Compound Repeats of Candida castellii mitochondrion
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| S.No. | Genome ID | SSR | SSR Type | Start | End | Tract Length | Primer Design |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | NC_012620 | (ATTAT)3atatacattatattatataaattatatacattataatatatacattaatatatatacattttagatatatattatattaaatattaa(AT)6 | c | 160 | 273 | 114 | Design Primer |
| 2 | NC_012620 | (TA)6ttatataataatattttacactatatttatagaaattttagtcttatatattttatttataattataatattaattatattacaata(ATT)5aaaata(ATT)4 | c | 846 | 977 | 132 | Design Primer |
| 3 | NC_012620 | (TAT)4ataataatatatttataaattag(ATT)4tataaatattattaat(TTA)9atattaataatatttatataaatattatatatatattagttatatatataatctatacccggttccactataggaaccgggtactta(TAT)10aatatttaatctatatatatttataataaaaattttatatatatacccggtgccctagggcaccgggtatattatattaataatata(TATAT)3 | c | 1130 | 1438 | 309 | Design Primer |
| 4 | NC_012620 | (ATT)4aattttaattattataatatttcttatattaatttatattatttatattatttataatatatat(TA)6 | c | 2085 | 2172 | 88 | Design Primer |
| 5 | NC_012620 | (G)11tggttattaattattatttatattaatttaattaaatata(ATT)4ataattattata(ATT)4 | c | 2560 | 2646 | 87 | Design Primer |
| 6 | NC_012620 | (TATAT)4ataatattatta(TATAT)3taataattattatatatta(ATT)6 | c | 2790 | 2873 | 84 | Design Primer |
| 7 | NC_012620 | (ATT)6aataatattattattaatatattattatttataattaattaaa(TAT)6aattaatatattataattaatataa(TAT)4 | c | 3139 | 3254 | 116 | Design Primer |
| 8 | NC_012620 | (ATT)4aataactata(ATT)4aactataattattattaattattaaatataattaactataattaattc(TTA)5actataatcccgactagcctataaggctagtcgggattaataattattataatagataataa(ATT)7agtaattagtaatatataatattattaaaata(ATT)4a(TAT)7taatataaatataatataataatattaaattataatattattaatattataattaaaatattataaaatatatattatatg(TA)6ttta(TAT)6 | c | 3820 | 4180 | 361 | Design Primer |
| 9 | NC_012620 | (TA)6ata(AT)7 | c | 5832 | 5860 | 29 | Design Primer |
| 10 | NC_012620 | (AT)6aattataataattattaatatat(ATA)7aaatatacccggtccccttaaggaggggaccgggtagtaatattaaaata(AAT)5taataaataag(AAT)6taaaattaataattataataattaata(AAT)5taaaataaatt(ATA)4attaaaataaataattattaaaataaatt(ATA)4attaaaataaataattaatagaatatatccccggggtcattgaccccggggattatttaatattatttaatattatttaatta(TAAT)3aataatatttaattaatatatttttaat(TAA)4tatttaattaagaataatatttaattaatattaattattaaatatattaatat(ATA)6 | c | 7374 | 7835 | 462 | Design Primer |
| 11 | NC_012620 | (ATA)4aatcat(AATA)3ataaataataattattaaaataaataaaattattatatattatatatattaaata(AAT)4 | c | 8139 | 8235 | 97 | Design Primer |
| 12 | NC_012620 | (ATA)5tattattactattaataaatgataatataattaaaaaattattatataaatttatatcattaaaatatt(ATA)4ttaatattattattagtaaacctctatttgaacatagtttaactaaagttaatattaaattttattattatattaatt(ATA)5aatataataattattatatagatattattaataaattatttaataatataaatacatttatat(ATA)7 | c | 8755 | 9027 | 273 | Design Primer |
| 13 | NC_012620 | (TA)7ccggtgtcaaagacaccggtatcttattattatataatattattatattataattattatattaataattatat(TAA)4ttaattataatttatataaattatatttttaataaataataatattcttatttaat(TA)6 | c | 9718 | 9885 | 168 | Design Primer |
| 14 | NC_012620 | (TAA)6ttaataataaattaaaatatattaatttattt(TAA)9tatttaatataattataataattataatatatattatttaattatattattta(AT)6 | c | 10680 | 10821 | 142 | Design Primer |
| 15 | NC_012620 | (ATA)4tataaatattataataattaatataataataattatattataaatataatatataaat(ATA)4 | c | 11273 | 11354 | 82 | Design Primer |
| 16 | NC_012620 | (AAT)7tgtaattgtaattaatataatattaataataatagtaattaatatata(AAT)4tattaatatattaataataatagtaattaatatattaatattatatggttttagtaatacccgccttacccctaagggtaaggcgggtatatt(AATA)6atttatttaataatatatattaat(TA)6atatattatatattatatatagttataattttatataaatatttatataaatatattaatatgtttatatatttatatattaataaaata(TATATT)3 | c | 11531 | 11872 | 342 | Design Primer |
| 17 | NC_012620 | (ATA)6attaattatatataatatat(ATAA)3ttatataattaattatacatcccgcgttacctaaagggtaacgcgggttattagtgttattattat(ATA)7aatatattaataataatattaattataataatt(TAA)4tcattatagtaataatattataataatattattaattaatagtaattatattataataatattaattataatt(ATA)4 | c | 12560 | 12826 | 267 | Design Primer |
| 18 | NC_012620 | (ATTATA)3atattaaataaatatatc(TA)6ttataattaatttatattaattaaatataaattataaatatagttaaatatatataaattataaatatagttaa(AT)7 | c | 13494 | 13629 | 136 | Design Primer |
| 19 | NC_012620 | (ATA)4ttaataatattataatatttattaagaataaattatatataatatatttaaatatattatt(TA)6cttaatatatgtaattatatttatattatattaatatttaattttaatataattataa(TTATAT)3taatattatattaatatttaatttttaatatccggcgaagcaatgcttcgccggatatacaaagaatagtatttataataatatc(TA)9 | c | 13933 | 14196 | 264 | Design Primer |
| 20 | NC_012620 | (TTATAT)3ttaataattataatatttatatttaataattaatataattatatttaataattaatataattatatt(TAA)8tatttaataatagggtataataaatactataaatatattaataatatt(TAA)4ttattctaataatttttatattaata(AT)6t(ATA)4atccttaatttttattttaataatatatttaataaccgccgaagttaacaatgttaacttcggcggtatta(AGT)5 | c | 14380 | 14685 | 306 | Design Primer |
| 21 | NC_012620 | (TAA)5tatttataatta(AAT)4atttaata(AAT)5atttataattaaataattataataataag(AAT)4tataatatat(ATA)6attattaaaataataattttaatattaataatatatttaataaccgccgaagttaacattgttaacttcggcggtatta(AGT)5attaattattagtcttaaatattactattaaaaatattaataatattaattattaattttaaatattactaataataatattaataatataataatatat(ATA)5 | c | 14985 | 15324 | 340 | Design Primer |
| 22 | NC_012620 | (AATA)3ccg(ATT)4aatttattaaaaat(TAA)6ttatatttaaatattaatatttaaatataataacttattaaagttatttaattattaaatattttatatt(TAA)5 | c | 15562 | 15705 | 144 | Design Primer |
| 23 | NC_012620 | (AAT)4attaatat(TAA)5tattaatat(TAA)6 | c | 17268 | 17329 | 62 | Design Primer |
| 24 | NC_012620 | (ATA)4aaatttatctaattaatatagctttaatatatagaaataaaatattatataattgattaattaataataatttattataaatat(ATA)5atttattaaataataattattaaataataatatataaatatatag(AT)7 | c | 18895 | 19064 | 170 | Design Primer |
| 25 | NC_012620 | (ATA)4ttctttttaaa(AT)6tatattaataatatttaatatatatttta(AT)6ccagttacaaaagaatcggatattaaataataattatatataataatatataattatattatatattttataatatattta(AT)6tgttatatataaatatatataattaataatatgtttaatataaatatatataattaataatatactct(C)15gggtcctttggacccgggggtttatttattaatataattatttattaatattattatttattaatataattatttataattatattaattataataatat(TTA)5 | c | 20398 | 20764 | 367 | Design Primer |
| 26 | NC_012620 | (AT)6aattaataatatattta(AT)7aattaataatatattaaatataaatatatataatttataattatactttttcccctacccgggtcctttggacccgggtagggatttattaattta(TAT)4ttataattattataattaattatataattaataattata(ATT)9aagtaattattattaacaatataattatattatattactattatttatattatatatacccgttgtctttgacaacgggtatataaca(ATTAT)3 | c | 21076 | 21395 | 320 | Design Primer |
| 27 | NC_012620 | (AT)7taaaatataattatttaattatttatataattaata(TAT)4 | c | 21765 | 21826 | 62 | Design Primer |
| 28 | NC_012620 | (ATT)11taataataatacagatagaagccaaagggtcaggcgctttctttgggtgaaagacctagttagttcgaatctagcctatctg(AT)9aattaa(AT)6 | c | 22202 | 22352 | 151 | Design Primer |
| 29 | NC_012620 | (AT)6tattatattaaatataaattatttattaaaataatttaataatatatttattatatatataatttagatattattaaaatatatattaattat(TA)7 | c | 22613 | 22731 | 119 | Design Primer |
| 30 | NC_012620 | (ATATA)3ttatattatatattatatattaatat(TAA)4 | c | 23230 | 23282 | 53 | Design Primer |
| 31 | NC_012620 | (AT)8aatataaata(AT)6 | c | 24620 | 24657 | 38 | Design Primer |
| 32 | NC_012620 | (TA)6ataattatattattatttaattttataa(TAT)4 | c | 25295 | 25346 | 52 | Design Primer |
| 33 | NC_012620 | (TATTAA)3taatatatttattataattattaatattatttatatta(ATATTT)3ataattatat(TTATAA)3 | c | 25661 | 25762 | 102 | Design Primer |
| 34 | NC_012620 | (ATA)4ttttattattt(TAA)7 | c | 25876 | 25919 | 44 | Design Primer |
| 35 | NC_012620 | (AAT)5taatataata(TAT)4 | c | 26321 | 26357 | 37 | Design Primer |
| 36 | NC_012620 | (TA)9tttatt(TA)8 | c | 26833 | 26872 | 40 | Design Primer |
| 37 | NC_012620 | (TTA)4tattattaat(ATA)4 | c | 27448 | 27481 | 34 | Design Primer |
| 38 | NC_012620 | (TAA)5t(TA)7ttaaattaataatttaatattattataatatataatatattataataattaattaaaaat(ATTA)3ttaataatttattattaataattaattatgaataataactaaagtatacccggtccctaaagggaccgggtattaaataatatattaataatattat(TAA)6tttaattatttataaataatatattattataataatatatttaatattaattattataaattataaatataata(AAT)4 | c | 28085 | 28387 | 303 | Design Primer |
| 39 | NC_012620 | (AAT)10ttaacaatatccggcgatccatggatcgccggatattaataataattattaa(AAT)4atttataattataataataattataatattaattattaaataataaatatat(ATATTA)3atataatttatatataatattaataataatattattaatatt(ATA)4ttaaataataaattaatagtatataatttatatattaatatatata(AT)6 | c | 28895 | 29170 | 276 | Design Primer |
| 40 | NC_012620 | (AAT)5tatattt(ATA)4 | c | 29478 | 29511 | 34 | Design Primer |
| 41 | NC_012620 | (TAT)4taatattatattaaatatc(TTA)4atataatattaaata(TAT)4taataattaatagttactttcattatttatagattgtatataaaataaatatatgataattattaaattatttttattaattataatattata(TAT)5agtatatattattatatattatatatatatt(TA)6aattatatacccggtgtcctaggacaccgggtatttgtattattaattatt(TA)9 | c | 30705 | 30994 | 290 | Design Primer |
| 42 | NC_012620 | (AATT)3gaattaataattatattaatattaataatactttaattat(TAA)4 | c | 31968 | 32031 | 64 | Design Primer |
| 43 | NC_012620 | (AT)7aaa(AT)7 | c | 33090 | 33120 | 31 | Design Primer |
| 44 | NC_012620 | (AT)6taatatattatat(ATA)4tataattatataaatattatagattatttattaggatcctcagagactacacgtaatgtaacc(AT)9 | c | 33382 | 33499 | 118 | Design Primer |
| 45 | NC_012620 | (ATA)5atttagtagaaacctcagagactatatggaaaatatta(AAT)5 | c | 34247 | 34314 | 68 | Design Primer |
| 46 | NC_012620 | (TTTA)3taaatatattaaatatatttataaatt(ATA)4 | c | 35656 | 35706 | 51 | Design Primer |
| 47 | NC_012620 | (TATTA)3aattaatataaaattaaacatttaatcctttat(TA)6ttataatatattatatataatataaataattatataattaaatattaaaatt(ATA)4attattaataataatt(ATA)4 | c | 36560 | 36711 | 152 | Design Primer |
| 48 | NC_012620 | (ATA)6ttt(ATA)6 | c | 37612 | 37650 | 39 | Design Primer |
| 49 | NC_012620 | (TAA)4ttataataattattaattataataataattaatatttat(ATATA)3 | c | 38042 | 38107 | 66 | Design Primer |
| 50 | NC_012620 | (ATA)4tatacccggcgaagcaatgcattgcattgcttcgccggataataaatataataaataattataa(AT)7aatatattaaaaataataaataattataa(AT)7 | c | 41045 | 41177 | 133 | Design Primer |
| 51 | NC_012620 | (TAA)5ttatattgataattataaaaatgatattaagaattatttaataata(ATT)5 | c | 41494 | 41569 | 76 | Design Primer |
| 52 | NC_012620 | (TATT)3taatataaagtatatattagtttaatataa(AT)6 | c | 42059 | 42112 | 54 | Design Primer |
| 53 | NC_012620 | (TAT)6ataataattaatataatagtattattatatattatatatattatatatattaa(AT)6 | c | 42309 | 42391 | 83 | Design Primer |
| 54 | NC_012620 | (TAT)4aattattatatataatatattaatttaatataaatttaaac(AT)7tatataatgtatacccggtgacaaggtcaccgggtataataaattgataattataatatttatatttattattattta(TAT)4 | c | 42888 | 43044 | 157 | Design Primer |
| 55 | NC_012620 | (TTAA)3atatattaaatatattaattaaatatattaattataattattataattattatgatta(TAT)5attaataataattaaaaaaagaa(TAT)4 | c | 43938 | 44057 | 120 | Design Primer |
| 56 | NC_012620 | (ATCATA)3atcattatt(ATAATC)3ataatgataatcattaccattac(CATAAT)3 | c | 44917 | 45002 | 86 | Design Primer |
| 57 | NC_012620 | (TATAA)3tttatactataatattatttattatataaataaattaataatatat(TTA)4attttataattaatattattattaataattttataatt(TTA)4 | c | 45610 | 45732 | 123 | Design Primer |
| 58 | NC_012620 | (TTA)4tattaatattaccacccggtccc(CCTT)3(AAGG)3 | c | 46296 | 46354 | 59 | Design Primer |
| 59 | NC_012620 | (ATT)4atattaaaatattaaaata(TAT)5aattatattaaaataataatttata(TAT)6 | c | 46782 | 46870 | 89 | Design Primer |
| 60 | NC_012620 | (ATA)4tttat(ATTATA)3atttaatataaatatt(ATA)5ttcttatatatttattaaatattaataataattttaataatatttataataccccttagcccaccccggtgccataagcaccgggtatattaataatta(AT)9aattaatataattatatttataattattaatattaatataatatataatataaataataatatatttataattaatataatc(TA)6 | c | 47861 | 48137 | 277 | Design Primer |
| 61 | NC_012620 | (TAA)4actattataattataaatattaattatataatattaattatta(AT)6acatatatatataattatatataaattatataatatttactattatatattatacatatata(AT)6 | c | 48912 | 49052 | 141 | Design Primer |
| 62 | NC_012620 | (TAATAT)5taattataattacaattataattaatattattaattataataatactataaatataatt(ATA)5acattttaatatttataatattataactgtttttatagttaatacccggtgcctttggcaccgggtattaatataatatt(ATATA)3ttatacattaatataacataa(ATAAT)3ttaatatatattaatataacataa(ATAAT)5attataatata(ATAAT)3 | c | 49319 | 49628 | 310 | Design Primer |
| 63 | NC_012620 | (ATT)5atatatattatataatatata(AT)6 | c | 49828 | 49875 | 48 | Design Primer |
| 64 | NC_012620 | (TA)7aatata(AT)7taaataa(AT)8aattataatttaatatta(AT)6 | c | 50031 | 50117 | 87 | Design Primer |
| 65 | NC_012620 | (ATA)4t(TAA)5tat(TAA)9 | c | 50230 | 50287 | 58 | Design Primer |