ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

Back To Genome Repeat Summary

Compound Repeats of Saccharomyces cerevisiae S288c mitochondrion

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly
S.No.Genome IDSSRSSR TypeStartEndTract LengthPrimer Design
1NC_001224(TA)8(ATTA)6c23827740Design Primer
2NC_001224(TATAT)3attatat(TA)10c1141118242Design Primer
3NC_001224(ATATAA)3gatattcacatttat(ATATA)4c2403245553Design Primer
4NC_001224(ATATA)4atattattcatactttttat(TAATA)4ttattaatactttctcctttcggggttccggctcccgtggccgggccccggaactattaatataaagaaaagagtttcaa(TTAT)5c26792838160Design Primer
5NC_001224(TTAT)6ttaaaaatattataatcatatatttaatattatttaatatattttatatattatatcttttattgatt(TA)6gatttaataa(AT)11aaatattcattatatat(TTA)6c32273397171Design Primer
6NC_001224(AT)7tatatatac(T)10ataatatatctatatatataaataaa(TATAT)3c3894396774Design Primer
7NC_001224(ATA)4tatattatcaaataattattatttcttttttttct(TTAA)5tattttataaaaatatatttctccttacggggttccggctcccgtagccggggcccgaaactaaataaaatatattattaataatattatataat(ATA)4c44504623174Design Primer
8NC_001224(AAT)4ttactaatggcaagttatagtcttaaaggtttttattttttttattaaattaataaaataataataccatttatatattccat(TA)6tttaataaaaataataatatcatttatatattttattatatattatatatattttatataa(AAT)4aaatttatatttttatatattattatta(AAT)4c49245143220Design Primer
9NC_001224(TTAT)3aaaattctattt(TTA)4c5877591236Design Primer
10NC_001224(ATAA)3taaatatttataataaaataatatacatcttctttaaataaaaaaaggggacattataaatagtatataaatatattatatctttt(TTA)5ata(AAT)5ttatatatttataatatatttaatagttccggggcccggccacgggagccggaaccccgaaaggagaatgtattataattattacatata(ATT)4cacttcttattaaaaataatactctatataatttatataatttatttta(AT)6ttat(ATATA)3ta(TATT)3ataatcatttttttttaacttaaaataaaacttattataatttatataatttataatttttatataaaaataattatataatt(TTTA)3t(ATA)4ttatttgttatatattatatattatatatat(AATA)4ata(AAT)4aaggatatagtttaatggtaaaacagttgatttcaaatcaatcattaggagttcgaatctctttatccttg(ATA)4aaaatatgtatttatttaattattttaatatttctcctttcggggttccggctcccgtggccgggccccggaactat(TAATA)4taaatattcatttatcttttttttaatattc(TTAA)5c88779604728Design Primer
11NC_001224(TAAAT)3taattatattgaatatataa(AT)7aaatatataaaaaattatataaattattttaagtaaaaataatattaataaaaattatac(AAT)4c97809900121Design Primer
12NC_001224(AT)8tatatataaaatataaatatataaataatataaaaattaataaaataaataaaataaattagtccgatcgaatcccctattt(AATTA)4agaaagagataaatttatataaaatattatttataattaattataattaaat(TATAA)4ataataatat(AATAAA)3ataatattagattatattatataatttatataattttt(TAA)5ataagtttatttataat(TATAAA)4taaagaaggtattatattttataaaat(ATA)4c1000510355351Design Primer
13NC_001224(TAAA)3tattatctatttaaaaata(AATAT)4c104611051151Design Primer
14NC_001224(AT)6ttattttaataa(TAT)6taaaattattatttttataa(AT)12tatttttattcttatataaattatataaaaaaaatatatataatata(TAAT)3c1118511329145Design Primer
15NC_001224(AAAT)5aattaatatttttatattataacttattttt(ATA)4agtattttattttttattatattattatttatataattatatatatattaatttcaat(TTAA)4ttggtatttggcatataatatcaattaattgtaattcttataag(AATT)3aatatgctttttatataatttatacttttatatttctccttccggggttccggctcccgtggccgggccccggaac(TAT)4t(TTTA)3ttattaaaatataataataaatagtccggcccgccccgcggggcggacgccggaggagaattatatttttatataataatttatatttc(TA)9c1204112441401Design Primer
16NC_001224(AT)10taattatataaaatataatactctatattaaatattatttttatcaatatttatttatatat(ATA)6c1287212971100Design Primer
17NC_001224(ATATA)4aaaa(AT)7c131411317838Design Primer
18NC_001224(ATA)4ttattaatattttatataaataatattaataatatagattatgaaagagagtattaatatcattaa(AT)6gttatataatttaaatgatttta(AT)8c1336413492129Design Primer
19NC_001224(TTAAA)4tttaattaa(T)11aatgaat(ATA)5c137231378462Design Primer
20NC_001224(AAAT)3tatttaataaagatatagtccaaat(TA)6(AT)7c219262198863Design Primer
21NC_001224(ATAAAA)4agttgatcagaaattatcaaaaaata(AAT)4ataataaaaacatattta(AAT)4c222662235792Design Primer
22NC_001224(TA)8ttaataataaaaaa(AT)8agctaacggggaaactcttataattattatttatataataaataagacaatcccgtgataacttta(AT)6c2389524018124Design Primer
23NC_001224(ATT)4aataataaaa(AAT)4accaatatatatattatttaat(TTA)4c257652583268Design Primer
24NC_001224(TAT)4taataat(A)11c260392606830Design Primer
25NC_001224(TA)9aaata(AT)6aattaatataaataatatttataataattttttaataatatatataatttaatatattaatgaatattatataattattaaatatattataa(TAT)4c2687927017139Design Primer
26NC_001224(TTAT)3attaat(TA)6ttatttttata(AT)6c275362758853Design Primer
27NC_001224(TAT)4atataaatattaataatatttatacttatt(TAA)4aataaaaaataattataatttaatatatttaatatatttccttacggactatatatt(TA)6ttaaatac(AATTT)3c2784427989146Design Primer
28NC_001224(TA)6attcat(TA)9c282162825136Design Primer
29NC_001224(TATT)3aa(TAT)4c293782940326Design Primer
30NC_001224(TTA)5cttctatggaaactttatattttagatattt(TTA)5c300853014561Design Primer
31NC_001224(AT)6aaatataataaattattatatataaatatatataatttttataataaatattataatattat(ATAA)3ttataatatataataaatat(ATA)4c3032830445118Design Primer
32NC_001224(ATA)5tatataaaatagaaataataattaaatatatatataaataattatttatataatatattata(AAT)5c306523074392Design Primer
33NC_001224(AT)6ttatatttattttattaatatatataatatatttatgtatattaaaaagatatatttaaatattttta(T)10c320993218890Design Primer
34NC_001224(AT)6aaataataatttatataatatatt(ATAA)3c325183256548Design Primer
35NC_001224(TAA)4tatataaaatatataaataatatattatat(ATAAA)4taatatattaaaaatattgaaagtattttaataaataataaatttaaaattcatatttataat(AATA)6agtaaatatttagattctcattaatattaatatttatatttctttttttttataataataaaaatatcatatata(AATAT)4c3268832931244Design Primer
36NC_001224(TATTT)5ttataaagaaaaatagtaataatattatcttctcctcctttcggggttccggttcccgtgccgggccccggaactattaatt(ATATA)6c3339033526137Design Primer
37NC_001224(AT)10aa(AT)6aatttataatttatatgattaatatattatatatataaaaaatatattaaatttactttttatagaaaggagtgaggga(C)10c3366733789123Design Primer
38NC_001224(ATATAA)5atacaaatataaatatataaatatataaatataatataaatacaaatataat(ATATAA)3c3405634155100Design Primer
39NC_001224(AAT)5tataatttataataacaattataataat(TTAA)11taataaatataaatataaaaagaatataatttataataaataaatt(TA)9ttaaataaaatatttacttcattaatataaaatataaatatatttaattaataag(TA)6c3460434821218Design Primer
40NC_001224(TTTTA)12tttaatttaattttaattaggttaataaatagtaataataaact(TAA)6ttttatttttataatttat(TAA)5t(TA)7c3518735357171Design Primer
41NC_001224(ATA)6attgttattaattaattctataattattatatatttaa(T)11c356973576367Design Primer
42NC_001224(TTAT)11tattaaataaatatttttaa(ATATT)3c360433612179Design Primer
43NC_001224(TAT)4aacacaaggtttaataatc(TA)6c387713881343Design Primer
44NC_001224(ATT)4aaaa(AAT)4c390903911728Design Primer
45NC_001224(TAT)4taataatat(AATAAA)3attat(TAA)4tactttaataatattcttaaaaataatatatctctaatttataaaaatta(AAT)4(A)10tattataaaatataaattaattaataatgaaaataatatacttattaaattaatataaataaatgaataatataatataactatattgaattata(ATCT)3c4368343917235Design Primer
46NC_001224(TAAT)3attataataattattcttaggaagga(TATT)3ttaattatgaattcctgacatagagacaattaattagaacttc(TTA)4c4464844752105Design Primer
47NC_001224(AT)6aaatatatatattcttaataaatattatat(ATA)4c453244537754Design Primer
48NC_001224(TA)6ttattaatataatgaacatctattaaataaaataattgtaaatctcaagtaa(ATT)4c461564623176Design Primer
49NC_001224(TA)8tgaattaatatttaataataaataataatataattaataa(TAT)5c463634643371Design Primer
50NC_001224(TA)8aataataataaatatatatataatataaaaataagaatagattaaatattt(AATA)3c466424672079Design Primer
51NC_001224(ATAA)3aaaataatgaaattaataaa(AAAAT)4ctcatttgattaaattaataacattcttataattatataattattataaaatatataaatatt(ATA)5tatataaattataataaaa(AAT)4atataatataccttttttttaatatattaatat(ATAA)4tggataatatataattactttttttatattat(TAA)4c4696947222254Design Primer
52NC_001224(AT)6aatatatttatagttccggggcccggccacgggagccggaaccccgaaaggagtttatttaatatttatatttatatta(ATATTT)3c4807948187109Design Primer
53NC_001224(TAT)4aaagaatataatgttattaataactgcaaaaaatatctaatatattattatttataataataaataatattataataaggatgcatat(TA)8tttctattt(ATATTA)3atatgtatatataatagataaaaagtaaaaataaaaaataatgaaattaaaattattaaatataattttatcaataataaataaact(TAA)5c4871848962245Design Primer
54NC_001224(TAA)4atataataatataattaatttatta(AAT)5at(TAA)5tt(ATA)6c497014978989Design Primer
55NC_001224(AAAT)4a(AT)8aaatatataaaataatatttactttt(TA)6attatatataaataa(AATAT)3catataattatataaaaataaaattataatttatttatattaaaaat(ATTA)3c5017650335160Design Primer
56NC_001224(TATAAC)4tataattataattataactataactataaatattcattt(TAA)7tattaatataaatagtcgaagaata(TATT)3c5109951219121Design Primer
57NC_001224(TAA)4tttactcgaggttcatacctatt(TTAATA)3c513545140653Design Primer
58NC_001224(TAATT)3acataataaat(TTA)4taatta(TTAT)5c516665172964Design Primer
59NC_001224(AAAT)3aataaagtttataaatcatatattataattatttattatttttatattatattaataaaa(TAT)4aaaaaaaaatagaaattttataatatttttatatattttta(ATT)4aatatttattaaaggaaatataaaaaccgaaggaat(ATTATA)3c5251252702191Design Primer
60NC_001224(AT)6aattatataataattattatatataaa(AT)7aatatatatttataa(AAT)4c548835496280Design Primer
61NC_001224(ATTT)3ttattaattacttcttcgaggtatt(AGTATC)4gtaaaaaacgggtgactaaa(AT)7aaaattataaataaaaatattataataattt(TAAA)3tatcaata(TAT)4c5523955396158Design Primer
62NC_001224(AATTA)4aattgg(ATTAA)3c560985613841Design Primer
63NC_001224(TAT)4aattataaaattat(AATA)3aaatttctttaataattattaattaatattattaatttatttacaaatattttattaatttttatttttattaaatataaatatataa(AT)6c5630556442138Design Primer
64NC_001224(TAT)4aattattaattaatgaatactcttctcttttggggttcggtccaccctcccgtatacttacgggaggggggtccctcactccttttgagactttaattt(TATAAA)3tataataagatgttaactctttt(ATAA)3taaatataattctatttttaataataatatataatatttttataataaaatatataaataataatatt(TA)8cttttttttatataagaataatatatatagttcacattggaggcgagtaaaaggagataaga(AATAT)3aataataaaaatataatg(AAT)4c5722857582355Design Primer
65NC_001224(ATA)4tatatattataatattttatatatatattta(TTATAT)3aaaaaagtgatattg(ATTA)3atttataattaataattattaatatagtccggcccgcccccgcggggcggaccccgaaggagtccggccgaaggagtt(TATTA)3aataagatttataatataattaatatatattttaataaatataaaag(ATTAT)3aaaaagtatattttatatttatattttat(TTA)5c5771057996287Design Primer
66NC_001224(TATAT)3taatgatgtaccttttgtataatgggtcagcaagtaattaatattagtaaaacaataagttataaataaatagaata(AT)6c5844658549104Design Primer
67NC_001224(ATT)6(AAT)4c601146014330Design Primer
68NC_001224(ATA)4(ATT)4c623416236424Design Primer
69NC_001224(C)10ataagtatg(ATTATA)3atataagggaggggtccctcactccttatggggtcccggttggaccgagactcctcccttgcgggattggttcacaccttt(ATAA)3taaataataaataaaggtgttcactaataa(AT)12c6248762670184Design Primer
70NC_001224(TTATA)4tttaataaatattacctttttttattattatttttatatattatataatattattaatttttattataatattatttacttttttattgga(TTAT)6(TAAT)3taaatatttattaattaatatatatattaaatattaatatttcattaaaaaaaagagatatatgaataatatattatg(TTATA)3c6292263161240Design Primer
71NC_001224(TAAGTA)11tagtatac(G)10tccctcactccttcgttaatttatatatattattaataattatttaattttta(TTAT)3atataaaaatattctaaaattattaatatttataatagaataaatattataaagtataattataaataattaattattta(AAT)4c6358363823241Design Primer
72NC_001224(AT)6tat(ATA)7c641266416136Design Primer
73NC_001224(AT)6ttataataattatataataaaggtgaatatatttcaatggtagaaaatacgcttgtggtgcgttaaatctgagttcgattctcagtattcaccctata(AAT)5atattttattattcttaaattttttattctttatattatatatataatattaatattattactttttaataacaaaatattataattaattg(AT)6c6456364791229Design Primer
74NC_001224(ATTA)4atttatatatataaaatattttaattaatttttatataa(AT)10c669186699275Design Primer
75NC_001224(TA)6tttccctttctaaa(AAT)4tatat(ATA)4taat(TA)7tt(ATA)9(AAT)4c6713967252114Design Primer
76NC_001224(TTATA)4atatta(TAT)4ataaaaat(ATA)5c675996765961Design Primer
77NC_001224(AATA)3taattcttataaatatattataacaaaatatattatattttaattaaatacaatattataa(AT)8aaatatttatat(A)10taaaaatattttaataattattcttt(ATAA)3c6777567923149Design Primer
78NC_001224(ATA)4taaataa(AT)6tattaatatattaaattttataataataattataataatagtagtaggtataaattttaataaagagttttattccaatggag(TAA)7c6818168315135Design Primer
79NC_001224(ATATT)3atataatattatatattaataaatattattaatta(ATTT)4c693556942066Design Primer
80NC_001224(TA)11aatattaaataaatattatattaataaataatataaattatctaatcgaaggagatatt(TATAA)3c699537004896Design Primer
81NC_001224(ATA)6aatataaatataat(TA)10c702767032752Design Primer
82NC_001224(TA)6gatataaatcttaaatagagtaaatatattataataattatataa(AT)6tatattaagataata(AT)7c707167081398Design Primer
83NC_001224(TATT)4ctccttccggaactaataaaatatataaaataagggtt(TTTA)3c713367140166Design Primer
84NC_001224(TA)8atttttataaaatgataaattttatattataaatattattaaaatatttttataaatatttaaattatttataaaaaggtatataataataattatta(ATATT)3atatatttatttatattatatataataatatatttatatatatattaattaataaattaaataagtatctatatt(TTATA)3(TTATT)3c7176471997234Design Primer
85NC_001224(TATAT)3aatattatatatatattaattactaagaataaatttataattagataatattta(TATT)4taattaacaaatatattaatattt(TTAA)3taatacctt(TA)11c7220972360152Design Primer
86NC_001224(TTA)4aatagatgttcattaaataattataaatataatttatcttttaa(AT)6aatataatatttaaatatatatt(ATAA)5c7283272942111Design Primer
87NC_001224(ATAA)4atataaataattcttcttctttaaaatt(AAATA)3c730527311059Design Primer
88NC_001224(T)13aataaaatatatatttatatgattaataatattatatatattatttataaaaataatatataattttaattatttttaataaaaaaaggtggggttg(ATAAT)3c7351973643125Design Primer
89NC_001224(TAAT)3tcttcatggctatagccataacttttaataatattcttttattctttattat(TA)7c761047618178Design Primer
90NC_001224(AT)7ttattatat(ATATAA)4taattaataatattaaagttttatatatattaatatattataaaaggtt(TA)7ataagataagtaata(AATT)3aataatataaaaatatatattatatattatgttttatt(TA)8ttatgtattattatataa(AT)7c7717177393223Design Primer
91NC_001224(AAT)4atattaattaataattaatttataataaatatattataataatta(AT)7aatatatttaatacaaagaaaatatatattatatctc(TTAT)4taatattttaataaatataatattataaaaaaaagtttatatatttagttccggggcccggccacgggagccggaaccccggtaggag(AAATAT)4aatataagtttggtattcatttaattatattatttaattaaaaatattctaaataagaataaatatcaataaaggagttataa(AT)7c7750277834333Design Primer
92NC_001224(TATT)3aaat(A)10taaataatattaattaatataagattcttttttaattataat(AATA)3aaaagaagatattatcaatgatttatattaataataaatataaataataaaaaatat(ATATA)3ataaatatatttcctttaatattaataaat(TAA)9c7864478852209Design Primer
93NC_001224(A)11tataatat(TAATA)4atgtaattatttatatttttatattccttcgaggtcaccgcctcacctccagcgggacttttttaatatg(ATATA)3aatattattaatttaactaatatataaattc(AT)8c8027680446171Design Primer
94NC_001224(ATAAAA)3(AT)8aaatgataaataataaggaattcacacttatataaatttaaatataaagtcccaaaagaagtattcattaaataaattatc(ATTA)3taataaacttatttaatattattaaagattaatttataataata(ATT)6c8091081098189Design Primer
95NC_001224(ATA)4taaaaaagtatataataaatttatt(ATAA)3atatttagtaataatatttaataaaattataaatattataaataaaatattaataataaataataaat(ATATA)4c8347783613137Design Primer
96NC_001224(AAT)4atatat(TTATA)3atataaccctttcca(ATTAAT)4tacttccttaaaaaaataa(TAAT)3c8372083822103Design Primer
97NC_001224(TTAA)6tataaaaataaatattttta(ATTAAT)3c844268448762Design Primer
98NC_001224(T)10aaaaaatattaaatattataaatatattataaatatattataaatatgttataaatatattataaatag(AATAT)3tatatattataatgataaagattatatatattttc(T)11atttattatttttaataagtaaaaattatat(TA)8c8480684992187Design Primer
99NC_001224(AT)6taataaaaaaaagta(AT)8c856828572443Design Primer