Compound Repeats of Paramecium caudatum mitochondrion
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| S.No. | Genome ID | SSR | SSR Type | Start | End | Tract Length | Primer Design |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | NC_014262 | (A)13ttaaataaatttacctaactttt(A)13gattttactcttaactttaaaagatctggtgcaacctttttattt(A)12caaaaataatttatatttttttttaaataaaatgttttttttattttattatttacaaaactta(ATTTT)3 | c | 48 | 232 | 185 | Design Primer |
| 2 | NC_014262 | (A)12tcattatttaaaaattaaaagtatagagttattaaaaaggta(TAATT)3 | c | 2958 | 3026 | 69 | Design Primer |
| 3 | NC_014262 | (A)10tttct(A)16 | c | 4291 | 4321 | 31 | Design Primer |
| 4 | NC_014262 | (A)15gaattaaacataaagaaatttaaaaaaaaagagtttaaatcattcattacattaaaatttatagcatcaaaataatcatctcat(A)12tttaaatttaaaacttcaaaactcgaaaaagatcatactgttgaaaaaaaaataaaaaaaaatataaaaaaaatat(A)17tttttcgaaaaaaatattaaaccatttgtagaaaaat(A)10 | c | 7134 | 7384 | 251 | Design Primer |
| 5 | NC_014262 | (A)11tcattatttaaatttaaataaaataattatt(A)11tggtttaaaaaattctcaagaaccaaaaaaaactatactaattaaacaag(A)10 | c | 7637 | 7749 | 113 | Design Primer |
| 6 | NC_014262 | (A)12ccaaaaaaataaaataaaaaa(AAAG)3 | c | 11287 | 11331 | 45 | Design Primer |
| 7 | NC_014262 | (T)10aaacttagcatactaactaaattgaacaaaaaaattaaaaaagttaatgctaacatttt(A)12 | c | 11968 | 12048 | 81 | Design Primer |
| 8 | NC_014262 | (A)13gtaattctaaaaaaaataaaaaaattttttttatttttttttaaattactcttaaagaaggttcaagttc(A)11tttttaaaaaacatcttgttttttaataaaaaaacaaaatgtaatgctgtaaaataattaaaataattaaatctttc(A)11taagttttgagtttaactcttt(A)12 | c | 12370 | 12585 | 216 | Design Primer |
| 9 | NC_014262 | (A)11tcataatttt(A)10 | c | 13848 | 13878 | 31 | Design Primer |
| 10 | NC_014262 | (A)16tcaaaaatttgagaaaaaaataaacaagaaaaaaaagaaccgaattttattgaatttttttttaccctaataggtttgaaatttatataaaaata(T)10aataaaaactttatgtaatttaaattt(A)13cagaaagaacatttaaaaaattagtacttaaagaatacgaaattgctaatgtac(T)11 | c | 21453 | 21678 | 226 | Design Primer |
| 11 | NC_014262 | (T)11caaaata(T)11aaaaaaataattataaaaatttaa(T)10gaatttttatcaaaactattaaaaaaaagcttagatgctcttttttttgaatc(A)10gaattcttacctctgtagccctttattaagctaaaaatatctaaacctatgtcatt(A)13tttttcttttttaaaaaaattaaataattttcaaaaacattactgttatt(A)12 | c | 21823 | 22079 | 257 | Design Primer |
| 12 | NC_014262 | (A)10ttaaaatcacaggaattcattctttgaatttc(A)10ttatcaacactaaaaccttctgaatttgaatttaaattactttctatttttc(T)11 | c | 22182 | 22296 | 115 | Design Primer |
| 13 | NC_014262 | (TCA)4t(AATCAG)3aaccagaatcatatgg(T)10 | c | 23224 | 23280 | 57 | Design Primer |
| 14 | NC_014262 | (A)11gtttaataatttaaca(T)11atctttattttatctaaaaaaatgttaaaag(T)11 | c | 25362 | 25441 | 80 | Design Primer |
| 15 | NC_014262 | (A)10tagcctaaagaacctcaataagagctaaaattattaaacatatgcatttt(A)13ctttttaaatataaattta(T)10 | c | 25627 | 25728 | 102 | Design Primer |
| 16 | NC_014262 | (A)15ttttaatattttaaagattaaaaaaataaatttaaaaatattaaaaagaaagaatct(A)11tgaaaataaaataaaaaaataaataaaattaaacataaaaataaaattaaaattaatttttaaaaaaaaattaaaagaatttaaaattaaa(T)11atttacaaaagatttaacaacatttaaataaaaaaataaagtaaacatattaaaaattaa(AAAAAT)3aaaattagtttt(A)17ttaaaaattttaaaaaaaaaccaacaagaggaggtattcctgcaaaattt(A)10caagaataaagaatttaaaaaagtatacattattaaaatagtaaacttgagagacactttttaaatatttagttttaacgttaaat(A)16 | c | 26796 | 27249 | 454 | Design Primer |
| 17 | NC_014262 | (A)12taatattttgtttaaaaaaaaatcaaaatcaaaat(A)12 | c | 28684 | 28742 | 59 | Design Primer |
| 18 | NC_014262 | (A)10gtattaataatttaattttaaaacaaat(A)10 | c | 29085 | 29132 | 48 | Design Primer |
| 19 | NC_014262 | (A)10tatcaaaaaaatctgagtaattaaacgaaatcatttgattctt(A)10 | c | 30021 | 30083 | 63 | Design Primer |
| 20 | NC_014262 | (T)10cttttggttcttcaactacttcagtaaactcatcatcatagtaaaacgcttctcttcttcttttttcttctag(T)11cttctag(T)11 | c | 31902 | 32013 | 112 | Design Primer |
| 21 | NC_014262 | (A)12tttttaaattttttattttttgttgtaa(T)13 | c | 33063 | 33115 | 53 | Design Primer |
| 22 | NC_014262 | (T)10a(T)11 | c | 35858 | 35879 | 22 | Design Primer |
| 23 | NC_014262 | (T)10agcttcaagatcataaaagcttacgtaactta(T)10 | c | 37251 | 37302 | 52 | Design Primer |
| 24 | NC_014262 | (A)11tgttgaataaaaaaatgttataaaaagaggtagccctttataaatttctatttt(A)12tggaggtaaaccaagtttaaatacacaagct(A)10 | c | 38076 | 38193 | 118 | Design Primer |
| 25 | NC_014262 | (A)12ttctttagatgcagaaattaagtaaaagtttgttatagctatcaactctaaaccaaaaaaaaatgtaaaccaattatttgaaaaaaaaataaaagttg(A)10taaaaaaataaaagatattaaaaaatctaaactagtatt(A)10gttttaataaaaaaagttttaaataaaaaaaat(A)10 | c | 38432 | 38643 | 212 | Design Primer |
| 26 | NC_014262 | (A)12gtt(A)11 | c | 38748 | 38773 | 26 | Design Primer |
| 27 | NC_014262 | (A)10gacaatactagcattaaaaataaaaaagatttaatagctattcttcttttatttttaaaacctgaatcgt(A)11 | c | 39456 | 39546 | 91 | Design Primer |
| 28 | NC_014262 | (A)10gaaaagaaagaaaaggatttacaattaaatataa(T)10aataaaaaaaataaaaataatgcataaaaataat(A)11 | c | 40142 | 40240 | 99 | Design Primer |
| 29 | NC_014262 | (A)15tcagaacatagtgtataaatac(T)10(A)12tttgtaaaagaaaagaaaaaaaagattaagaataaacattt(A)11 | c | 40449 | 40559 | 111 | Design Primer |
| 30 | NC_014262 | (T)12gaatactttattatgcaaaaaaatttaac(AAAT)4aaagaataaaagataaaatttaaattttttatattatttttttttgaaacaaaagaatgaatagatgtaaaataaccaaaacgtaatcc(AAAATA)3aaacaaaataaaac(AAAAT)3 | c | 40667 | 40859 | 193 | Design Primer |
| 31 | NC_014262 | (AATAAA)4aaataaggaaaatttatagcaacaggatgtataaaaagcaagccatcaagtaaactgttttcatattttgttttaaaaaatgtttgataaaaaaaatt(A)10gtat(A)13gtttacattaaaattaaagaaatttaaaaaaattaaaaaaaataatat(A)13ctcatctttaaactaaaaaaattaaatataaaat(A)11ttttcat(A)10 | c | 41075 | 41346 | 272 | Design Primer |
| 32 | NC_014262 | (A)10tattaaaagcatttgttaaaaatataaaaaaaaga(AAG)5 | c | 42734 | 42793 | 60 | Design Primer |