000	0 %	40 %	40 %	20 %	222080219
91	NC_011982	GGGGC	2	10	128765	128774	0 %	0 %	80 %	20 %	222080221
92	NC_011982	CCAAT	2	10	131361	131370	40 %	20 %	0 %	40 %	222080222
93	NC_011982	TGGCT	2	10	132113	132122	0 %	40 %	40 %	20 %	222080223
94	NC_011982	CCTCG	2	10	132244	132253	0 %	20 %	20 %	60 %	222080223
95	NC_011982	GTGAA	2	10	135576	135585	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
96	NC_011982	CAAAC	2	10	136022	136031	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
97	NC_011982	GAAAT	2	10	136405	136414	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
98	NC_011982	AGAGA	2	10	137579	137588	60 %	0 %	40 %	0 %	222080225
99	NC_011982	GAGTG	2	10	138773	138782	20 %	20 %	60 %	0 %	222080226
100	NC_011982	ATATT	2	10	139814	139823	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_011982	GTTTG	2	10	140623	140632	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_011982	TTCAC	2	10	141069	141078	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
103	NC_011982	GAAAA	2	10	142815	142824	80 %	0 %	20 %	0 %	222080227
104	NC_011982	GTCAA	2	10	143072	143081	40 %	20 %	20 %	20 %	222080228
105	NC_011982	GCGCC	2	10	143545	143554	0 %	0 %	40 %	60 %	222080228
106	NC_011982	GGTGA	2	10	144600	144609	20 %	20 %	60 %	0 %	222080229
107	NC_011982	CGTTC	2	10	144896	144905	0 %	40 %	20 %	40 %	222080229
108	NC_011982	GGGCT	2	10	145277	145286	0 %	20 %	60 %	20 %	222080229
109	NC_011982	GTGAA	2	10	145725	145734	40 %	20 %	40 %	0 %	222080230
110	NC_011982	CAAAC	2	10	146171	146180	60 %	0 %	0 %	40 %	222080230
111	NC_011982	AAAAT	2	10	146612	146621	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_011982	GTCCG	2	10	148789	148798	0 %	20 %	40 %	40 %	222080231
113	NC_011982	CCCGT	2	10	149058	149067	0 %	20 %	20 %	60 %	222080231
114	NC_011982	GGCTG	2	10	149487	149496	0 %	20 %	60 %	20 %	222080231
115	NC_011982	GATTC	2	10	149590	149599	20 %	40 %	20 %	20 %	222080231
116	NC_011982	GGGAA	2	10	151126	151135	40 %	0 %	60 %	0 %	222080232
117	NC_011982	GAAGA	2	10	151657	151666	60 %	0 %	40 %	0 %	222080232
118	NC_011982	TTTGT	2	10	151891	151900	0 %	80 %	20 %	0 %	222080232
119	NC_011982	CCTTT	2	10	152055	152064	0 %	60 %	0 %	40 %	222080232
120	NC_011982	CGTGA	2	10	152419	152428	20 %	20 %	40 %	20 %	222080232
121	NC_011982	GGCTC	2	10	154041	154050	0 %	20 %	40 %	40 %	222080233
122	NC_011982	GGCTC	2	10	154266	154275	0 %	20 %	40 %	40 %	222080233
123	NC_011982	GAACT	2	10	154503	154512	40 %	20 %	20 %	20 %	222080233
124	NC_011982	TTGAG	2	10	154837	154846	20 %	40 %	40 %	0 %	222080233
125	NC_011982	AGCGG	2	10	155461	155470	20 %	0 %	60 %	20 %	222080233
126	NC_011982	GCTCG	2	10	155573	155582	0 %	20 %	40 %	40 %	222080234
127	NC_011982	TCGTT	2	10	155976	155985	0 %	60 %	20 %	20 %	222080234
128	NC_011982	ACGAA	2	10	156209	156218	60 %	0 %	20 %	20 %	222080234
129	NC_011982	AGCCT	2	10	157271	157280	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
130	NC_011982	AAGAA	2	10	158745	158754	80 %	0 %	20 %	0 %	222080237
131	NC_011982	ACTTC	2	10	166045	166054	20 %	40 %	0 %	40 %	222080245
132	NC_011982	TGCTC	2	10	166453	166462	0 %	40 %	20 %	40 %	222080245
133	NC_011982	ACCGC	2	10	166596	166605	20 %	0 %	20 %	60 %	222080245
134	NC_011982	ACGTG	2	10	166667	166676	20 %	20 %	40 %	20 %	222080245
135	NC_011982	GAAGG	2	10	167678	167687	40 %	0 %	60 %	0 %	222080245
136	NC_011982	CGCCC	2	10	167866	167875	0 %	0 %	20 %	80 %	222080246
137	NC_011982	GTGAA	2	10	169755	169764	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
138	NC_011982	GGTGT	2	10	171881	171890	0 %	40 %	60 %	0 %	222080250
139	NC_011982	TTTCA	2	10	172919	172928	20 %	60 %	0 %	20 %	222080251
140	NC_011982	TATTG	2	10	175506	175515	20 %	60 %	20 %	0 %	222080254
141	NC_011982	GCTGC	2	10	177491	177500	0 %	20 %	40 %	40 %	222080255
142	NC_011982	GTGAA	2	10	181164	181173	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
143	NC_011982	GGTGT	2	10	183290	183299	0 %	40 %	60 %	0 %	222080258
144	NC_011982	CAACC	2	10	185148	185157	40 %	0 %	0 %	60 %	222080259
145	NC_011982	ACATT	2	10	186413	186422	40 %	40 %	0 %	20 %	222080259
146	NC_011982	CAAGC	2	10	186933	186942	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
147	NC_011982	ACTCC	2	10	192684	192693	20 %	20 %	0 %	60 %	222080265
148	NC_011982	GGTCA	2	10	194320	194329	20 %	20 %	40 %	20 %	222080267
149	NC_011982	TCAGC	2	10	196680	196689	20 %	20 %	20 %	40 %	222080269
150	NC_011982	GCCAG	2	10	197051	197060	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
151	NC_011982	CGTTC	2	10	197436	197445	0 %	40 %	20 %	40 %	222080270
152	NC_011982	CAAGA	2	10	201457	201466	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
153	NC_011982	TGGCC	2	10	201821	201830	0 %	20 %	40 %	40 %	222080274
154	NC_011982	TGAGG	2	10	202645	202654	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
155	NC_011982	CGTTA	2	10	202917	202926	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
156	NC_011982	TGTCG	2	10	203669	203678	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
157	NC_011982	CTGCG	2	10	203775	203784	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
158	NC_011982	ACTGG	2	10	204396	204405	20 %	20 %	40 %	20 %	222080276
159	NC_011982	ATCTG	2	10	204794	204803	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
160	NC_011982	AAGGC	2	10	205849	205858	40 %	0 %	40 %	20 %	222080277
161	NC_011982	TTCAC	2	10	206755	206764	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
162	NC_011982	TTCAA	2	10	209655	209664	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
163	NC_011982	AAAGA	2	10	212028	212037	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
164	NC_011982	ATTTC	2	10	212484	212493	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
165	NC_011982	TGGCG	2	10	212756	212765	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
166	NC_011982	GATCC	2	10	214344	214353	20 %	20 %	20 %	40 %	222080283
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168	NC_011982	AATGT	2	10	216645	216654	40 %	40 %	20 %	0 %	222080284
169	NC_011982	ACGTT	2	10	217562	217571	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
170	NC_011982	ATTTT	2	10	218500	218509	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_011982	GGCGG	2	10	220134	220143	0 %	0 %	80 %	20 %	222080286
172	NC_011982	GGGTG	2	10	221894	221903	0 %	20 %	80 %	0 %	222080287
173	NC_011982	AATAT	2	10	222704	222713	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_011982	CAGGA	2	10	231966	231975	40 %	0 %	40 %	20 %	222080297
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177	NC_011982	ATTGC	2	10	234960	234969	20 %	40 %	20 %	20 %	222080299
178	NC_011982	CGAGC	2	10	235045	235054	20 %	0 %	40 %	40 %	222080299
179	NC_011982	TCGGA	2	10	236609	236618	20 %	20 %	40 %	20 %	222080300
180	NC_011982	CTGCG	2	10	238490	238499	0 %	20 %	40 %	40 %	222080302
181	NC_011982	CAACG	2	10	238680	238689	40 %	0 %	20 %	40 %	222080302
182	NC_011982	CGTTT	2	10	238899	238908	0 %	60 %	20 %	20 %	222080302
183	NC_011982	TGATC	2	10	239009	239018	20 %	40 %	20 %	20 %	222080302
184	NC_011982	CTTTT	2	10	240023	240032	0 %	80 %	0 %	20 %	222080303
185	NC_011982	GCGAG	2	10	241546	241555	20 %	0 %	60 %	20 %	222080304
186	NC_011982	GATCA	2	10	242578	242587	40 %	20 %	20 %	20 %	222080306
187	NC_011982	CGCGC	2	10	243019	243028	0 %	0 %	40 %	60 %	222080306
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191	NC_011982	CCGTG	2	10	247295	247304	0 %	20 %	40 %	40 %	222080309
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197	NC_011982	CAGTC	2	10	250895	250904	20 %	20 %	20 %	40 %	222080313
198	NC_011982	CGGAT	2	10	251169	251178	20 %	20 %	40 %	20 %	222080313
199	NC_011982	CCGGC	2	10	251598	251607	0 %	0 %	40 %	60 %	222080314
200	NC_011982	CGAGA	2	10	253101	253110	40 %	0 %	40 %	20 %	222080316
201	NC_011982	TGCCC	2	10	253421	253430	0 %	20 %	20 %	60 %	222080316
202	NC_011982	TCCCC	3	15	254643	254657	0 %	20 %	0 %	80 %	222080317
203	NC_011982	CGACA	2	10	255676	255685	40 %	0 %	20 %	40 %	222080317
204	NC_011982	GAGCC	2	10	255995	256004	20 %	0 %	40 %	40 %	222080317
205	NC_011982	TCCCC	2	10	256520	256529	0 %	20 %	0 %	80 %	222080319
206	NC_011982	CGAAG	2	10	258056	258065	40 %	0 %	40 %	20 %	222080321

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.