Compound Compound Repeats of Saccharomyces paradoxus mitochondrion
Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No. | Genome ID | SSR | SSR Type | Start | End | Tract Length | Primer Design |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | NC_018044 | (AT)7ttttgttaatagataatatacggatct(TAA)4gaattatttaattccaaaaatggaatatcatattaaattaataaaaaatatgaatactgaatatctaaatattattattaataata(AAT)5atggtaatagaacatttaatgataatatatattagttattaattaatat(ATTA)3 | c | 1051 | 1265 | 215 | Design Primer |
2 | NC_018044 | (TAT)4taattt(ATTA)4ataatatatataattatatttatatat(TA)7 | c | 1428 | 1502 | 75 | Design Primer |
3 | NC_018044 | (TAAT)6tattaatacttaatagatataatttcttaagtaatatataatatattatattattatatgtat(TA)8 | c | 2100 | 2202 | 103 | Design Primer |
4 | NC_018044 | (TAATT)3tatatttatatatatttt(TA)7ttattaaatattattattaatgtt(TATTA)5ttataatcttaataaatatattaatatattatatttataaataaaagatatttaatacttttttatatgttatttatattttctat(TAA)4aaaggattacataattaaaataatatttatatagtgatgataa(TTAT)3 | c | 3716 | 3964 | 249 | Design Primer |
5 | NC_018044 | (AT)6tataatttatattataaagg(TA)9ttataataatatatataataaatatattttataggagatatatttttataaatattataaataag(TAAA)3taattattaattattt(TATTA)4 | c | 4783 | 4945 | 163 | Design Primer |
6 | NC_018044 | (AAT)4aaatattatctttaaaattatattaaaatatttattaaatattaaaaactat(ATTA)3ataaaaaaagtataa(AAAT)9 | c | 5054 | 5180 | 127 | Design Primer |
7 | NC_018044 | (TTA)4taatattt(TAAA)4 | c | 5287 | 5322 | 36 | Design Primer |
8 | NC_018044 | (AT)6ttataa(TAAT)3 | c | 5623 | 5652 | 30 | Design Primer |
9 | NC_018044 | (TTATT)8ttcttttaattgagaagataaatatatattaaattttattatttcattttaggtaaa(TTCTT)3 | c | 6347 | 6458 | 112 | Design Primer |
10 | NC_018044 | (ATA)4gatataataaata(AT)6 | c | 6695 | 6731 | 37 | Design Primer |
11 | NC_018044 | (TAA)6tt(ATA)7att(ATA)5aaggggttttggtccttgggttggaatccaatgataatatcttcttttatttattataataaaaataatatat(TAA)5tttattatatattcatattttaataaatatatataaaatgtttattaataaaaataaaatatatacatattatatattattaata(AT)7 | c | 7125 | 7370 | 246 | Design Primer |
12 | NC_018044 | (AAAT)4atgtttaatttt(ATA)7 | c | 8230 | 8278 | 49 | Design Primer |
13 | NC_018044 | (AATA)3atatatttaatagtctccatattagtaataattttatataaatctt(AATA)3tatattataaatcttat(ATA)4 | c | 8568 | 8666 | 99 | Design Primer |
14 | NC_018044 | (AT)6ttaataattttttttattaaaataaataataatataatactatcatatttattaataataaattactttatattattattaatcttttttataaa(TAAT)4 | c | 8986 | 9108 | 123 | Design Primer |
15 | NC_018044 | (ATTAT)4cttattaataatataatagaattgtatataatctaatt(AATTA)3aattttaggatatttataataatttatatttaatt(TA)6 | c | 9250 | 9369 | 120 | Design Primer |
16 | NC_018044 | (TAT)5attatatataattaatattatttattaaataatccctactt(ATTA)3ttaatatatattaattatataaat(TA)6ttttatatatataattaaataaaataaacatatattattatttatatttaaaagataatt(TTA)5 | c | 9854 | 10032 | 179 | Design Primer |
17 | NC_018044 | (ATTAT)3atatataaaaaaaaataaat(TA)8ttaaatataattaata(AATT)5 | c | 10325 | 10411 | 87 | Design Primer |
18 | NC_018044 | (TTTAA)3ttaaatttaattgtggagttga(TAT)4 | c | 10594 | 10642 | 49 | Design Primer |
19 | NC_018044 | (TAAT)4ttatattatttttttttattaatattttttttataaaaacataaaattaataattataaagtgtatactttt(ATTA)3atcaaaataaataaaataattagtatccgcatttaataaaaatataattttagagttaaatttttattcttttattaa(AT)8 | c | 11396 | 11589 | 194 | Design Primer |
20 | NC_018044 | (TA)7aaataatatctcctttcggtgttccggttcccgtcccgggaccccataacccttccttgtgaggttatttataaggtgttcactaaatatgtat(TAA)4ataaattattattaattatttttataaatttattctaata(ATTAAT)3 | c | 11745 | 11922 | 178 | Design Primer |
21 | NC_018044 | (AT)8ttaacattattaaatattattaagtatataattaaataatgttgatataaattttatttaattaacagatatattaatattt(TTAA)6taatatcttttc(AT)7 | c | 12553 | 12700 | 148 | Design Primer |
22 | NC_018044 | (TATTA)8tatttataaaggtgttagcatctattg(TTA)9taatttaggggttatgggtttggtttgagggatcgggaccccaaaaggagcttgtatagtttaattggttaaaacatttgtctc(ATAA)3tgtaaggttcaattccttctacaagtataatgattataataatt(TA)6ttaataatattaataaataattatatattaatcttaaaaatataaaatatatataatatttaaat(ATTA)3 | c | 12914 | 13236 | 323 | Design Primer |
23 | NC_018044 | (ATA)5attatatttataattttatatatt(TA)7aattatatatattatatattatatataataaatagataagtatataaataaat(ATTA)4 | c | 13513 | 13634 | 122 | Design Primer |
24 | NC_018044 | (TTA)5tttataataatataaataaaatattattcttat(A)10gtatatattaattttataatatttttatatattttaaatcattgtgattagtattaattaagagtataata(ATT)4 | c | 16907 | 17047 | 141 | Design Primer |
25 | NC_018044 | (ATTA)4atttactcacaattaaattt(AAATTA)4 | c | 17479 | 17538 | 60 | Design Primer |
26 | NC_018044 | (AATA)7ttttaatattataactttttataataataaaaaaaataataaaaatgataatttcttattatt(TA)7ttttataat(TA)8 | c | 17805 | 17934 | 130 | Design Primer |
27 | NC_018044 | (TATT)3atattataggatatc(AATATT)3attcgatgaataatataatacaattaagttgaattggggtatt(TTA)7atttttaagtataaattattataataatggaattattatatatttatatatattt(TA)6 | c | 19181 | 19356 | 176 | Design Primer |
28 | NC_018044 | (ATTAT)3ttataaaatttatttaatagaaaattaataaactattaaatattataaaaaatatatttctaaa(AAT)4aaataatattcatatttttataaaattaaaatatttataaataaaaaatctttaattattaattataatt(TAA)8agagtttaatatatatattatgataaaatataaatgtataaaaaataaataatataatatcaataaaataatatttattaaatgtt(TTTATA)3 | c | 20107 | 20395 | 289 | Design Primer |
29 | NC_018044 | (TAT)4tttataaaatt(TA)7tt(ATAA)3atatatcatgtaattgaattgaattaggtatcggtaaataattggattggtattagtccataataatattaaataaatactaataaagataaattaa(AT)6 | c | 20578 | 20737 | 160 | Design Primer |
30 | NC_018044 | (TATTA)4tataattaattgataataatattattttttatctatg(ATAA)8ctcctatcggggttccggttcccgtaaccgggccccggaac(TAAA)9 | c | 20937 | 21102 | 166 | Design Primer |
31 | NC_018044 | (ATTT)4tttt(TTA)5tttataattc(TTAT)3taaaatattaataatattttatatgtatttatt(TA)6ttttata(TAT)4 | c | 21553 | 21673 | 121 | Design Primer |
32 | NC_018044 | (TTA)5tttataatataaaaattattatt(TA)6 | c | 22078 | 22127 | 50 | Design Primer |
33 | NC_018044 | (ATTA)6taaaaaaaaatagaatattttatattaaatattattaatcaatatttatataatat(TAA)5 | c | 22517 | 22611 | 95 | Design Primer |
34 | NC_018044 | (AT)7aaaaaatatatatataaaag(TA)8 | c | 22838 | 22887 | 50 | Design Primer |
35 | NC_018044 | (AT)7aatttaaatgatttta(AT)7 | c | 23100 | 23143 | 44 | Design Primer |
36 | NC_018044 | (ATA)6tattgttaatatatatctaatattctaattataatatttcaatatatatgatgctaaaattaaatattttatatata(TATT)3atattaataataaatttataaataagataatattaatttatttttaatagatttatatattttataaaaaattaataaatgt(ATA)4aatattat(ATA)4 | c | 26572 | 26792 | 221 | Design Primer |
37 | NC_018044 | (TA)8ttaataataaaaaa(AT)8agctaacggggaaactcttataattattatttatataataaataagacaatcccgtgataacttta(AT)6 | c | 27880 | 28003 | 124 | Design Primer |
38 | NC_018044 | (ATT)4aataataaaa(AAT)4accaatatatatattatttaat(TTA)4 | c | 29719 | 29786 | 68 | Design Primer |
39 | NC_018044 | (TA)9aaata(AT)6aattaatataaataatatttataattattttttaataatatatataatttaatatattaatgaatattatataattattaaatatattataa(TAT)4tttataataaaaatatttttaatacaa(ATT)4tattatttataaatatataatagtatatttagtattattaatactaaataaaatataattataattaggatctaacaatacatttatctg(ATTAAT)3 | c | 30805 | 31090 | 286 | Design Primer |
40 | NC_018044 | (TTAT)3attaat(TA)6ttatttttata(AT)6 | c | 31483 | 31535 | 53 | Design Primer |
41 | NC_018044 | (ATTT)3aaataaacataataaaattattctattaataaaaaataatatttatgtttatt(TA)6ataattaataatttatatatttatatatttatatatttatattgaatacaatttaatcgaatag(TATTA)3 | c | 31774 | 31929 | 156 | Design Primer |
42 | NC_018044 | (TA)6attcat(TA)9 | c | 32213 | 32248 | 36 | Design Primer |
43 | NC_018044 | (TAT)5acctttttttatatatttaataattcttattatacctttttatttatattatatgat(TAATA)3tattattaatgttacttatttt(TTA)4aatc(TTTA)3attatatattatatataaattatatataataaaattattagttattattaatgttat(ATATA)3atagaatatatatattatttaaatatatttatataatatttaatataaaatacataattaatattattataaataatatttattata(AAT)4aa(AATAT)5 | c | 33287 | 33621 | 335 | Design Primer |
44 | NC_018044 | (AT)6ttgtatttatttttttaatatatata(AT)6 | c | 34188 | 34237 | 50 | Design Primer |
45 | NC_018044 | (AT)6taataataatttatatattat(TAA)6 | c | 34612 | 34662 | 51 | Design Primer |
46 | NC_018044 | (AT)7tatatatagtccaaaatattaatttcttataaaaatttat(TAA)5 | c | 35026 | 35094 | 69 | Design Primer |
47 | NC_018044 | (ATATA)3attacataattataattaataattaagggaataatataaataataatattttat(ATA)5tattaatataacttcattattaataaatatcaattattataaaaagtagatataaatttcatat(TATAA)5 | c | 35289 | 35461 | 173 | Design Primer |
48 | NC_018044 | (TA)11cgatttagatttctttttattaaattataatttaatatttattatttataaatatctttattttattaaagtatgaa(TAT)7ttaataacctctcatttatatatttttttattttataattttctattattaaaaccttattaattcaacttacttgtttgtattatccactgta(TAATGT)4(TAATAT)4 | c | 35794 | 36055 | 262 | Design Primer |
49 | NC_018044 | (AATATA)3atataaataaaaaatatat(ATATAA)3 | c | 36637 | 36691 | 55 | Design Primer |
50 | NC_018044 | (AATA)3aaaataataaa(TATT)3(AATT)4aataatgattataatttctttataaataatat(TAA)4 | c | 36827 | 36921 | 95 | Design Primer |
51 | NC_018044 | (ATTT)3taatagatag(ATA)4ttaccttcaattaattatataatatgggtcaaacattattcattattcattgacaattgtttaatcttat(TA)6attattaataaagtgagggaccccctcccacccatcgtggggagggggggaccgaacccctcgttc(TAAT)3 | c | 37887 | 38080 | 194 | Design Primer |
52 | NC_018044 | (TAATA)3ttaaaaatataattc(ATA)4 | c | 38640 | 38681 | 42 | Design Primer |
53 | NC_018044 | (AATT)3tgaacgaggggttcacacctatataaatataaataataaatataaataataaatataaataataaatataaataataaatataaatataagatatttat(TAA)4ttataatttataataataat(TTAA)4taacaaatataaaaaaataatataatttataatagatttc(TA)7aaataagatatttatttctttattttatttttttaataatatattcatataaag(TA)6 | c | 38929 | 39207 | 279 | Design Primer |
54 | NC_018044 | (ATA)8acaattttaataaatagtataaaaattattaatattatataaatataatattaatataaaaatctttcataatattaattattatta(AAT)4atcattaatattaatataatcattaatattatttaattatcttaataatattaaaatataaatattattaactttttatttttttaataatg(ATATA)3aattaatatttaata(AAT)5 | c | 40266 | 40525 | 260 | Design Primer |
55 | NC_018044 | (A)11tatcttaaataat(ATA)9 | c | 41526 | 41576 | 51 | Design Primer |
56 | NC_018044 | (ATA)4agatttat(A)10 | c | 42126 | 42155 | 30 | Design Primer |
57 | NC_018044 | (TAA)4ttattattaattattaaggtaagattcatatggatagcgtaagtcaatctaatattataaaatatcgtaacataaacaatattttttctatt(ATTA)6ata(AAT)4 | c | 42675 | 42817 | 143 | Design Primer |
58 | NC_018044 | (ATATA)3aaacatatagtattataat(TTTA)3 | c | 44116 | 44161 | 46 | Design Primer |
59 | NC_018044 | (TA)14actac(TAT)4 | c | 44354 | 44398 | 45 | Design Primer |
60 | NC_018044 | (TAAT)3tga(TAT)4tttaaa(AAT)4 | c | 44684 | 44728 | 45 | Design Primer |
61 | NC_018044 | (ATA)4taatttgaaataaaaataatatagttaaaatatttattataagaagaaaattagcagtaatta(AT)8 | c | 44936 | 45026 | 91 | Design Primer |
62 | NC_018044 | (AT)8aaatatatatattcttaataaatattatat(ATA)5 | c | 48484 | 48544 | 61 | Design Primer |
63 | NC_018044 | (TA)6ttaaataataataaaatttatatataatataaaaataagaatagattaaatattt(AATA)3 | c | 49707 | 49785 | 79 | Design Primer |
64 | NC_018044 | (AT)6aataatattaatattactcctatt(AATAA)3ttttatatttattaatttttaataaatataaagtatattaatataataataatcataataatttataaataatattatttatataataatt(TATAA)3tatattaaagattataaataattaataattctttaaatttatat(TA)8tttaataaaattctatattttaatatttataatatta(TAAT)3 | c | 50996 | 51261 | 266 | Design Primer |
65 | NC_018044 | (TA)6aatataata(AT)11aatagataaaaataataataaataataatgaaattaagattattaaatataattttatcaataataaataaact(TAA)5 | c | 51385 | 51516 | 132 | Design Primer |
66 | NC_018044 | (TTA)4taataatgatattaataatata(AAT)6 | c | 51838 | 51889 | 52 | Design Primer |
67 | NC_018044 | (TAA)4atataataatataattaatttatta(AAT)16 | c | 52180 | 52264 | 85 | Design Primer |
68 | NC_018044 | (TATAT)3tataagtaataataagtattatatatagcttttatagcttagtggtaaagcgataaattgaagatttatttacatgtagttcgattctcattaagggc(AAT)4 | c | 53245 | 53369 | 125 | Design Primer |
69 | NC_018044 | (TTAT)5atttttataaataaagatattcattttataataatattataaaaagtttatacatttataaatataaatataaggtattcatta(ATTAT)7taaatgaacaccttataaataacccccacgaccacaagggaggagtttttatattaaaaaaggggtaaatatctataat(TA)7ttaatatatatataaaagatatattatttagaattataataaaatttatata(TATT)3 | c | 53539 | 53834 | 296 | Design Primer |
70 | NC_018044 | (TTA)4atatattattatatataatttataatataaaattataaatataatatactacttataaaaaa(AT)8aaatattttgtatattaaattaaataattattaataaatttaattgtaatgattataataattatatgaattattataat(TA)6 | c | 54103 | 54284 | 182 | Design Primer |
71 | NC_018044 | (ATTTA)3aatatatattgaat(TA)6aattattaataaataaaaaaataatatattattatattaaataaattatttataggataa(TAT)5attatatatata(AT)6 | c | 54903 | 55042 | 140 | Design Primer |
72 | NC_018044 | (AT)8aaatgataaataatttaattataataaataaattatt(ATTA)5taataaaccttattttt(TTA)4aaaattaatttataatc(ATT)8 | c | 57894 | 58036 | 143 | Design Primer |
73 | NC_018044 | (TAT)4aatc(TTA)6 | c | 58550 | 58583 | 34 | Design Primer |
74 | NC_018044 | (TAA)4agaaataataatcataaaaattaatattaattttatg(TAATAT)4 | c | 59275 | 59347 | 73 | Design Primer |
75 | NC_018044 | (ATAAT)3ataaaaagttttaattataaaaattatataattcct(ATA)4attatgaaataaatattatcttattaat(A)10taaagaataaaagtattttataataaa(AAT)5aaggtaaatattttt(TTTA)3tctttatttataat(TA)6 | c | 59538 | 59733 | 196 | Design Primer |
76 | NC_018044 | (AT)6a(AAT)4 | c | 59965 | 59989 | 25 | Design Primer |
77 | NC_018044 | (TTAT)3aatattataattataacattataaat(A)10 | c | 62422 | 62469 | 48 | Design Primer |
78 | NC_018044 | (ATATT)3atataaatattaaaataaatacatattttatat(TTA)8 | c | 62992 | 63063 | 72 | Design Primer |
79 | NC_018044 | (TAA)4ataatttatcattaaaaagtaaaatgaataatagttttgatcctattaatatattaatataaacacaat(ATA)4 | c | 63525 | 63617 | 93 | Design Primer |
80 | NC_018044 | (TA)7ttttatatatattatatattataattatatta(T)11 | c | 63764 | 63820 | 57 | Design Primer |
81 | NC_018044 | (ATA)5tataatacatata(TAT)4 | c | 65484 | 65523 | 40 | Design Primer |
82 | NC_018044 | (AT)8aataa(AT)6 | c | 65651 | 65683 | 33 | Design Primer |
83 | NC_018044 | (ATAA)5aatatataaattatatattataaataaaagttattattttactttataattaaatataaatattatttttaataatattttattaatactt(TA)6 | c | 66446 | 66568 | 123 | Design Primer |
84 | NC_018044 | (AT)8aattatta(TAT)4attatataatattataaataatatatttaatttttttatatataatatattttttataaa(AATT)5 | c | 67258 | 67373 | 116 | Design Primer |
85 | NC_018044 | (TAA)6tataaaaaaaaagataatattatta(AT)6 | c | 68089 | 68143 | 55 | Design Primer |
86 | NC_018044 | (GTCCTC)4gttttatataaaaaaagaataaaaagttatgataagaagtaatatttattatataatatatatataaa(AT)6aa(AT)7aaataagttttattataatatatattaaattaattattacgatatatttggtccctaccgggccc(CATTT)6 | c | 68824 | 69038 | 215 | Design Primer |
87 | NC_018044 | (TTA)4tcaaataatttataatatattattcattaatatatataatattattaatataaagaaaagagtttcaa(TTAT)6 | c | 69182 | 69285 | 104 | Design Primer |
88 | NC_018044 | (AT)10agatatttattatatat(TTA)4 | c | 69699 | 69747 | 49 | Design Primer |
89 | NC_018044 | (AT)6taat(ATA)6aataaagataaggagtataatataataataattatataat(TAA)5 | c | 70914 | 71002 | 89 | Design Primer |
90 | NC_018044 | (AT)7aatatt(TA)6tt(ATTA)3ataataataggatattgattaataaatta(TAAT)3 | c | 71164 | 71250 | 87 | Design Primer |