ChloroMitoSSRDB 2.0 - Database of Microsatellites from Chloroplast & Mitochondrial Genomes

All Imperfect Repeats of Aegilops tauschii chloroplast

Click on Table Heading To Sort Results Accordingly

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Start	End	Tract Length	A%	T%	G%	C%	Imperfection %	Protein ID
1	NC_022133	CAG	4	684	695	12	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	8 %	53331008
2	NC_022133	AAGT	3	790	800	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	53331008
3	NC_022133	TCTTT	3	2585	2599	15	0 %	80 %	0 %	20 %	6 %	53331008
4	NC_022133	AAAT	3	2604	2614	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	53331008
5	NC_022133	A	16	3554	3569	16	100 %	0 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
6	NC_022133	CATT	3	3717	3728	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
7	NC_022133	AT	7	4178	4190	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
8	NC_022133	AAT	4	4462	4473	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
9	NC_022133	TCTCT	3	4676	4689	14	0 %	60 %	0 %	40 %	7 %	53331008
10	NC_022133	TTTAA	3	5929	5942	14	40 %	60 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
11	NC_022133	TTCT	3	6886	6896	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	53331008
12	NC_022133	T	18	7460	7477	18	0 %	100 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
13	NC_022133	CTTT	3	7727	7738	12	0 %	75 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
14	NC_022133	GAA	4	8199	8210	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	Non-Coding
15	NC_022133	CAAAT	3	8502	8516	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
16	NC_022133	GAAA	3	10171	10182	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	53331009
17	NC_022133	TTG	4	10576	10586	11	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	9 %	53331009
18	NC_022133	A	14	11244	11257	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_022133	AG	6	11288	11298	11	50 %	0 %	50 %	0 %	9 %	Non-Coding
20	NC_022133	CGTAG	3	12196	12209	14	20 %	20 %	40 %	20 %	7 %	Non-Coding
21	NC_022133	TTA	5	13587	13600	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
22	NC_022133	AAT	4	13897	13908	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
23	NC_022133	CT	6	14271	14281	11	0 %	50 %	0 %	50 %	9 %	Non-Coding
24	NC_022133	T	14	14587	14600	14	0 %	100 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
25	NC_022133	TC	8	14658	14673	16	0 %	50 %	0 %	50 %	6 %	Non-Coding
26	NC_022133	TA	7	14681	14693	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
27	NC_022133	AAAT	3	16643	16653	11	75 %	25 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
28	NC_022133	TTTC	3	16981	16991	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
29	NC_022133	ATCA	3	17540	17550	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
30	NC_022133	TACCT	3	17847	17860	14	20 %	40 %	0 %	40 %	7 %	Non-Coding
31	NC_022133	ATGA	3	17909	17920	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
32	NC_022133	ATA	4	18896	18906	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
33	NC_022133	TTTC	3	20292	20304	13	0 %	75 %	0 %	25 %	7 %	53331009
34	NC_022133	AGA	4	20318	20329	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53331009
35	NC_022133	CAACTT	3	20762	20779	18	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	5 %	53331009
36	NC_022133	AAAC	3	22436	22446	11	75 %	0 %	0 %	25 %	9 %	53331009
37	NC_022133	AAC	4	22974	22985	12	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	8 %	53331009
38	NC_022133	AAT	5	24662	24676	15	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	0 %	53331009
39	NC_022133	AGAA	3	24893	24904	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	53331009
40	NC_022133	TTCA	3	27544	27554	11	25 %	50 %	0 %	25 %	9 %	53331009
41	NC_022133	A	12	29544	29555	12	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	53331009
42	NC_022133	AGAA	3	30608	30618	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
43	NC_022133	AT	6	30650	30660	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
44	NC_022133	GTT	5	31384	31398	15	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	6 %	53331009
45	NC_022133	TA	7	31857	31870	14	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
46	NC_022133	ATTG	3	32041	32052	12	25 %	50 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
47	NC_022133	TGC	4	32111	32122	12	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	8 %	53331010
48	NC_022133	CTTT	3	32378	32388	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	Non-Coding
49	NC_022133	A	18	33400	33417	18	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	53331010
50	NC_022133	TAGTT	3	35874	35888	15	20 %	60 %	20 %	0 %	6 %	Non-Coding
51	NC_022133	TA	6	36097	36107	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
52	NC_022133	ATTG	3	38051	38061	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	53331010
53	NC_022133	AAGA	3	39298	39309	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	53331010
54	NC_022133	GACT	3	39337	39348	12	25 %	25 %	25 %	25 %	8 %	53331010
55	NC_022133	AATG	3	39697	39708	12	50 %	25 %	25 %	0 %	8 %	53331010
56	NC_022133	CTA	4	39767	39778	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	53331010
57	NC_022133	TG	6	40139	40149	11	0 %	50 %	50 %	0 %	9 %	53331010
58	NC_022133	CTAG	3	40241	40253	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	53331010
59	NC_022133	ATCA	3	42332	42342	11	50 %	25 %	0 %	25 %	9 %	53331010
60	NC_022133	AGT	4	42692	42702	11	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	9 %	53331010
61	NC_022133	TCCT	3	42741	42752	12	0 %	50 %	0 %	50 %	0 %	53331010
62	NC_022133	CCATA	3	43616	43630	15	40 %	20 %	0 %	40 %	0 %	53331010
63	NC_022133	TTCA	3	44015	44026	12	25 %	50 %	0 %	25 %	8 %	Non-Coding
64	NC_022133	ATCTT	3	44768	44782	15	20 %	60 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
65	NC_022133	GAAA	3	44851	44861	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
66	NC_022133	GGGGAA	3	44950	44968	19	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	5 %	Non-Coding
67	NC_022133	TA	6	45779	45789	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
68	NC_022133	AAAT	3	46109	46120	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
69	NC_022133	AGAA	3	46308	46319	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
70	NC_022133	TTGA	3	46630	46642	13	25 %	50 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
71	NC_022133	ATA	4	46955	46966	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
72	NC_022133	TAT	5	47290	47305	16	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	6 %	Non-Coding
73	NC_022133	A	17	47697	47713	17	100 %	0 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
74	NC_022133	ATAAAT	3	47795	47813	19	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	10 %	Non-Coding
75	NC_022133	TTATCT	3	47952	47968	17	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
76	NC_022133	CAGA	3	48434	48444	11	50 %	0 %	25 %	25 %	9 %	53331010
77	NC_022133	AGAA	3	50236	50246	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
78	NC_022133	TAA	6	50271	50287	17	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
79	NC_022133	AAACT	3	50782	50796	15	60 %	20 %	0 %	20 %	6 %	Non-Coding
80	NC_022133	AATT	3	53922	53933	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
81	NC_022133	TGCA	3	55490	55502	13	25 %	25 %	25 %	25 %	7 %	53331011
82	NC_022133	GATCAT	3	56204	56220	17	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
83	NC_022133	AT	6	56263	56273	11	50 %	50 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
84	NC_022133	AATA	3	56286	56297	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
85	NC_022133	AAAG	3	56419	56430	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	Non-Coding
86	NC_022133	AAAATC	3	56445	56461	17	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	5 %	Non-Coding
87	NC_022133	TTTTA	4	56916	56934	19	20 %	80 %	0 %	0 %	5 %	Non-Coding
88	NC_022133	GAA	4	57704	57714	11	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	9 %	Non-Coding
89	NC_022133	TTC	4	59926	59937	12	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	8 %	53331011
90	NC_022133	TTGT	3	62072	62084	13	0 %	75 %	25 %	0 %	7 %	Non-Coding
91	NC_022133	TTA	4	62529	62540	12	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
92	NC_022133	TTCA	3	63350	63361	12	25 %	50 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
93	NC_022133	AAAG	3	63467	63477	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
94	NC_022133	TCT	4	63630	63642	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
95	NC_022133	TCT	4	63647	63659	13	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	Non-Coding
96	NC_022133	AAAGA	3	64143	64156	14	80 %	0 %	20 %	0 %	7 %	Non-Coding
97	NC_022133	TATT	3	64360	64370	11	25 %	75 %	0 %	0 %	9 %	Non-Coding
98	NC_022133	TTC	5	64410	64424	15	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	6 %	Non-Coding
99	NC_022133	GAAA	3	64684	64695	12	75 %	0 %	25 %	0 %	8 %	53331012
100	NC_022133	TAAA	3	64907	64918	12	75 %	25 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
101	NC_022133	TA	7	65511	65523	13	50 %	50 %	0 %	0 %	7 %	Non-Coding
102	NC_022133	TAA	4	66159	66170	12	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	8 %	Non-Coding
103	NC_022133	ATGT	3	66771	66781	11	25 %	50 %	25 %	0 %	9 %	53331012
104	NC_022133	AGAA	3	67632	67643	12	75 %	0 %	25 %	0 %	0 %	53331012
105	NC_022133	AAATAA	3	70708	70725	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	53331012
106	NC_022133	GAAA	4	71011	71026	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	53331012
107	NC_022133	AGA	4	73481	73492	12	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	8 %	53331012
108	NC_022133	TAT	5	74538	74551	14	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	7 %	53331012
109	NC_022133	AGAAA	3	75432	75446	15	80 %	0 %	20 %	0 %	6 %	53331012
110	NC_022133	T	12	76877	76888	12	0 %	100 %	0 %	0 %	8 %	53331012
111	NC_022133	TTAT	3	79107	79118	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	53331012
112	NC_022133	CTT	5	79680	79693	14	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	7 %	53331012
113	NC_022133	AGAAT	3	80166	80179	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	53331012
114	NC_022133	TTC	4	80795	80805	11	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	9 %	53331012
115	NC_022133	TA	6	84084	84095	12	50 %	50 %	0 %	0 %	8 %	53331012
116	NC_022133	ATAGA	3	84102	84115	14	60 %	20 %	20 %	0 %	7 %	53331012
117	NC_022133	TCAAAA	4	85017	85040	24	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	8 %	53331012
118	NC_022133	ATTCTT	3	87783	87801	19	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	10 %	53331012
119	NC_022133	TTTGTT	3	88267	88285	19	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	10 %	53331012
120	NC_022133	TTCT	3	88406	88416	11	0 %	75 %	0 %	25 %	9 %	53331012
121	NC_022133	TAC	4	89159	89170	12	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	8 %	53331012
122	NC_022133	AAAC	3	93285	93297	13	75 %	0 %	0 %	25 %	7 %	53331015
123	NC_022133	ATCC	3	93419	93430	12	25 %	25 %	0 %	50 %	8 %	53331015
124	NC_022133	ACGG	3	96532	96543	12	25 %	0 %	50 %	25 %	8 %	Non-Coding
125	NC_022133	AGGT	3	96816	96827	12	25 %	25 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
126	NC_022133	AACG	3	98141	98152	12	50 %	0 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_022133	AAAG	4	99464	99479	16	75 %	0 %	25 %	0 %	6 %	Non-Coding
128	NC_022133	GAAT	3	101080	101090	11	50 %	25 %	25 %	0 %	9 %	Non-Coding
129	NC_022133	AAGG	3	101092	101103	12	50 %	0 %	50 %	0 %	8 %	Non-Coding
130	NC_022133	TAA	4	103782	103792	11	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	9 %	53331015
131	NC_022133	ATAAAA	3	103854	103871	18	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	5 %	53331015
132	NC_022133	A	14	103862	103875	14	100 %	0 %	0 %	0 %	0 %	53331015
133	NC_022133	AAAG	3	104437	104447	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	53331015
134	NC_022133	AGAA	3	105229	105239	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	53331015
135	NC_022133	CAA	4	108186	108196	11	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	9 %	53331015
136	NC_022133	TTTA	3	109528	109539	12	25 %	75 %	0 %	0 %	8 %	53331015
137	NC_022133	AGAA	3	111644	111654	11	75 %	0 %	25 %	0 %	9 %	53331015
138	NC_022133	ATAAA	3	111698	111712	15	80 %	20 %	0 %	0 %	0 %	53331015
139	NC_022133	TC	6	113904	113915	12	0 %	50 %	0 %	50 %	8 %	53331015

ChloroMitoSSRDB 2.00 Webserver cum Database of Cholorplast and Mitochondrial Microsatellites

All Imperfect Repeats of Aegilops tauschii chloroplast