Compound Compound Repeats of Saccharomyces cerevisiae S288c mitochondrion
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S.No. | Genome ID | SSR | SSR Type | Start | End | Tract Length | Primer Design |
---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | NC_001224 | (TA)8(ATTA)6 | c | 238 | 277 | 40 | Design Primer |
2 | NC_001224 | (TATAT)3attatat(TA)10 | c | 1141 | 1182 | 42 | Design Primer |
3 | NC_001224 | (ATATAA)3gatattcacatttat(ATATA)4 | c | 2403 | 2455 | 53 | Design Primer |
4 | NC_001224 | (ATATA)4atattattcatactttttat(TAATA)4ttattaatactttctcctttcggggttccggctcccgtggccgggccccggaactattaatataaagaaaagagtttcaa(TTAT)5 | c | 2679 | 2838 | 160 | Design Primer |
5 | NC_001224 | (TTAT)6ttaaaaatattataatcatatatttaatattatttaatatattttatatattatatcttttattgatt(TA)6gatttaataa(AT)11aaatattcattatatat(TTA)6 | c | 3227 | 3397 | 171 | Design Primer |
6 | NC_001224 | (AT)7tatatatac(T)10ataatatatctatatatataaataaa(TATAT)3 | c | 3894 | 3967 | 74 | Design Primer |
7 | NC_001224 | (ATA)4tatattatcaaataattattatttcttttttttct(TTAA)5tattttataaaaatatatttctccttacggggttccggctcccgtagccggggcccgaaactaaataaaatatattattaataatattatataat(ATA)4 | c | 4450 | 4623 | 174 | Design Primer |
8 | NC_001224 | (AAT)4ttactaatggcaagttatagtcttaaaggtttttattttttttattaaattaataaaataataataccatttatatattccat(TA)6tttaataaaaataataatatcatttatatattttattatatattatatatattttatataa(AAT)4aaatttatatttttatatattattatta(AAT)4 | c | 4924 | 5143 | 220 | Design Primer |
9 | NC_001224 | (TTAT)3aaaattctattt(TTA)4 | c | 5877 | 5912 | 36 | Design Primer |
10 | NC_001224 | (ATAA)3taaatatttataataaaataatatacatcttctttaaataaaaaaaggggacattataaatagtatataaatatattatatctttt(TTA)5ata(AAT)5ttatatatttataatatatttaatagttccggggcccggccacgggagccggaaccccgaaaggagaatgtattataattattacatata(ATT)4cacttcttattaaaaataatactctatataatttatataatttatttta(AT)6ttat(ATATA)3ta(TATT)3ataatcatttttttttaacttaaaataaaacttattataatttatataatttataatttttatataaaaataattatataatt(TTTA)3t(ATA)4ttatttgttatatattatatattatatatat(AATA)4ata(AAT)4aaggatatagtttaatggtaaaacagttgatttcaaatcaatcattaggagttcgaatctctttatccttg(ATA)4aaaatatgtatttatttaattattttaatatttctcctttcggggttccggctcccgtggccgggccccggaactat(TAATA)4taaatattcatttatcttttttttaatattc(TTAA)5 | c | 8877 | 9604 | 728 | Design Primer |
11 | NC_001224 | (TAAAT)3taattatattgaatatataa(AT)7aaatatataaaaaattatataaattattttaagtaaaaataatattaataaaaattatac(AAT)4 | c | 9780 | 9900 | 121 | Design Primer |
12 | NC_001224 | (AT)8tatatataaaatataaatatataaataatataaaaattaataaaataaataaaataaattagtccgatcgaatcccctattt(AATTA)4agaaagagataaatttatataaaatattatttataattaattataattaaat(TATAA)4ataataatat(AATAAA)3ataatattagattatattatataatttatataattttt(TAA)5ataagtttatttataat(TATAAA)4taaagaaggtattatattttataaaat(ATA)4 | c | 10005 | 10355 | 351 | Design Primer |
13 | NC_001224 | (TAAA)3tattatctatttaaaaata(AATAT)4 | c | 10461 | 10511 | 51 | Design Primer |
14 | NC_001224 | (AT)6ttattttaataa(TAT)6taaaattattatttttataa(AT)12tatttttattcttatataaattatataaaaaaaatatatataatata(TAAT)3 | c | 11185 | 11329 | 145 | Design Primer |
15 | NC_001224 | (AAAT)5aattaatatttttatattataacttattttt(ATA)4agtattttattttttattatattattatttatataattatatatatattaatttcaat(TTAA)4ttggtatttggcatataatatcaattaattgtaattcttataag(AATT)3aatatgctttttatataatttatacttttatatttctccttccggggttccggctcccgtggccgggccccggaac(TAT)4t(TTTA)3ttattaaaatataataataaatagtccggcccgccccgcggggcggacgccggaggagaattatatttttatataataatttatatttc(TA)9 | c | 12041 | 12441 | 401 | Design Primer |
16 | NC_001224 | (AT)10taattatataaaatataatactctatattaaatattatttttatcaatatttatttatatat(ATA)6 | c | 12872 | 12971 | 100 | Design Primer |
17 | NC_001224 | (ATATA)4aaaa(AT)7 | c | 13141 | 13178 | 38 | Design Primer |
18 | NC_001224 | (ATA)4ttattaatattttatataaataatattaataatatagattatgaaagagagtattaatatcattaa(AT)6gttatataatttaaatgatttta(AT)8 | c | 13364 | 13492 | 129 | Design Primer |
19 | NC_001224 | (TTAAA)4tttaattaa(T)11aatgaat(ATA)5 | c | 13723 | 13784 | 62 | Design Primer |
20 | NC_001224 | (AAAT)3tatttaataaagatatagtccaaat(TA)6(AT)7 | c | 21926 | 21988 | 63 | Design Primer |
21 | NC_001224 | (ATAAAA)4agttgatcagaaattatcaaaaaata(AAT)4ataataaaaacatattta(AAT)4 | c | 22266 | 22357 | 92 | Design Primer |
22 | NC_001224 | (TA)8ttaataataaaaaa(AT)8agctaacggggaaactcttataattattatttatataataaataagacaatcccgtgataacttta(AT)6 | c | 23895 | 24018 | 124 | Design Primer |
23 | NC_001224 | (ATT)4aataataaaa(AAT)4accaatatatatattatttaat(TTA)4 | c | 25765 | 25832 | 68 | Design Primer |
24 | NC_001224 | (TAT)4taataat(A)11 | c | 26039 | 26068 | 30 | Design Primer |
25 | NC_001224 | (TA)9aaata(AT)6aattaatataaataatatttataataattttttaataatatatataatttaatatattaatgaatattatataattattaaatatattataa(TAT)4 | c | 26879 | 27017 | 139 | Design Primer |
26 | NC_001224 | (TTAT)3attaat(TA)6ttatttttata(AT)6 | c | 27536 | 27588 | 53 | Design Primer |
27 | NC_001224 | (TAT)4atataaatattaataatatttatacttatt(TAA)4aataaaaaataattataatttaatatatttaatatatttccttacggactatatatt(TA)6ttaaatac(AATTT)3 | c | 27844 | 27989 | 146 | Design Primer |
28 | NC_001224 | (TA)6attcat(TA)9 | c | 28216 | 28251 | 36 | Design Primer |
29 | NC_001224 | (TATT)3aa(TAT)4 | c | 29378 | 29403 | 26 | Design Primer |
30 | NC_001224 | (TTA)5cttctatggaaactttatattttagatattt(TTA)5 | c | 30085 | 30145 | 61 | Design Primer |
31 | NC_001224 | (AT)6aaatataataaattattatatataaatatatataatttttataataaatattataatattat(ATAA)3ttataatatataataaatat(ATA)4 | c | 30328 | 30445 | 118 | Design Primer |
32 | NC_001224 | (ATA)5tatataaaatagaaataataattaaatatatatataaataattatttatataatatattata(AAT)5 | c | 30652 | 30743 | 92 | Design Primer |
33 | NC_001224 | (AT)6ttatatttattttattaatatatataatatatttatgtatattaaaaagatatatttaaatattttta(T)10 | c | 32099 | 32188 | 90 | Design Primer |
34 | NC_001224 | (AT)6aaataataatttatataatatatt(ATAA)3 | c | 32518 | 32565 | 48 | Design Primer |
35 | NC_001224 | (TAA)4tatataaaatatataaataatatattatat(ATAAA)4taatatattaaaaatattgaaagtattttaataaataataaatttaaaattcatatttataat(AATA)6agtaaatatttagattctcattaatattaatatttatatttctttttttttataataataaaaatatcatatata(AATAT)4 | c | 32688 | 32931 | 244 | Design Primer |
36 | NC_001224 | (TATTT)5ttataaagaaaaatagtaataatattatcttctcctcctttcggggttccggttcccgtgccgggccccggaactattaatt(ATATA)6 | c | 33390 | 33526 | 137 | Design Primer |
37 | NC_001224 | (AT)10aa(AT)6aatttataatttatatgattaatatattatatatataaaaaatatattaaatttactttttatagaaaggagtgaggga(C)10 | c | 33667 | 33789 | 123 | Design Primer |
38 | NC_001224 | (ATATAA)5atacaaatataaatatataaatatataaatataatataaatacaaatataat(ATATAA)3 | c | 34056 | 34155 | 100 | Design Primer |
39 | NC_001224 | (AAT)5tataatttataataacaattataataat(TTAA)11taataaatataaatataaaaagaatataatttataataaataaatt(TA)9ttaaataaaatatttacttcattaatataaaatataaatatatttaattaataag(TA)6 | c | 34604 | 34821 | 218 | Design Primer |
40 | NC_001224 | (TTTTA)12tttaatttaattttaattaggttaataaatagtaataataaact(TAA)6ttttatttttataatttat(TAA)5t(TA)7 | c | 35187 | 35357 | 171 | Design Primer |
41 | NC_001224 | (ATA)6attgttattaattaattctataattattatatatttaa(T)11 | c | 35697 | 35763 | 67 | Design Primer |
42 | NC_001224 | (TTAT)11tattaaataaatatttttaa(ATATT)3 | c | 36043 | 36121 | 79 | Design Primer |
43 | NC_001224 | (TAT)4aacacaaggtttaataatc(TA)6 | c | 38771 | 38813 | 43 | Design Primer |
44 | NC_001224 | (ATT)4aaaa(AAT)4 | c | 39090 | 39117 | 28 | Design Primer |
45 | NC_001224 | (TAT)4taataatat(AATAAA)3attat(TAA)4tactttaataatattcttaaaaataatatatctctaatttataaaaatta(AAT)4(A)10tattataaaatataaattaattaataatgaaaataatatacttattaaattaatataaataaatgaataatataatataactatattgaattata(ATCT)3 | c | 43683 | 43917 | 235 | Design Primer |
46 | NC_001224 | (TAAT)3attataataattattcttaggaagga(TATT)3ttaattatgaattcctgacatagagacaattaattagaacttc(TTA)4 | c | 44648 | 44752 | 105 | Design Primer |
47 | NC_001224 | (AT)6aaatatatatattcttaataaatattatat(ATA)4 | c | 45324 | 45377 | 54 | Design Primer |
48 | NC_001224 | (TA)6ttattaatataatgaacatctattaaataaaataattgtaaatctcaagtaa(ATT)4 | c | 46156 | 46231 | 76 | Design Primer |
49 | NC_001224 | (TA)8tgaattaatatttaataataaataataatataattaataa(TAT)5 | c | 46363 | 46433 | 71 | Design Primer |
50 | NC_001224 | (TA)8aataataataaatatatatataatataaaaataagaatagattaaatattt(AATA)3 | c | 46642 | 46720 | 79 | Design Primer |
51 | NC_001224 | (ATAA)3aaaataatgaaattaataaa(AAAAT)4ctcatttgattaaattaataacattcttataattatataattattataaaatatataaatatt(ATA)5tatataaattataataaaa(AAT)4atataatataccttttttttaatatattaatat(ATAA)4tggataatatataattactttttttatattat(TAA)4 | c | 46969 | 47222 | 254 | Design Primer |
52 | NC_001224 | (AT)6aatatatttatagttccggggcccggccacgggagccggaaccccgaaaggagtttatttaatatttatatttatatta(ATATTT)3 | c | 48079 | 48187 | 109 | Design Primer |
53 | NC_001224 | (TAT)4aaagaatataatgttattaataactgcaaaaaatatctaatatattattatttataataataaataatattataataaggatgcatat(TA)8tttctattt(ATATTA)3atatgtatatataatagataaaaagtaaaaataaaaaataatgaaattaaaattattaaatataattttatcaataataaataaact(TAA)5 | c | 48718 | 48962 | 245 | Design Primer |
54 | NC_001224 | (TAA)4atataataatataattaatttatta(AAT)5at(TAA)5tt(ATA)6 | c | 49701 | 49789 | 89 | Design Primer |
55 | NC_001224 | (AAAT)4a(AT)8aaatatataaaataatatttactttt(TA)6attatatataaataa(AATAT)3catataattatataaaaataaaattataatttatttatattaaaaat(ATTA)3 | c | 50176 | 50335 | 160 | Design Primer |
56 | NC_001224 | (TATAAC)4tataattataattataactataactataaatattcattt(TAA)7tattaatataaatagtcgaagaata(TATT)3 | c | 51099 | 51219 | 121 | Design Primer |
57 | NC_001224 | (TAA)4tttactcgaggttcatacctatt(TTAATA)3 | c | 51354 | 51406 | 53 | Design Primer |
58 | NC_001224 | (TAATT)3acataataaat(TTA)4taatta(TTAT)5 | c | 51666 | 51729 | 64 | Design Primer |
59 | NC_001224 | (AAAT)3aataaagtttataaatcatatattataattatttattatttttatattatattaataaaa(TAT)4aaaaaaaaatagaaattttataatatttttatatattttta(ATT)4aatatttattaaaggaaatataaaaaccgaaggaat(ATTATA)3 | c | 52512 | 52702 | 191 | Design Primer |
60 | NC_001224 | (AT)6aattatataataattattatatataaa(AT)7aatatatatttataa(AAT)4 | c | 54883 | 54962 | 80 | Design Primer |
61 | NC_001224 | (ATTT)3ttattaattacttcttcgaggtatt(AGTATC)4gtaaaaaacgggtgactaaa(AT)7aaaattataaataaaaatattataataattt(TAAA)3tatcaata(TAT)4 | c | 55239 | 55396 | 158 | Design Primer |
62 | NC_001224 | (AATTA)4aattgg(ATTAA)3 | c | 56098 | 56138 | 41 | Design Primer |
63 | NC_001224 | (TAT)4aattataaaattat(AATA)3aaatttctttaataattattaattaatattattaatttatttacaaatattttattaatttttatttttattaaatataaatatataa(AT)6 | c | 56305 | 56442 | 138 | Design Primer |
64 | NC_001224 | (TAT)4aattattaattaatgaatactcttctcttttggggttcggtccaccctcccgtatacttacgggaggggggtccctcactccttttgagactttaattt(TATAAA)3tataataagatgttaactctttt(ATAA)3taaatataattctatttttaataataatatataatatttttataataaaatatataaataataatatt(TA)8cttttttttatataagaataatatatatagttcacattggaggcgagtaaaaggagataaga(AATAT)3aataataaaaatataatg(AAT)4 | c | 57228 | 57582 | 355 | Design Primer |
65 | NC_001224 | (ATA)4tatatattataatattttatatatatattta(TTATAT)3aaaaaagtgatattg(ATTA)3atttataattaataattattaatatagtccggcccgcccccgcggggcggaccccgaaggagtccggccgaaggagtt(TATTA)3aataagatttataatataattaatatatattttaataaatataaaag(ATTAT)3aaaaagtatattttatatttatattttat(TTA)5 | c | 57710 | 57996 | 287 | Design Primer |
66 | NC_001224 | (TATAT)3taatgatgtaccttttgtataatgggtcagcaagtaattaatattagtaaaacaataagttataaataaatagaata(AT)6 | c | 58446 | 58549 | 104 | Design Primer |
67 | NC_001224 | (ATT)6(AAT)4 | c | 60114 | 60143 | 30 | Design Primer |
68 | NC_001224 | (ATA)4(ATT)4 | c | 62341 | 62364 | 24 | Design Primer |
69 | NC_001224 | (C)10ataagtatg(ATTATA)3atataagggaggggtccctcactccttatggggtcccggttggaccgagactcctcccttgcgggattggttcacaccttt(ATAA)3taaataataaataaaggtgttcactaataa(AT)12 | c | 62487 | 62670 | 184 | Design Primer |
70 | NC_001224 | (TTATA)4tttaataaatattacctttttttattattatttttatatattatataatattattaatttttattataatattatttacttttttattgga(TTAT)6(TAAT)3taaatatttattaattaatatatatattaaatattaatatttcattaaaaaaaagagatatatgaataatatattatg(TTATA)3 | c | 62922 | 63161 | 240 | Design Primer |
71 | NC_001224 | (TAAGTA)11tagtatac(G)10tccctcactccttcgttaatttatatatattattaataattatttaattttta(TTAT)3atataaaaatattctaaaattattaatatttataatagaataaatattataaagtataattataaataattaattattta(AAT)4 | c | 63583 | 63823 | 241 | Design Primer |
72 | NC_001224 | (AT)6tat(ATA)7 | c | 64126 | 64161 | 36 | Design Primer |
73 | NC_001224 | (AT)6ttataataattatataataaaggtgaatatatttcaatggtagaaaatacgcttgtggtgcgttaaatctgagttcgattctcagtattcaccctata(AAT)5atattttattattcttaaattttttattctttatattatatatataatattaatattattactttttaataacaaaatattataattaattg(AT)6 | c | 64563 | 64791 | 229 | Design Primer |
74 | NC_001224 | (ATTA)4atttatatatataaaatattttaattaatttttatataa(AT)10 | c | 66918 | 66992 | 75 | Design Primer |
75 | NC_001224 | (TA)6tttccctttctaaa(AAT)4tatat(ATA)4taat(TA)7tt(ATA)9(AAT)4 | c | 67139 | 67252 | 114 | Design Primer |
76 | NC_001224 | (TTATA)4atatta(TAT)4ataaaaat(ATA)5 | c | 67599 | 67659 | 61 | Design Primer |
77 | NC_001224 | (AATA)3taattcttataaatatattataacaaaatatattatattttaattaaatacaatattataa(AT)8aaatatttatat(A)10taaaaatattttaataattattcttt(ATAA)3 | c | 67775 | 67923 | 149 | Design Primer |
78 | NC_001224 | (ATA)4taaataa(AT)6tattaatatattaaattttataataataattataataatagtagtaggtataaattttaataaagagttttattccaatggag(TAA)7 | c | 68181 | 68315 | 135 | Design Primer |
79 | NC_001224 | (ATATT)3atataatattatatattaataaatattattaatta(ATTT)4 | c | 69355 | 69420 | 66 | Design Primer |
80 | NC_001224 | (TA)11aatattaaataaatattatattaataaataatataaattatctaatcgaaggagatatt(TATAA)3 | c | 69953 | 70048 | 96 | Design Primer |
81 | NC_001224 | (ATA)6aatataaatataat(TA)10 | c | 70276 | 70327 | 52 | Design Primer |
82 | NC_001224 | (TA)6gatataaatcttaaatagagtaaatatattataataattatataa(AT)6tatattaagataata(AT)7 | c | 70716 | 70813 | 98 | Design Primer |
83 | NC_001224 | (TATT)4ctccttccggaactaataaaatatataaaataagggtt(TTTA)3 | c | 71336 | 71401 | 66 | Design Primer |
84 | NC_001224 | (TA)8atttttataaaatgataaattttatattataaatattattaaaatatttttataaatatttaaattatttataaaaaggtatataataataattatta(ATATT)3atatatttatttatattatatataataatatatttatatatatattaattaataaattaaataagtatctatatt(TTATA)3(TTATT)3 | c | 71764 | 71997 | 234 | Design Primer |
85 | NC_001224 | (TATAT)3aatattatatatatattaattactaagaataaatttataattagataatattta(TATT)4taattaacaaatatattaatattt(TTAA)3taatacctt(TA)11 | c | 72209 | 72360 | 152 | Design Primer |
86 | NC_001224 | (TTA)4aatagatgttcattaaataattataaatataatttatcttttaa(AT)6aatataatatttaaatatatatt(ATAA)5 | c | 72832 | 72942 | 111 | Design Primer |
87 | NC_001224 | (ATAA)4atataaataattcttcttctttaaaatt(AAATA)3 | c | 73052 | 73110 | 59 | Design Primer |
88 | NC_001224 | (T)13aataaaatatatatttatatgattaataatattatatatattatttataaaaataatatataattttaattatttttaataaaaaaaggtggggttg(ATAAT)3 | c | 73519 | 73643 | 125 | Design Primer |
89 | NC_001224 | (TAAT)3tcttcatggctatagccataacttttaataatattcttttattctttattat(TA)7 | c | 76104 | 76181 | 78 | Design Primer |
90 | NC_001224 | (AT)7ttattatat(ATATAA)4taattaataatattaaagttttatatatattaatatattataaaaggtt(TA)7ataagataagtaata(AATT)3aataatataaaaatatatattatatattatgttttatt(TA)8ttatgtattattatataa(AT)7 | c | 77171 | 77393 | 223 | Design Primer |
91 | NC_001224 | (AAT)4atattaattaataattaatttataataaatatattataataatta(AT)7aatatatttaatacaaagaaaatatatattatatctc(TTAT)4taatattttaataaatataatattataaaaaaaagtttatatatttagttccggggcccggccacgggagccggaaccccggtaggag(AAATAT)4aatataagtttggtattcatttaattatattatttaattaaaaatattctaaataagaataaatatcaataaaggagttataa(AT)7 | c | 77502 | 77834 | 333 | Design Primer |
92 | NC_001224 | (TATT)3aaat(A)10taaataatattaattaatataagattcttttttaattataat(AATA)3aaaagaagatattatcaatgatttatattaataataaatataaataataaaaaatat(ATATA)3ataaatatatttcctttaatattaataaat(TAA)9 | c | 78644 | 78852 | 209 | Design Primer |
93 | NC_001224 | (A)11tataatat(TAATA)4atgtaattatttatatttttatattccttcgaggtcaccgcctcacctccagcgggacttttttaatatg(ATATA)3aatattattaatttaactaatatataaattc(AT)8 | c | 80276 | 80446 | 171 | Design Primer |
94 | NC_001224 | (ATAAAA)3(AT)8aaatgataaataataaggaattcacacttatataaatttaaatataaagtcccaaaagaagtattcattaaataaattatc(ATTA)3taataaacttatttaatattattaaagattaatttataataata(ATT)6 | c | 80910 | 81098 | 189 | Design Primer |
95 | NC_001224 | (ATA)4taaaaaagtatataataaatttatt(ATAA)3atatttagtaataatatttaataaaattataaatattataaataaaatattaataataaataataaat(ATATA)4 | c | 83477 | 83613 | 137 | Design Primer |
96 | NC_001224 | (AAT)4atatat(TTATA)3atataaccctttcca(ATTAAT)4tacttccttaaaaaaataa(TAAT)3 | c | 83720 | 83822 | 103 | Design Primer |
97 | NC_001224 | (TTAA)6tataaaaataaatattttta(ATTAAT)3 | c | 84426 | 84487 | 62 | Design Primer |
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