MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Agrobacterium vitis S4 plasmid pAtS4e

Total Repeats: 12100

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
12001	NC_011981	CGG	2	6	626371	626376	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222102937
12002	NC_011981	ATGG	2	8	626384	626391	25 %	25 %	50 %	0 %	222102937
12003	NC_011981	CAC	2	6	626438	626443	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	222102937
12004	NC_011981	GTG	2	6	626490	626495	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222102937
12005	NC_011981	GAA	2	6	626518	626523	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222102937
12006	NC_011981	GACG	2	8	626573	626580	25 %	0 %	50 %	25 %	222102937
12007	NC_011981	CGC	2	6	626654	626659	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222102937
12008	NC_011981	GCGT	2	8	626824	626831	0 %	25 %	50 %	25 %	222102937
12009	NC_011981	CTG	2	6	626849	626854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102937
12010	NC_011981	GGTG	2	8	626917	626924	0 %	25 %	75 %	0 %	222102937
12011	NC_011981	GTT	2	6	626958	626963	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12012	NC_011981	T	8	8	626962	626969	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12013	NC_011981	TG	3	6	626978	626983	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12014	NC_011981	A	6	6	627005	627010	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12015	NC_011981	ATC	2	6	627029	627034	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12016	NC_011981	CGC	2	6	627099	627104	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222102938
12017	NC_011981	CGGCGT	2	12	627122	627133	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	222102938
12018	NC_011981	GAC	2	6	627134	627139	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222102938
12019	NC_011981	GCC	2	6	627190	627195	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222102938
12020	NC_011981	TGC	2	6	627209	627214	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102938
12021	NC_011981	CGT	2	6	627224	627229	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102938
12022	NC_011981	TGC	2	6	627260	627265	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102938
12023	NC_011981	GAA	2	6	627377	627382	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222102938
12024	NC_011981	GAC	2	6	627395	627400	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222102938
12025	NC_011981	CAAC	2	8	627445	627452	50 %	0 %	0 %	50 %	222102938
12026	NC_011981	GAT	2	6	627554	627559	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222102938
12027	NC_011981	GGA	2	6	627611	627616	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222102938
12028	NC_011981	TCA	2	6	627679	627684	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222102938
12029	NC_011981	CTG	2	6	627774	627779	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102938
12030	NC_011981	GC	3	6	627807	627812	0 %	0 %	50 %	50 %	222102938
12031	NC_011981	CGT	2	6	627845	627850	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102938
12032	NC_011981	CAC	2	6	627860	627865	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	222102938
12033	NC_011981	GGC	2	6	627885	627890	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222102938
12034	NC_011981	CCGG	2	8	627910	627917	0 %	0 %	50 %	50 %	222102938
12035	NC_011981	CAT	2	6	627923	627928	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222102938
12036	NC_011981	GGT	2	6	627945	627950	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222102938
12037	NC_011981	CGG	2	6	627953	627958	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222102938
12038	NC_011981	GGC	2	6	627966	627971	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222102938
12039	NC_011981	CAA	2	6	628187	628192	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222102938
12040	NC_011981	TTC	2	6	628225	628230	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222102938
12041	NC_011981	GT	3	6	628240	628245	0 %	50 %	50 %	0 %	222102938
12042	NC_011981	CGA	2	6	628283	628288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222102938
12043	NC_011981	AGAATG	2	12	628573	628584	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	222102939
12044	NC_011981	GTCC	2	8	628652	628659	0 %	25 %	25 %	50 %	222102939
12045	NC_011981	AACGC	2	10	628692	628701	40 %	0 %	20 %	40 %	222102939
12046	NC_011981	CAC	2	6	628715	628720	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12047	NC_011981	TA	3	6	628735	628740	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
12048	NC_011981	TG	3	6	628902	628907	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12049	NC_011981	TCC	2	6	628937	628942	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
12050	NC_011981	CGT	2	6	628956	628961	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12051	NC_011981	TCG	2	6	629045	629050	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12052	NC_011981	GGT	2	6	629161	629166	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222102940
12053	NC_011981	CCG	2	6	629172	629177	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222102940
12054	NC_011981	GAT	2	6	629194	629199	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222102940
12055	NC_011981	TTC	2	6	629204	629209	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	222102940
12056	NC_011981	TGA	2	6	629277	629282	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222102940
12057	NC_011981	GCG	2	6	629335	629340	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	222102940
12058	NC_011981	ATG	2	6	629352	629357	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222102940
12059	NC_011981	ATC	2	6	629531	629536	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222102940
12060	NC_011981	AC	3	6	629658	629663	50 %	0 %	0 %	50 %	222102940
12061	NC_011981	GTCG	2	8	629696	629703	0 %	25 %	50 %	25 %	222102940
12062	NC_011981	GTC	2	6	629728	629733	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102940
12063	NC_011981	TGC	2	6	629994	629999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102940
12064	NC_011981	CAA	2	6	630037	630042	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	222102940
12065	NC_011981	GCTC	2	8	630043	630050	0 %	25 %	25 %	50 %	222102940
12066	NC_011981	ATC	2	6	630053	630058	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222102940
12067	NC_011981	GAT	2	6	630064	630069	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222102940
12068	NC_011981	GA	3	6	630078	630083	50 %	0 %	50 %	0 %	222102940
12069	NC_011981	AG	3	6	630089	630094	50 %	0 %	50 %	0 %	222102940
12070	NC_011981	GCA	2	6	630117	630122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12071	NC_011981	TGA	2	6	630232	630237	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222102941
12072	NC_011981	ATA	2	6	630274	630279	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	222102941
12073	NC_011981	ATG	2	6	630319	630324	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	222102941
12074	NC_011981	AAG	2	6	630337	630342	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	222102941
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12078	NC_011981	TGG	2	6	630498	630503	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	222102941
12079	NC_011981	ACG	2	6	630545	630550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222102941
12080	NC_011981	CCG	2	6	630582	630587	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222102941
12081	NC_011981	GA	3	6	630588	630593	50 %	0 %	50 %	0 %	222102941
12082	NC_011981	CGT	2	6	630678	630683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	222102941
12083	NC_011981	TGCGG	2	10	630697	630706	0 %	20 %	60 %	20 %	222102941
12084	NC_011981	GCTTT	2	10	630717	630726	0 %	60 %	20 %	20 %	222102941
12085	NC_011981	TTG	2	6	630746	630751	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	222102941
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12087	NC_011981	ACG	2	6	630838	630843	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222102941
12088	NC_011981	CTTCAG	2	12	630883	630894	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	222102941
12089	NC_011981	CGC	2	6	630906	630911	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	222102941
12090	NC_011981	T	6	6	631036	631041	0 %	100 %	0 %	0 %	222102941
12091	NC_011981	GGA	2	6	631055	631060	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	222102941
12092	NC_011981	AG	3	6	631074	631079	50 %	0 %	50 %	0 %	222102941
12093	NC_011981	CGA	2	6	631085	631090	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	222102941
12094	NC_011981	T	7	7	631164	631170	0 %	100 %	0 %	0 %	222102941
12095	NC_011981	CAT	2	6	631236	631241	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	222102941
12096	NC_011981	CTT	2	6	631308	631313	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12097	NC_011981	CA	3	6	631431	631436	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
12098	NC_011981	CGA	2	6	631470	631475	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12099	NC_011981	AG	3	6	631567	631572	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
12100	NC_011981	AAC	2	6	631617	631622	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.