ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Thraustotheca clavata mitochondrion

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_022179	ATTT	3	1182	1193	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	53331037
2	NC_022179	T	17	2082	2098	17	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_022179	ATA	4	2693	2705	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	53331040
4	NC_022179	ATT	4	2794	2804	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53331038
5	NC_022179	AAAT	3	2870	2880	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	53331038
6	NC_022179	TAA	4	3040	3050	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	53331038
7	NC_022179	ATA	4	3208	3218	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	53331038
8	NC_022179	TA	6	3305	3316	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331038
9	NC_022179	TAA	4	3346	3357	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331038
10	NC_022179	TAA	4	3361	3372	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331038
11	NC_022179	CAA	4	3375	3386	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	53331038
12	NC_022179	A	13	3679	3691	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	53331038
13	NC_022179	TA	6	4248	4258	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331039
14	NC_022179	TAAT	3	4279	4290	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331039
15	NC_022179	A	15	4430	4444	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	53331039
16	NC_022179	T	14	5417	5430	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	53331039
17	NC_022179	ATA	4	5569	5580	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331039
18	NC_022179	AATA	3	5716	5726	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	53331039
19	NC_022179	A	12	5924	5935	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	53331039
20	NC_022179	A	16	5999	6014	16	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	53331039
21	NC_022179	AT	7	6035	6048	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	53331039
22	NC_022179	AATT	3	6158	6168	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_022179	ATTTT	3	7245	7259	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	53331041
24	NC_022179	TTTA	3	7459	7469	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	53331041
25	NC_022179	TA	8	9565	9580	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
26	NC_022179	AATTAA	3	9764	9781	18	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
27	NC_022179	AATA	3	10078	10088	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_022179	TAT	4	11322	11333	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
29	NC_022179	TATT	3	11897	11908	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022179	TTTA	3	12133	12144	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
31	NC_022179	TTAA	3	12151	12162	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_022179	TA	6	12717	12730	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
33	NC_022179	TA	6	12732	12742	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
34	NC_022179	TAA	4	13013	13023	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
35	NC_022179	ATA	5	14259	14274	16	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
36	NC_022179	TATAAA	3	14316	14332	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
37	NC_022179	ATT	4	15021	15032	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331038
38	NC_022179	TAAATT	3	15309	15326	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	53331038
39	NC_022179	A	12	15395	15406	12	100 %	0 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
40	NC_022179	TTA	4	15936	15946	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53331040
41	NC_022179	T	14	16264	16277	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	53331040
42	NC_022179	AT	6	16320	16330	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331040
43	NC_022179	ATTTT	3	16680	16694	15	20 %	80 %	0 %	0 %	6 %	53331040
44	NC_022179	TTA	4	16729	16741	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	53331040
45	NC_022179	ATA	4	16794	16805	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331040
46	NC_022179	TA	6	16856	16866	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331040
47	NC_022179	TTTA	3	16905	16915	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	53331040
48	NC_022179	TTTAAT	3	16971	16989	19	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	5 %	53331040
49	NC_022179	TAAA	3	17273	17283	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
50	NC_022179	AATA	3	17957	17969	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
51	NC_022179	TA	6	18605	18615	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_022179	AATT	3	18662	18672	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
53	NC_022179	ATA	4	18684	18694	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
54	NC_022179	TA	7	18698	18711	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
55	NC_022179	ATT	4	18823	18834	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331037
56	NC_022179	AAT	4	18919	18930	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331037
57	NC_022179	ATAA	3	19450	19460	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	53331037
58	NC_022179	TACA	3	19642	19653	12	50 %	25 %	0 %	25 %	8 %	53331037
59	NC_022179	ACA	4	20027	20038	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	53331037
60	NC_022179	TAAA	3	20257	20267	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
61	NC_022179	ATT	4	20360	20370	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
62	NC_022179	AATT	3	20853	20863	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331039
63	NC_022179	TAA	4	20997	21007	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	53331039
64	NC_022179	T	12	21020	21031	12	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	53331039
65	NC_022179	T	12	21211	21222	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	53331040
66	NC_022179	T	17	21393	21409	17	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	53331040
67	NC_022179	TAT	4	21667	21677	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_022179	TAA	6	21886	21902	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	53331039
69	NC_022179	T	16	21964	21979	16	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	53331039
70	NC_022179	ATTTTT	3	22095	22113	19	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	10 %	53331039
71	NC_022179	AT	7	22121	22134	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	53331039
72	NC_022179	TA	13	22379	22402	24	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331039
73	NC_022179	TATTT	4	22487	22507	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	53331039
74	NC_022179	TATTT	4	22547	22567	21	20 %	80 %	0 %	0 %	9 %	53331039
75	NC_022179	ATTT	3	22624	22635	12	25 %	75 %	0 %	0 %	0 %	53331039
76	NC_022179	CCAT	3	23003	23014	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
77	NC_022179	T	13	23389	23401	13	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	53331040
78	NC_022179	TTAA	3	23613	23624	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331040
79	NC_022179	A	12	24401	24412	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	53331038
80	NC_022179	A	14	24581	24594	14	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	53331038
81	NC_022179	A	12	24616	24627	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	53331038
82	NC_022179	TA	6	24843	24854	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331041
83	NC_022179	TAAA	3	25015	25025	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	53331038
84	NC_022179	ATTT	3	25069	25080	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	53331038
85	NC_022179	A	19	25256	25274	19	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	53331038
86	NC_022179	A	16	25373	25388	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	53331038
87	NC_022179	TAA	4	25637	25648	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331038
88	NC_022179	A	18	25721	25738	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	53331038
89	NC_022179	TAA	4	25784	25794	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
90	NC_022179	TAAAAA	3	26439	26456	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	53331038
91	NC_022179	AT	6	26555	26566	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331038
92	NC_022179	TAA	4	26634	26644	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	53331038
93	NC_022179	A	16	26773	26788	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	53331038
94	NC_022179	A	13	26908	26920	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	53331038
95	NC_022179	AAATT	3	26963	26978	16	60 %	40 %	0 %	0 %	6 %	53331038
96	NC_022179	TAT	4	27004	27015	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331038
97	NC_022179	AAAAT	3	27032	27046	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	53331038
98	NC_022179	A	14	27081	27094	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	53331038
99	NC_022179	AATT	3	27101	27112	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331038
100	NC_022179	TAATA	3	27165	27178	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	53331038
101	NC_022179	TAA	4	27371	27382	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331040
102	NC_022179	AATT	4	27489	27504	16	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	53331040
103	NC_022179	TA	6	27505	27515	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331040
104	NC_022179	AAAAT	3	27784	27798	15	80 %	20 %	0 %	0 %	6 %	53331041
105	NC_022179	AAAT	3	28155	28165	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	53331040
106	NC_022179	AAATC	3	28192	28206	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	53331040
107	NC_022179	TAAA	3	28306	28318	13	75 %	25 %	0 %	0 %	7 %	53331040
108	NC_022179	TA	6	28416	28426	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331040
109	NC_022179	TATT	4	28498	28513	16	25 %	75 %	0 %	0 %	6 %	53331040
110	NC_022179	A	12	28665	28676	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	53331039
111	NC_022179	A	17	29370	29386	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	53331039
112	NC_022179	ATA	5	29456	29470	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	6 %	53331039
113	NC_022179	AT	6	29719	29729	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331039
114	NC_022179	AAAT	3	29753	29764	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	53331038
115	NC_022179	TTA	4	29980	29991	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331038
116	NC_022179	ATA	8	30131	30154	24	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	53331038
117	NC_022179	TAAA	3	30269	30279	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	53331038
118	NC_022179	A	17	30367	30383	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	53331038
119	NC_022179	AATTTA	3	30514	30531	18	50 %	50 %	0 %	0 %	5 %	53331038
120	NC_022179	ATTT	3	32199	32210	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	53331039
121	NC_022179	TATT	3	32313	32323	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	53331039
122	NC_022179	TAAAAA	4	32336	32358	23	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	8 %	53331039
123	NC_022179	AATT	3	32445	32457	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
124	NC_022179	TAT	4	32469	32480	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331037
125	NC_022179	AG	6	32918	32929	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	53331037
126	NC_022179	TTAT	5	32941	32959	19	25 %	75 %	0 %	0 %	5 %	53331037
127	NC_022179	AT	6	33000	33010	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331037
128	NC_022179	TAT	4	33033	33043	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53331037
129	NC_022179	T	15	33567	33581	15	0 %	100 %	0 %	0 %	6 %	53331037
130	NC_022179	AATT	3	33630	33640	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	53331037
131	NC_022179	TAT	4	33720	33730	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53331037
132	NC_022179	AAT	4	33934	33946	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
133	NC_022179	TTA	4	34432	34442	11	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	9 %	53331038
134	NC_022179	TTTA	3	34948	34959	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	53331039
135	NC_022179	AAT	4	35003	35015	13	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	7 %	53331039
136	NC_022179	ATT	5	35631	35645	15	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
137	NC_022179	TAT	4	37074	37085	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	53331037
138	NC_022179	TGG	4	37162	37173	12	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	8 %	53331037
139	NC_022179	TTATTT	3	37523	37540	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	53331037
140	NC_022179	TTAT	3	37736	37746	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	53331037
141	NC_022179	T	12	37889	37900	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	53331037
142	NC_022179	TTTA	3	37996	38007	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
143	NC_022179	AATT	3	38037	38047	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
144	NC_022179	TA	6	38093	38103	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
145	NC_022179	TTTTA	3	38220	38233	14	20 %	80 %	0 %	0 %	7 %	53331037
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163	NC_022179	ACCT	3	43548	43559	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	Non-Coding
164	NC_022179	TAAA	3	44458	44469	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
165	NC_022179	AAAT	3	44693	44704	12	75 %	25 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_022179	AAATT	3	45070	45083	14	60 %	40 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
167	NC_022179	ATA	4	45269	45280	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
168	NC_022179	TTTA	3	46512	46522	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
169	NC_022179	T	12	46866	46877	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
170	NC_022179	TAAAA	4	46940	46960	21	80 %	20 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
171	NC_022179	TA	8	47026	47040	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
172	NC_022179	AAT	4	47045	47055	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Thraustotheca clavata mitochondrion