MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Aquifex aeolicus VF5 plasmid ece1

Total Repeats: 119

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_001880	TACA	2	8	114	121	50 %	25 %	0 %	25 %	10957042
2	NC_001880	AAAG	2	8	1319	1326	75 %	0 %	25 %	0 %	10957043
3	NC_001880	CAAA	2	8	1754	1761	75 %	0 %	0 %	25 %	10957044
4	NC_001880	AGAA	3	12	1877	1888	75 %	0 %	25 %	0 %	10957044
5	NC_001880	AGGA	2	8	1893	1900	50 %	0 %	50 %	0 %	10957044
6	NC_001880	AAAG	2	8	2224	2231	75 %	0 %	25 %	0 %	10957044
7	NC_001880	AAGC	2	8	2481	2488	50 %	0 %	25 %	25 %	10957045
8	NC_001880	AGGA	2	8	2583	2590	50 %	0 %	50 %	0 %	10957045
9	NC_001880	GAAA	2	8	2667	2674	75 %	0 %	25 %	0 %	10957045
10	NC_001880	TCAA	2	8	2999	3006	50 %	25 %	0 %	25 %	10957045
11	NC_001880	CTTT	2	8	3009	3016	0 %	75 %	0 %	25 %	10957045
12	NC_001880	GCCC	2	8	3049	3056	0 %	0 %	25 %	75 %	10957045
13	NC_001880	GAAA	2	8	3764	3771	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_001880	GGAA	2	8	4295	4302	50 %	0 %	50 %	0 %	10957046
15	NC_001880	GAAA	2	8	4575	4582	75 %	0 %	25 %	0 %	10957046
16	NC_001880	GAAG	2	8	4986	4993	50 %	0 %	50 %	0 %	10957046
17	NC_001880	TTAT	3	12	5406	5417	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_001880	AAGA	3	12	6347	6358	75 %	0 %	25 %	0 %	10957047
19	NC_001880	GGAA	2	8	6425	6432	50 %	0 %	50 %	0 %	10957047
20	NC_001880	ATAC	2	8	6676	6683	50 %	25 %	0 %	25 %	10957047
21	NC_001880	TTTC	2	8	7106	7113	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
22	NC_001880	AGAA	2	8	7172	7179	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
23	NC_001880	TCTT	2	8	7243	7250	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
24	NC_001880	AGGG	2	8	7443	7450	25 %	0 %	75 %	0 %	10957048
25	NC_001880	GAAG	2	8	7640	7647	50 %	0 %	50 %	0 %	10957048
26	NC_001880	GAAG	2	8	7949	7956	50 %	0 %	50 %	0 %	10957048
27	NC_001880	GAAG	2	8	8001	8008	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_001880	GAGG	2	8	8787	8794	25 %	0 %	75 %	0 %	10957049
29	NC_001880	AAAG	2	8	8961	8968	75 %	0 %	25 %	0 %	10957049
30	NC_001880	GAAA	2	8	9000	9007	75 %	0 %	25 %	0 %	10957049
31	NC_001880	GAAA	2	8	9042	9049	75 %	0 %	25 %	0 %	10957049
32	NC_001880	TTCC	2	8	9394	9401	0 %	50 %	0 %	50 %	10957049
33	NC_001880	CTTA	2	8	9761	9768	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_001880	AGGT	2	8	10829	10836	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_001880	CTTT	2	8	11315	11322	0 %	75 %	0 %	25 %	10957051
36	NC_001880	CCTC	2	8	11347	11354	0 %	25 %	0 %	75 %	10957051
37	NC_001880	ATTC	2	8	11661	11668	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
38	NC_001880	CTGC	2	8	11881	11888	0 %	25 %	25 %	50 %	10957052
39	NC_001880	ATCA	2	8	12288	12295	50 %	25 %	0 %	25 %	10957052
40	NC_001880	TAAA	2	8	13164	13171	75 %	25 %	0 %	0 %	10957053
41	NC_001880	TCCT	2	8	13370	13377	0 %	50 %	0 %	50 %	10957053
42	NC_001880	TATC	2	8	13817	13824	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
43	NC_001880	TGAC	2	8	14557	14564	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_001880	GGCT	2	8	14596	14603	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
45	NC_001880	CATA	2	8	15233	15240	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
46	NC_001880	GGAA	2	8	15314	15321	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_001880	GCCC	2	8	15437	15444	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
48	NC_001880	TACA	2	8	16032	16039	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
49	NC_001880	TTTA	2	8	16124	16131	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_001880	CGGA	2	8	16216	16223	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
51	NC_001880	ACTA	2	8	16317	16324	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
52	NC_001880	TTTA	2	8	16592	16599	25 %	75 %	0 %	0 %	10957055
53	NC_001880	CGTC	2	8	16648	16655	0 %	25 %	25 %	50 %	10957055
54	NC_001880	TAAA	3	12	17520	17531	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_001880	AAAG	2	8	17537	17544	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_001880	ATGA	2	8	17612	17619	50 %	25 %	25 %	0 %	10957056
57	NC_001880	TGGA	2	8	17990	17997	25 %	25 %	50 %	0 %	10957056
58	NC_001880	AAAC	2	8	18215	18222	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_001880	TTTC	2	8	18225	18232	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
60	NC_001880	GAGG	2	8	18838	18845	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
61	NC_001880	CCAG	2	8	19208	19215	25 %	0 %	25 %	50 %	10957058
62	NC_001880	TCCT	2	8	19285	19292	0 %	50 %	0 %	50 %	10957058
63	NC_001880	GTTT	2	8	19403	19410	0 %	75 %	25 %	0 %	10957058
64	NC_001880	ATGT	2	8	19565	19572	25 %	50 %	25 %	0 %	10957058
65	NC_001880	GGAT	2	8	19573	19580	25 %	25 %	50 %	0 %	10957058
66	NC_001880	ATCC	2	8	19879	19886	25 %	25 %	0 %	50 %	10957059
67	NC_001880	TAAA	2	8	20238	20245	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_001880	TACC	2	8	21319	21326	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
69	NC_001880	TTAC	2	8	21356	21363	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
70	NC_001880	TGTT	2	8	21427	21434	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
71	NC_001880	TTTC	2	8	21533	21540	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
72	NC_001880	CAAG	2	8	22084	22091	50 %	0 %	25 %	25 %	10957060
73	NC_001880	TTCT	2	8	22313	22320	0 %	75 %	0 %	25 %	10957060
74	NC_001880	TCTA	2	8	22519	22526	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_001880	CAAA	2	8	22715	22722	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_001880	TTAT	2	8	22980	22987	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_001880	GTAA	2	8	23490	23497	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_001880	ATAA	2	8	23893	23900	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_001880	GTTT	2	8	23978	23985	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_001880	GTAA	2	8	24153	24160	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
81	NC_001880	TTTA	2	8	24688	24695	25 %	75 %	0 %	0 %	10957061
82	NC_001880	ATTT	2	8	25078	25085	25 %	75 %	0 %	0 %	10957062
83	NC_001880	GTAT	2	8	25833	25840	25 %	50 %	25 %	0 %	10957063
84	NC_001880	ACTT	2	8	26257	26264	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
85	NC_001880	TTTA	2	8	26304	26311	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_001880	GGTA	2	8	26395	26402	25 %	25 %	50 %	0 %	10957064
87	NC_001880	TTCC	2	8	26576	26583	0 %	50 %	0 %	50 %	10957064
88	NC_001880	AAGT	2	8	26973	26980	50 %	25 %	25 %	0 %	10957064
89	NC_001880	TCTA	2	8	27137	27144	25 %	50 %	0 %	25 %	10957065
90	NC_001880	TTTC	2	8	28890	28897	0 %	75 %	0 %	25 %	10957066
91	NC_001880	ATTT	2	8	28909	28916	25 %	75 %	0 %	0 %	10957066
92	NC_001880	CTTT	2	8	29484	29491	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
93	NC_001880	CCTT	2	8	29575	29582	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_001880	AGGG	2	8	30417	30424	25 %	0 %	75 %	0 %	10957067
95	NC_001880	CCTT	2	8	31020	31027	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
96	NC_001880	ATTA	2	8	31214	31221	50 %	50 %	0 %	0 %	10957068
97	NC_001880	TACC	2	8	31825	31832	25 %	25 %	0 %	50 %	10957068
98	NC_001880	TTAT	2	8	31851	31858	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_001880	CTAA	2	8	31886	31893	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
100	NC_001880	TTAG	2	8	32002	32009	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_001880	TCCA	2	8	32950	32957	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
102	NC_001880	CTTC	2	8	33058	33065	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_001880	AGGT	2	8	33165	33172	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
104	NC_001880	TATT	2	8	33185	33192	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_001880	CCTA	2	8	33224	33231	25 %	25 %	0 %	50 %	10957069
106	NC_001880	TGTA	2	8	33549	33556	25 %	50 %	25 %	0 %	10957069
107	NC_001880	GAAA	2	8	34011	34018	75 %	0 %	25 %	0 %	10957070
108	NC_001880	AAGA	2	8	35144	35151	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_001880	CTTT	3	12	35246	35257	0 %	75 %	0 %	25 %	10957071
110	NC_001880	CTTT	2	8	35786	35793	0 %	75 %	0 %	25 %	10957071
111	NC_001880	ATAG	2	8	36977	36984	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_001880	TTCT	2	8	37271	37278	0 %	75 %	0 %	25 %	10957072
113	NC_001880	TCTT	2	8	37813	37820	0 %	75 %	0 %	25 %	10957072
114	NC_001880	GGAG	2	8	37830	37837	25 %	0 %	75 %	0 %	10957072
115	NC_001880	CTTC	2	8	38005	38012	0 %	50 %	0 %	50 %	10957072
116	NC_001880	TAAG	2	8	38143	38150	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
117	NC_001880	AAAT	2	8	38875	38882	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_001880	TTCT	2	8	39076	39083	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
119	NC_001880	GGGA	2	8	39288	39295	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.