ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Aegilops speltoides isolate SPE0661 chloroplast

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_022135	CAG	4	684	695	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	53331018
2	NC_022135	AAGT	3	790	800	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	53331018
3	NC_022135	TCTTT	3	2585	2599	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	53331018
4	NC_022135	A	13	3401	3413	13	100 %	0 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
5	NC_022135	AT	8	4179	4193	15	50 %	50 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_022135	AAT	4	4465	4476	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
7	NC_022135	TCTCT	3	4679	4692	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
8	NC_022135	TTTAA	3	5932	5945	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
9	NC_022135	TTCT	3	6867	6877	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	53331018
10	NC_022135	T	18	7431	7448	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
11	NC_022135	TTCT	3	7754	7764	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
12	NC_022135	GAA	4	8170	8181	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
13	NC_022135	CAAAT	3	8455	8469	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
14	NC_022135	GAAA	3	10118	10129	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	53331018
15	NC_022135	TTG	4	10523	10533	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	53331018
16	NC_022135	A	14	11191	11204	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_022135	AG	6	11235	11245	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
18	NC_022135	CGTAG	3	12142	12155	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
19	NC_022135	AAT	4	13837	13848	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
20	NC_022135	CT	6	14216	14226	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
21	NC_022135	CT	6	14240	14250	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
22	NC_022135	AAAT	3	14326	14336	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
23	NC_022135	T	14	14556	14569	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
24	NC_022135	TC	8	14627	14642	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
25	NC_022135	TA	7	14650	14662	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
26	NC_022135	CTTT	3	14886	14897	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
27	NC_022135	GTAT	3	15644	15654	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_022135	AAAT	3	16608	16618	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
29	NC_022135	ATAGA	3	16901	16915	15	60 %	20 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_022135	TTTC	3	16951	16961	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
31	NC_022135	ATCA	3	17495	17505	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
32	NC_022135	TACCT	3	17800	17813	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
33	NC_022135	ATGA	3	17861	17872	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
34	NC_022135	A	15	18054	18068	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
35	NC_022135	ATA	4	18861	18871	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
36	NC_022135	TTTC	3	20257	20269	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	53331019
37	NC_022135	AGA	4	20283	20294	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53331019
38	NC_022135	CAACTT	3	20727	20744	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	53331019
39	NC_022135	AAC	4	22939	22950	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	53331019
40	NC_022135	AAT	5	24627	24641	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	53331019
41	NC_022135	AGAA	3	24858	24869	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	53331019
42	NC_022135	TTCA	3	27513	27523	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	53331019
43	NC_022135	A	12	29513	29524	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	53331019
44	NC_022135	TTAA	3	29763	29774	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
45	NC_022135	ATT	4	29841	29853	13	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_022135	AGAA	3	30751	30761	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
47	NC_022135	AT	6	30793	30803	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
48	NC_022135	GTT	5	31527	31541	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	53331019
49	NC_022135	ATTG	3	32180	32191	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
50	NC_022135	TGC	4	32250	32261	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	53331019
51	NC_022135	CTTT	3	32517	32527	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
52	NC_022135	A	15	33549	33563	15	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	53331019
53	NC_022135	A	17	33808	33824	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	53331019
54	NC_022135	TAGTT	3	36023	36037	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
55	NC_022135	TA	6	36246	36256	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
56	NC_022135	ATTG	3	38200	38210	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	53331020
57	NC_022135	AAGA	3	39447	39458	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	53331020
58	NC_022135	GACT	3	39486	39497	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	53331020
59	NC_022135	AATG	3	39846	39857	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	53331020
60	NC_022135	CTA	4	39916	39927	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	53331020
61	NC_022135	TG	6	40288	40298	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	53331020
62	NC_022135	CTAG	3	40390	40402	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	53331020
63	NC_022135	AT	7	41533	41546	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
64	NC_022135	ATCA	3	42495	42505	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	53331020
65	NC_022135	CCATA	3	42639	42653	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	53331020
66	NC_022135	AGAA	4	42654	42668	15	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	53331020
67	NC_022135	AGT	4	42865	42875	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	53331020
68	NC_022135	TCCT	3	42914	42925	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	53331020
69	NC_022135	CCATA	3	43789	43803	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	53331020
70	NC_022135	TTCA	3	44188	44199	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
71	NC_022135	TTTAT	3	44534	44548	15	20 %	80 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_022135	AAT	4	44939	44949	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
73	NC_022135	ATCTT	3	44950	44964	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
74	NC_022135	GAAA	3	45033	45043	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
75	NC_022135	GGGGAA	3	45132	45150	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
76	NC_022135	TA	6	45960	45970	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
77	NC_022135	AAAT	3	46287	46298	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
78	NC_022135	AGAA	3	46486	46497	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
79	NC_022135	TTGA	3	46808	46820	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
80	NC_022135	ATA	4	47133	47144	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_022135	TAT	5	47476	47491	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
82	NC_022135	A	18	47879	47896	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
83	NC_022135	ATAAAT	3	47978	47996	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
84	NC_022135	CTT	4	48006	48017	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
85	NC_022135	TTATCT	3	48141	48157	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
86	NC_022135	CAGA	3	48623	48633	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	53331020
87	NC_022135	AGAA	3	50424	50434	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
88	NC_022135	TAA	6	50459	50475	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
89	NC_022135	AAACT	3	50970	50984	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
90	NC_022135	AATT	3	54110	54121	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
91	NC_022135	TGCA	3	55671	55683	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	53331020
92	NC_022135	GATCAT	3	56388	56404	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
93	NC_022135	AT	6	56447	56457	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_022135	AATA	3	56470	56481	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
95	NC_022135	TTTTA	4	57056	57074	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
96	NC_022135	GAA	4	57844	57854	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
97	NC_022135	ACTA	3	58100	58110	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
98	NC_022135	TTC	4	60066	60077	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53331021
99	NC_022135	T	14	60699	60712	14	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_022135	TTTTTA	3	61946	61963	18	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
101	NC_022135	TTA	4	62218	62229	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
102	NC_022135	TTCA	3	63039	63050	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
103	NC_022135	AAAG	3	63156	63166	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
104	NC_022135	TCT	4	63336	63348	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
105	NC_022135	AAAGA	3	63832	63845	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
106	NC_022135	TATT	3	64049	64059	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
107	NC_022135	TTC	5	64099	64113	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
108	NC_022135	GAAA	3	64373	64384	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	53331022
109	NC_022135	TAAA	3	64596	64607	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
110	NC_022135	TA	7	65200	65212	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
111	NC_022135	TAA	4	65886	65897	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
112	NC_022135	ATGT	3	66498	66508	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	53331022
113	NC_022135	AGAA	3	67359	67370	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_022135	ACTT	3	69627	69637	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
115	NC_022135	AAATAA	3	70435	70452	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
116	NC_022135	GAAA	4	70738	70753	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
117	NC_022135	AGA	4	73208	73219	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
118	NC_022135	TAT	5	74265	74278	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
119	NC_022135	AGAAA	3	75153	75167	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
120	NC_022135	T	15	76048	76062	15	0 %	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_022135	AAAG	3	78047	78057	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
122	NC_022135	TTAT	3	78830	78841	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	53331023
123	NC_022135	CTT	5	79403	79416	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	53331024
124	NC_022135	AGAAT	3	79857	79870	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
125	NC_022135	GAAA	3	79882	79892	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
126	NC_022135	TTC	4	80486	80496	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	53331024
127	NC_022135	TA	6	83490	83501	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331024
128	NC_022135	ATAGA	3	83508	83521	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	53331024
129	NC_022135	TCAAAA	4	84423	84446	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	Non-Coding
130	NC_022135	ATTCTT	3	87189	87207	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	Non-Coding
131	NC_022135	TTTGTT	3	87673	87691	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	53331024
132	NC_022135	TTCT	3	87812	87822	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	53331024
133	NC_022135	TAC	4	88565	88576	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	Non-Coding
134	NC_022135	AAAC	3	92691	92703	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	53331024
135	NC_022135	ATCC	3	92825	92836	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	53331024
136	NC_022135	ACGG	3	95938	95949	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
137	NC_022135	AGGT	3	96222	96233	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
138	NC_022135	AACG	3	97547	97558	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_022135	AAAG	4	98870	98885	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
140	NC_022135	GAAT	3	100486	100496	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
141	NC_022135	AAGG	3	100498	100509	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
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149	NC_022135	TC	6	113443	113454	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	53331024

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Aegilops speltoides isolate SPE0661 chloroplast