Compound Compound Repeats of Paracoccidioides brasiliensis mitochondrion
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S.No. | Genome ID | SSR | SSR Type | Start | End | Tract Length | Primer Design |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | NC_007935 | (AT)9agatatatctctgtatcttttatttttgataattatttttataaataatatt(TA)6attttttattaaaaatatagtaagagttaaatatctagtaaatatatagatcgatctaaagatctctaataatacaatat(TAA)5gaataataaggagaataattcttaaaaaaaagaataaagaattaaaataataagaataggg(GGA)5gggggaggg(GGA)5 | c | 410 | 686 | 277 | Design Primer |
2 | NC_007935 | (T)10attctttgtacttatcctttaatttatattaaat(TC)6 | c | 947 | 1002 | 56 | Design Primer |
3 | NC_007935 | (ATT)5ataataagaagaagaataataagaagaataataataagaatgagaataaataattacttgtttataaaaaagtaagctattattaatttaaatta(TGAT)4 | c | 1466 | 1591 | 126 | Design Primer |
4 | NC_007935 | (TATC)5(TA)8 | c | 2433 | 2468 | 36 | Design Primer |
5 | NC_007935 | (ATA)4ctaaa(TAT)5tcttctaattattctcattataatcctaagtttattaattcaattcaatttaattcaattcaattt(AATTC)9cctactaacaagtatagtatactatactaaataattattatgtattaaatctttaaatatttagctctttagtactatatttctttatatttatataaag(TTA)8ttcttcttagaagaataattcttcttattaataatataaaaatatattaat(TA)10 | c | 3409 | 3746 | 338 | Design Primer |
6 | NC_007935 | (ATA)4attttattataaacaataatattaaaaagaaaagtgttatttatattataataatattatatttatatataa(AT)9taaaaaatagagtctaaccttaatctttaacaaattatttccattattatctaaatattattatcataattaatattgcatattat(ATA)4 | c | 4453 | 4652 | 200 | Design Primer |
7 | NC_007935 | (TTAT)4ttaattttataaatctagacatcaatcgatc(TA)10 | c | 6307 | 6373 | 67 | Design Primer |
8 | NC_007935 | (AT)11aaatatattattat(AATA)8 | c | 8163 | 8230 | 68 | Design Primer |
9 | NC_007935 | (ATA)5tttttaagaagagaaagtttattcttcaaagttctaagtatctaggttattattaatattattattcttattata(ATT)4 | c | 9422 | 9523 | 102 | Design Primer |
10 | NC_007935 | (AT)6ttatt(TA)9 | c | 12391 | 12425 | 35 | Design Primer |
11 | NC_007935 | (TTCC)3ctttccttccctccccctttcctttcctccccttccttcccttccctccccct(TTCC)3 | c | 13800 | 13876 | 77 | Design Primer |
12 | NC_007935 | (TATTAG)4tattgttataattattatttttattcttcttattatttttattttaataaaattatttt(TTA)4ttc(TTA)6ttcttcttcttattattcttattataaataag(ATT)4 | c | 15801 | 15960 | 160 | Design Primer |
13 | NC_007935 | (TTA)4ttcttataaatattatttcttattaatattacttttaatagtcttaagttataatataattataattttaatttaatagtatctactactatattcttta(AT)9 | c | 17099 | 17228 | 130 | Design Primer |
14 | NC_007935 | (CCT)5ccccttcctcctccttctttccct(TCC)7(CCT)5ccccctccc(CCT)5ccccttcccc(CCT)5 | c | 17562 | 17685 | 124 | Design Primer |
15 | NC_007935 | (TCC)7ct(CTC)7cccttccc(CCT)5 | c | 20843 | 20909 | 67 | Design Primer |
16 | NC_007935 | (TTAC)3ttat(TTAC)3 | c | 21374 | 21401 | 28 | Design Primer |
17 | NC_007935 | (TCCT)3tct(TTCC)4c(TCCT)4tct(TTCC)6ttct(TTCC)5c(TCCT)5tct(TTCC)4ttcttcacctattagtttatatttatttactttcctcctttcttattattagtattattactttatttagtttagtctttatatttattaatataatatc(TTA)10tatagtactttaccttttatttttatttaatagaggtgaaaaatctctttataaatctaaatctttagagtattgtattatttattgtttatttat(ATAGA)3 | c | 22285 | 22664 | 380 | Design Primer |
18 | NC_007935 | (CTC)4cccttcctt(CTC)4cttctccc(CCT)8ccc(CCT)7cccccctccc(CCT)5 | c | 23787 | 23900 | 114 | Design Primer |
19 | NC_007935 | (AT)6(TTAT)3atc(TTTA)4tatctatatcgatcgatctatcgatcta(TATT)4ag(AT)8cta(TATATT)5ttgaaggaaaatccttaacttattagataaatttatataatatattttttattcttt(TTC)4(TTA)4 | c | 24071 | 24289 | 219 | Design Primer |
20 | NC_007935 | (GAA)6gcaatatataaaatataatttatttatattgaaattattgtatagaataaaaggaagaggataagttaaaaagctgctattatttcta(AT)8 | c | 26000 | 26121 | 122 | Design Primer |
21 | NC_007935 | (AATT)4tattcatttttgtattttgaaataaaattcaagaaa(AT)9 | c | 27126 | 27195 | 70 | Design Primer |
22 | NC_007935 | (ATAAA)3tatataaa(TAT)5tttta(T)12cagatattaatctttaagattatatcttatatatttatatatgagttatt(ATATTA)3(T)11 | c | 27943 | 28076 | 134 | Design Primer |
23 | NC_007935 | (TTAT)3taattaataagaagtattagtttaattttag(ATTA)7 | c | 30668 | 30738 | 71 | Design Primer |
24 | NC_007935 | (ATT)4aatt(TTA)4atattata(ATT)6 | c | 31474 | 31527 | 54 | Design Primer |
25 | NC_007935 | (ATAA)3aaatataataattattattctta(TTC)4 | c | 32623 | 32669 | 47 | Design Primer |
26 | NC_007935 | (TATAT)3tataatatttttat(A)11 | c | 37772 | 37811 | 40 | Design Primer |
27 | NC_007935 | (TA)9tttatctttttagattctagattaatatttatagatttatatc(TA)6tttaaatatagatatatatagatt(TA)6 | c | 39394 | 39502 | 109 | Design Primer |
28 | NC_007935 | (TAA)6ttgtattaataataagaataacttattaatttatgtttaaataaacagtaga(ATTT)3cttataaaacatcctttattcaattcttaaggtattaaagttattcaattcttaaggtattaaagaattatat(ATAA)3 | c | 43469 | 43635 | 167 | Design Primer |
29 | NC_007935 | (AAT)10aagaag(AAT)5 | c | 44107 | 44157 | 51 | Design Primer |
30 | NC_007935 | (AAAT)6aagagaagagaaattaattctctaatt(TTTA)3 | c | 44845 | 44907 | 63 | Design Primer |
31 | NC_007935 | (AATT)4tattaattaatatgtttaaagatatggtcctaatattatttatatttattaaaaa(AAAT)4aatattgcatccagaagtcaaagtaaaatatataggcttcttaacattgctatatgctggaatcactttgataattagtcttaattacaacattata(AAT)4aag(AAT)5 | c | 48062 | 48275 | 214 | Design Primer |
32 | NC_007935 | (ATA)7ag(AAT)5 | c | 51190 | 51227 | 38 | Design Primer |
33 | NC_007935 | (T)14atttattcc(TTAT)3 | c | 52233 | 52267 | 35 | Design Primer |
34 | NC_007935 | (ATA)10aatataataatattaatttattaataaagtttttagtcaaaaaaagataa(AAT)4 | c | 52992 | 53083 | 92 | Design Primer |
35 | NC_007935 | (TACT)13tcttattattcttacttatttatattctataaataaattatatttaaccccctatataaattataaactaatttattctta(AATT)5gtttatttc(TTTA)3(ATTA)3 | c | 54273 | 54458 | 186 | Design Primer |
36 | NC_007935 | (TTAT)7agtaataaggagaaatctcttagaatataaagaagattattaag(AAT)4 | c | 54748 | 54831 | 84 | Design Primer |
37 | NC_007935 | (ATTT)3taatccttaattatctcattaccttttcattttgagata(TAAT)5tttttaataaattattattaatatagatttaagtaaataagaagtaagtttaaatttaa(T)11 | c | 56073 | 56213 | 141 | Design Primer |
38 | NC_007935 | (AAT)6aagaagaaaaataataaaaagaattctaataattataataag(AAT)6(ATAA)4 | c | 56741 | 56834 | 94 | Design Primer |
39 | NC_007935 | (TA)6tctatttatttatataaattatattatatataataagt(TA)9 | c | 57196 | 57263 | 68 | Design Primer |
40 | NC_007935 | (AAT)5tattatattcttctttttaaataattaatttatatcttttaataataaagactaatatctacaaatataaac(TA)14ttaactatttttataagatagagagattgatctatcaatggatcgatctaaatatattaaatataatgatt(ATAA)3ttaataagaagatgtaattctctttttaagactttaatattataatacttatt(ATA)6ctaataataatattaattgtattaagttaataagatgcttaaagtaataatatatagatctagatatagatag(AT)7aagcttctatttataataagagagat(ATATA)3atagagggaggataataatttaatctagtc(TTAA)3aaataaggataattagattattaattaatttaatagtaatataattatattagatatatagataattatctatt(TTTA)3ataagagagatttagatataaatataataataaagagtataaataagtaatataaggtaagagattaa(ATAG)7attctaaataatttcattaaagggataacagagctataattggggaaagg(AGGATT)5aatag(TAAGAT)3 | c | 57626 | 58349 | 724 | Design Primer |
41 | NC_007935 | (TAA)4ttattattatatattaattattatatatagaatatatttctatatatt(TA)12 | c | 60305 | 60388 | 84 | Design Primer |
42 | NC_007935 | (TAATA)4tt(ATAGA)3taactaaaaagattaaaggttatattataaatatattttagttatt(ATA)6t(TAA)7gaagaatatataagaagtataataagtaattaagtaatagatagttaagtagatagtgtattactagtaa(TAG)6 | c | 60544 | 60754 | 211 | Design Primer |
43 | NC_007935 | (TA)6ttat(ATATA)3 | c | 61874 | 61904 | 31 | Design Primer |
44 | NC_007935 | (ATA)9attattatataataagtatatatactatttaagataaattaatg(AAT)9 | c | 62506 | 62603 | 98 | Design Primer |
45 | NC_007935 | (TTAAA)3tttatattatattctacttagctt(A)10gaatatagatattaatattat(TAA)13 | c | 63716 | 63824 | 109 | Design Primer |
46 | NC_007935 | (ATATA)3tataaatacatatatataaagtatattaataggtatataatatataaata(G)11 | c | 63936 | 64011 | 76 | Design Primer |
47 | NC_007935 | (TATT)3tatatatataaatataa(AT)10 | c | 64917 | 64965 | 49 | Design Primer |
48 | NC_007935 | (AT)6tatagttattatatttataattttatttagaaatttagatatagttttatataaatatagatctatagaatctaatctattatattgaatatatataa(AT)8ta(AT)6tgttatataatttata(ATAAT)3atattattataagaataataatattaataagaagaataataataagaataagatttcattt(TAA)5 | c | 65371 | 65617 | 247 | Design Primer |
49 | NC_007935 | (TTA)4agaataataatt(ATA)5tttattagtaatattaatcaatt(AATC)4 | c | 66195 | 66272 | 78 | Design Primer |
50 | NC_007935 | (AATAG)4aatataagagaatag(AATAT)3attatatttctg(AT)8a(AT)9 | c | 66603 | 66699 | 97 | Design Primer |
51 | NC_007935 | (ATA)7tactcctcctatttaaattctaatcagaagacttatatttaatctgatta(AT)8ttaatatatttattcatatagctctttat(TAA)4gaataatatttatttttattcaatataatcataatactcatactaataaaataataatacttttaattatat(TAA)4tattaataag(AAGAAT)3 | c | 67881 | 68120 | 240 | Design Primer |
52 | NC_007935 | (TAT)5taatatgaagaataagattatattttaagtaattttaatt(TA)9tctatatttattatataggtataatttatagttaacataatagagaagttatataggattataataaatatttatcttttatagggtatg(TA)10 | c | 69057 | 69239 | 183 | Design Primer |
53 | NC_007935 | (AT)8ttattgaataaaaaggagataaataatctaaagatagtataaataaattatttatctttatatttctaagggagaatatatata(AT)6ttttataaaaaatataata(TAT)4 | c | 69517 | 69659 | 143 | Design Primer |
54 | NC_007935 | (TAT)5taatattctttttataaattaatttatctaat(TATC)4tatataa(CTAT)3 | c | 69827 | 69908 | 82 | Design Primer |
55 | NC_007935 | (TA)12tgtatatatctctatatctatg(TGTATA)3tagataaatatatttatagctatatatttatataaataataag(AAT)4 | c | 70347 | 70465 | 119 | Design Primer |
56 | NC_007935 | (G)15tttattaagtatacaatataaataaagtataaaaaattaaaaaattaaaa(AATT)3aatactaaggatta(AAAT)3 | c | 70633 | 70735 | 103 | Design Primer |
57 | NC_007935 | (TATTC)3tattttattatat(TA)9tgtagag(AT)7 | c | 71207 | 71273 | 67 | Design Primer |